감면·공제

육아휴직 복귀자 세액공제, 복직한 직원이 2년 안에 퇴사하면 공제를 다시 내나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.12 갱신

육아휴직을 6개월 이상 쓰고 2026. 12. 31.까지 복직한 직원 1명당 중소기업은 1,300만원을 공제받지만, 복직일부터 2년 안에 근로관계가 끝나면 퇴사한 과세연도 신고 때 공제세액을 다시 냅니다. 조문은 퇴직 사유를 나누지 않으며 이자상당가산액은 붙지 않고, 그해 직원 수가 줄었다면 처음부터 공제받지 못합니다.

육아휴직을 6개월 이상 쓰고 돌아온 직원 1명당 중소기업은 1,300만원, 중견기업은 900만원을 법인세에서 공제받을 수 있습니다. 그런데 이 공제는 복직 뒤 2년의 사후관리가 붙어 있고, 공제 요건 가운데 하나라도 빠지면 세무서가 나중에 공제를 부인합니다. 2026년 말로 끝나는 제도여서, 올해 안 복직 여부와 이미 받은 공제의 사후관리를 함께 보아야 합니다.

이런 상담이 많습니다

소프트웨어를 개발하는 중소기업 G법인의 직원 H씨는 2021년에 입사해 2024. 12. 1.부터 2025. 6. 30.까지 7개월 육아휴직을 쓰고 2025. 7. 1. 복직했습니다. G법인은 2026. 3. 법인세 신고 때 육아휴직 복귀자 세액공제 1,300만원을 받았습니다. 그런데 H씨가 2026. 9. 30. 이직하며 퇴사했고, 다른 직원 I씨는 2027. 2. 복직할 예정입니다. G법인 대표는 H씨 몫을 다시 내야 하는지, I씨도 공제를 받을 수 있는지 물으셨습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

육아휴직 복귀자 세액공제는 어떤 요건을 갖춰야 하나요?

중소기업이나 중견기업이 다음 요건을 모두 갖춘 직원을 2026. 12. 31.까지 복직시키면, 복직한 날이 속하는 과세연도에 공제받습니다.

• 그 회사에서 1년 이상 근무했고 근로소득세 원천징수 사실이 확인될 것
• 육아휴직을 연속해 6개월 이상 썼을 것
• 최대주주나 그 친족이 아닐 것

여기에 그 과세연도 상시근로자 수가 직전 과세연도보다 줄었다면 공제를 받지 못합니다. 출산전후휴가 중인 직원의 대체 인력을 뽑았다면, 휴가 중인 직원은 상시근로자 수에서 빼고 계산합니다. 공제는 자녀 1명당 한 번만 받을 수 있습니다.

상시근로자 수 계산 방식은 2026년 두 차례 시행령 개정으로 바뀌었습니다. 종전에는 매월 말 인원을 더해 개월 수로 나눴지만, 지금은 근로자별로 그해 근무 개월 수를 과세연도 개월 수로 나눠 더하고, 월 60시간 이상 단시간근로자는 0.5명(일정 요건을 갖추면 0.75명)으로 셉니다. 복직한 해의 인원 비교를 어느 방식으로 해야 하는지는 신고하는 과세연도에 따라 달라질 수 있으므로, 2026 사업연도 신고에서는 새 방식으로 다시 계산해 보아야 합니다.

I씨처럼 2027년에 복직하는 경우는 현행법상 공제 대상이 아닙니다. 연장 입법이 있는지는 연말 세법 개정을 확인해야 합니다.

복직한 직원이 2년 안에 퇴사하면 공제를 다시 내나요?

공제받은 회사가 복직일부터 2년이 지나기 전에 그 직원과 근로관계를 끝내면, 끝난 날이 속하는 과세연도 신고 때 공제받은 세액을 다시 냅니다. 최저한세에 걸려 아직 공제받지 못하고 이월된 금액이 있으면 그만큼 빼고 냅니다.

조문은 퇴직 사유를 나누지 않고 「근로관계를 종료하는 경우」라고만 정하고 있습니다. 그래서 회사가 해고한 경우뿐 아니라 H씨처럼 본인이 이직하며 퇴사한 경우도 다시 내는 대상으로 보는 것이 문언에 가깝습니다. H씨는 2025. 7. 1. 복직해 2026. 9. 30. 퇴사했으므로 2년 안이고, G법인은 2027. 3. 31. 신고 때 1,300만원을 냅니다.

이 조항에는 투자세액공제 추징과 달리 이자상당가산액 규정이 없습니다. 다만 신고 때 빠뜨리면 법인세를 덜 낸 것이 되어 과소신고가산세와 납부지연가산세가 붙을 수 있습니다.

공제가 최저한세로 이월된 상태라면 얼마를 내나요?

