불복·환급

연말정산 때 빠뜨린 공제, 5월 종합소득세 신고나 경정청구로 몇 년 전 것까지 돌려받나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.12 갱신

연말정산에서 빠진 부양가족·의료비 공제는 다음 해 5월 확정신고로 넣을 수 있고, 그 뒤에는 연말정산세액 납부기한(3. 10.)이 지난 후 5년 안에 근로자가 직접 경정청구할 수 있습니다. 2026. 10. 현재 2021년 귀속분까지 가능하고, 지방소득세는 지방자치단체에 따로 청구합니다.

부모님 의료비나 기본공제, 기부금을 회사에 늦게 내 연말정산에서 빠뜨리는 일은 흔합니다. 연말정산이 끝났다고 그해 세금이 확정되는 것은 아닙니다. 5월 확정신고와 5년의 경정청구로 바로잡을 수 있고, 그 기간이 지나면 돌려받을 길이 막힙니다.

이런 상담이 많습니다

직장인 E씨는 총급여 5,000만원으로 2023년 연말정산을 했는데, 그해 따로 사시는 72세 아버지의 수술비 600만원을 낸 것과 아버지 기본공제를 넣지 않았습니다. 아버지는 소득이 없었습니다. 2026. 9. 이 사실을 안 E씨는 이미 3년이 지났는데도 돌려받을 수 있는지, 2021년과 2022년에도 빠진 것이 있다면 함께 청구할 수 있는지 물으셨습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

5월 종합소득세 신고로 공제를 추가할 수 있나요?

근로소득만 있는 사람은 연말정산으로 세금이 정산되므로 종합소득세 확정신고를 하지 않아도 됩니다. 하지 않아도 된다는 뜻이지 할 수 없다는 뜻은 아닙니다. 연말정산에서 빠진 공제가 있으면 다음 해 5. 1.부터 5. 31.까지 확정신고를 하면서 넣을 수 있습니다.

부양가족 공제는 기본공제대상자 요건을 갖춰야 합니다. 직계존속은 60세 이상이고 연간 소득금액이 100만원 이하(근로소득만 있으면 총급여 500만원 이하)여야 합니다. 따로 살더라도 생계를 같이 하는지에 따라 판단하고, 형제가 중복으로 공제받으면 한 사람만 인정됩니다.

연도 중에 퇴사한 사람은 특히 확인이 필요합니다. 회사는 퇴직하는 달 급여를 줄 때 연말정산을 하는데, 소득공제 신고서를 내지 않으면 본인 기본공제와 표준세액공제만 적용합니다. 퇴사 뒤 다른 곳에 취업하지 않았다면 부양가족·의료비·보험료 공제가 통째로 빠져 있을 가능성이 큽니다.

이런 경우에도 다음 해 5월 확정신고나 그 뒤 경정청구로 빠진 공제를 넣을 수 있습니다. 퇴사 후 재취업했다면 새 회사에 전 직장 원천징수영수증을 내 합산 연말정산을 했는지부터 확인합니다.

5월이 지났다면 경정청구는 몇 년 전 것까지 되나요?

연말정산으로 세금을 낸 근로자는 원천징수대상자로서 직접 경정청구를 할 수 있습니다. 기간은 연말정산세액의 납부기한이 지난 후 5년입니다. 회사가 연말정산세액을 내고 지급명세서를 기한 안에 냈어야 한다는 요건이 있습니다. 회사도 원천징수의무자로서 같은 기간 안에 청구할 수 있지만, 이미 퇴사했다면 근로자 본인이 주소지 관할 세무서에 직접 내는 편이 빠릅니다.

E씨의 2023년 귀속분은 2024년 연말정산분이므로 2029년 3월까지, 2021년 귀속분도 2027. 3. 10.까지 청구할 수 있습니다. 2020년 귀속분은 2026. 3. 10.로 기간이 끝났습니다. 5월에 확정신고를 했던 해라면 그 신고기한이 지난 후 5년이 기준입니다.

세무서는 청구를 받은 날부터 2개월 안에 결과를 알려야 합니다. 통지가 없으면 2개월이 되는 날의 다음 날부터 통지 전이라도 이의신청·심사청구·심판청구를 할 수 있습니다. 세무서가 영수증의 진위나 부양가족의 소득을 확인하겠다며 자료를 요구하면 요구받은 기한 안에 보완해야 합니다.

경정청구를 하면 얼마나 돌려받나요?

65세 이상 부양가족의 의료비는 연 700만원 한도 없이 공제됩니다. 다만 총급여의 3%를 넘는 부분부터 공제하므로, E씨는 600만원에서 150만원을 뺀 450만원의 15%인 67만 5천원을 공제받습니다. 의료비 공제는 부양가족의 나이·소득 요건을 따지지 않지만 기본공제대상자를 위한 지출이어야 합니다.

