법인세·소득세

의료재단이 해산하며 병원을 다른 재단에 넘기면 법인세가 나오나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.11 갱신

원칙적으로 나오지 않습니다, 의료재단이 해산 후 병원 자산과 채무를 다른 비영리법인에 포괄 출연하면 채무 인수분은 양도로서 청산소득이지만 비영리법인은 청산소득 납세의무가 없습니다. 국세청은 고유목적사업준비금 잔액도 받는 법인이 승계할 수 있다고 회신했고, 다만 주택·비사업용 토지 같은 토지등 양도소득은 과세됩니다. 지금은 넘길 자산 중 주택이나 비사업용 토지가 있는지부터 확인하십시오.

해산하는 비영리법인이 청산소득 법인세를 따로 신고·납부해야 하는 것은 아닙니다. 비영리내국법인은 청산소득에 대한 납세의무가 없습니다. 다만 각 사업연도 소득과 토지등 양도소득은 해산 과정에서도 그대로 따집니다.

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A의료재단은 병원 다섯 곳을 운영하는 비영리 재단법인입니다. 2025년 이사회에서 재단을 해산하고, 대학의 교육협력병원으로 쓰이던 C병원은 대학 부속병원으로, 나머지 네 병원은 다른 의료재단에 자산과 부채를 통째로 넘기기로 결의했습니다. 병원 건물에는 금융기관 대출이 남아 있어 받는 쪽이 채무를 인수하는 조건이었습니다. 재단은 채무 인수 부분이 양도로 보여 법인세가 나오는지, 쌓아 둔 고유목적사업준비금은 어떻게 되는지 물었습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

의료재단이 해산하면서 병원을 채무와 함께 넘기면 법인세가 나오나요?

원칙적으로 나오지 않습니다. 받는 법인이 인수하는 채무에 해당하는 부분은 자산이 유상으로 이전된 부담부증여로서 양도에 해당하고, 해산 후 청산 중의 잔여재산 처분이므로 청산소득에 들어갑니다. 그런데 비영리내국법인은 청산소득에 대한 법인세 납세의무가 없습니다.

법인세법은 내국법인의 과세소득을 각 사업연도의 소득, 청산소득, 토지등 양도소득 세 가지로 나누고, 비영리내국법인은 이 가운데 각 사업연도 소득과 토지등 양도소득에만 법인세를 매깁니다. 그래서 같은 거래라도 청산소득으로 분류되면 비영리법인에게는 과세되지 않습니다.

국세청은 의료재단의 해산 출연을 어떻게 해석했나요?

국세청은 법규법인2013-250(2013. 9. 2.)에서, 의료업을 하는 재단법인이 해산등기 후 청산 과정에서 특정 병원의 자산과 부채를 주무관청 허가를 받아 다른 비영리내국법인에 포괄적으로 출연하면, 채무액 상당 부분의 양도소득은 청산소득이지만 비영리법인은 납세의무가 없다고 회신했습니다. 다만 토지등 양도소득에 해당하는 부분은 법인세를 내야 한다고 덧붙였습니다.

같은 회신은 2011. 1. 1. 이후 사업에 관한 모든 권리와 의무를 다른 비영리내국법인에 포괄적으로 출연하고 해산하면, 해산등기일 현재 고유목적사업준비금 잔액을 받는 법인이 승계할 수 있고 해산하는 법인의 익금에도 넣지 않는다고 보았습니다. 사업이 계속되는 것이므로 준비금을 환입시킬 이유가 없다는 취지입니다. 회신은 질의한 사실관계를 전제로 하므로 출연 방식이나 받는 법인의 성격이 다르면 결론이 달라질 수 있습니다.

그래도 법인세를 내야 하는 경우는 언제인가요?

넘기는 자산에 주택이나 비사업용 토지가 들어 있으면, 비영리법인도 토지등 양도소득에 대한 법인세를 냅니다. 2026. 10. 11. 기준 현행 「법인세법」상 비사업용 토지는 양도소득의 10%, 주택과 별장은 20%를 일반 법인세에 더해 냅니다.

병원 건물과 진료에 쓰는 부지는 대개 이 범위에 들지 않지만, 직원 숙소로 쓰던 주택이나 오래 놀려 둔 토지가 섞여 있으면 따로 계산해야 합니다. 1990. 12. 31. 이전에 취득한 토지는 장부가액과 1991. 1. 1. 현재 평가액 중 큰 금액을 빼고 계산할 수 있습니다.

해산 전, 청산 절차와 무관하게 일반 처분을 했다면 각 사업연도 소득으로 따집니다. 이때 처분일 현재 3년 이상 계속 고유목적사업에 직접 사용한 자산을 판 수입은 수익사업 소득에서 뺍니다.

