세금

직원을 계열사로 전출시키면 퇴직금은 어느 회사 비용으로 처리하나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.19 갱신

근무기간을 합산해 마지막 회사가 퇴직금을 주면, 직원이 최종 퇴직할 때 각 회사가 자기 근무기간 몫을 나눠 손금에 넣습니다. 전출 때 퇴직금을 미리 정산해 주는 방식은 근로관계가 실제로 끝났는지가 관건입니다. 마지막 회사가 전액을 혼자 비용으로 잡으면 다른 계열사 몫은 부인될 수 있습니다.

근무기간을 합산해 마지막 회사가 퇴직금을 주면, 직원이 최종 퇴직할 때 각 회사가 자기 근무기간 몫을 나눠 손금에 넣습니다. 전출 때 퇴직금을 미리 정산해 주는 방식은 근로관계가 실제로 끝났는지가 관건입니다. 마지막 회사가 전액을 혼자 비용으로 잡으면 다른 계열사 몫은 부인될 수 있습니다.

계열사로 옮길 때 퇴직금을 주면 비용으로 인정되나요?

직원이 원래 회사를 실제로 그만두고 계열사와 새로 근로계약을 맺었다면 손금으로 볼 수 있습니다. 퇴직급여는 현실적으로 퇴직하는 경우에 지급한 것만 손금이 되기 때문입니다. 사직서, 퇴직 처리, 새 근로계약서가 함께 있어야 합니다.

반대로 근로관계가 이어지는데 퇴직금 명목으로 돈을 주면 문제가 됩니다. 현실적으로 퇴직하지 않은 직원에게 준 퇴직급여는 그 직원이 실제로 퇴직할 때까지 업무무관 가지급금으로 봅니다. 그 사이 인정이자와 지급이자 손금불산입이 따라옵니다.

전입하는 회사가 퇴직급여 상당액을 넘겨받는 방식도 있습니다. 원래 회사가 그동안 쌓인 퇴직급여 상당액을 전입 회사에 넘기고, 전입 회사가 나중에 전액을 지급하는 구조입니다. 이때 원래 회사는 직원에게 퇴직금을 지급하지 않으므로 그 단계에서 현실적 퇴직 문제가 생기지 않습니다. 어느 방식을 택했는지 전출 시점의 서류로 분명히 해 두어야 합니다.

근무기간을 합산해 마지막 회사가 퇴직금을 주면 어떻게 나누나요?

각 회사가 자기 회사에서 근무한 기간에 해당하는 금액을 직원이 마지막 회사에서 퇴직하는 때에 손금에 넣습니다. 특수관계인 법인에서 근무한 기간을 합산해 퇴직급여를 지급하는 경우의 안분 규정 때문입니다. 마지막 회사가 전액을 손금으로 잡는 것이 아닙니다.

각 회사 몫은 전출을 퇴직으로, 전입을 신규 채용으로 보아 계산합니다. 예를 들어 A사에서 6년, B사에서 4년 일한 뒤 B사에서 퇴직했다고 하겠습니다. A사는 6년 근무분, B사는 4년 근무분을 계산해 퇴직하는 해에 각각 손금에 넣습니다. 이 규정은 전입할 때 퇴직급여 상당액을 인수하지 않은 회사에 적용됩니다.

원천징수는 마지막 회사가 일괄해서 할 수 있습니다. 각 회사가 따로 원천징수하면 퇴직소득세 계산이 복잡해지므로 일괄 처리가 실무상 편리합니다. 지급명세서 제출도 마지막 회사가 한꺼번에 이행할 수 있습니다. 퇴직소득세 정산 문제는 「계열사로 옮기며 받은 퇴직금, 출자관계가 끊겨도 최종 퇴직 때 합쳐 정산되나요?」에서 설명했습니다.

지배주주인 임원도 같은 방식으로 나눌 수 있나요?

아니요, 지배주주등과 그 특수관계에 있는 임원은 이 안분 규정에서 빠집니다. 지배주주 일가가 계열사를 옮겨 다니며 퇴직금을 몰아 받는 것을 막으려는 취지로 볼 수 있습니다. 이 경우는 회사별로 현실적 퇴직과 한도를 따로 따져야 합니다.

다만 지배주주등과 단순히 같은 기업집단 계열회사 임원이라는 관계만 있으면 특수관계가 없는 것으로 봅니다. 그래서 전문경영인 임원은 대체로 안분 규정을 적용받을 수 있습니다. 대주주의 친족인지, 출자 관계가 있는지를 개별로 확인해야 합니다.

