네, 시설 관리를 위탁받은 회사가 유지보수 용역의 효과와 대가를 부담한다면 매입세액을 공제받을 수 있습니다. 법령이나 계약에 따른 위탁이면 공급받는 자로 볼 수 있습니다. 유지보수 계약서에 직접 이름이 없어도 마찬가지입니다. 반대로 용역을 현장에서 받기만 한 회사라면 공급받는 자가 아니어서 공제가 막힐 수 있습니다.
기한
매입세액 불공제로 부가가치세 납부고지서를 받았다면 받은 날부터 90일 안에 심판청구 등으로 다퉈야 합니다. 세무조사 단계라면 결과통지 전에 계약 구조 자료를 내는 것이 먼저입니다.
네, 시설 관리를 위탁받은 회사가 유지보수 용역의 효과와 대가를 부담한다면 매입세액을 공제받을 수 있습니다. 법령이나 계약에 따른 위탁이면 공급받는 자로 볼 수 있습니다. 유지보수 계약서에 직접 이름이 없어도 마찬가지입니다. 반대로 용역을 현장에서 받기만 한 회사라면 공급받는 자가 아니어서 공제가 막힐 수 있습니다.
계약서에 우리 회사 이름이 없어도 공급받는 자가 될 수 있나요?
네, 공급받는 자는 계약서 명의만으로 정하지 않습니다. 대법원은 계약상 또는 법률상 원인으로 역무를 제공받는 자를 공급받는 자로 봅니다. 이를 가릴 때는 계약 당사자와 내용, 용역이 누구를 위해 제공됐는지, 대가를 누가 지급했는지를 함께 봅니다.
대법원 2016. 5. 12. 선고 2016두30187 판결이 위탁관리 사안입니다. 국가가 철도시설 관리를 철도시설 관리기관에 위탁했고, 유지보수 시행은 철도운영기관이 맡았습니다. 관리기관은 운영기관에서 유지보수비 세금계산서를 받아 매입세액을 공제했습니다. 관리기관과 운영기관 사이에는 선로 사용계약만 있었고 유지보수계약은 없었습니다.
세무서는 이 점을 들어 공제를 부인했고 원심도 같은 판단을 했습니다. 대법원은 유지보수 업무 자체가 국가에서 관리기관에 위탁된 시설관리 업무라고 보았습니다. 용역의 효과가 관리기관에 귀속되고 대가도 관리기관이 지급했다며 원심을 파기환송했습니다.
현장에서 용역을 받기만 한 회사도 공급받는 자인가요?
아니요, 계약관계 없이 용역을 사실상 받기만 한 회사는 공급받는 자로 보기 어렵습니다. 대법원 2006. 12. 22. 선고 2005두1497 판결이 그런 사안입니다. 방송프로그램 제작사가 방송사의 의뢰로 프로그램을 만들면서 미술센터의 미술용역을 받았습니다.
공급받는 자 판단이 갈린 두 대법원 판결
2016두30187 공급받는 자 인정
국가가 시설 관리를 법령에 따라 위탁
유지보수 업무가 위탁 업무에 포함
용역의 효과와 대가가 수탁기관에 귀속
원심 파기환송
2005두1497 공급받는 자 부정
미술용역 계약은 공급자와 방송사 사이
제작사와 공급자 사이 계약관계 없음
제작사는 사실상 수령자에 불과
상고기각
출처 - 대법원 2016. 5. 12. 선고 2016두30187 판결, 대법원 2006. 12. 22. 선고 2005두1497 판결
대법원은 그 미술용역이 미술센터와 방송사 사이의 계약에 따라 방송사를 위해 제공됐다고 보았습니다. 제작사와 미술센터 사이에는 아무런 계약관계가 없었습니다. 그래서 공급받는 자는 방송사이고, 제작사는 용역을 사실상 수령한 자에 불과하다고 판단했습니다.
두 판결의 차이는 용역을 받을 법적 원인이 그 회사에 있었는지입니다. 2016두30187 사안의 관리기관은 법령에 따른 위탁으로 유지보수 책임을 졌습니다. 2005두1497 사안의 제작사는 그런 원인 없이 현장에서 용역을 받았을 뿐입니다. 위탁관리 구조라면 위탁의 근거가 법령인지 계약인지, 유지보수 의무가 누구에게 있는지부터 확인해야 합니다.
공급받는 자가 잘못 적히면 어떤 불이익이 있나요?
받은 쪽은 매입세액을 공제받지 못합니다. 공급받는 자의 등록번호는 세금계산서의 필요적 기재사항이고, 사실과 다르게 적히면 그 매입세액은 공제하지 않습니다. 착오로 일부가 잘못 적혔더라도 나머지 기재사항으로 거래사실이 확인되면 공제하는 예외가 있습니다. 그러나 공급받는 자 자체를 잘못 정한 경우에는 이 예외를 기대하기 어렵습니다.
발급한 쪽도 가산세 부담이 생깁니다. 실제 공급받는 자가 아닌 자의 명의로 세금계산서를 발급하면 공급가액의 2%가 가산세입니다. 그래서 위탁관리 구조에서 누구 앞으로 세금계산서를 발급할지는 공급자와 받는 쪽이 함께 정해야 합니다.