여기에 아버지 기본공제 150만원이 더해지면 E씨의 과세표준 구간(15%)에서 22만 5천원이 줄어듭니다. 두 가지를 합쳐 약 90만원이고, 지방소득세는 별도입니다. 근로소득세를 돌려받으면 회사가 특별징수한 지방소득세도 따로 청구해야 하며, 이 부분은 「종합소득세 경정청구로 환급받으면 지방소득세도 따로 경정청구해야 하나요?」에서 설명했습니다.

회사가 지급명세서를 내지 않았다면 어떻게 하나요?

근로자의 경정청구는 회사가 연말정산세액을 내고 지급명세서를 제출기한까지 낸 경우를 전제로 합니다. 법에 있는 회사 폐업 등 예외는 비거주자에 관한 것이어서 국내 근로자에게는 이 요건이 그대로 적용됩니다. 회사가 지급명세서를 내지 않았다면 경정청구가 거부될 수 있으므로, 먼저 홈택스에서 지급명세서가 제출됐는지 확인해야 합니다.

이런 경우에는 그해 종합소득세를 기한 후 신고로 직접 신고해 공제를 반영하는 방법을 검토합니다. 퇴사한 회사가 협조하지 않는 경우의 구체적인 방법은 「퇴사한 회사가 지급명세서를 내지 않아 연말정산 경정청구가 안 되면 환급을 못 받나요?」에서 자세히 설명했습니다.

연말정산 공제 경정청구 대응 순서

• 누락 항목 정리 - 연도별로 빠진 부양가족, 의료비, 기부금, 교육비와 영수증을 모읍니다.
• 요건 확인 - 부양가족의 나이·소득·생계 요건과 다른 가족의 중복 공제 여부를 확인합니다.
• 기간 확인 - 연도별 연말정산 납부기한 후 5년이 남았는지, 지급명세서가 제출됐는지 확인합니다.
• 경정청구서 제출 - 주소지 관할 세무서에 연도별 경정청구서와 증빙을 내고, 지방소득세도 함께 청구합니다.
• 거부 시 불복 - 거부 통지를 받은 날부터 90일 안에 심판청구를 변호사와 검토합니다.

여기까지는 일반 기준이고, 부양가족의 소득·생계 요건과 회사의 지급명세서 제출 여부에 따라 청구 방법과 결과가 달라집니다. 법무법인 윤성은 근로소득자의 경정청구와 거부처분에 대한 조세불복을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 연말정산이 끝났는데 빠진 공제를 넣을 수 있나요?
  근로소득만 있으면 확정신고를 하지 않아도 되지만 할 수도 있습니다. 다음 해 5. 1.부터 5. 31.까지 종합소득세 확정신고를 하면서 연말정산에서 빠진 공제를 넣고 영수증 등 증빙을 함께 내면 됩니다.
• 5월도 지났다면 몇 년 전 것까지 되나요?
  근로자는 연말정산세액 납부기한(다음 해 3. 10.)이 지난 후 5년 안에 직접 경정청구할 수 있습니다. 2026. 10. 현재 2021년 귀속분은 2027. 3. 10.까지 청구할 수 있고 2020년 귀속분은 끝났습니다.
• 부모님 의료비는 한도가 있나요?
  65세 이상 부양가족을 위해 낸 의료비는 연 700만원 한도가 적용되지 않습니다. 다만 총급여의 3%를 넘는 부분부터 15%를 세액공제하므로 그만큼은 빼고 계산합니다. 총급여 5,000만원이면 150만원을 넘는 부분부터입니다.
• 따로 사는 부모님도 기본공제가 되나요?
  60세 이상 직계존속으로 연간 소득금액이 100만원 이하이고 생계를 같이 한다면 기본공제 대상이 될 수 있습니다. 형제가 같은 부모를 공제받았다면 그중 한 사람만 인정되므로 미리 정해야 합니다.
• 근로소득세를 돌려받으면 지방소득세도 나오나요?
  회사가 근로소득세와 함께 특별징수한 지방소득세는 지방자치단체에 따로 경정청구해야 합니다. 근로소득세 경정청구와 마찬가지로 특별징수세액의 납부기한이 지난 후 5년 안에 할 수 있습니다.
• 경정청구했는데 거부되면 어떻게 하나요?
  거부 통지를 받은 날부터 90일 안에 심판청구 등 불복을 할 수 있습니다. 2개월 안에 아무 통지가 없으면 2개월이 되는 날의 다음 날부터 통지 전이라도 불복을 시작할 수 있습니다.

법무법인 윤성 × Lexle

허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

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