불복·환급

퇴사한 회사가 지급명세서를 내지 않아 연말정산 경정청구가 안 되면 환급을 못 받나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.12 갱신

원천징수대상자 경정청구는 회사가 지급명세서를 기한까지 낸 경우를 전제로 합니다. 근로자가 직접 청구할 때도 이 요건은 같고, 회사 폐업이나 요청 거부를 예외로 두는 규정은 비거주자에 관한 것입니다. 회사가 내지 않으면 종합소득세 신고나 기한 후 신고로 환급을 구합니다.

회사를 그만두면서 연말정산을 제대로 받지 못한 분이 많습니다. 퇴사한 회사가 서류를 내지 않았다고 해서 환급받을 길이 막히는 것은 아닙니다. 어떤 경로를 써야 하는지는 회사가 퇴사 때 연말정산을 했는지, 지급명세서를 냈는지에 따라 갈립니다.

이런 상담이 많습니다

D씨는 2025. 8. 31. 다니던 회사를 그만두었고, 회사는 8월 급여를 주면서 본인 공제만 반영해 연말정산을 했습니다. D씨는 2026. 5. 종합소득세 신고 기간을 놓쳤고, 2026. 9. 의료비와 부양가족 공제를 넣어 경정청구를 하려 했더니 근로소득 지급명세서가 제출되지 않아 대상이 아니라는 안내가 나왔습니다. 회사는 담당자가 바뀌었다며 제출을 미루고 있습니다. D씨는 이대로 환급을 못 받는 것인지 물으셨습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

퇴사하면 연말정산은 누가 하나요?

회사는 퇴직하는 달의 급여를 줄 때 그해 1월부터 퇴사일까지의 근로소득으로 연말정산을 해야 합니다. 근로자가 소득·세액공제신고서를 내지 않으면 회사는 본인 기본공제와 표준세액공제만 적용해 정산합니다.

그래서 퇴사자 연말정산에는 부양가족, 의료비, 교육비, 월세 공제가 빠지기 쉽습니다. 연말정산을 받은 근로자는 종합소득세 확정신고를 하지 않아도 되지만, 빠진 공제를 넣어 5월에 직접 신고하거나 뒤에 경정청구를 할 수 있습니다.

회사가 퇴사 때 연말정산을 아예 하지 않았다면 사정이 다릅니다. 이때는 확정신고 면제 규정이 적용되지 않으므로, 다음 연도 5월에 근로자가 직접 종합소득세를 신고해야 합니다.

같은 해에 새 회사로 옮겼다면 전 직장 원천징수영수증을 새 회사에 내 합산 연말정산을 받는 것이 원칙입니다. 합산하지 않은 채 두 곳에서 따로 연말정산을 받았다면 확정신고 면제가 적용되지 않으므로, 이 경우에도 5월 종합소득세 신고로 두 소득을 합쳐야 합니다.

회사가 지급명세서를 안 냈으면 경정청구가 안 되나요?

원천징수대상자의 경정청구는 원천징수의무자가 연말정산 세액을 납부하고 지급명세서를 제출기한까지 낸 경우를 전제로 합니다. 근로소득 지급명세서 제출기한은 다음 연도 3월 10일입니다. 홈택스에서 경정청구 대상이 아니라는 안내가 나오는 것은 대부분 이 요건 때문입니다.

근로자는 회사를 거치지 않고 직접 경정청구를 할 수 있지만, 이 지급명세서 요건은 근로자가 직접 청구할 때도 그대로 적용됩니다. 회사의 부도·폐업이나 회사가 요청에 응하지 않은 경우를 예외로 두는 규정은 비거주자와 외국법인이 직접 청구하는 경우에 관한 것입니다. 국내에 사는 근로자라면 회사가 폐업했다는 이유만으로 지급명세서 요건이 면제되지 않습니다.

경정청구서에 보완할 점이 있으면 세무서는 30일 안의 기간을 정해 보정을 요구할 수 있고, 이 보정 기간은 2개월 처리 기간에 들어가지 않습니다. 원천징수영수증과 공제 증빙을 처음부터 갖춰 내면 처리가 늦어지는 일을 줄일 수 있습니다.

5월 신고를 놓쳤다면 기한 후 신고로 환급받을 수 있나요?

법정신고기한까지 신고하지 않은 사람은 세무서가 결정하기 전까지 기한 후 신고를 할 수 있습니다. 환급세액만 있는 신고라면 무신고가산세는 납부세액에 비율을 곱하는 방식이라 붙지 않고, 세무서는 신고일부터 3개월 안에 결정해 알려야 합니다.

