세금

심판청구에서 이긴 세금을 세무서가 같은 이유로 다시 매기면 위법인가요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.20 갱신

심판청구에서 인정받은 사유와 같은 사유로 다시 과세했다면 그 재처분은 위법하다고 다툴 수 있습니다. 조세심판원 결정은 관계 행정청을 기속하므로 세무서는 특별한 사유 없이 종전 처분을 되풀이할 수 없습니다. 상급 관청의 감사지적이 있었다는 사정만으로 재처분을 받아들이실 필요는 없습니다.

심판청구에서 인정받은 사유와 같은 사유로 다시 과세했다면 그 재처분은 위법하다고 다툴 수 있습니다. 조세심판원 결정은 관계 행정청을 기속하므로 세무서는 특별한 사유 없이 종전 처분을 되풀이할 수 없습니다. 상급 관청의 감사지적이 있었다는 사정만으로 재처분을 받아들이실 필요는 없습니다.

심판청구에서 이긴 세금을 같은 이유로 다시 매길 수 있나요?

원칙적으로 다시 매길 수 없습니다. 심판청구에 대한 결정은 관계 행정청을 기속합니다. 대법원은 불복사유가 옳다고 인정해 필요한 처분을 했다면 「동일 사항에 관하여 특별한 사유 없이 이를 번복하고 다시 종전의 처분을 되풀이할 수는 없다」고 판시했습니다.

축이 된 사건은 법인세 감면 사건입니다. 회사는 2013 사업연도 법인세에서 창업벤처중소기업 세액감면 약 21억 6천만원을 신청했습니다. 세무서는 2014. 7. 15. 감면 대상이 아니라며 법인세를 경정·고지했습니다. 조세심판원은 2015. 2. 25. 감면이 적용되어야 한다며 그 처분을 취소했습니다.

그런데 세무서는 2016. 5. 4. 법인세 약 26억 6천만원(가산세 포함)을 다시 고지했습니다. 감면기한이 2012 사업연도까지라는 서울지방국세청 감사지적이 이유였습니다. 대법원은 감면의 기초 사정에 아무런 변경이 없다고 보았습니다. 감사지적만 내세운 재처분은 종전 처분을 되풀이한 것에 불과해 위법하다며 원심을 파기환송했습니다. 구 국세기본법(2016. 12. 20. 개정되기 전의 것)이 적용된 사안입니다. 당시 준용 조문 제81조는 현행 제80조의2와 같은 내용입니다.

감사지적이나 새 대법원 판례는 다시 과세할 이유가 되나요?

그것만으로는 특별한 사유가 되기 어렵습니다. 앞의 사건에서 대법원은 감사지적을 이유로 한 재처분을 위법하다고 보았습니다.

법리가 새로 정리된 경우도 같았습니다. 조세심판원은 주식의 포괄적 교환에 구 상속세 및 증여세법 제42조를 적용한 증여세 처분을 취소했습니다. 세무서는 구 상속세 및 증여세법 제35조로 다시 과세했습니다. 소송 중 대법원 판결이 포괄적 교환에는 제42조를 적용해야 한다고 선언하자, 세무서는 처분 근거로 제42조를 추가했습니다. 원심은 기초 사정에 변경이 없는데 제42조를 처분사유로 삼는 것은 심판결정의 기속력에 저촉된다고 보았습니다. 대법원 판결로 법리가 명확해졌더라도 기속력을 배제하거나 처분의 반복을 허용할 수 없다는 것입니다. 원심 판단을 대법원이 수긍했습니다.

판례가 특별한 사유의 예로 든 것은 납세자가 허위의 자료를 제출하는 등 부정한 방법으로 취소를 받은 경우입니다. 재산세 이의신청 사건에서 대법원은 이런 사정을 심리하지 않고 재처분을 적법하다고 본 원심을 파기했습니다.

결정에서 다루지 않은 다른 이유로 다시 과세하는 것도 막히나요?

언제나 막히는 것은 아닙니다. 판례가 막는 것은 종전 결정이 옳다고 인정한 「동일 사항」에 관한 번복입니다. 그래서 새 처분의 사유가 종전 결정이 판단한 사항과 같은지부터 비교해야 합니다. 근거 조문이 바뀌었어도 과세의 기초 사실이 같다면 같은 사항으로 다툴 여지가 있습니다.

절차 하자만을 이유로 이긴 경우는 결론이 다릅니다. 과세전적부심사 기회를 주지 않았다는 이유로 이의신청이 인용되어 처분이 취소된 사건이 있었습니다. 세무서는 조사결과를 다시 통지하고 과세전적부심사를 거쳐 같은 세액을 다시 고지했습니다. 대법원은 부과제척기간 안이라면 하자를 보완한 같은 내용의 재처분은 원칙적으로 허용된다고 보았습니다. 그 내용은 「과세전적부심사 기회 없이 나온 세금이 취소되면 다시 부과할 수 있나요?」에서 설명했습니다.

시점도 따져야 합니다. 결정이나 판결이 확정되면 세무서는 확정일부터 1년 안에 그에 따른 경정이나 필요한 처분을 할 수 있습니다. 법원 판결로 취소된 뒤의 재처분 한계는 「세금 취소소송에서 이기면 낸 세금은 언제 돌려받고, 다시 과세될 수 있나요?」에서 다루었습니다.

