감면·공제

연결납세에서 자회사 세액공제가 산출세액보다 크면 최저한세는 어떻게 계산하나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.11 갱신

연결납세에서 자회사 세액공제가 그 자회사 산출세액보다 크면 넘는 금액은 연결집단 공제액에 더하지 않고, 법인별 한도 안의 공제액 합계로 감면 후 세액을 구해 최저한세와 비교합니다. 법인세법은 각 연결법인의 공제액을 법인별 산출세액을 기준으로 계산하고 연결집단을 하나의 법인으로 보아 최저한세를 적용하도록 정합니다. 지금은 법인별로 산출세액을 넘는 공제액이 있는지와 그 금액을 이월공제로 옮겼는지부터 확인하십시오.

연결집단을 하나의 법인으로 보아 최저한세를 적용한다고 해서 자회사의 남는 공제를 모회사 세액에서 빼 쓸 수 있는 것은 아닙니다. 공제는 각 법인의 산출세액 안에서 먼저 계산합니다.

이런 상담이 많습니다

화학제품을 만드는 N사는 자회사 4곳과 연결납세방식을 적용하고 있습니다. 2025 사업연도 연결 신고를 준비해 보니 N사는 산출세액 30억원에 공제·감면 12억원이었고, 자회사 O사는 산출세액 3억원인데 연구·개발 투자 관련 세액공제가 15억원이었습니다. 담당자는 다섯 법인의 산출세액 합계에서 공제·감면 합계를 빼 감면 후 세액을 구하고 최저한세와 비교하려 했습니다. 이렇게 하면 O사의 남는 공제 12억원이 N사 세액을 줄이는 결과가 되어, 이 방식이 맞는지 물었습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

연결법인의 세액공제는 어떻게 계산하나요?

연결법인의 세액공제액은 각 연결법인별 산출세액을 그 법인의 산출세액으로 보아 계산한 금액이므로, 한 연결법인의 공제액은 그 법인의 산출세액을 넘을 수 없습니다. 연결산출세액에서 빼는 공제액은 이렇게 법인별로 계산한 금액의 합계입니다.

2026. 10. 11. 기준 현행 「법인세법」은 연결집단을 하나의 내국법인으로 보아 조세특례제한법상 최저한세를 적용하도록 하면서도, 공제액 계산은 법인별 산출세액을 기준으로 하도록 정합니다. 그래서 사례의 O사 세액공제는 산출세액 3억원까지만 연결집단 공제액에 들어갑니다.

• N사 - 산출세액 30억원, 공제·감면 12억원
• O사 - 산출세액 3억원, 공제액 15억원 중 3억원만 반영
• 감면 후 세액 - 33억원에서 15억원을 뺀 18억원(단순 합산 방식이면 6억원)

국세청은 이 경우를 어떻게 해석했나요?

국세청은 연결법인의 감면세액은 연결집단을 하나의 내국법인으로 보아 최저한세 규정을 적용해 계산하고, 감면 등을 적용받은 후의 세액을 산정할 때 세액공제와 감면액이 그 연결법인이 납부할 법인세액을 넘으면 넘는 금액은 없는 것으로 보아 계산한다고 회신했습니다(사전-2018-법령해석법인-0147, 2018. 4. 27.).

회신은 법인별로 산출세액을 넘는 세액공제를 단순 합산하면 납부할 세액이 없는 법인이 그 해에 세액공제를 받는 결과가 되어 세액공제의 적용 원칙에 반한다고 보았습니다. 감면소득은 법인별 과세표준 개별귀속액을 한도로 계산하므로, 세액공제도 같은 방식으로 법인별 산출세액 범위에서만 합산해야 한다는 것입니다. 이 회신은 질의 법인의 신고 사실관계를 전제로 한 해석입니다.

최저한세 미달분은 어느 법인에 배분하나요?

연결집단 전체로 계산한 감면 후 세액이 최저한세액에 못 미치면, 그 미달 세액을 각 연결법인의 최저한세 대상 공제·감면 세액 비율로 나누어 배분합니다. 배분받은 금액만큼 그 법인은 공제·감면을 받지 못합니다.

최저한세율은 손금산입·소득공제 등을 하기 전 과세표준을 기준으로 100억원 이하 부분 100분의 10, 100억원 초과 1천억원 이하 부분 100분의 12, 1천억원 초과 부분 100분의 17입니다. 중소기업은 100분의 7입니다.

공제받지 못한 금액은 사라지나요?

아니요, 납부할 세액이 없거나 최저한세에 걸려 공제받지 못한 세액공제는 다음 과세연도 개시일부터 10년 안에 끝나는 과세연도로 이월해 공제할 수 있습니다. 사례의 O사가 공제받지 못한 12억원도 이월공제 대상인지 공제 종류별로 확인합니다.