고유목적사업준비금은 어떻게 처리되나요?

사업에 관한 모든 권리와 의무를 다른 비영리내국법인에 포괄적으로 넘기고 해산하면, 해산등기일 현재 고유목적사업준비금 잔액을 받는 법인이 승계할 수 있습니다. 이렇게 승계한 금액은 해산하는 법인의 익금에 넣지 않습니다.

반대로 포괄적으로 넘기지 않고 일부 자산만 정리한 뒤 해산하거나, 고유목적사업을 전부 폐지하면 준비금 잔액을 익금에 넣어야 합니다. 병원별로 받는 법인이 다르다면 병원 단위로 준비금 잔액을 나누어 정리해 두어야 승계 범위를 설명할 수 있습니다.

의료재단 해산 출연 대응 순서

• 자산·부채 목록 정리 - 병원별로 넘길 자산, 인수시킬 채무, 주택·비사업용 토지 해당 여부를 표로 만듭니다.
• 주무관청 허가와 등기 - 해산과 잔여재산 출연에 필요한 주무관청 허가를 받고, 해산등기일을 확정합니다.
• 준비금 잔액 확정 - 해산등기일 현재 고유목적사업준비금 잔액을 계산해 고유목적사업준비금 조정명세서에 반영하고, 받는 법인별로 승계액을 나눕니다.
• 토지등 양도소득 신고 - 해당 자산이 있으면 법인세 과세표준 및 세액조정계산서의 토지등 양도소득 산출명세서로 신고합니다.
• 경정청구·불복 - 청산소득이나 준비금 환입으로 과세되면 납부고지서를 받은 날부터 90일 안에 심판청구를, 잘못 신고했으면 5년 안에 경정청구를 검토합니다. 이의신청은 선택 절차입니다.

여기까지는 일반 기준이고, 출연받는 법인의 성격과 출연 구조에 따라 받는 쪽의 증여세 문제도 따로 생길 수 있으므로 정관과 허가 서류를 보고 따져야 합니다. 법무법인 윤성은 비영리법인의 법인세 과세와 조세불복을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 비영리법인도 청산소득 법인세를 내나요?
  아니요. 법인세법은 비영리내국법인의 과세소득을 각 사업연도의 소득과 토지등 양도소득으로 한정하므로 청산소득에는 법인세 납세의무가 없습니다. 해산 후 청산 중 잔여재산을 처분해 생긴 이익도 여기에 해당합니다.
• 채무를 인수시키면서 넘기면 양도인가요?
  네. 받는 법인이 넘겨주는 법인의 채무를 인수하면 출연가액 중 그 채무액 상당 부분은 자산을 유상으로 이전한 것으로 보아 양도로 봅니다. 청산 중의 처분이면 청산소득으로 분류되고, 비영리법인은 그 부분에 납세의무가 없습니다.
• 비영리법인이 비사업용 토지를 넘기면 세금이 있나요?
  네. 비영리법인도 토지등 양도소득에 대한 법인세 납세의무가 있어 비사업용 토지는 양도소득의 10%, 주택·별장은 20%를 냅니다. 미등기 자산은 40%입니다. 해산에 따른 출연이라도 이 부분은 따로 신고합니다.
• 고유목적사업준비금을 승계하려면 어떤 요건이 필요한가요?
  사업에 관한 모든 권리와 의무를 다른 비영리내국법인에 포괄적으로 양도하고 해산해야 합니다. 이때 해산등기일 현재 준비금 잔액을 받는 법인이 승계할 수 있고, 해산하는 법인은 그 잔액을 익금에 넣지 않습니다.
• 승계하지 못한 준비금은 어떻게 되나요?
  해산하면서 승계하지 않은 고유목적사업준비금 잔액은 해산 사유가 생긴 날이 속하는 사업연도의 익금에 넣습니다. 고유목적사업을 전부 폐지하거나 5년 안에 쓰지 않은 잔액도 익금에 넣어야 합니다.
• 해산 전에 병원 건물을 팔면 어떻게 되나요?
  해산 전 일반 처분이면 각 사업연도 소득으로 따집니다. 처분일 현재 3년 이상 고유목적사업에 직접 사용한 자산의 처분수입은 수익사업 소득에서 빼고, 10년 이상 사용한 자산은 사용 일수 비율만큼 뺄 수 있습니다.
• 오래전에 산 토지는 양도소득을 어떻게 계산하나요?
  비영리내국법인이 1990. 12. 31. 이전에 취득한 토지등은 양도금액에서 장부가액과 1991. 1. 1. 현재 평가액 중 큰 금액을 빼서 토지등 양도소득을 계산할 수 있습니다. 평가 자료를 미리 준비하십시오.

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허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

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