법인세·소득세

연결모법인을 자회사가 흡수합병하면 그해 연결납세는 어떻게 되나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.11 갱신

연결모법인이 자회사에 흡수합병되면 합병등기일이 속하는 연결사업연도의 개시일부터 연결납세방식을 적용하지 않으므로, 그해에는 각 법인이 개별로 신고해야 합니다. 법인세법은 연결모법인 간 적격합병 등만 그 연결사업연도에 한정해 연결납세를 이어 가도록 예외를 두고 있습니다. 지금은 합병이 이 예외에 해당하는지와 두 회사의 개별 신고기한부터 확인하십시오.

합병등기일까지 연결집단이 유지되었으니 그 기간만큼은 연결납세를 할 수 있다고 기대하는 경우가 많지만, 그런 중간 정산 규정은 연결모법인끼리 적격합병하는 경우 등에만 있습니다.

이런 상담이 많습니다

섬유제품을 만드는 D사의 주식 전부를 지주회사 E사가 가지고 있고, 두 회사는 E사를 연결모법인으로 연결납세방식을 적용해 왔습니다. 사업연도는 모두 1월 1일부터 12월 31일까지입니다. 지배구조를 단순하게 하려고 2026년 5월 D사가 E사를 흡수합병하는 계약을 맺었고, 합병등기일은 2026년 6월 30일입니다. 이 합병은 적격합병 요건을 갖추었고 E사는 그날 해산합니다. 재무팀은 2026년 1월 1일부터 6월 30일까지는 연결납세로 신고할 수 있는지 물었습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

연결모법인이 자회사에 흡수합병되면 연결납세는 언제부터 끝나나요?

연결모법인이 다른 내국법인에 흡수합병되면 그 사유가 생긴 날이 속하는 연결사업연도의 개시일부터 연결납세방식을 적용하지 않습니다. 흡수하는 쪽이 그 연결집단의 연결자법인이어도 같습니다.

2026. 10. 11. 기준 현행 「법인세법」은 연결납세방식의 신고·납부 의무와 승인, 연결자법인 추가 신고를 모두 연결모법인에게 지웁니다. 연결납세의 기준이 되는 연결모법인이 합병으로 소멸하면 그 연결집단은 법률상 주체를 잃게 됩니다. 연결자법인의 배제와 달리 연결모법인의 소멸에 관해서는 별도 조문이 없지만, 연결모법인 소멸과 함께 연결납세 자체가 끝난다고 보는 것이 국세청 해석입니다.

국세청은 이 경우를 어떻게 해석했나요?

국세청은 연결자법인이 연결사업연도 중 연결모법인을 적격합병으로 흡수합병한 사안에서, 기존 회신(법인세과-1089, 2010. 11. 23.)을 참고하라고 하면서 연결모법인이 흡수합병되는 경우 그 사유가 발생한 날이 속하는 연결사업연도의 개시일부터 연결납세방식이 적용되지 않는다고 회신했습니다(사전-2016-법령해석법인-0270, 2016. 10. 7.).

회신 검토 내용은 연결모법인이 해산하면 연결납세방식이 원천적으로 배제되므로 연결모법인 배제에 관한 명문 규정을 두지 않았다고 보았습니다. 연결모법인을 흡수합병한 연결자법인이 새로 연결모법인이 되려면 자기 명의로 연결납세방식을 다시 승인받아야 한다는 점도 들었습니다. 회신은 적격합병 사실관계를 전제로 하므로, 합병 형태가 다르면 따로 검토해야 합니다.

그해 법인세는 어떻게 신고하나요?

연결납세를 적용하지 않는 해에는 각 법인이 개별 법인으로 신고합니다. 합병으로 해산한 연결모법인은 그 사업연도 개시일부터 합병등기일까지를 한 사업연도로 보아 신고하고, 존속하는 법인은 본래 사업연도대로 신고합니다.

소멸 법인이 낼 법인세는 합병 후 존속하는 법인이 납부할 의무를 집니다.

신고기한도 달라집니다. 연결모법인의 연결 신고는 연결사업연도 종료일이 속하는 달의 말일부터 4개월 안에 하지만, 개별 법인 신고는 사업연도 종료일이 속하는 달의 말일부터 3개월 안에 해야 합니다.

• 소멸한 연결모법인 - 1월 1일부터 합병등기일까지가 한 사업연도이고, 그 종료일이 속하는 달의 말일부터 3개월 안에 신고합니다. 소멸 법인의 법인세 납부의무는 존속법인이 이어받습니다.
• 존속한 법인 - 본래 사업연도의 소득을 개별 신고합니다.
• 중간예납 - 연결중간예납 대신 개별 법인 기준 중간예납을 확인합니다.

예외로 연결납세를 이어 갈 수 있는 경우는 무엇인가요?

연결모법인 간의 적격합병, 과세이연을 받는 연결모법인 간 주식의 포괄적 교환·이전, 연결모법인의 적격분할은 그 사유가 생긴 연결사업연도에 한정해 시행령이 정한 방식으로 연결납세를 적용할 수 있습니다. 연결자법인이 자기 연결모법인을 흡수하는 합병은 이 목록에 없습니다.

