법인세·소득세

연말정산만 했는데 7년 전 상여 종합소득세가 부과됐다면 다툴 수 있나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.09.30 갱신

네, 연말정산으로 근로소득세를 냈다면 누락된 상여에 대한 종합소득세 부과제척기간은 원칙적으로 7년이 아닌 5년입니다. 국세기본법은 무신고에만 7년을 적용하고, 대법원은 연말정산 납부자를 과소신고와 같이 봅니다. 지금은 해당 연도에 근로소득 말고 다른 종합소득이 있었는지부터 확인하십시오.

연말정산으로 근로소득세를 냈다면, 5월에 종합소득세 확정신고서를 따로 내지 않았다는 이유만으로 무신고자가 되지는 않습니다.

이런 상담이 많습니다

A씨는 작은 회사의 대표로 2018년 귀속 급여에 대해 연말정산을 거쳐 근로소득세 150만원을 냈습니다. 그런데 세무서는 2025년 11월 법인 세무조사 결과 A씨에게 상여로 처분된 금액을 근거로 2018년 귀속 종합소득세 2억 4,000만원을 부과했습니다. 세무서는 A씨가 확정신고서를 내지 않았으니 7년의 제척기간이 적용된다고 설명했습니다. A씨는 이미 7년 가까이 지난 세금을 지금 내야 하는지 물었습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

연말정산만 한 직장인에게 7년 제척기간이 적용되나요?

원칙적으로 적용되지 않고 5년 제척기간이 적용됩니다. 근로소득만 있는 사람이 연말정산으로 세금을 냈다면 누락된 다른 근로소득이 드러나도 무신고가 아니라 과소신고와 같이 취급하기 때문입니다.

2026. 9. 29. 기준 현행 「국세기본법」은 국세를 부과할 수 있는 날부터 5년을 기본 부과제척기간으로 두고, 법정신고기한까지 과세표준신고서를 내지 않은 무신고의 경우에만 7년으로 늘립니다. 근로소득만 있는 사람은 소득세법상 과세표준확정신고를 하지 않아도 되는 사람입니다.

대법원 2013. 7. 11. 선고 2013두5555 판결은 근로소득만 있는 거주자가 연말정산으로 소득세를 낸 경우에는 연말정산에서 빠진 다른 근로소득이 있더라도 그 소득세의 부과제척기간은 특별한 사정이 없는 한 5년이라고 보았습니다. 7년 규정은 확정신고 의무가 있는데도 아예 신고하지 않은 경우를 위한 것이라는 이유입니다.

제척기간은 언제부터 세나요?

종합소득세의 부과제척기간은 확정신고기한 다음 날부터 셉니다. 2018년 귀속 소득이라면 확정신고기한은 2019년 5월 31일이고, 5년 제척기간은 2024년 5월 31일에 끝납니다.

사례처럼 2025년 11월에 부과했다면 5년이 이미 지난 뒤입니다. 제척기간이 지난 뒤의 부과처분은 납세의무가 소멸한 뒤의 처분이어서 효력이 없습니다. 반면 7년 제척기간을 적용하면 2026년 5월 31일까지 부과할 수 있어서, 어느 기간이 적용되는지에 따라 결론이 뒤바뀝니다.

7년이나 10년이 적용되는 예외는 없나요?

있습니다. 연말정산 외에 사업소득 같은 다른 종합소득이 있어 확정신고 의무가 있었는데 신고하지 않았다면 7년이 적용됩니다. 사기나 그 밖의 부정한 행위로 세금을 포탈했다면 10년입니다.

인정상여의 원인이 된 법인의 매출누락이 부정행위에 해당하고, 대표자가 그 부정행위로 자신의 소득세를 포탈한 것으로 볼 수 있는지가 다툼이 되기도 합니다. 이때는 세무조사 결과통지서에 적힌 처분 사유를 먼저 확인해야 합니다.

