세금

소득금액변동통지를 받은 회사는 언제까지 무엇을 근거로 다투나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.20 갱신

회사는 소득금액변동통지서를 받은 날부터 90일 안에 그 통지 자체를 심판청구로 다퉈야 합니다. 이 기간을 넘기면 뒤에 나온 원천세 납부고지를 다투면서 소득처분이 틀렸다고 주장하기 어렵습니다. 원천징수세액을 이미 냈다고 해서 통지를 다툴 수 없게 되는 것은 아닙니다.

회사는 소득금액변동통지서를 받은 날부터 90일 안에 그 통지 자체를 심판청구로 다퉈야 합니다. 이 기간을 넘기면 뒤에 나온 원천세 납부고지를 다투면서 소득처분이 틀렸다고 주장하기 어렵습니다. 원천징수세액을 이미 냈다고 해서 통지를 다툴 수 없게 되는 것은 아닙니다.

원천세 납부고지를 받은 뒤에 소득처분을 다투면 늦나요?

늦을 수 있습니다. 대법원 2012. 1. 26. 선고 2009두14439 판결의 기준입니다. 회사는 소득금액변동통지서를 받은 날 소득을 지급한 것으로 의제됩니다. 그때 원천징수 소득세의 납세의무가 성립하고 동시에 확정됩니다. 그래서 통지 자체가 항고소송의 대상입니다. 이 기준은 대법원 2006. 4. 20. 선고 2002두1878 전원합의체 판결이 종전 판례를 바꿔 세웠습니다.

그 뒤의 납부고지는 확정된 세액을 내라는 징수처분입니다. 통지의 하자는 당연무효가 아닌 한 징수처분에 승계되지 않습니다. 결국 원천징수 소득세의 납세의무는 통지에 대한 소송에서 다퉈야 합니다.

이 사건에서 세무서는 실물거래 없는 세금계산서로 보고 1억 3,015만여 원을 대표자 상여로 처분했습니다. 통지는 2006. 8. 1.에 했고, 회사가 원천세를 내지 않자 2007. 3. 1. 납부고지를 했습니다. 회사는 통지의 불복기간이 지나도록 다투지 않다가 납부고지 단계에서 통지 내용만 다퉜습니다. 원심은 이를 받아들이지 않았고 대법원도 그 판단을 수긍했습니다. 이미 낸 원천세의 반환 문제는 「원천징수 세금을 고지대로 냈는데 민사소송으로 돌려받을 수 있나요?」에서 설명했습니다.

상여가 아니라 기타 사외유출로 처분했어야 한다면 다툴 수 있나요?

다툴 수 있습니다. 대법원 2014. 11. 27. 선고 2012두25248 판결이 회사의 주장을 받아들인 사건입니다. 주식의 포괄적 교환으로 완전모회사가 되는 회사가 완전자회사의 주식을 시가보다 높게 양수했습니다. 과세관청은 부당행위계산 부인으로 시가 초과액을 익금에 넣었습니다. 그리고 귀속자에 대한 상여나 기타소득으로 처분해 회사에 소득금액변동통지를 했습니다.

원심은 이 통지가 적법하다고 보았지만 대법원은 직권으로 원심을 파기하고 환송했습니다. 포괄적 교환으로 주주가 얻은 이익에는 증여세가 과세됩니다. 기타 사외유출은 귀속자에게 소득세를 지우는 것이 부적절한 경우를 위한 처분이라는 것이 대법원 설명입니다. 그래서 기타 사외유출로 처분해야 하고 귀속자에게 배당·상여·기타소득 처분을 할 수 없다고 보았습니다.

처분 종류는 회사 부담을 가릅니다. 소득금액변동통지는 배당·상여·기타소득으로 처분된 금액을 대상으로 합니다. 기타 사외유출이라면 회사가 귀속자 소득세를 원천징수할 근거가 없습니다. 현행 법인세법 시행령도 자본거래로 익금산입한 금액 중 증여세가 과세되는 금액은 기타 사외유출로 처분하도록 합니다.

어떤 통지서여야 회사가 소송으로 다툴 수 있나요?

회사 앞으로 온 통지이면서 회사에 불이익한 것이어야 합니다. 소득금액변동통지는 해당 법인에 하는 것이 원칙입니다. 법인 소재지가 분명하지 않거나 송달할 수 없을 때만 귀속자에게 통지합니다.