재처분에 불복할 기간을 놓쳤다면 다툴 방법이 없나요?

재처분이 종전 처분을 되풀이한 것이라면 무효확인 소송을 검토할 수 있습니다. 이의신청에서 직권취소된 종합소득세를 같은 사유로 다시 부과한 사건이 있었습니다. 대법원은 그 재처분이 위법할 뿐 아니라 하자가 중대하고 명백하여 무효라고 볼 여지가 있다고 했습니다. 무효확인 소송에는 취소소송의 제소기간 규정이 준용되지 않습니다.

다만 같은 사건에서 취소청구 부분은 제소기간이 지났다며 각하되었습니다. 무효는 하자가 중대하고 명백해야 인정되므로 기간 안의 불복이 먼저입니다.

신고한 세목이라면 경정청구도 있습니다. 재처분으로 늘어난 세액은 처분을 안 날부터 3개월 안에 경정청구할 수 있습니다. 그 기간도 지났다면 법정신고기한부터 5년 안에서 당초 신고세액을 한도로만 다툴 수 있습니다. 이 기준은 「세무서 증액경정에 기한 안에 불복하지 못했는데 경정청구로 다시 다툴 수 있나요?」에서 설명했습니다.

심판 인용 뒤 재처분 대응 순서

• 결정서·처분서 대조 - 종전 결정이 실체 사유를 받아들였는지, 절차 하자만 지적했는지 확인합니다. 새 납부고지서의 부과 사유, 근거 조문, 세액을 나란히 놓고 같은 사항인지 봅니다.
• 사정 변경 확인 - 결정 뒤 새로 드러난 사실이 있는지, 세무서가 감사지적이나 법리 변경만 내세우는지 정리합니다.
• 심판청구 - 납부고지서를 받은 날부터 90일 안에 기속력 위반과 재처분 금지를 청구 이유로 적어 심판청구를 합니다.
• 행정소송 - 결정 통지를 받은 날부터 90일 안에 취소소송을 내고, 기간을 놓쳤다면 무효확인 소송과 경정청구를 검토합니다.
• 종전 자료 보존 - 종전 심판에서 낸 증거와 결정서 정본, 송달일 기록을 보관해 부정한 방법이 없었음을 보일 준비를 합니다.

여기까지는 일반 기준이고, 새 처분 사유가 종전 결정과 같은 사항인지에 따라 재처분의 위법 여부가 달라집니다. 법무법인 윤성은 심판 인용 뒤 재처분에 대한 심판청구와 행정소송을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 재처분 고지서에 불복하면 세금을 내지 않아도 되나요?
  심판청구를 해도 원칙적으로 처분의 집행은 멈추지 않습니다. 집행으로 중대한 손해가 생길 긴급한 필요가 있으면 조세심판원에 집행정지를 구할 수 있습니다.
• 조세심판원이 일부만 받아들였다면 나머지는 어떻게 다투나요?
  기각된 부분은 결정 통지를 받은 날부터 90일 안에 행정소송으로 다툽니다. 인용된 부분에 대해 세무서가 다시 같은 처분을 하면 그 처분은 새로 불복해야 합니다.
• 재조사 결정이 났을 때도 같은 기준인가요?
  재조사 결정은 처분청이 결정일부터 60일 안에 결정서 주문에 적힌 범위에서만 조사해 처분하라는 결정입니다. 재조사 결과 청구인 주장과 사실관계가 다르면 당초 처분을 유지할 수 있어 취소 결정과는 다르게 봅니다.
• 재산세 같은 지방세도 다시 과세하면 다툴 수 있나요?
  대법원은 재산세 이의신청에서 직권취소한 뒤 같은 이유로 다시 부과한 사건에서도 같은 판단 기준을 적용했습니다. 부정한 방법으로 취소를 받았다는 사정이 없는데 재처분을 적법하다고 본 원심을 파기했습니다.
• 부과제척기간이 지난 뒤에 나온 재처분도 유효한가요?
  국세 부과제척기간은 원칙적으로 5년입니다. 다만 결정이나 판결이 확정되면 확정일부터 1년 안에 그에 따른 처분을 할 수 있습니다. 재처분 날짜와 확정일을 함께 비교해야 합니다.
• 재처분 사건에서는 어떤 자료를 준비해야 하나요?
  종전 결정서 정본과 송달 기록, 새 납부고지서, 종전 심판에서 낸 증거가 기본입니다. 결정 뒤 사실관계가 달라지지 않았다는 점을 보여 줄 장부와 계약서도 함께 준비합니다.

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• 과세전적부심사 기회 없이 나온 세금이 취소되면 다시 부과할 수 있나요?
• 세금 취소소송에서 이기면 낸 세금은 언제 돌려받고, 다시 과세될 수 있나요?
• 심판청구에서 이긴 뒤 1년 안에 다시 나온 고지서, 제척기간이 지났는데도 유효한가요?
• 세무서 증액경정에 기한 안에 불복하지 못했는데 경정청구로 다시 다툴 수 있나요?

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