임원 퇴직금에는 별도의 손금 한도가 있습니다. 정관이나 정관에서 위임한 퇴직급여지급규정이 없으면 퇴직 전 1년 총급여의 10분의 1에 근속연수를 곱한 금액까지입니다. 안분한 각 회사 몫에도 이 한도를 대조해야 합니다.

합산 지급하려면 계열사 사이에 무엇을 정해 두어야 하나요?

근무기간 합산, 지급 주체, 회사별 분담 방법을 문서로 정해 두어야 합니다. 안분 규정은 각 회사가 자기 몫을 손금에 넣도록 하지만, 돈을 누가 언제 내는지는 정하지 않습니다. 이 공백을 계열사 간 약정으로 메워야 합니다.

전출 동의서에는 근속기간을 이어서 인정한다는 조항과 퇴직금을 마지막 회사가 일괄 지급한다는 조항을 넣습니다. 계열사 간 약정에는 각 회사 몫의 계산 방식과 정산 시기를 적습니다. 마지막 회사가 먼저 지급하고 다른 회사에서 분담금을 받는 구조라면 실제 송금 기록이 남아야 합니다.

직원이 여러 번 옮겼다면 회사마다 근무기간과 퇴직 시점 급여 자료가 필요합니다. 각 회사 몫을 퇴직과 신규 채용으로 보아 계산하려면 전출 당시의 평균임금 자료가 있어야 합니다. 회사가 합병되거나 청산되면 자료가 사라지기 쉬우므로 그룹 인사 부서가 대장을 따로 보관하는 편이 안전합니다. 분담금을 받지 않으면 다른 계열사 몫을 대신 부담한 것이 되어 손금이 부인될 수 있습니다.

계열사 전출 직원 퇴직급여 안분 대응 순서

• 전출 방식 결정 - 사직 후 재입사인지, 근무기간 합산인지, 퇴직급여 인수인지 전출 전에 정합니다.
• 서류 정비 - 전출 결정 문서, 근로계약서, 퇴직급여 인수·분담 약정을 회사별로 보관합니다.
• 근무기간 대장 - 직원별로 회사마다 근무한 기간과 급여 자료를 한 표로 관리합니다.
• 퇴직 시 안분 - 마지막 회사 퇴직 때 각 회사 몫을 계산해 같은 사업연도에 손금에 넣습니다.
• 임원 별도 검토 - 지배주주 관련 임원은 안분 대상에서 빼고 회사별 한도를 다시 계산합니다.

여기까지는 일반 기준입니다. 전출 때 근로관계를 끊었는지, 분담 약정이 있었는지, 임원이 지배주주와 어떤 관계인지에 따라 손금 처리가 달라집니다. 법무법인 윤성은 계열사 간 인력 이동에 따른 법인세 검토와 세무조사 대응을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 전출 때 받은 퇴직금이 가지급금으로 보이면 어떻게 되나요?
  실제로 퇴직할 때까지 업무무관 가지급금으로 보아 인정이자를 익금에 넣고, 관련 차입금 이자를 손금에서 뺍니다. 나중에 현실적으로 퇴직하면 그때 퇴직급여로 정리됩니다.
• 특수관계 없는 회사로 옮기면 어떻게 되나요?
  안분 규정은 특수관계인 법인 사이의 이동에만 적용됩니다. 특수관계가 없는 회사로 옮긴다면 원래 회사에서 퇴직 처리하고 퇴직금을 정산하는 것이 일반적입니다.
• 마지막 회사가 다른 계열사 몫까지 냈다면 어떻게 되나요?
  다른 계열사 몫은 마지막 회사의 손금이 될 수 없습니다. 특수관계 회사의 비용을 대신 부담한 것이 되어 부당행위계산 부인 대상이 될 수 있으므로 분담금 정산이 필요합니다.
• 각 회사 몫은 누가 계산해 신고하나요?
  각 회사가 자기 근무기간 몫을 계산해 퇴직하는 사업연도의 손금에 넣습니다. 원천징수와 지급명세서 제출은 마지막 회사가 일괄해 이행할 수 있으므로, 계산 자료를 회사끼리 공유해야 합니다.
• 퇴직연금에 가입한 직원은 어떻게 되나요?
  퇴직연금 적립금의 이전 방식에 따라 처리가 달라집니다. 계약 이전으로 적립금을 옮겼는지, 회사별로 따로 적립했는지 확인해 손금 귀속 연도를 맞춰야 합니다.
• 중간정산을 받은 직원도 합산할 수 있나요?
  중간정산으로 이미 정산한 기간은 다시 합산하지 않습니다. 정산 대상기간이 끝난 다음 날부터 센 기간만 이후 퇴직급여 계산에 들어갑니다. 회사별 근무기간 대장에 정산 시점을 함께 적어야 합니다.

법무법인 윤성 × Lexle

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