복귀자 공제도 최저한세 대상이어서, 그해 법인세가 적으면 일부만 공제받고 나머지는 10년 동안 이월됩니다. 이 상태에서 2년 안에 퇴사가 생기면 공제세액 전부가 아니라 실제로 공제받은 금액만 냅니다. 예를 들어 1,300만원 가운데 800만원만 공제받고 500만원이 이월되어 있었다면 다시 낼 금액은 800만원입니다.

이때 이월된 500만원을 다음 해에 계속 쓸 수 있는지는 조문이 따로 정하지 않습니다. 같은 직원 몫의 공제를 사후관리에서 일부만 돌려낸 뒤 나머지를 다시 쓰면 세무서와 다툼이 생길 수 있으므로, 이월 명세에서 그 금액을 어떻게 처리할지 신고 전에 정해 두는 편이 안전합니다. 복귀자 공제를 받은 회사라면 최저한세 계산과 이월 명세를 사후관리 표와 함께 관리하십시오.

2024년 정규직 전환 공제도 같은 사후관리를 받나요?

그렇습니다. 2023. 6. 30. 당시 고용하던 기간제·단시간·파견 근로자를 2024년 중 정규직으로 전환해 1인당 1,300만원(중견기업 900만원)을 공제받았다면, 전환일부터 2년 안에 근로관계가 끝날 때 같은 방식으로 다시 냅니다.

2024년에 전환한 직원의 2년은 2026년 중에 끝납니다. 올해 퇴사자가 있었다면 전환일과 퇴사일을 맞춰 보고, 2026 사업연도 신고에 반영해야 합니다.

육아휴직 복귀자 세액공제 대응 순서

• 요건 서류 정리 - 원천징수부, 육아휴직 기간 확인서, 복직일 인사 기록, 주주명부를 직원별로 모읍니다.
• 상시근로자 비교 - 복직한 과세연도와 직전 과세연도의 상시근로자 수를 계산합니다.
• 2년 관리 표 작성 - 복직일·전환일과 2년이 끝나는 날을 표로 만들어 퇴사 때마다 확인합니다.
• 신고 반영 - 2년 안에 퇴사한 직원이 있으면 퇴사한 과세연도 신고 때 공제세액을 함께 냅니다.
• 누락 시 경정청구 - 요건을 갖췄는데 공제를 빠뜨렸다면 법정신고기한부터 5년 안에 경정청구하고, 거부되면 90일 안에 심판청구를 변호사와 검토합니다.

여기까지는 일반 기준이고, 육아휴직의 연속 기간, 복직일과 퇴사일, 그해 상시근로자 수 변동에 따라 공제와 추징이 달라집니다. 법무법인 윤성은 고용 관련 세액공제의 경정청구와 사후관리 추징에 대한 소명, 조세심판 청구를 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 육아휴직 복귀자 세액공제는 얼마인가요?
  요건을 갖춘 복귀자 1명당 중소기업은 1,300만원, 중견기업은 900만원을 복직한 날이 속하는 과세연도의 법인세나 사업소득세에서 공제합니다. 자녀 1명당 한 번만 받을 수 있습니다.
• 2027년에 복직해도 공제받을 수 있나요?
  현행법은 2026. 12. 31.까지 복직시킨 경우만 공제합니다. 2027년 복직분은 연말 세법 개정으로 기한이 늘어나지 않으면 공제 대상이 아니므로 개정 여부를 확인해야 합니다.
• 직원이 스스로 그만둬도 다시 내나요?
  조문은 퇴직 사유를 나누지 않고 복직일부터 2년 안에 근로관계를 종료하는 경우라고만 정합니다. 그래서 본인이 이직하며 퇴사한 경우도 다시 내는 대상으로 보는 것이 문언에 가깝습니다.
• 다시 낼 때 이자도 붙나요?
  이 조항에는 이자상당가산액 규정이 없어 공제받은 세액만 냅니다. 다만 퇴사한 과세연도 신고 때 빠뜨리면 과소신고가산세와 납부지연가산세가 붙을 수 있으니 퇴사한 해 신고서에 반영해야 합니다.
• 그해 직원 수가 줄었는데도 공제되나요?
  복직한 과세연도의 상시근로자 수가 직전 과세연도보다 줄었다면 공제받지 못합니다. 출산전후휴가 중인 직원의 대체 인력이 있으면 휴가 중인 직원은 인원 계산에서 빼고 비교합니다.
• 공제를 빠뜨렸다면 어떻게 하나요?
  요건을 갖췄는데 신고에서 빠뜨렸다면 법정신고기한부터 5년 안에 경정청구할 수 있습니다. 육아휴직 기간과 원천징수 사실을 보여 주는 서류를 함께 냅니다. 세무서가 2개월 안에 답하지 않으면 통지 전이라도 불복할 수 있습니다.

법무법인 윤성 × Lexle

허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

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