세무조사

양도세 세무조사 때 내지 못한 증빙, 과세전적부심사나 심판청구에서 내도 되나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.12 갱신

조사 기간에 내지 못한 증빙도 과세전적부심사, 이의신청, 심판청구, 행정소송에서 낼 수 있습니다. 다만 세무서는 조사 당시 받은 확인서·진술서와 대조해 늦게 나온 증빙의 신빙성을 따지므로, 조사 막바지 추가 증빙 요구서에 미제출 사유를 정확히 남겨 두는 것이 중요합니다. 결과통지 후 30일, 고지 후 90일 기한 안에 새 증빙과 찾은 경위를 함께 내십시오.

조사 기간에 증빙을 내지 못했다고 해서 그 뒤 절차에서 낼 길이 막히지는 않습니다. 과세전적부심사, 이의신청, 심판청구, 행정소송 모두 새 증빙을 낼 수 있습니다. 문제는 늦게 낸 증빙을 얼마나 믿어 주느냐이고, 그 판단은 조사 단계에서 남긴 기록에 크게 좌우됩니다. 특히 거래 대금 일부를 현금으로 주고받았거나 오래전 거래라 서류가 흩어진 경우에 이 차이가 큽니다.

이런 상담이 많습니다

A씨는 2026. 6. 상가 건물 양도분에 대해 양도소득세 세무조사를 받았습니다. 취득가액을 6억원으로 신고했는데 전 소유자는 같은 거래의 양도가액을 4억 5천만원으로 신고해 두었고, 차액 1억 5천만원은 현금으로 건넸다는 것이 A씨의 설명이었습니다. 조사 막바지인 2026. 9. 21. A씨는 제출한 증빙과 내지 못한 증빙이 표로 적힌 요구서를 받았습니다. 현금 지급 당시 받은 영수증은 아직 찾지 못했습니다. A씨는 나중에 영수증을 찾으면 과세전적부심사나 심판청구에서 내도 되는지, 지금 무엇을 해 두어야 하는지 물으셨습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

조사 막바지에 받는 추가 증빙 요구서는 무엇인가요?

국세청 지침은 양도소득세 조사를 마치기 전에 「추가 증빙 및 의견 제출 요구서」를 보내도록 하고 있습니다. 쟁점별로 세무서가 요구한 증빙, 납세자가 낸 증빙, 내지 않은 증빙을 나눠 적고, 정해진 기한까지 추가로 낼 증빙이나 의견을 회신하라는 문서입니다.

요구서에는 질문에 거짓으로 진술하거나 허위 증빙을 내면 5천만원 이하의 과태료가 부과될 수 있다는 안내도 들어 있습니다. 이 문서와 회신서는 나중에 불복 단계에서 「조사 당시 무엇을 냈고 무엇을 내지 않았는지」를 보여 주는 기록이 됩니다. 회신서에는 추가 증빙과 함께 미제출 사유와 추가 의견을 적는 칸이 따로 있습니다. 이 칸을 비워 두면 세무서는 증빙이 원래 없었던 것으로 정리하기 쉽고, 몇 달 뒤 같은 증빙을 내면 왜 그때는 말하지 않았는지부터 설명해야 합니다.

조사 때 내지 않은 증빙도 불복 단계에서 받아 주나요?

받아 줍니다. 과세전적부심사와 이의신청·심판청구는 사실관계를 다시 따지는 절차이고, 행정소송에서도 변론이 끝나기 전까지 증거를 낼 수 있습니다. 조사 때 내지 않았다는 이유만으로 증빙을 배척하는 규정은 없습니다.

다만 증명 책임의 무게가 달라집니다. 대법원은 과세관청이 처분의 적법성을 합리적으로 수긍할 만한 정도로 입증하면 그와 상반되는 주장과 입증 책임은 납세자에게 돌아간다고 보았습니다. 그 사건에서는 세무조사 당시 근거와 증빙을 제시하지 못하고 확인서까지 낸 사정이 중요하게 다뤄졌습니다.

세무서는 늦게 낸 증빙을 어떻게 검증하나요?

국세청은 납세자가 자료 제출 요구에 응하지 않으면 요구한 자료, 요구한 날짜, 내지 못한 사유를 문답 형식의 진술서로 남기도록 하고 있습니다. 거래 상대방의 진술서도 함께 받아 두고, 불복 단계에서 새 증빙이 나오면 이 기록과 대조해 신빙성을 따집니다.

• 조사 당시 진술과 맞는지: 「영수증은 없다」고 답했는데 나중에 영수증이 나오면 작성 경위부터 묻습니다.
• 작성 시점이 맞는지: 중개사무소 영수증의 상호가 거래 당시 상호와 같은지, 계약서 양식이 그 시기 것인지 봅니다.
• 문서 자체가 진정한지: 허위 작성이 의심되면 문서감정을 의뢰합니다.

거짓 증빙을 만들어 내는 것은 조세포탈의 부정행위 유형으로 법에 적혀 있습니다. 늦게 찾은 증빙이 진짜라면 찾게 된 경위를 함께 설명하는 것이 가장 확실합니다.

조사 단계에서 무엇을 남겨야 나중에 도움이 되나요?

