세금

영농조합법인 조합원도 2025년부터 제2차 납세의무를 지나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.20 갱신

네, 2025. 1. 1. 이후 영농조합법인이나 영어조합법인에 성립한 국세부터 과점조합원도 제2차 납세의무를 집니다. 조합원 1명과 특수관계인의 출자액 합계가 50%를 넘으면 과점조합원입니다. 2024년 이전에 성립한 조합 체납 세금에는 이 규정이 적용되지 않습니다. 조합원이라는 이유만으로 모두 책임지는 것도 아닙니다.

네, 2025. 1. 1. 이후 영농조합법인이나 영어조합법인에 성립한 국세부터 과점조합원도 제2차 납세의무를 집니다. 조합원 1명과 특수관계인의 출자액 합계가 50%를 넘으면 과점조합원입니다. 2024년 이전에 성립한 조합 체납 세금에는 이 규정이 적용되지 않습니다. 조합원이라는 이유만으로 모두 책임지는 것도 아닙니다.

영농조합법인 체납 세금을 왜 조합원이 내야 하나요?

국세기본법은 법인 재산으로 체납 국세를 채우지 못하면 일정한 출자자에게 부족액을 내게 합니다. 이를 출자자의 제2차 납세의무라고 합니다. 종전에는 무한책임사원과 과점주주만 대상이었고, 영농조합법인 조합원은 규정에 없었습니다.

영농조합법인은 「농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률」에 따라 설립되는 법인입니다. 주식회사와 달리 주식이 아니라 출자좌로 지분을 가지므로 과점주주 규정을 그대로 적용하기 어려웠습니다. 2024. 12. 31. 개정 국세기본법은 제39조에 제3호를 신설해 과점조합원을 명시했습니다.

이 규정은 2025. 1. 1. 이후 법인의 납세의무가 성립하는 국세부터 적용됩니다. 예를 들어 2024년 2기 부가가치세는 2024. 12. 31.에 납세의무가 성립하므로 대상이 아닙니다. 반면 2025년 1기 부가가치세는 2025. 6. 30.에 성립하므로 대상이 됩니다.

어떤 조합원이 과점조합원이 되나요?

조합원 1명과 그 특수관계인의 출자액 합계가 조합 출자총액의 50%를 넘으면 그 조합원들 전체가 과점조합원입니다. 특수관계인은 친족관계, 경제적 연관관계, 경영지배관계에 있는 사람을 말합니다. 부부와 자녀가 함께 출자한 가족 영농조합법인이라면 대부분 이 요건에 해당합니다.

조합원 사이에 손익분배비율을 정했고 그 비율이 출자 비율과 다르면 기준이 바뀝니다. 이때는 손익분배비율 합계가 50%를 넘는지로 과점조합원을 정합니다. 출자는 적게 했어도 이익을 많이 나누기로 했다면 과점조합원이 될 수 있습니다.

주의할 점은 과점주주와 요건이 다르다는 것입니다. 과점주주는 지분 50% 초과에 더해 경영에 지배적인 영향력을 행사해야 합니다. 과점조합원 조문에는 이 지배력 요건이 적혀 있지 않습니다. 그래서 경영에 관여하지 않았다는 주장만으로 책임을 벗어나기는 어렵다고 볼 수 있습니다.

과점조합원은 체납액을 전부 내야 하나요?

아니요, 부족액 중 자기 몫만큼이 한도입니다. 부족액을 출자총액으로 나누고, 과점조합원이 실질적으로 권리를 행사하는 출자액을 곱한 금액까지입니다. 손익분배비율로 과점조합원이 된 경우에는 부족액에 손익분배비율을 곱한 금액이 한도입니다.

예를 들어 조합의 체납 국세가 2억원이고 조합 재산으로 5천만원만 걷혔다면 부족액은 1억5천만원입니다. 출자총액의 60%를 가진 과점조합원이라면 9천만원이 한도입니다. 출자 명의만 빌려준 사람이라면 실질적으로 권리를 행사하지 않았다는 점을 다툴 수 있습니다.

판단 시점은 그 국세의 납세의무 성립일 현재입니다. 체납 뒤에 출자 지분을 넘겼어도 성립일에 과점조합원이었다면 책임이 남습니다. 반대로 성립일 뒤에 지분을 사들였다면 그 국세에 대해서는 책임지지 않습니다.

2024년에 생긴 조합 체납 세금도 조합원이 내야 하나요?

본세는 납세의무 성립일이 2024. 12. 31. 이전이면 과점조합원 규정이 적용되지 않습니다. 성립일은 세목마다 다릅니다. 법인세와 부가가치세는 과세기간이 끝나는 때, 원천징수하는 세금은 소득을 지급하는 때 성립합니다. 부가가치세 예정신고분은 예정신고기간이 끝나는 때 성립합니다.

그래서 같은 해의 체납이라도 세목과 과세기간을 하나씩 나눠야 합니다. 12월 결산 조합의 2024 사업연도 법인세는 2024. 12. 31.에 성립해 대상이 아닙니다. 그러나 2025. 1월분 원천징수 소득세는 2025년에 지급했다면 대상이 됩니다. 고지서가 여러 세목을 묶어 왔다면 세목별 성립일 표를 먼저 만드십시오.