대법원 2013. 9. 26. 선고 2010두24579 판결 사안에서 세무서는 설립 당시 대표이사를 실질 대표자로 보았습니다. 그리고 그 사람에게 소득자통지용 통지서를 보냈습니다. 원심은 이를 회사에 대한 통지로 볼 수 없어 회사의 취소청구가 부적법하다고 보았고, 대법원이 수긍했습니다. 귀속자에게 온 통지는 귀속자에게도 처분이 아니라는 것이 대법원 2015. 3. 26. 선고 2013두9267 판결입니다.

불이익도 있어야 합니다. 대법원 2012. 4. 13. 선고 2009두5510 판결은 회사가 수정신고로 대표 상여를 스스로 처분한 사안입니다. 처분금액은 65억여 원이었습니다. 과세관청이 이를 11억여 원으로 줄여 다시 통지하자, 대법원은 회사에 불이익이 없어 취소를 구할 이익이 없다고 보았습니다. 돈이 실제로 회사 밖으로 나갔는지는 「대표가 빼 쓴 돈이 상여로 처분돼 소득세가 나왔다면 어떻게 다투나요?」에서 다뤘습니다.

소득금액변동통지 대응 순서

• 통지서 확인 - 회사 앞 법인통지용인지 보고 받은 날을 기록합니다. 90일 불복기한과 원천세 납부기한이 모두 이 날부터 정해집니다.
• 처분 내용 분해 - 익금산입 항목, 사외유출 여부, 귀속자, 처분 종류를 나눠 각각 다툴 수 있는지 봅니다.
• 심판청구 - 통지서를 받은 날부터 90일 안에 조세심판원에 심판청구를 냅니다. 행정소송은 심판청구 결정을 거쳐야 합니다.
• 행정소송 - 결정의 통지를 받은 날부터 90일 안에 소득금액변동통지 취소소송을 냅니다.
• 증거 확보 - 거래 계약서, 자금 흐름, 귀속자의 지위와 증여세 과세 여부 자료를 모읍니다.

여기까지는 일반 기준이고, 통지서를 받은 날과 익금산입 거래의 성격, 귀속자의 지위에 따라 다툴 수 있는 범위가 달라집니다. 법무법인 윤성은 소득처분과 소득금액변동통지에 대한 조세심판청구와 행정소송을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 소득금액변동통지를 받으면 원천세는 언제까지 내야 하나요?
  통지서를 받은 날이 속하는 달의 다음 달 10일까지입니다. 회사는 통지서를 받은 날 소득을 지급한 것으로 봅니다. 반기별 납부를 하는 회사도 소득처분에 따른 원천징수세액은 반기 납부 대상이 아닙니다.
• 상여 처분을 받은 대표는 종합소득세를 언제까지 신고하나요?
  회사가 통지서를 받은 날이 속하는 달의 다음다음 달 말일까지 추가신고·납부하면 됩니다. 이 기한 안에 하면 법정신고기한까지 신고·납부한 것으로 봅니다.
• 대표가 회사 앞 소득금액변동통지의 취소를 직접 구할 수 있나요?
  아니요, 소득 귀속자는 회사에 대한 통지의 취소를 구할 법률상 이익이 없다는 것이 대법원 판단입니다. 대표는 자신에게 나온 종합소득세 단계에서 소득 귀속 여부를 다툽니다.
• 심판청구 전에 이의신청을 꼭 해야 하나요?
  아니요, 이의신청은 선택입니다. 통지서를 받은 날부터 90일 안에 조세심판원에 바로 심판청구를 할 수 있습니다. 행정소송을 내려면 심사청구나 심판청구 결정을 거쳐야 합니다.
• 기타 사외유출로 처분되면 회사가 원천징수할 세금이 있나요?
  귀속자 소득세를 원천징수할 일은 없습니다. 소득금액변동통지는 배당·상여·기타소득으로 처분된 금액을 대상으로 합니다. 기타 사외유출은 귀속자에 대한 소득처분 없이 유출 사실만 확정하는 처분입니다.
• 소득금액변동통지가 무효라면 기간이 지나도 다툴 수 있나요?
  무효라면 불복기간이 지나도 다툴 수 있지만 무효로 인정되는 경우는 좁습니다. 하자가 외관상 명백하지 않으면 무효가 아니라는 것이 대법원 판단입니다. 그래서 90일 안에 취소를 구하는 것이 기본입니다.

법무법인 윤성 × Lexle

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