세무조사

양도세 조사를 이미 받은 연도를 감사 지적이나 탈세제보로 다시 조사할 수 있나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.12 갱신

같은 세목·같은 과세기간의 재조사는 명백한 탈루 자료 등 법이 정한 경우에만 허용되고, 내부 감사 지적이나 구체적인 탈세제보만으로는 부족하다는 것이 대법원 판례입니다. 종전 조사에서 확보한 자료는 재조사 근거가 되지 못하며, 금지된 재조사에 기초한 과세처분은 그 자체로 위법합니다. 재조사 통지를 받으면 종전 조사 범위와 새 자료의 유무부터 확인하십시오.

세무조사는 같은 세목, 같은 과세기간에 대해 한 번 받는 것이 원칙입니다. 그런데 몇 년 뒤 국세청 내부 감사에서 처리가 잘못됐다는 지적이 나오거나, 누군가 탈세제보를 하면 같은 연도의 양도소득세를 다시 조사하겠다는 통지가 올 수 있습니다. 이런 재조사가 언제 허용되고 언제 위법한지는 법령과 대법원 판례가 꽤 분명하게 선을 그어 두었습니다.

이런 상담이 많습니다

F씨는 2022년에 판 상가 건물에 대해 2024. 5. 양도소득세 세무조사를 받고 필요경비 일부를 추징당한 뒤 세금을 모두 냈습니다. 그런데 2026. 9. 같은 2022년 귀속 양도소득세에 대해 다시 세무조사 사전통지서가 왔습니다. 조사 사유에는 법 조항만 적혀 있었고, 담당자는 내부 감사에서 당시 조사가 부실했다는 지적이 있었다고만 설명했습니다. F씨는 같은 연도를 두 번 조사하는 것이 허용되는지, 그대로 응해야 하는지 물으셨습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

같은 연도의 양도세를 다시 조사할 수 있는 경우는?

같은 세목과 같은 과세기간에 대한 재조사는 법이 정한 경우에만 허용됩니다.

• 조세탈루의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우
• 거래상대방에 대한 조사가 필요한 경우
• 2개 이상의 과세기간과 관련해 잘못이 있는 경우
• 불복 재조사 결정에 따라 조사하는 경우(결정서 주문에 적힌 범위로 한정)
• 납세자가 세무공무원에게 금품을 제공하거나 알선한 경우
• 부분조사를 한 뒤 그 조사에 포함되지 않은 부분을 조사하는 경우
• 부동산투기 등에 대한 일제조사, 다른 기관이 직무상 작성·취득해 넘긴 자료의 처리, 국세환급금 확인조사, 조세범칙 혐의의 명백한 자료가 있는 경우

「감사 지적」이나 「탈세제보」는 이 목록에 따로 없습니다. 상급기관의 지시나 언론 보도도 마찬가지로 재조사의 동기일 뿐 그 자체로 사유가 되지는 않습니다. 결국 그 감사 결과나 제보가 첫 번째 사유인 「명백한 자료」에 해당하는지가 쟁점이 됩니다.

내부 감사에서 지적됐다는 이유만으로 재조사가 되나요?

되지 않습니다. 대법원은 「명백한 자료」를 탈루 사실에 대한 개연성이 객관성과 합리성 있는 자료로 상당한 정도로 인정되는 경우로 한정하고, 종전 세무조사에서 이미 조사된 자료는 여기에 포함되지 않는다고 했습니다. 내부감사 결과 국세청장이 재조사를 지시한 사건에서도 재조사가 허용되는 예외에 해당하지 않는다고 보았습니다.

감사 과정에서 종전 조사 자료를 다시 검토하며 질문하고 사실을 확인한 것이 「과세자료 처리를 위한 재조사」로 허용되느냐도 다투어졌습니다. 대법원은 그 「과세자료」는 과세관청 외의 기관이 직무상 작성하거나 취득해 넘긴 자료를 뜻하고, 과세관청이 종전 조사에서 작성하거나 취득한 자료는 포함되지 않는다고 했습니다.

국세청도 감사지적에 따른 재조사는 명백한 자료가 새로 발견된 경우에만 가능하고 기존 조사 때 확보한 자료는 판단 기준에서 뺀다는 기준을 두고 있습니다. F씨 사례처럼 새 자료 없이 감사 지적만 있다면 재조사 금지에 해당할 가능성이 큽니다.

탈세제보가 구체적이면 재조사가 되나요?

제보가 구체적이라는 사정만으로는 부족합니다. 대법원은 탈세제보가 객관성과 합리성 있는 자료로 뒷받침되어 탈루의 개연성이 상당한 정도로 인정되어야 재조사가 허용된다고 했습니다. 국세청도 익명 제보처럼 출처가 불분명하거나 당초 납세자에 대한 제보가 아니라면 신뢰성 있는 추가자료가 필요하다고 봅니다.

다만 그 사건 자체는 전직 대표이사가 통장 사본과 계좌번호 같은 관련 서류를 붙여 제보했고 제보 내용이 실제로 상당 부분 확인되어, 재조사가 적법하다고 본 사례입니다. 제보에 객관적인 자료가 붙어 있으면 재조사가 허용될 수 있다는 점도 함께 보아야 합니다.

