세무조사

세무조사에서 확인서에 서명하라고 하면 어떻게 해야 하나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.12 갱신

확인서는 서명하는 순간 과세의 유력한 증거가 되므로, 문구를 끝까지 읽고 사실과 다르거나 모르는 부분은 고치거나 빼 달라고 요청한 뒤 서명하는 것이 원칙입니다. 대법원은 확인서가 의사에 반해 강제로 작성되었거나 내용이 미비해 구체적 사실의 입증자료로 삼기 어렵다는 특별한 사정이 없으면 그 증거가치를 쉽게 부인할 수 없다고 봅니다. 서명 전에는 변호사나 세무사의 검토를 받을 시간을 요청하고, 내 설명은 별도의 소명서로 남기십시오.

확인서에 서명했다고 모든 것이 끝나는 것은 아닙니다. 확인서가 구체적인 사실을 담지 못했거나, 다른 증거와 맞지 않거나, 불이익을 두려워해 작성된 사정이 드러나면 증거가치가 낮아집니다. 다만 그 사정을 뒤에 증명하는 일은 서명 전에 문구를 고치는 일보다 훨씬 어렵습니다.

이런 상담이 많습니다

C씨는 2021년 다가구주택을 팔고 양도소득세를 신고했는데, 2026년 세무조사에서 매수인이 실제로는 신고가액보다 1억 2천만원을 더 주었다고 진술했다는 말을 들었습니다. 조사관은 「매매대금 일부를 현금으로 받아 신고에서 뺐다」는 문장이 적힌 확인서를 내밀며 서명하면 조사가 빨리 끝난다고 했습니다. C씨는 현금 일부를 받은 것은 맞지만 그 돈은 집에 두고 간 가구와 가전 값이었다고 기억하고 있습니다. C씨는 서명을 해야 하는지, 서명하면 나중에 다툴 수 없는지 물어 왔습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

확인서에 서명하면 어떤 효력이 생기나요?

확인서는 납세자가 특정 사실을 인정한다는 문서이고, 과세처분의 유력한 증거로 쓰입니다. 대법원 2002. 12. 6. 선고 2001두2560 판결은 세무조사 과정에서 납세자가 일정한 거래가 가공거래임을 자인하는 확인서를 작성했다면, 그 확인서가 작성자의 의사에 반해 강제로 작성되었거나 내용이 미비해 구체적인 사실의 입증자료로 삼기 어렵다는 등의 특별한 사정이 없는 한 증거가치를 쉽게 부인할 수 없다고 했습니다.

입증책임에도 영향을 줍니다. 대법원 1984. 7. 24. 선고 84누124 판결은 과세관청이 처분의 적법성을 합리적으로 수긍할 수 있을 정도로 일응 입증하면 그와 상반되는 주장과 입증은 납세자에게 돌아간다고 하면서, 세무조사 당시 근거와 증빙을 제시하지 못하고 확인서까지 낸 이상 처분의 위법 사유는 납세자가 입증해야 한다고 보았습니다. 확인서 한 장이 소송에서 누가 무엇을 증명해야 하는지를 바꾸는 셈입니다.

확인서 한 장만으로 과세하는 것을 경계하는 장치도 국세청 기준에 있습니다. 국세청은 일정 규모 이상의 양도소득세 조사에서 단순한 확인서나 금융증빙만으로 과세하는 것을 지양하고 거래 사실에 대한 직접 증거와 간접 정황 증거를 최대한 수집하라고 관리자에게 지시하도록 정합니다. 확인서 외에 어떤 증거가 있는지 묻는 것은 납세자 쪽에서도 정당한 질문입니다.

국세청은 확인서를 어떻게 받으라고 정하고 있나요?

국세청은 확인서를 육하원칙에 따라 상세히 받으라고 하고, 금융계좌는 사용 용도와 거래 건별 입출금 사유를 묻는 문답형 확인서를 받으라고 정합니다. 적출 항목에 대해서는 납세자 확인서 이외의 증거자료를 반드시 수집·기록하라고 하면서, 형사상 또는 세무처리상 불이익을 두려워한 나머지 작성한 확인서는 증거자료로 사용할 수 없다는 점도 명기하고 있습니다.

