불복·환급

종합소득세 경정청구로 환급받으면 지방소득세도 따로 경정청구해야 하나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.12 갱신

개인지방소득세는 지방자치단체가 관할하는 별도 세금이라, 종합소득세 경정청구가 받아들여져도 지방소득세 환급이 저절로 진행된다고 보장할 수 없습니다. 지방세법은 지방소득세도 따로 경정청구하도록 정하고 있고, 기간은 법정신고기한 후 5년이므로 종합소득세와 지방소득세 두 청구를 함께 내는 편이 안전합니다.

종합소득세를 신고하면 그 세액의 10% 수준인 개인지방소득세도 함께 내게 됩니다. 신고 화면이 이어져 있어 하나의 세금처럼 느껴지지만, 종합소득세는 세무서, 개인지방소득세는 주소지 지방자치단체가 따로 관할합니다. 그래서 종합소득세를 바로잡을 때 지방소득세를 따로 챙기지 않으면 환급이 빠지거나 가산세가 남을 수 있습니다.

이런 상담이 많습니다

프리랜서 강사 D씨는 2024년 귀속 종합소득세를 2025. 6. 2.에 신고했습니다. 2026. 8. 부모님 기본공제를 빠뜨린 것을 알고 세무서에 경정청구를 했고, 2026. 9. 종합소득세 180만원을 환급한다는 통지를 받았습니다. 그런데 지방소득세 18만원은 돌려준다는 연락이 없었습니다. D씨는 지방소득세도 따로 청구해야 하는지, 언제까지 해야 하는지 물으셨습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

종합소득세와 지방소득세는 왜 따로 신고하나요?

거주자가 종합소득세 확정신고를 할 때는 같은 기한까지 개인지방소득세도 납세지 관할 지방자치단체에 확정신고·납부해야 합니다. 두 세금은 기한만 같을 뿐 신고서와 관할 기관이 다릅니다. 홈택스에서 종합소득세를 신고한 뒤 지방소득세 신고로 넘어가는 단계를 마쳐야 지방소득세 신고가 끝납니다.

종합소득세 신고 내역 화면에는 지방소득세 신고 결과가 함께 나오지 않습니다. 지방소득세가 접수됐는지는 지방세 신고 내역에서 따로 확인해야 하고, 접수 기록이 없다면 신고하지 않은 것으로 다뤄질 수 있습니다.

지방자치단체가 세액을 미리 적은 납부서를 보낸 경우에는, 그 세액을 신고기한까지 내면 확정신고·납부를 한 것으로 봅니다. 이런 경우가 아니라면 종합소득세만 신고하고 지방소득세 신고를 빠뜨렸을 때 지방세 무신고가산세 20%가 붙을 수 있습니다.

종합소득세 경정청구만 하면 지방소득세도 돌려받나요?

지방세법은 종합소득세를 수정신고하거나 경정청구할 때 지방소득세도 지방자치단체에 수정신고나 경정청구를 하도록 정하고 있습니다. 종합소득세 경정청구가 받아들여져도 지방소득세 환급 절차가 저절로 진행된다고 보장할 수는 없습니다.

지방자치단체는 세무서가 결정·경정한 자료를 근거로 개인지방소득세를 경정할 수 있습니다. 하지만 청구가 없으면 처리 시점을 예측하기 어렵습니다. D씨처럼 종합소득세 환급 결정을 받았다면 그 통지서를 붙여 주소지 지방자치단체에 경정청구를 하는 것이 확실합니다.

언제까지 청구해야 하나요?

개인지방소득세 경정청구 기간은 법정신고기한이 지난 후 5년입니다. D씨의 2024년 귀속분은 2025. 6. 2.이 법정신고기한이었으므로 2030. 6. 2.까지 청구할 수 있습니다. 지방자치단체가 지방소득세를 결정·경정했다면 그 사실을 안 날부터 90일 안에 해야 합니다.

지방소득세를 기한 안에 신고하지 못하고 나중에 납기 후 신고서를 낸 사람도 같은 기간 안에 경정청구를 할 수 있습니다. 반면 지방소득세 신고 자체를 하지 않았다면 경정청구보다 먼저 기한 후 신고로 신고서를 갖춰야 합니다.

연말정산만 하는 근로자도 마찬가지입니다. 회사가 근로소득세와 함께 특별징수한 지방소득세는 특별징수세액의 납부기한이 지난 후 5년 안에 근로자 본인이나 회사가 경정청구할 수 있습니다. 근로자가 세무서에 경정청구해 근로소득세를 돌려받는다면 지방소득세 특별징수분도 함께 청구해야 합니다.