가산세는 따로 봐야 합니다. 국세기본법은 납부지연가산세의 성립시기에 단서를 두었습니다. 제2차 납세의무를 적용할 때는 법정납부기한이 지나는 때로 본다는 내용입니다. 2024 사업연도 법인세의 납부지연가산세처럼 본세는 2024년에, 가산세 기준 시점은 2025년에 걸치는 경우가 생깁니다. 이 부분의 적용 여부는 해석이 갈릴 수 있어 고지 내역을 따로 검토해야 합니다.

과점조합원 제2차 납세의무 대응 순서

• 성립일 확인 - 고지된 국세의 세목·과세기간별 납세의무 성립일이 2025. 1. 1. 이후인지 봅니다.
• 지분 구조 정리 - 성립일 현재 조합원 명부, 출자좌 수, 손익분배 약정을 모아 50% 초과 여부를 계산합니다.
• 실질 권리 검토 - 명의만 빌려준 출자좌가 있다면 실제 출자자와 자금 흐름 자료를 확보합니다.
• 한도 검산 - 조합 재산으로 걷은 금액과 부족액, 본인 비율로 계산한 한도를 고지액과 대조합니다.
• 불복 제기 - 요건이나 한도가 맞지 않으면 고지서를 받은 날부터 90일 안에 심판청구를 제기합니다.

여기까지는 일반 기준이고, 납세의무 성립일과 성립일 현재 출자 구조, 손익분배 약정에 따라 책임 여부와 한도가 달라집니다. 법무법인 윤성은 출자자 제2차 납세의무 지정에 대한 요건 검토와 불복을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 영어조합법인 조합원도 같은 규정이 적용되나요?
  네, 같은 조항이 영농조합법인과 영어조합법인을 함께 정하고 있습니다. 출자액 또는 손익분배비율 합계가 50%를 넘는 조합원과 특수관계인이 대상입니다.
• 농업회사법인 주주도 과점조합원 규정이 적용되나요?
  농업회사법인은 회사 형태이므로 과점조합원이 아니라 과점주주 규정이 적용됩니다. 이 경우에는 지분 50% 초과와 경영 지배력 요건을 함께 따져야 합니다.
• 조합원이 여러 명이고 아무도 50%를 넘지 않으면 어떻게 되나요?
  조합원 1명과 그 특수관계인의 합계가 50%를 넘지 않으면 과점조합원이 없습니다. 서로 특수관계가 없는 조합원들의 지분은 합산하지 않기 때문입니다.
• 2024년에 성립한 조합 법인세도 조합원이 내야 하나요?
  아니요, 이 규정은 2025. 1. 1. 이후 법인의 납세의무가 성립하는 국세부터 적용됩니다. 2024 사업연도 법인세는 2024. 12. 31.에 성립하므로 대상이 아닙니다.
• 체납 뒤 조합을 탈퇴하면 책임이 없어지나요?
  아니요, 판단 시점은 국세의 납세의무 성립일 현재입니다. 성립일에 과점조합원이었다면 그 뒤 탈퇴하거나 지분을 넘겨도 그 국세의 제2차 납세의무는 남습니다.
• 조합 재산이 남아 있는데도 조합원에게 고지할 수 있나요?
  법인 재산으로 국세에 충당해도 부족한 경우에만 제2차 납세의무가 생깁니다. 조합 재산으로 충당할 수 있는데 고지했다면 그 요건을 다툴 수 있습니다.
• 과점조합원 지정 전에 과세예고통지를 받아야 하나요?
  제2차 납세의무 지정과 과세예고통지의 관계는 별도 쟁점입니다. 과점주주 사안은 「과점주주 제2차 납세의무 고지 전에 과세예고통지를 받아야 하나요?」에서 다뤘습니다.

법무법인 윤성 × Lexle

허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

이 글과 관련해 지금 상황을 남겨 주세요. 다른 상황이어도 괜찮아요. 남겨 주시면 제가 먼저 읽어 볼게요!

• 채팅으로 끝까지전화 안 하셔도 돼요
• 사진 한 장이면 시작모르는 건 비워 두셔도 돼요
• 금액부터 알려 드려요보시고 맡길지 정하시면 돼요
• 10분 안에 답업무시간 기준 · 알림톡으로 알려요
• 변호사가 직접 읽어요맡을 수 있는 일인지 알려 드려요
• 결과는 문서로같은 채팅방에 문서로 와요

지금 상황을 적어 주세요

변호사에게 보내기

휴대폰 문자로 한 번만 확인할게요 · 금액은 먼저 알려 드려요

법무법인 윤성이 직접 운영해요 · 법률사무는 전부 소속 변호사가 해요

비슷한 상황

• 주식 명의만 빌려준 주주인데 과점주주라며 회사 체납세금을 내라고 하면요?
• 과점주주 제2차 납세의무 고지 전에 과세예고통지를 받아야 하나요?
• 이름만 빌려준 바지 대표이사인데 회사 세금의 제2차 납세의무자로 지정됐다면 벗어날 수 있나요?
• 제2차 납세의무 고지를 받은 차명 주주, 이름만 빌려줬다는 건 누가 증명하나요?
• 유한회사 지분이나 영농조합법인 출자좌를 남의 이름으로 맡겼다면 어떻게 되찾나요?
• 영농조합법인이 대금을 안 주면 조합원에게 직접 받을 수 있나요?

이 글은 일반적인 법률 안내입니다. 개별 사안은 사실관계와 자료에 따라 판단이 달라질 수 있습니다.허진영 대표변호사 · 대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록광고책임변호사 허진영 · 법무법인 윤성© 법무법인 윤성 · 무단 복제·자동 수집 금지이 글에 의견 보내기