불복·환급

심판청구에서 이긴 뒤 1년 안에 다시 나온 고지서, 제척기간이 지났는데도 유효한가요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.12 갱신

부과제척기간이 지났더라도 이의신청·심사청구·심판청구나 소송의 결정·판결이 확정된 날부터 1년 안에는 세무서가 그 결정·판결에 따른 경정이나 필요한 처분을 할 수 있습니다. 고지 절차의 잘못을 바로잡아 다시 고지하는 것도 여기에 들어갈 수 있습니다. 다만 결정·판결과 관계없는 새 증액이나 세목·과세기간이 다른 처분은 법이 정한 연동 범위를 벗어나면 제척기간 경과로 다툴 수 있습니다.

불복에서 이겼는데 몇 달 뒤 같은 세금의 고지서가 다시 오면 당황하실 수 있습니다. 법은 확정된 결정·판결을 이행할 수 있도록 1년의 특례 기간을 두었습니다. 그러나 이 기간은 결정·판결에 따른 처분에만 쓸 수 있으므로, 새 고지서의 내용이 그 범위 안인지부터 나누어 보면 됩니다.

이런 상담이 많습니다

E씨는 2018년에 판 토지의 양도소득세를 기한 안에 신고했습니다. 세무서는 2024. 4. 필요경비 일부를 부인해 세액을 늘려 고지했고, E씨는 심판청구를 했습니다. 조세심판원은 2025. 10. 납부고지서에 세액 산출근거가 제대로 적히지 않았다는 이유로 처분을 취소했습니다. 그런데 세무서는 2026. 7. 산출근거를 갖춘 고지서를 다시 보내면서, 심판에서 다루지 않은 다른 경비 항목까지 부인해 세액을 더 늘렸습니다. E씨는 2018년 양도분의 제척기간이 이미 끝났는데 이 고지가 유효한지 물으셨습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

제척기간이 지나면 원래는 어떻게 되나요?

2026. 10. 11. 기준 현행 「국세기본법」상 신고한 양도소득세의 부과제척기간은 확정신고기한 다음 날부터 5년입니다. 이 기간에는 중단이나 정지가 없고, 기간이 지난 뒤의 부과처분은 무효라는 것이 대법원 판례입니다(대법원 2004. 6. 10. 선고 2003두1752 판결). E씨의 2018년 귀속 양도소득세는 2019. 6. 1.부터 세어 2024. 5. 31.에 기간이 끝났습니다.

신고하지 않았다면 7년, 거짓 계약서처럼 부정행위로 세금을 줄였다면 10년이 적용됩니다. 그래서 새 고지서를 받으면 먼저 본래 기간이 정말 끝났는지 계산해야 합니다. 본래 기간이 남아 있다면 특례를 따질 필요 없이 일반적인 경정으로 보고, 그 처분의 내용 자체를 다투게 됩니다.

확정 후 1년 특례로 세무서가 할 수 있는 처분은 무엇인가요?

이의신청·심사청구·심판청구, 감사원 심사청구, 행정소송의 결정이나 판결이 확정되면 그날부터 1년 안에는 제척기간이 지났더라도 경정이나 그 밖에 필요한 처분을 할 수 있습니다. 쟁송이 길어져 결정·판결을 이행할 수 없게 되는 일을 막으려는 규정입니다. 1년은 결정서를 받은 날이 아니라 결정이나 판결이 확정된 날부터 셉니다. 심판청구 결정 뒤 소송까지 갔다면 판결이 확정된 날이 기준입니다.

이 특례는 납세자에게 유리한 결정만 이행하라는 규정은 아닙니다. 법원이 납세고지의 하자를 이유로 처분을 취소하자 과세관청이 판결 확정일부터 1년 안에 그 잘못을 바로잡아 다시 부과한 경우, 대법원은 이를 판결에 따른 처분으로 보았습니다(대법원 1996. 5. 10. 선고 93누4885 판결, 지방세 사건). 조세심판원도 국세에서 같은 판단을 했습니다(조세심판원 2017. 9. 21. 조심2017중2692).

결정과 관계없는 새 증액도 1년 안이면 되나요?

되지 않습니다. 대법원은 특례 기간에 과세권자가 할 수 있는 것은 해당 결정·판결에 따른 경정이나 그에 부수하는 처분뿐이고, 1년 안이라도 결정·판결에 따르지 않는 새로운 결정이나 증액경정까지 할 수는 없다고 했습니다(대법원 2020. 8. 20. 선고 2017두30757 판결). E씨의 경우 산출근거를 보완한 재고지는 특례 범위로 볼 여지가 있지만, 심판에서 다루지 않은 경비를 새로 부인해 늘린 부분은 제척기간이 지난 새 증액으로 다툴 수 있습니다.

새 고지서가 오면 세액을 당초 고지분, 결정 취지에 따라 고친 부분, 새로 더한 부분으로 나누어 표를 만들어 보시기 바랍니다. 새로 더한 부분이 있으면 그 부분만 일부 취소를 구할 수 있고, 나머지 재고지분은 결정 취지를 제대로 따랐는지를 따로 봅니다. 청구 취지를 이렇게 나누어 두어야 결정 기관도 다툼의 범위를 정확히 판단할 수 있습니다.