조심할 경우가 있습니다. 종합소득세 경정청구 결과를 기다리다 5년이 지나면, 국세 경정이 지방소득세 후발적 경정청구 사유가 되는지가 규정상 분명하지 않습니다. 기간 끝 무렵이라면 두 청구를 같은 날 내는 편이 안전합니다.

반대로 종합소득세를 더 내게 되면요?

종합소득세를 수정신고해 세금이 늘었다면 지방소득세도 수정신고하고 늘어난 세액을 내야 합니다. 이를 빠뜨리면 지방세 과소신고가산세 10%가 따로 붙을 수 있습니다. 세무서가 종합소득세를 올려 고지하면 지방자치단체도 그 자료로 지방소득세를 경정해 고지합니다.

지방자치단체가 지방소득세를 경정해 고지한 뒤 그 금액이 잘못됐다고 본다면, 경정 사실을 안 날부터 90일 안에 경정청구로 바로잡을 수도 있습니다. 다만 이 기간도 법정신고기한 후 5년을 넘을 수 없습니다.

지방소득세 고지에 이의가 있으면 지방세 절차로 다퉈야 합니다. 고지를 받은 날부터 90일 안에 이의신청을 하거나 바로 조세심판원에 심판청구를 할 수 있습니다. 소득세 불복에서 이겼을 때의 처리는 「소득세 취소판결을 받았는데 지방소득세도 따로 다퉈야 하나요?」에서 설명했습니다.

지방소득세 경정청구 대응 순서

• 종합소득세 결과 확인 - 세무서의 경정 통지서에서 환급세액과 경정된 과세표준을 확인합니다.
• 지방소득세 계산 - 경정된 과세표준으로 개인지방소득세를 다시 계산해 돌려받을 금액을 정합니다.
• 경정청구 제출 - 주소지 지방자치단체에 경정청구서와 종합소득세 경정 통지서를 함께 냅니다.
• 2개월 결과 확인 - 통지가 없으면 2개월이 되는 날의 다음 날부터 통지 전이라도 이의신청·심판청구를 할 수 있습니다.
• 거부 시 불복 - 거부 통지를 받은 날부터 90일 안에 이의신청이나 심판청구를 변호사와 검토합니다.

여기까지는 일반 기준이고, 지방자치단체가 직권으로 경정했는지, 청구 기간이 얼마나 남았는지에 따라 할 일이 달라집니다. 법무법인 윤성은 종합소득세·지방소득세 경정청구와 지방세 이의신청·조세심판 청구를 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 종합소득세 환급을 받으면 지방소득세도 돌려받나요?
  종합소득세와 개인지방소득세는 관할 기관이 다른 별도 세금입니다. 지방세법은 종합소득세를 경정청구할 때 지방소득세도 지방자치단체에 경정청구하도록 정하고 있으므로 따로 청구하는 것이 확실합니다.
• 지방소득세 경정청구는 언제까지 하나요?
  법정신고기한이 지난 후 5년 안에 할 수 있습니다. 지방자치단체가 이미 결정·경정했다면 그 사실을 안 날부터 90일 안이고, 이때도 법정신고기한 후 5년을 넘을 수 없습니다.
• 지방소득세는 어디에 청구하나요?
  그 귀속연도의 납세지를 관할하는 지방자치단체에 냅니다. 다른 지방자치단체에 낸 청구도 효력에는 영향이 없다고 정하고 있지만, 처리가 늦어지지 않도록 관할을 확인해 내는 편이 좋습니다.
• 지방소득세 신고를 빠뜨리면 가산세가 있나요?
  지방자치단체가 세액을 적은 납부서를 보내 그대로 낸 경우가 아니라면, 지방소득세를 신고하지 않았을 때 무신고납부세액의 20%가 지방세 무신고가산세로 붙을 수 있습니다.
• 2개월이 지나도 지방자치단체가 답이 없으면요?
  지방자치단체는 청구일부터 2개월 안에 결과를 알려야 합니다. 통지가 없으면 2개월이 되는 날의 다음 날부터 통지를 받기 전이라도 이의신청이나 심판청구를 할 수 있습니다.
• 종합소득세를 수정신고하면 지방소득세는요?
  종합소득세를 수정신고해 세금이 늘었다면 지방소득세도 수정신고하고 늘어난 세액을 내야 합니다. 빠뜨리면 지방세 과소신고가산세 10%가 붙을 수 있습니다.

법무법인 윤성 × Lexle

허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

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