법인세·소득세

연구개발비 세액공제 사전심사를 받으면 나중에 세무조사에서 추징되지 않나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.12 갱신

사전심사 결과대로 신고했다면 나중에 공제가 부인되어도 과소신고가산세는 부과되지 않고, 신고내용 확인과 감면 사후관리 대상에서 빠집니다. 그러나 공제세액 자체와 납부지연가산세까지 면제되는 것은 아니며, 심사 뒤 사실관계가 달라지면 보호받지 못합니다. 신청은 법인세 신고 전, 공제를 놓친 연도는 경정청구 전까지 할 수 있습니다.

사전심사는 국세청이 연구개발비 해당 여부를 미리 봐 주는 제도이고, 그 결과대로 신고하면 과소신고가산세와 사후 점검 부담이 줄어듭니다. 그러나 세금 자체를 확정해 주거나 세무조사를 막아 주는 제도는 아닙니다. 어디까지 보호되는지 정확히 알고 신청하면 효과가 큽니다.

이런 상담이 많습니다

B씨는 소프트웨어를 개발하는 중소기업 대표입니다. 기업부설연구소 연구원 6명의 인건비와 재료비로 2026 사업연도에 연구개발비 4억원을 쓸 예정이고, 당기분 25%를 적용하면 공제세액이 1억원입니다. 거래처 회사가 연구개발비 세액공제를 세무조사에서 추징당했다는 이야기를 들은 B씨는 2026. 9. 사전심사를 받아 두면 나중에 추징 걱정이 없는지, 언제까지 신청해야 하는지 물으셨습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

사전심사로 무엇을 확인받을 수 있나요?

사전심사는 연구·인력개발비 세액공제를 받으려는 법인이나 개인사업자가 신고 전에 그 비용이 공제 대상인지 국세청장에게 심사를 요청하는 제도입니다. 국세청 기준으로 연구 활동이 조세특례제한법상 연구개발 정의에 맞는지, 비용이 공제 대상인지를 봅니다. 이미 쓴 비용뿐 아니라 계약서 등으로 확인되는 지출 예정 비용, 전체 중 일부 항목도 신청할 수 있습니다.

신성장·원천기술이나 국가전략기술에 해당하는지는 사전심사가 아니라 연구개발세액공제기술심의위원회 심의 대상입니다. 이 부분을 사전심사로 신청하면 반려됩니다. 이미 세액공제를 반영해 신고한 비용, 보완 요구에 응하지 않은 경우, 단순 법령해석 질의도 심사에서 빠집니다.

심사는 전화와 서면으로 사실을 확인하는 서면심사가 원칙이고, 필요한 경우에만 출장일 3일 전에 통지하고 현장확인을 합니다. 보완 요구는 14일 이내의 기간을 정해 오며, 응하지 않으면 심사에서 빠집니다. 신청 자료를 내면 오히려 세무조사 자료로 쓰이지 않을까 걱정하는 분이 많은데, 훈령은 제출 자료를 사전심사·신고내용 확인·감면법인 사후관리 같은 성실신고 지원 외의 목적으로 쓰지 못하게 정하고 있습니다.

사전심사 결과대로 신고하면 어떤 보호를 받나요?

국세청 훈령은 통지 결과를 신뢰하고 그대로 세액공제를 신청한 경우 두 가지 효력을 정합니다. 나중에 심사 결과와 다르게 과세되더라도 과소신고가산세를 부과하지 않고, 통지 내용 부분은 신고내용 확인과 감면법인 사후관리 대상에서 뺍니다.

B씨 사례에서 공제 1억원이 나중에 부인된다면 일반 과소신고가산세는 그 10%인 1천만원입니다. 사전심사 결과대로 신고했다면 이 1천만원은 부과되지 않습니다.

그래도 추징될 수 있는 경우는 무엇인가요?

훈령이 정한 효력은 과소신고가산세와 사후 점검 제외입니다. 공제받은 세액 자체와 납부지연가산세까지 면제한다는 규정은 없고, 세무조사 대상에서 빼 준다는 규정도 없습니다. 심사 과정에서 부정확한 서류를 냈거나 사실관계가 바뀌거나 빠졌거나 탈루 혐의가 있으면 보호 자체가 사라집니다.

실제로 문제가 되는 것은 심사 뒤의 변화입니다. 연구원이 연구와 무관한 영업·관리 업무를 맡거나, 연구노트와 연구개발 보고서를 작성·보관하지 않으면 심사 때와 사실관계가 달라집니다. 기업부설연구소 인정이 취소되면 사유에 따라 인정일이 속하는 과세연도 개시일, 취소일이 속하는 과세연도 개시일 또는 취소일 이후 비용은 공제되지 않습니다.