다른 세목이나 다른 해 세금도 다시 매길 수 있나요?

현행법은 결정·판결 확정에 따라 연동된 세액을 조정해야 하는 경우도 1년 특례에 넣었습니다. 다만 같은 과세기간의 다른 세목, 또는 같은 세목의 다른 과세기간으로 한정합니다. 예를 들어 결정으로 소득의 귀속 연도가 바뀌면 같은 세목의 다른 연도를 조정하는 식입니다. 양도소득이 아니라 사업소득이라는 결정이 나와 같은 해의 종합소득세를 조정하는 경우도 같은 과세기간의 연동 세목으로 볼 수 있는지가 쟁점이 됩니다. 이때도 조정은 결정 내용과 연동된 세액에 한정되므로, 새 처분이 당초 처분보다 넓은 소득을 과세한다면 그 차이를 따로 따져 봅니다.

이 연동 범위 밖이면 특례가 적용되지 않습니다. 대법원은 법인세 처분이 취소된 뒤 대표 개인에게 주식 양도에 대한 양도소득세와 증권거래세를 부과한 사안에서, 과세대상과 세목이 달라 선행 판결에 따른 처분이 아니라고 보았습니다(대법원 2020. 8. 20. 선고 2017두30757 판결). 결정을 받은 사람이 아닌 제3자에 대한 처분도 원칙적으로 같습니다. 명의대여나 차명재산처럼 실제 귀속자가 따로 확인된 경우의 예외는 「명의를 빌려준 사람이 세금 불복에서 이기면 실제 사업자에게 1년 안에 과세되나요?」에서 설명했습니다.

새 고지서 대응 순서

• 확정일 확인 - 결정서·판결서와 확정일을 확인하고, 새 고지일이 확정일부터 1년 안인지 계산합니다.
• 본래 제척기간 계산 - 세목별 기산일과 5년·7년·10년 중 어느 기간인지 확인해 특례가 필요한 처분인지 봅니다.
• 항목 대조 - 새 고지서의 세액을 결정·판결에서 다룬 항목과 새로 더한 항목으로 나눕니다.
• 연동 범위 점검 - 다른 세목이면 같은 과세기간인지, 다른 연도면 같은 세목인지, 처분 상대방이 같은 사람인지 확인합니다.
• 90일 안 불복 - 특례 범위를 벗어난 부분은 제척기간 경과를 이유로 심판청구 등에서 다투고, 변호사가 결정 취지와 새 처분의 차이를 정리한 청구서를 준비합니다.

여기까지는 일반 기준이고, 새 처분이 결정·판결의 취지를 이행하는 것인지, 연동 범위 안의 세목·과세기간인지에 따라 유효 여부가 달라집니다. 법무법인 윤성은 불복 이후 재처분의 제척기간 다툼과 심판청구를 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 심판에서 이겼는데 세무서가 또 고지했어요. 제척기간 지나서 무효 아닌가요?
  결정·판결이 확정된 날부터 1년 안에는 제척기간이 지났더라도 그 결정·판결에 따른 처분을 할 수 있습니다. 고지 절차의 잘못을 고친 재고지도 여기에 들어갈 수 있으므로, 새 고지서의 내용이 결정 취지를 이행하는 것인지 먼저 확인합니다.
• 다시 나온 고지서에 처음 없던 항목이 들어 있어요.
  특례 기간에 할 수 있는 것은 결정·판결에 따른 경정과 그에 부수하는 처분뿐입니다. 결정과 관계없이 새로 부인한 항목으로 늘어난 세액은 제척기간이 지난 증액으로 다툴 수 있습니다.
• 1년은 결정서를 받은 날부터 세나요?
  법문은 결정 또는 판결이 확정된 날부터 1년입니다. 심판청구 결정 뒤 소송을 냈다면 판결이 확정된 날이 기준이 되므로, 결정서와 판결서, 확정 경위를 서류로 확인해 1년이 지났는지 계산해야 합니다.
• 양도세 결정 뒤 같은 해 종합소득세도 다시 매길 수 있나요?
  현행법은 결정으로 연동된 다른 세목의 조정을 같은 과세기간에 한정해 1년 특례에 넣었습니다. 같은 해 종합소득세의 조정이 결정 내용과 연동된 것인지, 세액이 결정 범위를 넘는지가 쟁점이 됩니다.
• 남편 사건 결정으로 제게 세금이 나왔어요.
  대법원은 특례 처분은 원칙적으로 결정·판결을 받은 납세의무자에게만 할 수 있다고 보았습니다. 다만 명의대여나 재산의 사실상 귀속자가 확인된 경우는 법이 따로 정한 예외가 있습니다.
• 새 고지서는 언제까지 다퉈야 하나요?
  다시 나온 처분도 독립된 처분이므로 고지서를 받은 날부터 90일 안에 이의신청·심사청구·심판청구를 해야 합니다. 앞선 불복에서 이겼다고 새 처분에 대한 기한이 면제되지 않으니 받은 날을 기록해 둡니다.

법무법인 윤성 × Lexle

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• 손익귀속시기 경정으로 후발적 경정청구를 했는데 세무서가 다른 항목을 증액할 수 있나요?
• 양도세를 신고하지 않았는데 몇 년이 지나면 세무서가 세금을 매길 수 없나요?

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