공제가 부인되면 그 매입세액은 공급받는 자로 인정되는 쪽에서 공제받아야 합니다. 위탁자가 국가나 면세사업자라면 그쪽에서도 공제받지 못해 부가가치세가 그대로 비용이 될 수 있습니다.
위탁계약을 맺을 때 무엇을 정해 두어야 하나요?
유지보수 의무가 누구에게 있는지와 대가를 누가 지급하는지를 계약서에 분명히 적어야 합니다. 대법원이 보는 요소가 계약 당사자와 내용, 용역을 받는 주체, 대가 지급관계이기 때문입니다.
스스로 점검해 보기
해당하는 문항이 있으면 그 할 일부터 챙겨 두세요. 혼자 하기 어려우면 변호사에게 맡기세요.
위탁자와 수탁자, 실제 시공업체가 따로 있는 3자 구조라면 단계마다 계약을 맺어 두는 편이 안전합니다. 수탁자가 시공업체와 직접 계약하고 대금도 수탁자 계좌에서 지급하면 공급받는 자 판단이 분명해집니다. 위탁자가 대금을 직접 주는 구조라면 세금계산서도 위탁자 앞으로 받는 것이 자연스럽습니다.
법령이 관리 위탁을 정하고 있다면 그 근거 조문을 계약서에 함께 적어 둡니다. 2016두30187 사안처럼 별도 유지보수계약이 없어도 법령상 위탁이 공급받는 자 판단의 근거가 될 수 있기 때문입니다. 위탁 범위에 유지보수가 들어가는지도 조문 문언으로 확인해 둡니다. 위탁 범위 밖의 공사라면 같은 결론을 기대하기 어렵습니다.
위탁관리 유지보수비 매입세액 대응 순서
위탁 근거 확인 - 위탁의 근거가 법령인지 계약인지, 유지보수 의무가 누구에게 있는지 정리합니다.
대가 흐름 대조 - 유지보수 대금을 실제로 누가 지급했는지 계좌와 정산서로 확인합니다.
세금계산서 점검 - 공급받는 자 등록번호가 실제 공급받는 자와 맞는지 확인합니다.
조사 단계 소명 - 공제가 부인될 조짐이 있으면 결과통지 전에 계약 구조와 대가 지급 자료를 냅니다.
불복 검토 - 고지를 받았다면 90일 안에 공급받는 자 판단을 다투는 심판청구 등을 검토합니다.
여기까지는 일반 기준이고, 위탁의 법적 근거와 대가 지급 구조에 따라 매입세액 공제 여부가 달라집니다. 법무법인 윤성은 위탁·수탁 거래의 부가가치세 매입세액 공제 검토와 불복을 수행합니다.
실무상 착안점
매입세액 공제 다툼에서 세무서는 계약서 명의부터 봅니다. 계약서에 이름이 없으면 일단 공제를 부인하고, 납세자가 다른 사정을 증명해야 하는 구조가 됩니다. 위탁관리처럼 당사자가 셋 이상인 거래라면 처음부터 대가 흐름과 계약 당사자를 맞춰 두는 편이 낫습니다.
공제가 부인되면 공급자도 수정세금계산서 발급과 가산세 문제를 함께 안게 됩니다. 거래처와 미리 발급 명의를 합의해 두어야 분쟁이 두 갈래로 번지지 않습니다. 합의 내용은 계약서 특약으로 남겨 두는 편이 좋습니다.
— 허진영 변호사 · 세금
관련 수행 이력
법무법인 윤성은 위탁·수탁 구조에서 공급받는 자 판단과 매입세액 공제 검토를 수행해 왔습니다. 계약 구조와 대가 흐름 자료를 맞춰 세무조사와 조세심판에 대응합니다.
부가가치세 매입세액 공제 검토
세금계산서 발급 구조 자문
부가가치세 세무조사 대응
조세심판·행정소송
이 상황에서 자주 묻는 것
수탁 회사가 공급받는 자로 인정되면 수탁 회사의 과세사업과 관련된 범위에서 공제됩니다. 2016두30187 사안도 국가의 위탁을 받은 관리기관의 공제가 쟁점이었습니다.
네, 공제가 부인된 만큼 납부할 세액이 늘어 과소신고가산세 10%가 붙을 수 있습니다. 덜 낸 기간에 대한 납부지연가산세도 날짜 수에 따라 따로 계산됩니다.
아니요, 필요적 기재사항 일부가 착오로 잘못 적힌 경우입니다. 나머지 필요적·임의적 기재사항으로 거래사실이 확인되면 매입세액을 공제받을 수 있습니다.
실제 공급받는 자가 아닌 자의 명의로 세금계산서를 발급하면 공급가액의 2%가 가산세입니다. 필요적 기재사항을 착오·과실로 잘못 적은 경우는 1%입니다.
대가를 지급한 위탁자가 공급받는 자로 판단될 가능성이 커집니다. 대법원은 대가 지급관계를 계약 당사자, 용역의 수혜자와 함께 판단 요소로 봅니다.
아니요, 부가가치세 매입세액은 원칙적으로 손금이 아닙니다. 손금 예외는 면세 관련, 비영업용 소형승용차 관련 매입세액 등으로 한정됩니다. 세금계산서 하자로 공제받지 못한 매입세액은 손금에 넣기 어렵습니다.
법무법인 윤성 × Lexle
허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록
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