국세청은 납세자가 요구 자료를 내지 못하면 요구한 자료명, 요구일자, 제출하지 못하는 사유를 문답형 진술서로 기록하라고 합니다. 진술 번복을 막으려고 거래상대방에게서도 진술서를 받고, 미제출 사유를 다양하게 물어 나중에 증빙을 만들어 낼 가능성을 차단하라고 정합니다. 이 진술서는 불복 단계에서 납세자가 새로 낸 증빙이 믿을 만한지 판단하는 데 쓰입니다.

서명 전에 무엇을 확인해야 하나요?

첫째, 문장의 주어와 대상이 정확한지 봅니다. 「현금을 받았다」와 「양도대금을 현금으로 받아 신고에서 뺐다」는 전혀 다른 사실입니다. 둘째, 금액과 날짜가 기록으로 확인되는 것인지, 기억에 의존한 추정인지 구분합니다. 추정이라면 「정확한 금액은 확인되지 않는다」는 문구를 넣어 달라고 요청합니다. 셋째, 평가가 섞인 표현을 걸러 냅니다. 「탈루」「누락」「가공」처럼 법적 판단을 담은 단어는 사실관계만 적은 문장으로 바꿔 달라고 할 수 있습니다.

넷째, 내가 모르는 사실을 인정하는 문장이 있는지 확인합니다. 회사 회계나 배우자 거래처럼 본인이 직접 알지 못하는 내용은 「모른다」 또는 「확인 후 답변하겠다」로 적는 것이 맞습니다. 다섯째, 서명 후 사본을 받습니다. 국세청은 납세자와 세무대리인이 요청하면 본인이 참여해 작성한 확인서·문답서를 제공하도록 하고 있고, 국세기본법도 납세자의 권리 행사에 필요한 정보를 신속하게 제공하도록 정합니다.

금융계좌에 관한 확인서는 특히 꼼꼼히 보아야 합니다. 국세청은 금융계좌에 대해서는 사용 용도와 거래 건별 입출금 사유를 묻는 문답형 확인서를 받으라고 정합니다. 수십 건의 입출금 사유를 그 자리에서 기억으로 답하면 틀리기 쉽고, 틀린 답이 그대로 확인서에 남습니다. 조사팀이 문제 삼는 계좌가 정해지면 미리 거래 내역을 출력해 건별로 상대방과 사유를 메모해 두고, 모르는 거래는 확인 후 서면으로 답하겠다고 하는 편이 정확합니다.

다른 사람 조사에서 참고인 확인서를 요청받으면요?

거래상대방이나 지인의 세무조사와 관련해 확인서를 써 달라는 요청을 받는 경우도 있습니다. 국세청은 납세자와 직접 거래가 없는 제3자인 인우보증인이나 참고인은 세무공무원의 질문·조사권 대상에 해당하지 않는다고 정리하고, 그들이 제출하는 확인서 등은 협조 차원에서 받도록 하며 무리한 자료 제출 요구나 과태료 안내를 하지 말라고 정합니다. 이 기준은 추후 변동될 수 있습니다.

다만 매수인, 매도인, 중개인처럼 조사대상 거래의 직접 당사자라면 사정이 다릅니다. 국세청은 양도가액 누락 혐의를 조사할 때 거래상대방에 대한 사실관계 확인을 정황증거로 확보하라고 하고, 진술 번복을 막으려고 거래상대방에게서도 진술서를 받으라고 정합니다. 거래 당사자로서 확인서를 요청받았다면 본인에게도 세금 문제가 생길 수 있는지 먼저 따져 보아야 합니다. 예를 들어 매수인이 실제 매매대금이 더 컸다고 확인하면, 매도인의 양도소득세뿐 아니라 매수인 자신의 취득가액과 향후 양도소득세 계산에도 영향을 줍니다.

참고인 확인서도 내용이 정확해야 하는 것은 같습니다. 기억이 분명하지 않은 금액이나 날짜를 단정해 적으면 나중에 다른 자료와 어긋날 때 본인 진술의 신빙성까지 떨어집니다. 확인서에는 직접 보고 겪은 사실만 적고, 추측은 추측이라고 밝혀 두십시오.

서명을 거부하면 불이익이 있나요?

확인서 서명 자체를 강제하는 조항은 국세기본법에서 찾기 어렵습니다. 다만 납세자는 세무공무원의 적법한 질문·조사와 제출명령에 성실하게 협력해야 하고, 질문에 거짓으로 진술하거나 직무집행을 거부·기피하면 5천만원 이하의 과태료가 부과될 수 있습니다. 그래서 무조건 서명을 거부하기보다, 사실과 맞는 부분과 다른 부분을 나누어 진술하고 다른 부분의 수정을 요청하는 방식이 안전합니다.