이월된 공제액은 먼저 발생한 것부터 공제합니다. 연결 신고 때 법인별 이월공제 명세를 따로 관리해 두어야 다음 해 공제 순서가 꼬이지 않습니다.

회신 뒤 무엇이 바뀌었나요?

회신 뒤인 2018. 12. 24. 법 개정으로 각 연결법인의 감면세액과 세액공제액을 법인별 산출세액을 기준으로 계산한다는 내용이 법률 조문에 명시되었습니다. 회신이 해석으로 제시한 계산 방식이 지금은 조문 자체의 내용입니다.

잘못된 방식으로 공제액을 크게 잡아 신고했다면 수정신고로 바로잡고, 공제액을 적게 잡아 세금을 많이 냈다면 법정신고기한이 지난 뒤 5년 안에 경정청구를 할 수 있습니다.

연결법인 최저한세 계산 순서

• 법인별 산출세액 확정 - 각 연결법인의 연결소득 개별귀속액에 따른 산출세액을 먼저 정합니다.
• 법인별 공제 한도 적용 - 각 법인의 공제·감면액을 그 법인 산출세액 범위로 잘라 넘는 부분은 이월 대상으로 옮깁니다.
• 연결 최저한세 비교 - 법인별 공제액 합계로 연결집단 감면 후 세액을 구하고 최저한세액과 비교합니다.
• 미달분 배분 - 최저한세에 미달하면 미달 세액을 공제·감면 비율로 각 법인에 배분해 최저한세조정계산서에 적습니다.
• 오류 정정 - 과대 공제는 수정신고, 과소 공제는 5년 안 경정청구를 검토하고, 조사 통지를 받으면 30일 안 과세전적부심사를 봅니다.

여기까지는 일반 기준이고, 공제 종류별 최저한세 대상 여부와 이월 가능 여부는 법인별 공제 명세를 보고 따로 따져야 합니다. 법무법인 윤성은 연결법인 세액 계산 쟁점 검토와 법인세 경정청구·부과처분 취소소송을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 자회사 남는 공제를 모회사 세금에서 뺄 수 있나요?
  아니요, 각 연결법인의 세액공제액은 그 법인의 산출세액을 기준으로 계산하므로 한 법인의 산출세액을 넘는 공제를 다른 연결법인 세액에서 뺄 수 없습니다. 넘는 금액은 이월공제 대상인지 따로 확인합니다.
• 최저한세는 법인별로 따지나요?
  연결법인은 연결집단을 하나의 내국법인으로 보아 최저한세를 적용합니다. 다만 비교 대상인 감면 후 세액은 법인별 한도 안에서 계산한 공제·감면액을 합산해 구하므로, 법인별 한도 적용을 먼저 마친 뒤 최저한세 비교를 해야 순서가 맞습니다.
• 최저한세 미달분은 누가 부담하나요?
  연결집단 기준 최저한세 미달 세액을 각 연결법인의 최저한세 대상 공제·감면 세액이 전체에서 차지하는 비율로 나눠 배분합니다. 배분받은 금액만큼 그 법인의 공제·감면이 배제되고, 배제된 세액공제는 이월공제 대상인지 따로 확인합니다.
• 법인 최저한세율은 얼마인가요?
  손금산입·소득공제 전 과세표준 기준으로 100억원 이하 부분 100분의 10, 100억원 초과 1천억원 이하 부분 100분의 12, 1천억원 초과 부분 100분의 17이고 중소기업은 100분의 7입니다.
• 공제받지 못한 세액공제는 언제까지 쓰나요?
  납부할 세액이 없거나 최저한세에 미달해 공제받지 못한 세액공제는 다음 과세연도 개시일부터 10년 안에 끝나는 과세연도로 이월해 공제할 수 있습니다. 먼저 발생한 것부터 차례로 공제합니다.
• 감면소득도 법인별 한도가 있나요?
  각 연결법인의 감면 또는 면제세액은 감면소득에 연결세율을 곱해 계산하고, 감면소득은 그 법인의 과세표준 개별귀속액을 한도로 합니다. 세액공제와 같은 원리로 법인별 범위 안에서만 반영됩니다.
• 단순 합산으로 신고했다면 어떻게 하나요?
  공제를 크게 잡아 세금을 적게 신고했다면 수정신고를 검토하고, 반대로 적게 잡아 많이 냈다면 법정신고기한이 지난 뒤 5년 안에 경정청구를 할 수 있습니다. 법인별 공제 명세를 함께 고쳐야 합니다.

법무법인 윤성 × Lexle

허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

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