반대로 검찰이 수사 중 확보한 종전 조사와 다른 과세자료의 진위를 확인해 달라고 요청한 경우처럼, 다른 기관이 넘긴 자료를 처리하기 위한 조사는 재조사 예외에 해당할 수 있습니다. 제보의 내용보다 어떤 자료가 새로 생겼는지를 먼저 따져야 하는 이유입니다.

통지서의 조사 사유만 보고 재조사 계기를 알기는 어렵습니다. 국세청은 사전통지서 조사 사유란에 선정 사유에 해당하는 법 조항만 적고, 구체적인 탈세제보로 선정한 경우에도 제보자 신원 보호를 위해 「신고 내용에 탈루나 오류의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우」로 적도록 하고 있습니다. 통지서 문구가 「명백한 자료」라고 해서 실제로 새 자료가 있다는 뜻은 아니므로, 재조사라면 그 자료가 무엇인지 따로 물어야 합니다.

위법한 재조사로 나온 세금은 어떻게 되나요?

대법원은 금지되는 재조사에 기초한 과세처분은 그 자체로 위법하다고 했습니다. 과세관청이 재조사로 얻은 자료를 처분 근거로 쓰지 않았다거나, 그 자료를 빼고도 같은 처분이 가능했다고 해도 마찬가지라는 것입니다. 이 판결은 양도소득세 사건에서 나왔습니다.

국세청 기준으로도 납세자가 종전 사전통지서 같은 서류를 내며 중복조사라고 주장하면 조사를 일시 중지하고 중복 여부를 검토하며, 중복조사로 확인되면 납세자보호담당관과 협의해 필요한 조치를 하도록 되어 있습니다. 부분조사만 받은 연도도 원칙적으로 같은 보호를 받지만, 당시 조사에 포함되지 않은 부분은 다시 조사할 수 있다는 점은 구분해야 합니다.

재조사 통지를 받았을 때 대응 순서

• 종전 조사 범위 확인 - 종전 사전통지서와 결과통지서로 세목, 과세기간, 전부조사인지 부분조사인지 확인합니다.
• 재조사 사유 확인 - 새 통지서의 조사 사유를 보고, 어떤 새 자료가 있는지 서면으로 설명을 요청합니다.
• 중복조사 의견 제출 - 겹친다면 종전 통지서 사본을 붙여 조사 일시 중지와 중복 여부 검토를 요청합니다.
• 권리보호 요청 - 조사팀이 계속 진행하면 납세자보호담당관에게 권리보호를 요청합니다.
• 불복 단계 다툼 - 그래도 과세되면 결과통지 후 30일 안에 과세전적부심사를, 고지 후 90일 안에 심판청구를 하며 재조사 위법을 주장합니다.

여기까지는 일반 기준이고, 재조사가 허용되는지는 새로 생긴 자료의 출처와 내용, 종전 조사의 범위에 따라 달라집니다. 법무법인 윤성은 중복조사 다툼을 포함한 세무조사 절차 대응과 조세불복을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 같은 연도 양도세를 두 번 조사받을 수 있나요?
  원칙적으로 같은 세목·같은 과세기간의 재조사는 금지됩니다. 명백한 탈루 자료가 있거나 거래상대방 조사가 필요한 경우, 불복 재조사 결정, 부분조사에 포함되지 않은 부분 조사처럼 법이 정한 경우에만 예외적으로 허용됩니다.
• 국세청 감사에서 지적받았다면 다시 조사할 수 있나요?
  감사 지적만으로는 부족합니다. 대법원은 종전 조사에서 이미 조사된 자료는 명백한 자료에 포함되지 않는다고 보았고, 내부감사 뒤 재조사를 지시한 사건에서도 재조사 예외에 해당하지 않는다고 판단했습니다.
• 누가 탈세제보를 했으면 재조사가 되나요?
  제보가 구체적이라는 것만으로는 안 되고, 객관성과 합리성 있는 자료로 뒷받침되어 탈루 개연성이 상당한 정도로 인정되어야 합니다. 익명 제보라면 신뢰할 만한 추가자료가 있는지가 쟁점이 됩니다.
• 재조사 자료를 안 쓰고 과세했다면 괜찮은가요?
  대법원은 금지되는 재조사에 기초한 과세처분은 그 자체로 위법하고, 재조사로 얻은 자료를 근거로 삼지 않았거나 그 자료 없이도 같은 처분이 가능했어도 마찬가지라고 했습니다. 양도소득세 사건에서 나온 판결입니다.
• 부분조사만 받았던 연도는 다시 조사할 수 있나요?
  부분조사를 받은 연도도 그 조사 범위에 대해서는 재조사가 금지됩니다. 다만 법은 부분조사 뒤 그 조사에 포함되지 않은 부분을 조사하는 것은 허용하므로, 종전 조사가 어떤 항목을 대상으로 했는지 확인해야 합니다.
• 중복조사라고 생각되면 언제 말해야 하나요?
  조사 시작 전이나 시작 직후에 종전 통지서를 붙여 서면으로 주장하는 것이 좋습니다. 국세청 기준으로도 이런 주장이 있으면 조사를 일시 중지하고 중복 여부를 검토하며, 이후 과세되면 과세전적부심사와 심판청구에서 다툴 수 있습니다.

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허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

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