세금

시행령이 무효라는 대법원 판결이 나오면 그 조항으로 낸 세금을 돌려받나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.20 갱신

불복기간이나 경정청구 기간 안이라면 무효인 시행령에 근거한 세금은 위법하다고 다툴 수 있습니다. 기간이 지나 확정된 처분은 원칙적으로 당연무효가 아니어서 돌려받기 어렵습니다. 대법원이 그 시행령을 무효라고 선언할 때까지 기다릴 필요는 없습니다. 내 사건에서 바로 시행령의 효력을 다툴 수 있습니다.

불복기간이나 경정청구 기간 안이라면 무효인 시행령에 근거한 세금은 위법하다고 다툴 수 있습니다. 기간이 지나 확정된 처분은 원칙적으로 당연무효가 아니어서 돌려받기 어렵습니다. 대법원이 그 시행령을 무효라고 선언할 때까지 기다릴 필요는 없습니다. 내 사건에서 바로 시행령의 효력을 다툴 수 있습니다.

시행령이 법률의 위임 범위를 벗어났다면 그 조항으로 매긴 세금은 위법인가요?

법원이 시행령을 무효로 판단하면 그 조항에 근거한 과세는 위법합니다. 대법원 2019두35695 전원합의체 판결은 위임 없이 시행령으로 과세요건을 정하면 조세법률주의 위배라고 했습니다. 법률 내용을 함부로 넓히는 해석규정도 마찬가지라고 보았습니다. 이 판결은 구 상속세 및 증여세법 시행령(2016. 2. 5. 개정되기 전의 것) 제31조 제6항을 무효로 보았습니다. 특정법인과의 거래로 주주가 얻은 이익을 계산하는 조항입니다. 주식 가치가 실제로 늘었는지와 상관없이 이익을 얻은 것으로 간주했기 때문입니다.

대법원 2021두33937 판결은 같은 조항으로 매긴 증여세를 다뤘습니다. 원고는 결손금이 있는 회사의 주식 90%를 가진 주주였습니다. 4촌 이내 인척이 2015. 2. 2. 회사에 부동산을 증여했습니다. 세무서는 2016. 12. 1. 원고에게 증여세를 부과했습니다. 원심은 시행령이 무효이면 이익 계산 방법이 정해지지 않은 상태가 되어 과세할 수 없다고 보았습니다. 대법원은 이 판단을 수긍하고 세무서장의 상고를 기각했습니다.

다만 위임 범위를 벗어났다는 주장이 늘 받아들여지지는 않습니다. 대법원 2025두35499 판결은 감정가액 등을 시가로 보는 구 시행령 제49조 제1항 단서를 다뤘습니다. 대법원은 이 단서가 위임 범위를 벗어난 무효 규정이 아니라고 보고 납세자의 상고를 기각했습니다.

시행령이 나중에 고쳐졌다면 고치기 전 거래에도 새 조항이 적용되나요?

원칙적으로 적용되지 않습니다. 대법원 2019두39635 판결은 조세법령이 개정되어도 그 전에 완성된 과세요건사실에는 종전 법령이 적용된다고 보았습니다. 원고는 아버지가 2016. 1. 1. 회사에 돈을 무상으로 빌려준 거래로 증여세를 부과받았습니다. 근거가 된 새 시행령 조항은 2016. 2. 5.에야 시행되었고, 부칙은 그 이후 증여분부터 적용하게 했습니다. 증여일 당시 시행되던 종전 시행령은 무효였습니다. 대법원은 시행령 없이 법률만으로 한 과세여서 위법하다며 원심 중 원고 패소 부분을 파기환송했습니다.

반대로 법률이 개정되어 위임 근거가 생기면 그때부터는 같은 시행령도 유효해질 수 있습니다. 대법원 2025두34707 전원합의체 판결은 제3자 적립 포인트 결제액에 관한 부가가치세법 시행령 조항을 다뤘습니다. 2017년 제1기분과 제2기분은 무효인 조항에 따른 것이어서 위법하다고 보았습니다. 법률 개정이 시행된 2018. 1. 1. 이후분은 위법하지 않다고 보았습니다. 이 사건은 신고·납부 뒤 경정청구를 거부당한 회사가 다툰 사안이었습니다.

이미 확정된 세금도 시행령이 무효라면 돌려받을 수 있나요?

원칙적으로 어렵습니다. 대법원 2019두56319 판결은 대법원의 무효 선언이 없는 상태라면 시행령에 근거한 처분의 하자는 취소사유라고 보았습니다. 판결은 「이러한 시행령에 근거한 행정처분의 하자는 취소사유에 해당할 뿐 무효사유가 된다고 볼 수 없다」고 했습니다. 다만 시행령의 위법이 해석상 다툼의 여지가 없을 정도로 명백했다면 예외입니다.