D씨처럼 회사가 연말정산은 했지만 지급명세서를 내지 않은 경우에는 두 경로를 함께 검토합니다. 하나는 회사에 지급명세서 제출을 서면으로 요청해 제출되면 경정청구를 하는 방법이고, 다른 하나는 원천징수영수증과 급여 입금 내역으로 소득을 입증해 종합소득세 기한 후 신고를 하는 방법입니다. 법 문언은 지급명세서를 제출기한까지 낸 경우를 요건으로 하므로, 회사가 늦게 낸 뒤의 경정청구가 받아들여질지는 단정하기 어렵습니다. 두 번째 방법을 함께 준비해 두는 편이 안전합니다.

지급명세서를 안 낸 회사는 어떤 불이익을 받나요?

근로소득 지급명세서를 기한까지 내지 않으면 회사는 지급금액의 1%를 가산세로 내야 하고, 제출기한이 지난 후 3개월 안에 내면 0.5%로 줄어듭니다. 종합소득산출세액이 없는 회사에도 적용됩니다.

D씨의 1~8월 급여가 3,200만원이라면 지급명세서 미제출 가산세는 32만원이고, 2026. 6. 10. 안에 냈다면 16만원이었습니다. 회사로서도 늦게라도 내는 편이 낫다는 점을 설명하면 협조를 얻기 쉽습니다. 2026. 10. 12. 기준 현행 「소득세법」과 「국세기본법」으로 확인한 기준입니다.

퇴사자 연말정산 환급 대응 순서

• 연말정산 여부 확인 - 퇴사 때 받은 근로소득 원천징수영수증에 결정세액과 공제 항목이 어떻게 적혔는지 봅니다.
• 지급명세서 제출 확인 - 홈택스 지급명세서 조회에서 회사 제출 여부를 확인합니다.
• 회사에 서면 요청 - 지급명세서 제출과 경정청구를 문자나 내용증명처럼 기록이 남는 방법으로 요청합니다.
• 경정청구·기한 후 신고 - 지급명세서가 제출되면 경정청구를, 끝내 제출되지 않으면 종합소득세 기한 후 신고를 합니다.
• 2개월 뒤 불복 검토 - 경정청구에 2개월 안에 답이 없거나 거부되면 이의신청·심판청구를 변호사와 검토합니다.

여기까지는 일반 기준이고, 회사가 퇴사 때 연말정산을 했는지와 지급명세서를 냈는지, 회사가 아직 영업 중인지에 따라 환급 경로가 달라집니다. 법무법인 윤성은 근로소득 경정청구와 경정청구 거부에 대한 불복, 원천징수 관련 분쟁을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 퇴사하면 연말정산은 회사가 해 주나요?
  회사는 퇴직하는 달 급여를 줄 때 연말정산을 해야 합니다. 근로자가 공제신고서를 내지 않으면 본인 기본공제와 표준세액공제만 적용되므로 다른 공제는 따로 챙겨야 합니다.
• 홈택스에서 경정청구 대상이 아니라고 나오는 이유는 무엇인가요?
  원천징수대상자 경정청구는 회사가 연말정산 세액을 납부하고 지급명세서를 기한까지 낸 경우를 전제로 합니다. 회사가 지급명세서를 내지 않았다면 이 안내가 나올 수 있습니다.
• 회사가 폐업하거나 협조하지 않으면 지급명세서 없이 경정청구할 수 있나요?
  폐업이나 요청 거부를 예외로 두는 규정은 비거주자·외국법인에 관한 것이어서 국내 근로자에게는 지급명세서 요건이 그대로 적용됩니다. 회사가 끝내 내지 않으면 종합소득세 기한 후 신고로 환급을 구합니다.
• 5월 신고를 놓쳤는데 환급받을 수 있나요?
  세무서가 결정하기 전까지 기한 후 신고를 할 수 있습니다. 환급세액만 있다면 무신고가산세는 붙지 않고, 세무서는 신고일부터 3개월 안에 결정해 알려야 합니다.
• 퇴사자 경정청구는 언제까지 할 수 있나요?
  연말정산세액 납부기한인 다음 연도 3월 10일이 지난 후 5년 안에 할 수 있습니다. 2025년 퇴사분은 2031. 3. 10.까지입니다.
• 지급명세서를 안 낸 회사는 가산세를 내나요?
  지급금액의 1%를 가산세로 내고, 제출기한이 지난 후 3개월 안에 내면 0.5%로 줄어듭니다. 산출세액이 없는 회사에도 적용됩니다.

법무법인 윤성 × Lexle

허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

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