서명하지 않으면 조사팀은 그 경위와 사유를 문답서나 진술서로 기록하는 경우가 많습니다. 이때 「사실과 다른 문장의 수정을 요청했으나 반영되지 않았다」는 취지가 함께 적히도록 요청해 두면, 나중에 서명하지 않은 이유를 설명하는 자료가 됩니다.

이미 서명했다면 다툴 방법이 있나요?

있습니다. 대법원 2003. 6. 24. 선고 2001두7770 판결은 납세자가 매출누락을 자인하는 확인서를 냈더라도 매출 사실의 구체적 내용이 들어 있지 않아 증거가치를 쉽게 부인할 수 없을 정도의 신빙성이 인정되지 않는다면, 그 확인서는 장부나 증빙을 대신하는 자료가 될 수 없다고 보고 원심을 일부 파기했습니다. 확인서의 내용이 추상적이거나 다른 객관적 자료와 맞지 않는다면 그 점을 구체적으로 짚어야 합니다.

시기도 중요합니다. 조사 진행 중이라면 즉시 정정 소명서를 내고, 국세청이 운영하는 과장 면담 제도를 통해 조사팀장 위의 관리자에게 직접 설명할 기회를 요청할 수 있습니다. 조사가 끝나 결과통지를 받았다면 30일 안에 과세전적부심사를 청구해 확인서 작성 경위와 반대 증거를 제출합니다. 강압이나 회유가 있었다면 그 일시와 발언을 바로 메모해 두고, 납세자보호담당관에게 권리보호요청을 하는 것도 방법입니다.

조사 자리에 제3자가 함께 있는 것도 도움이 됩니다. 2026년 2월 27일 시행된 국세기본법 시행령 개정으로 세무서·지방청 납세자보호담당관의 세무조사 참관 대상이 일정 규모 이하 사업자에서 「납세자의 요청」이 있는 경우로 넓어졌습니다. 다만 국세청 훈령인 납세자보호사무처리규정은 아직 재산제세 조사를 참관 신청 대상에서 빼고 수입금액 기준을 두고 있으므로, 상속·증여·양도 조사라면 신청 전에 현재 운영 기준을 확인하십시오. 확인서나 문답서 작성이 예정된 날에 참관을 요청해 두면 작성 경위가 더 투명하게 남습니다. 변호사나 세무사를 참여시키는 것과 함께 쓸 수 있는 방법입니다.

조사팀과 사실 판단이 엇갈리는 쟁점이라면 국세청이 운영하는 과세사실판단자문 절차도 검토할 만합니다. 국세청은 중간설명이나 소명 과정에서 납세자가 검토 결과에 이의가 있으면 자문위원회 조기 회부 등으로 충분한 해명 기회를 주라고 정합니다. 확인서 한 장으로 결론을 내리지 말고 쟁점 자체를 다시 검토받을 수 있는 경로가 있다는 점을 알고 대응하는 것이 좋습니다.

확인서 대신 남길 수 있는 문서는 무엇인가요?

납세자가 직접 작성하는 소명서가 가장 유용합니다. 국세청은 납세자가 쟁점에 대해 조사팀에 낸 모든 소명서를 관리 대상으로 삼아 조사관리자에게 보고하고, 진행보고 때 쟁점별 검토의견을 붙이도록 정합니다. 납세자가 원하면 조사관리자에게 직접 의견을 설명하는 청문 기회를 주라고도 합니다. 확인서 문구를 바꾸기 어렵다면 같은 날 소명서를 내어 내 설명이 같은 시점에 기록되게 하십시오.

자료를 내지 못한 경우에는 그 이유를 사실대로 적은 서면을 남기는 것이 좋습니다. 「계약서는 이사 과정에서 분실했고, 대금은 ○○은행 계좌로 받았다」처럼 없는 자료와 대신 확인할 수 있는 자료를 함께 적으면, 나중에 증빙을 새로 만들어 냈다는 의심을 줄일 수 있습니다.

소명서는 홈택스의 세무조사 소명자료 제출 메뉴로도 낼 수 있습니다. 이렇게 내면 접수 번호와 접수 일시가 전산에 남아, 언제 무엇을 설명했는지를 나중에 입증하기 쉽습니다.