연결모법인 간 적격합병의 경우 피합병법인의 연결자법인은 연결사업연도 개시일부터 합병등기일까지를 한 연결사업연도로 의제해 연결납세를 적용하고, 합병법인은 합병등기일부터 1개월 안에 연결법인 변경신고서를 냅니다.

회신 뒤 무엇이 바뀌었나요?

회신 당시에는 발행주식 전부를 보유하는 완전지배가 기준이었지만, 지금은 발행주식총수의 100분의 90 이상을 보유하는 연결지배가 기준입니다. 흡수합병 뒤 존속법인이 다른 내국법인을 100분의 90 이상 보유한다면 그 법인을 연결모법인으로 새로 승인을 받아 다음 연결사업연도부터 연결납세를 검토할 수 있습니다.

승인권자도 현행 조문상 연결가능모법인의 납세지 관할지방국세청장입니다. 합병 일정이 확정되면 새 연결집단을 꾸릴지, 개별 신고로 갈지를 미리 정해 두어야 신고기한에 맞출 수 있습니다.

연결모법인 흡수합병 대응 순서

• 연결 종료 시점 확인 - 합병등기일이 속하는 연결사업연도 전체가 연결납세 적용에서 빠지는지 확인합니다. 예외 사유인 연결모법인 간 적격합병인지 먼저 봅니다.
• 개별 신고 준비 - 소멸 법인은 개시일부터 합병등기일까지 사업연도로 신고합니다. 기한은 그 종료일이 속하는 달의 말일부터 3개월입니다.
• 연결 효과 정산 - 연결납세를 전제로 나눠 둔 법인세 분담액과 중간예납을 개별 기준으로 다시 계산합니다.
• 새 연결집단 검토 - 존속법인이 다른 법인을 100분의 90 이상 보유하면 연결납세방식 적용신청서 제출을 검토합니다.
• 과세 다툼 대비 - 연결로 신고했다가 개별 과세로 경정되면 30일 안 과세전적부심사, 고지 후 90일 안 심판청구를 검토합니다.

여기까지는 일반 기준이고, 합병 형태와 지분 구조에 따라 연결 종료 시점과 신고 방법은 합병계약서와 주주명부를 보고 따로 따져야 합니다. 법무법인 윤성은 그룹 구조개편의 법인세 쟁점 검토와 법인세 부과처분 취소소송을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 합병등기일까지만이라도 연결로 신고할 수 있나요?
  연결자법인이 연결모법인을 흡수합병하는 경우에는 합병등기일이 속하는 연결사업연도의 개시일부터 연결납세방식을 적용하지 않습니다. 합병등기일까지를 따로 떼어 연결로 신고하는 규정은 연결모법인 간 적격합병 등 예외에만 있습니다.
• 소멸한 연결모법인의 사업연도는 언제까지인가요?
  사업연도 중에 합병으로 해산한 법인은 그 사업연도 개시일부터 합병등기일까지를 한 사업연도로 봅니다. 이 기간의 법인세는 개별 법인 기준으로 계산해 신고하고, 소멸 법인이 낼 법인세의 납부의무는 존속법인이 이어받습니다.
• 개별 신고로 바뀌면 신고기한도 달라지나요?
  연결 신고는 연결사업연도 종료일이 속하는 달의 말일부터 4개월 안에 하지만, 개별 법인 신고는 사업연도 종료일이 속하는 달의 말일부터 3개월 안에 해야 합니다. 성실신고확인서를 내는 법인은 4개월입니다.
• 연결모법인끼리 합병하면 다른가요?
  연결납세를 적용받는 연결모법인 간의 적격합병이라면 합병일이 속하는 연결사업연도에 한정해 시행령이 정한 방식으로 연결납세를 적용할 수 있습니다. 합병법인은 합병등기일부터 1개월 안에 연결법인 변경신고서를 내야 합니다.
• 존속법인이 새로 연결모법인이 될 수 있나요?
  존속법인이 다른 내국법인의 발행주식총수의 100분의 90 이상을 보유한다면 자기 명의로 연결납세방식 적용 승인을 받아 연결모법인이 될 수 있습니다. 기존 승인은 이어지지 않으므로 새로 신청해야 합니다.
• 지금은 100% 자회사만 연결할 수 있나요?
  아닙니다. 현행법은 발행주식총수의 100분의 90 이상을 보유하면 연결지배로 봅니다. 의결권 없는 주식도 포함하고 자기주식은 빼며, 우리사주조합 주식 등 100분의 5 이내는 보유한 것으로 봅니다.
• 연결로 신고했다가 경정 통지를 받으면요?
  세무조사 결과 통지를 받은 날부터 30일 안에 과세전적부심사를 청구할 수 있고, 고지 후에는 처분의 통지를 받은 날부터 90일 안에 심판청구를 합니다. 합병 형태가 예외 사유인지가 주된 쟁점입니다.

법무법인 윤성 × Lexle

허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

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