불복·환급

이의신청으로 취소된 세금을 세무서가 금액만 줄여 다시 부과할 수 있나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.09.30 갱신

아니요, 이의신청 사유를 받아들여 직권취소한 과세처분을 같은 사유로 다시 부과하는 것은 특별한 사유가 없으면 위법합니다. 대법원은 세액만 줄였더라도 동일 사항에 관한 되풀이 처분은 허용되지 않는다고 봅니다. 지금은 새 고지서의 처분 사유가 종전 처분과 같은지부터 비교하십시오.

세액이 줄었다고 해서 다시 부과된 세금을 그대로 받아들이지 않으셔도 됩니다.

이런 상담이 많습니다

A씨는 2024년 11월 세무서에서 양도소득세 6,000만원 부과처분을 받고 이의신청을 했습니다. 세무서는 2025년 1월 A씨의 이의신청 사유가 옳다며 처분을 직권으로 취소했습니다. 그런데 세무서는 2025년 8월 새로운 자료 없이 같은 사유로 세액만 4,500만원으로 줄여 다시 부과했습니다. A씨는 한 번 취소된 세금을 다시 부과할 수 있는지 물었습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

이의신청으로 취소된 세금을 세무서가 다시 부과할 수 있나요?

원칙적으로 할 수 없습니다. 과세관청이 이의신청 사유가 옳다고 인정해 과세처분을 직권으로 취소했다면, 특별한 사유 없이 이를 번복해 같은 처분을 되풀이하는 것은 위법합니다.

대법원 2014. 7. 24. 선고 2011두14227 판결은 과세처분에 관한 불복절차에서 불복사유가 옳다고 인정해 필요한 처분을 했다면, 불복제도와 시정방법을 인정한 법 취지에 비추어 동일 사항에 관하여 특별한 사유 없이 번복하고 종전 처분을 되풀이할 수 없다고 보았습니다. 이의신청 절차에서 직권취소를 한 뒤 되풀이한 과세처분은 위법하다는 것입니다.

2026. 9. 29. 기준 현행 「국세기본법」도 세무서장이 이의신청을 받으면 국세심사위원회의 심의를 거쳐 결정하도록 하고 있습니다. 그 심의를 거쳐 납세자 주장을 받아들인 결론을 과세관청이 스스로 뒤집는 것을 막는 취지입니다.

세액을 줄여서 다시 부과해도 위법한가요?

네, 처분 사유가 같다면 세액만 줄였다는 사정으로 달라지지 않습니다. 이의신청에서 옳다고 인정된 것은 처분 사유 자체이므로, 같은 사유로 금액만 바꾼 처분도 종전 처분을 되풀이한 것으로 봅니다.

반대로 처분 사유가 완전히 다르거나, 직권취소 뒤 새로운 과세자료가 드러난 경우라면 다시 부과할 여지가 있습니다. 새 처분의 고지서와 결의서에 적힌 처분 사유를 종전 처분과 한 줄씩 비교해야 하는 이유입니다.

「특별한 사유」는 어떤 경우인가요?

납세자가 거짓 자료를 내는 등 부정한 방법으로 직권취소를 받아 낸 경우가 대표적입니다. 이런 사정이 있으면 과세관청이 취소를 번복하고 다시 과세할 수 있습니다. 원안 상담은 특별한 사유 없는 되풀이 처분을 「무효」라고 설명했지만, 위 판결이 명시한 것은 「위법」이어서 기간 안에 취소를 구하는 것이 안전합니다.

되풀이 과세처분 대응 순서

• 종전 처분 서류 모으기 - 첫 고지서, 이의신청서, 직권취소 통지서를 모읍니다. 이의 사유가 받아들여진 사실의 증거입니다.
• 처분 사유 비교 - 새 고지서의 과세 근거와 종전 처분의 근거를 대조합니다. 같다면 되풀이 처분으로 다툽니다.
• 새 자료 유무 확인 - 세무서가 직권취소 뒤 새 과세자료를 확보했는지 정보공개나 의견서로 확인합니다. 특별한 사유 여부가 여기서 갈립니다.
• 불복청구 제기 - 새 고지서를 받은 날부터 90일 안에 심판청구 등을 냅니다. 전심을 거쳐야 소송으로 갈 수 있습니다.
• 취소소송 - 결정 통지를 받은 날부터 90일 안에 소송을 냅니다. 되풀이 처분의 위법을 주된 쟁점으로 삼습니다.

여기까지는 일반 기준이고, 직권취소가 재조사 결정에 따른 후속 처분이었거나 과세기간·세목이 일부 달라졌다면 결정서와 고지서를 보고 따로 따져야 합니다. 법무법인 윤성은 양도소득세 등 국세 부과처분에 대한 조세불복과 취소소송을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 이의신청은 누구에게 하나요?
  처분을 했거나 했어야 할 세무서장에게 하거나 세무서장을 거쳐 관할 지방국세청장에게 합니다. 국세기본법 제66조 제1항의 규정이며, 지방국세청장이 조사해 과세한 경우에는 지방국세청장에게 해야 합니다. 이의신청은 선택 절차여서 바로 심사청구나 심판청구를 해도 됩니다.
• 이의신청 결정은 언제까지 나오나요?
  이의신청을 받은 날부터 30일 안에 결정해야 합니다. 국세기본법 제66조 제7항은 이의신청인이 세무서 의견서에 대해 항변하면 60일 안에 결정하도록 정합니다. 기간 안에 결정이 없으면 결정을 기다리지 않고 심사청구나 심판청구로 넘어갈 수 있습니다.
• 직권취소 뒤 같은 처분을 다시 하면 어떻게 되나요?
  특별한 사유가 없으면 위법합니다. 대법원 2014. 7. 24. 선고 2011두14227 판결은 이의신청 절차에서 납세자의 이의 사유가 옳다고 인정해 직권취소했는데도 특별한 사유 없이 이를 번복하고 종전 처분을 되풀이한 과세처분은 위법하다고 보았습니다.
• 되풀이 처분은 무효인가요, 취소 대상인가요?
  판례가 명시한 것은 위법이므로 취소를 구하는 것을 기본으로 합니다. 무효는 하자가 중대하고 명백해야 인정되어 요건이 더 엄격합니다. 기간 안에 국세기본법 제68조 제1항에 따른 심판청구 등을 내고, 기간이 지났다면 무효 주장을 따로 검토합니다.
• 새로운 과세자료가 나오면 다시 부과할 수 있나요?
  직권취소 뒤 새로 드러난 자료로 처분 사유가 달라진다면 다시 부과할 여지가 있습니다. 다만 종전 처분 때 이미 있던 자료를 다시 쓰는 것은 새로운 사유가 되기 어렵습니다. 국세기본법 제55조 제1항에 따른 불복 과정에서 과세관청이 새 자료의 존재를 증명해야 합니다.
• 되풀이 처분에 대한 불복 기한은요?
  새 고지서를 받은 날부터 90일입니다. 국세기본법 제61조 제1항은 심사청구를 처분의 통지를 받은 날부터 90일 안에 하도록 정하고, 심판청구도 같습니다. 종전 처분에 대한 불복과는 별개의 기간이므로 다시 계산해야 합니다.

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