사안은 같은 특정법인 시행령 조항으로 2016. 12. 6. 부과된 증여세였고, 원고들은 무효확인 등을 구했습니다. 처분 전에 옛 조항을 무효로 본 대법원 전원합의체 판결이 이미 있었습니다. 그러나 그 뒤 법률 문언이 바뀌어 해석 여지가 생겼고 하급심 결론도 나뉘었습니다. 대법원은 이를 들어 당연무효로 본 원심을 파기환송했습니다. 확정된 처분을 무효로 다투는 길은 「과세처분이 무효라면 불복기간이 지나도 낸 세금을 돌려받을 수 있나요?」에서 설명했습니다.

다른 사람 사건에서 무효 판결이 나오면 경정청구 기간이 다시 열리나요?

다시 열린다고 보기 어렵습니다. 대법원 2012두28254 판결은 법령 해석이 신고·결정 당시와 달라졌다는 사유는 후발적 경정청구 사유가 아니라고 보았습니다. 후발적 경정청구는 거래나 행위의 존재 여부, 법률효과가 나중에 달라진 경우를 위한 것입니다. 시행령을 무효로 본 대법원 판결도 법령 해석에 관한 판단입니다. 이 기준에 따르면 후발적 사유가 되기 어렵다고 볼 수 있습니다.

그래서 남은 길은 통상 경정청구입니다. 직접 신고한 세액은 법정신고기한이 지난 후 5년 안에 청구할 수 있습니다. 세무서의 결정이나 경정으로 늘어난 세액은 처분이 있음을 안 날부터 3개월 안에만 청구할 수 있습니다. 판결 사유의 범위는 「형사 무죄, 다른 연도 판결, 판례 변경은 후발적 경정청구의 판결 사유가 되나요?」에서 자세히 다루었습니다.

시행령 무효 과세 대응 순서

• 근거 조항 특정 - 납부고지서와 세무조사 결과통지에서 세액 계산에 쓴 시행령 조항과 그 조항에 위임한 법률 조항을 찾습니다.
• 기간 계산 - 고지분은 고지서를 받은 날부터 90일, 신고분은 법정신고기한부터 5년, 증액분은 처분을 안 날부터 3개월인지 셉니다.
• 심판청구·경정청구 - 기간 안에 시행령이 위임 범위를 벗어났다는 주장을 담아 심판청구나 경정청구를 냅니다.
• 개정 시점 대조 - 법률이나 시행령이 개정됐다면 거래일이 새 조항 시행 전인지, 부칙의 적용례는 어떤지 확인합니다.
• 행정소송 - 심판청구 결정 통지를 받은 날부터 90일 안에 행정소송을 내고 법원에서 시행령의 효력을 다툽니다.

여기까지는 일반 기준이고, 처분이 확정되었는지와 거래일이 시행령 개정 전후 어디인지에 따라 다툴 수 있는 범위가 달라집니다. 법무법인 윤성은 시행령의 위임 범위를 다투는 조세심판청구와 행정소송, 경정청구를 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 시행령이 법률에 어긋나는지는 누가 최종 판단하나요?
  대법원이 최종 판단합니다. 헌법은 명령·규칙이 헌법이나 법률에 위반되는지가 재판의 전제가 되면 대법원이 최종적으로 심사한다고 정합니다. 그래서 개별 과세 소송에서 시행령의 효력을 다툴 수 있습니다.
• 무효인 시행령 대신 다른 계산 방법으로 세금을 다시 매길 수 있나요?
  특정법인 증여세 사안에서는 어렵다고 보았습니다. 2021두33937 사건의 원심은 시행령이 무효이면 이익 계산 방법이 정해지지 않아 과세할 수 없다고 했습니다. 대법원은 이를 수긍했습니다. 다른 세목은 법률만으로 과세할 수 있는지 따로 봅니다.
• 같은 조항으로 여러 해 과세됐다면 연도별로 결론이 달라지나요?
  달라질 수 있습니다. 2025두34707 판결은 같은 시행령 조항이라도 법률 개정 전인 2017년분은 위법하다고 보았습니다. 법률 개정이 시행된 2018. 1. 1. 이후분은 위법하지 않다고 나누어 판단했습니다.
• 기한후신고를 한 세금도 경정청구로 다툴 수 있나요?
  다툴 수 있습니다. 기한후과세표준신고서를 낸 사람도 신고한 세액이 세법에 따라 신고할 세액을 넘으면 경정청구를 할 수 있습니다. 기간은 법정신고기한이 지난 후 5년 안입니다.
• 경정청구를 했는데 세무서가 답을 하지 않으면 어떻게 하나요?
  청구한 날부터 2개월이 지나면 통지를 받기 전이라도 심판청구를 할 수 있습니다. 세무서는 청구를 받은 날부터 2개월 안에 결과를 알려야 합니다. 그 기간 안에 처리가 어려우면 진행상황을 통지해야 합니다.
• 소송 중에 대법원이 같은 시행령을 무효로 보면 내 사건에도 반영되나요?
  진행 중인 사건에서 그 판결의 법리를 주장할 수 있습니다. 2021두33937 사건도 상고심 중 선고된 2019두35695 전원합의체 판결의 법리에 따라 상고가 기각되었습니다. 이미 확정된 처분에는 이 방법을 쓰기 어렵습니다.

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