확인서 문구가 가장 오래 남습니다. 대법원은 조사 과정에서 받은 확인서가 강제로 작성되었거나 내용이 미비해 입증자료로 삼기 어렵다는 특별한 사정이 없으면 그 증거가치를 쉽게 부인할 수 없다고 했습니다. 확인서에 「증빙이 없다」가 아니라 「현재 찾는 중이며 ○○에게 재발급을 요청했다」처럼 사실대로 적히게 하는 것이 중요합니다.

추가 증빙 요구서에 회신할 때도 같습니다. 낼 수 없는 증빙은 없는 이유와 확보 계획을 적고, 회신서 사본과 발송 기록을 보관합니다.

계좌 기록이 없는 현금 거래는 무엇으로 보완하나요?

현금으로 오간 대금은 영수증 한 장으로 끝나지 않습니다. 국세청 기준으로는 거래 상대방과 중개인을 직접 면담해 거래 경위, 대금 지급 방법, 자금 원천을 확인하고, 전화로만 확인한 내용은 증거력이 약하다고 봅니다. 근저당권자나 가압류권자를 통해 당시 채무 변제 금액을 확인하고, 근저당 채권액과 계약서 금액을 비교하는 것도 검토 항목입니다.

납세자 쪽에서도 같은 방향으로 자료를 모읍니다. 현금을 마련한 출금 기록, 같은 날 상대방 계좌에 들어간 입금 기록, 잔금일 전후의 대출 상환 내역, 중개인이 작성한 확인서가 서로 맞물리면 영수증이 없더라도 거래 사실을 설명할 수 있습니다. 반대로 출금 기록과 지급일이 맞지 않으면 영수증이 있어도 신빙성이 떨어집니다.

실지거래가액은 시세가 아니라 실제로 주고받은 대금이라는 점도 기억해 둘 만합니다. 시세보다 높게 산 사정이 있다면 그 사정을 보여 주는 자료가 금액을 뒷받침합니다.

추가 증빙 제출 대응 순서

• 요구서 대조 - 요구서의 쟁점별 「미제출 증빙」 칸을 내 기록과 맞춰 보고 잘못 적힌 것이 있으면 회신서에 바로잡습니다.
• 미제출 사유 기록 - 지금 낼 수 없는 증빙은 사유, 재발급 요청처, 예상 시기를 적어 기한 안에 회신합니다.
• 증빙 확보 - 은행 거래내역, 중개사무소·시공업체 재발급, 거래 상대방 확인서를 차례로 받습니다.
• 과세전적부심사 검토 - 결과통지를 받은 날부터 30일 안에 새 증빙과 찾은 경위를 붙여 청구합니다.
• 이의신청·심판청구 - 고지를 받은 뒤에는 90일 안에 청구하고, 조사 당시 기록과 새 증빙의 관계를 서면으로 설명합니다.

여기까지는 일반 기준이고, 늦게 낸 증빙이 받아들여질지는 조사 당시 확인서·진술서 내용과 증빙을 찾게 된 경위에 따라 달라집니다. 법무법인 윤성은 양도소득세 조사 단계의 소명과 과세전적부심사·조세심판 청구를 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 조사 때 안 낸 증빙을 심판청구에서 내면 불이익이 있나요?
  제출 자체를 막는 규정은 없고 심판청구에서도 새 증빙을 낼 수 있습니다. 다만 조사 당시 증빙이 없다고 한 기록이 있으면 늦게 나온 경위를 설명해야 하므로, 찾게 된 경위와 발급처 확인 자료를 함께 내는 것이 좋습니다.
• 추가 증빙 요구서 기한을 넘기면 어떻게 되나요?
  기한 안에 회신이 없으면 조사 당시 제출한 자료만으로 결과가 정리될 수 있습니다. 증빙을 다 모으지 못했더라도 기한 안에 미제출 사유와 확보 계획을 적어 회신해 두면 나중에 낸 증빙과의 연결이 분명해집니다.
• 과세전적부심사에서 새 증빙을 내도 되나요?
  됩니다. 결과통지나 과세예고통지를 받은 날부터 30일 안에 청구하면서 새 증빙과 의견을 낼 수 있고, 청구를 받은 쪽은 30일 안에 결과를 알려야 합니다. 고지 전에 다툴 수 있는 단계라 증빙이 있다면 먼저 검토할 만합니다.
• 확인서에 증빙이 없다고 썼다면 끝인가요?
  확인서는 강제로 작성되었거나 내용이 미비하다는 특별한 사정이 없으면 증거가치를 쉽게 부인할 수 없다는 것이 대법원 입장입니다. 그래도 새 증빙의 진정성과 확인서 작성 경위를 함께 설명하면 다툴 여지는 남습니다.
• 나중에 증빙을 새로 만들어 내면 어떻게 되나요?
  거짓 증빙이나 거짓 문서의 작성은 조세포탈의 부정행위 유형으로 법에 정해져 있고, 세무서는 의심되면 문서감정을 의뢰합니다. 사후에 만든 문서는 과세를 막기는커녕 범칙조사로 이어질 수 있으니 실제로 있던 자료만 냅니다.
• 고지서를 받은 뒤에도 증빙을 낼 수 있나요?
  납부고지를 받은 날부터 90일 안에 이의신청, 심사청구, 심판청구 중 하나를 청구하면서 낼 수 있습니다. 이 기간이 지나면 처분을 다투기 어려워지므로 증빙 확보가 늦어지더라도 청구서는 기한 안에 먼저 내야 합니다.

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