부과처분 취소소송 대응 순서

• 고지서 수령일 확인 - 납부고지서를 받은 날짜를 적어 둡니다. 불복청구 90일 기간이 이 날부터 진행됩니다.
• 귀속연도와 신고기한 계산 - 부과된 세금의 귀속연도와 확정신고기한을 확인합니다. 5년과 7년 중 어느 기간으로 계산해도 되는지 여기서 갈립니다.
• 연말정산 자료 확보 - 해당 연도 근로소득 원천징수영수증과 연말정산 내역을 받아 둡니다. 연말정산으로 세금을 낸 사실을 증명하는 자료입니다.
• 다른 소득 유무 점검 - 그 해 사업소득·임대소득 등 다른 종합소득이 있었는지 확인합니다. 있었다면 7년이 적용될 수 있습니다.
• 불복청구 제기 - 심판청구 등에서 제척기간 경과를 주장하고, 기각되면 결정 통지일부터 90일 안에 취소소송을 냅니다. 전심을 거쳐야 소송을 낼 수 있습니다.

여기까지는 일반 기준이고, 세무조사 결과 부정행위가 처분 사유로 적혀 있거나 그 해 다른 종합소득이 있었다면 조사 결과통지서와 신고 내역을 보고 따로 따져야 합니다. 법무법인 윤성은 종합소득세 부과처분 취소소송과 조세불복 청구를 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 근로소득만 있으면 5월 종합소득세 신고를 안 해도 되나요?
  네, 근로소득만 있는 사람은 과세표준확정신고를 하지 않아도 됩니다. 소득세법 제73조 제1항 제1호가 근로소득만 있는 자를 확정신고 예외로 정하고 있기 때문입니다. 다만 두 곳 이상에서 급여를 받았는데 합산 연말정산을 하지 않았거나 다른 종합소득이 있으면 확정신고 의무가 생깁니다.
• 상여로 처분된 소득도 연말정산 누락 소득으로 보나요?
  네, 법인세 조사에서 대표자 상여로 처분된 금액은 대표자의 근로소득입니다. 대법원 2013. 7. 11. 선고 2013두5555 판결은 연말정산에서 누락된 다른 근로소득이 있더라도 특별한 사정이 없으면 5년 제척기간을 적용한다고 보았습니다. 사례처럼 인정상여가 뒤늦게 드러난 경우가 여기에 해당합니다.
• 부과제척기간이 지난 부과처분은 어떻게 되나요?
  부과제척기간이 지나면 국세를 부과할 권리가 소멸하므로 그 뒤의 부과처분은 효력이 없습니다. 국세기본법 제26조의2 제1항은 국세를 부과할 수 있는 날부터 5년이 지나면 부과할 수 없다고 정합니다. 그래도 고지서가 나왔다면 불복청구나 소송으로 처분을 없애야 강제징수를 막을 수 있습니다.
• 언제부터 제척기간을 세나요?
  종합소득세는 과세표준 확정신고기한의 다음 날부터 셉니다. 소득세법 제70조 제1항에 따라 확정신고기한은 다음 해 5월 31일이므로, 2018년 귀속분은 2019년 6월 1일부터 5년을 계산합니다. 귀속연도를 착각하면 계산이 1년씩 어긋나므로 고지서의 귀속연도를 먼저 확인합니다.
• 부정행위가 있으면 몇 년까지 부과할 수 있나요?
  사기나 그 밖의 부정한 행위로 국세를 포탈한 경우 부과제척기간은 10년입니다. 국세기본법 제26조의2 제2항 제2호가 정한 기간입니다. 법인의 매출누락이 부정행위라도 대표자 본인의 소득세까지 부정행위로 포탈했다고 볼 수 있는지는 사실관계에 따라 다투어지므로, 조사 결과통지서의 처분 사유를 확인해야 합니다.
• 불복청구는 언제까지 해야 하나요?
  납부고지서를 받은 날부터 90일 안에 해야 합니다. 국세기본법 제68조 제1항은 심판청구를 처분의 통지를 받은 날부터 90일 이내에 하도록 정하고, 심사청구와 이의신청도 같은 기간입니다. 이 기간이 지나면 제척기간 경과를 이유로도 취소를 구하기 어려워집니다.
• 심판청구 없이 바로 취소소송을 낼 수 있나요?
  원칙적으로 안 됩니다. 국세기본법 제56조 제2항은 국세 처분에 대한 행정소송은 심사청구나 심판청구와 그 결정을 거쳐야 낼 수 있다고 정합니다. 결정 통지를 받은 날부터 90일 안에 소송을 제기해야 합니다.

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