확인서 서명 요청 대응 순서

• 사본 요청과 시간 확보 - 확인서 초안 사본을 받고 대리인 검토 시간을 요청합니다. 조사에는 변호사·세무사를 참여시킬 수 있습니다.
• 문장별 사실 점검 - 주어, 금액, 날짜, 평가 표현을 하나씩 확인하고 기록으로 뒷받침되는지 표시합니다.
• 수정 요청 - 사실과 다르거나 모르는 부분은 고치거나 빼 달라고 요청하고, 요청한 사실을 메모합니다.
• 소명서 병행 제출 - 확인서와 같은 날 내 설명과 증빙 목록을 담은 소명서를 냅니다.
• 서명 후 관리 - 서명한 확인서와 문답서 사본을 받아 보관하고, 결과통지 뒤 30일 안에 과세전적부심사 여부를 정합니다.
• 작성 경위 메모 - 확인서를 요청받은 일시, 장소, 동석자, 들은 설명을 당일 메모해 둡니다. 나중에 작성 경위를 다툴 때 가장 먼저 필요한 자료입니다.

여기까지는 일반 기준이고, 확인서의 증거가치는 작성 경위, 문장의 구체성, 다른 증거와의 일치 여부에 따라 사안마다 달리 판단되므로 서명한 문서와 조사 기록을 함께 보고 따져야 합니다. 법무법인 윤성은 세무조사 현장 대응과 확인서·문답서 작성 경위를 다투는 조세불복을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 확인서와 문답서는 무엇이 다른가요?
  확인서는 특정 사실을 인정한다는 문장에 서명하는 문서이고, 문답서는 질문과 답을 차례로 적은 문서입니다. 둘 다 과세 근거로 쓰이지만 문답서는 질문 맥락이 함께 남아 답변의 의미를 나중에 설명하기가 상대적으로 쉽습니다. 어느 쪽이든 내 답변이 정확히 옮겨졌는지 확인한 뒤 서명해야 합니다.
• 조사관이 써 온 문장을 고쳐 달라고 해도 되나요?
  됩니다. 확인서는 납세자의 진술을 담는 문서이므로 사실과 다르거나 모르는 내용은 고치거나 빼 달라고 요청할 수 있습니다. 반영되지 않으면 서명 여부를 다시 판단하고, 같은 날 소명서를 내어 내 설명을 남기십시오.
• 서명을 거부하면 과태료가 나오나요?
  확인서 서명 자체를 강제하는 조항은 국세기본법에서 찾기 어렵습니다. 다만 질문에 거짓으로 진술하거나 직무집행을 거부·기피하면 5천만원 이하 과태료 대상이 될 수 있으므로, 질문에는 사실대로 답하고 문구 수정을 요청하는 방식이 안전합니다.
• 서명한 확인서 사본을 받을 수 있나요?
  받을 수 있습니다. 국세청은 납세자 본인이나 세무대리인이 요청하면 본인이 참여해 작성한 확인서·문답서를 제공하도록 하고 있습니다. 국세기본법도 납세자의 권리 행사에 필요한 정보를 신속하게 제공하도록 정합니다.
• 겁이 나서 서명했다면 증거가 안 되나요?
  의사에 반해 강제로 작성된 확인서는 증거가치가 부정될 수 있고, 국세청도 불이익을 두려워해 작성한 확인서는 증거로 쓸 수 없다고 적고 있습니다. 다만 그 사정은 납세자가 구체적으로 보여 주어야 하므로, 작성 당시 들은 말과 상황을 바로 기록해 두십시오.
• 확인서 내용이 모호하면 과세 근거가 되나요?
  구체적인 사실이 담기지 않은 확인서는 장부나 증빙을 대신할 자료가 되기 어렵다고 본 대법원 판결이 있습니다. 확인서에 금액 산정 근거나 거래 일시가 없다면 그 점을 과세전적부심사나 불복에서 짚을 수 있습니다.
• 결과통지를 받은 뒤 확인서를 다툴 기한은 언제인가요?
  세무조사 결과통지를 받은 날부터 30일 안에 과세전적부심사를 청구할 수 있습니다. 이 단계에서 확인서 작성 경위와 반대 증거를 내면 고지 전에 다시 검토받을 수 있습니다. 고지 후에는 처분을 안 날부터 90일 안에 심판청구 등으로 다툽니다.

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