인건비 범위도 자주 어긋납니다. 연구소 소속이라도 연구과제를 직접 수행하거나 보조하지 않고 행정 사무를 맡는 직원의 인건비는 처음부터 대상이 아니고, 퇴직급여충당금과 퇴직연금 부담금도 빠집니다. 반대로 연구원 몫의 4대 사회보험료 중 회사 부담분은 공제 대상 비용에 들어가므로 신청할 때 함께 넣습니다.

공제를 놓친 해도 사전심사를 받을 수 있나요?

받을 수 있습니다. 세액공제 신청을 누락한 비용은 경정청구나 기한 후 신고를 하기 전까지 사전심사를 신청할 수 있고, 신청서의 신고구분에 경정청구를 고르면 됩니다. 경정청구는 법정신고기한이 지난 뒤 5년 안에 해야 하므로, 오래된 연도부터 기한을 확인합니다.

결과에 동의하지 않으면 재심사를 한 번 신청할 수 있습니다. 다만 결과통지서는 국세기본법상 불복 대상이 아니라고 적혀 있으므로, 공제를 신청한 뒤 세무서가 경정청구를 거부하거나 공제를 부인할 때 그 처분을 상대로 다툽니다.

연구개발비 사전심사 대응 순서

• 비용 분류 - 연구원별 참여율, 재료비, 위탁연구비를 과제별로 나누고 신성장·국가전략기술 해당 부분은 기술심의위원회 신청을 따로 준비합니다.
• 증빙 정리 - 연구개발계획서, 연구개발 보고서, 연구노트, 급여대장을 신청 전에 맞춥니다.
• 사전심사 신청 - 신고 전에 신청서, 연구개발비 명세서, 연구개발 보고서를 지방국세청 법인세과에 냅니다.
• 결과대로 신고 - 통지서 내용과 같은 금액·항목으로 공제를 신청하고 통지서를 신고서와 함께 보관합니다.
• 다툼 대응 - 결과와 다른 과세나 경정청구 거부를 받으면 변호사와 과세전적부심사나 심판청구를 검토합니다.

여기까지는 일반 기준이고, 연구원의 실제 업무와 연구 기록이 심사 때 제출한 사실과 같은지에 따라 보호 범위가 달라집니다. 법무법인 윤성은 연구개발비 세액공제의 사전 검토와 공제 부인에 대한 과세전적부심사·조세심판 청구를 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 사전심사를 받으면 세무조사를 안 받나요?
  그렇지 않습니다. 국세청 훈령이 정한 효력은 과소신고가산세를 부과하지 않는 것과 신고내용 확인·감면법인 사후관리 대상에서 빼는 것입니다. 세무조사 대상에서 제외한다는 규정은 없습니다.
• 결과대로 신고했는데 공제가 부인되면 가산세는요?
  심사 결과를 신뢰하고 그대로 공제를 신청했다면 과소신고가산세는 부과되지 않습니다. 다만 공제세액 자체는 추징될 수 있고, 납부지연가산세까지 면제한다는 규정은 없습니다.
• 언제까지 신청해야 하나요?
  법인세나 소득세 과세표준 신고 전에 신청합니다. 공제를 빠뜨린 연도는 경정청구나 기한 후 신고를 하기 전까지 신청할 수 있습니다. 지출 예정 비용도 계약서 등으로 확인되면 신청할 수 있습니다.
• 신성장·원천기술 해당 여부도 사전심사로 확인되나요?
  아닙니다. 신성장·원천기술이나 국가전략기술에 해당하는지는 연구개발세액공제기술심의위원회 심의 대상이고, 사전심사로 신청하면 반려됩니다. 두 절차를 나눠 준비합니다.
• 심사 결과가 마음에 들지 않으면 불복할 수 있나요?
  재심사를 한 번 신청할 수 있습니다. 결과통지서 자체는 불복 대상이 아니므로, 공제를 신청한 뒤 세무서가 공제를 부인하거나 경정청구를 거부하면 그 처분에 대해 과세전적부심사나 심판청구로 다툽니다.
• 연구소 인정이 취소되면 공제도 사라지나요?
  기업부설연구소 인정이 취소되면 사유에 따라 인정일이 속하는 과세연도 개시일, 취소일 또는 취소일이 속하는 과세연도 개시일 이후 발생한 비용은 공제되지 않습니다. 사전심사를 받았어도 사실관계가 바뀐 경우입니다.

법무법인 윤성 × Lexle

허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

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