감면·공제

공업지역 편입 뒤 환지예정지가 된 농지, 자경 감면 기준일은 언제인가요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.14 갱신

농지가 주거·상업·공업지역에 편입된 뒤 환지예정지 지정을 받았다면 두 날짜 중 빠른 날까지 생긴 소득만 자경농지 감면 대상입니다. 대법원 2016두57038 판결과 감면 소득 계산식, 3년 경과 제외 규정을 정리했습니다.

주거·상업·공업지역 편입일과 환지예정지 지정일 가운데 빠른 날까지 생긴 소득만 감면됩니다. 대법원은 공업지역에 먼저 편입된 뒤 환지예정지 지정을 받은 농지라면 편입일까지의 소득만 감면 대상이라고 보았습니다. 늦은 날짜인 환지예정지 지정일을 기준으로 감면세액을 다시 계산해 달라고 경정청구할 실익은 거의 없습니다.

이런 상담이 많습니다

E씨는 1995년부터 직접 벼농사를 지어 온 논이 2023. 3. 산업단지 개발계획으로 공업지역에 편입되었습니다. 이어 2024. 9. 도시개발사업 조합이 그 논을 농지 외의 토지로 환지예정지 지정했고, E씨는 2025. 10. 논을 팔았습니다. 세무사는 공업지역 편입일까지의 소득만 감면된다며 신고했고, 그 결과 양도소득세 상당액을 냈습니다. 그런데 E씨는 이웃에게서 환지예정지 지정일 기준이면 감면세액이 더 커진다는 말을 들었습니다. E씨는 지금이라도 지정일 기준으로 경정청구를 해서 세금을 돌려받을 수 있는지, 그러다 오히려 감면이 문제 되지는 않는지 물으셨습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

대법원은 어떻게 판단했나요?

공업지역 편입일까지의 소득만 감면된다며 원고 승소 원심을 파기했습니다. 원고는 1990년부터 소유한 논을 8년 넘게 경작했고, 이 논은 2011. 12. 28. 연구개발특구 개발사업 실시계획 승인으로 공업지역에 편입되었습니다. 2013. 6. 21. 환지예정지 지정 공고가 났고, 원고는 2014. 9. 땅을 팔면서 편입일 기준으로 감면세액을 계산해 신고했습니다. 이후 환지예정지 지정일 기준으로 다시 계산해 약 1,410만 원을 돌려달라고 경정청구했으나 거부되었습니다. 원심은 지정일 기준이 맞다며 원고 손을 들어주었습니다. 대법원은 감면 제한이 “주거지역 등에 편입된 날과 도시개발법 등에 따라 농지 외의 토지로 환지예정지 지정을 받은 날 중 빠른 날을 기준으로 적용된다고 보아야 한다”고 판단했습니다.

왜 빠른 날이 기준이 되나요?

편입이나 지정 뒤에는 개발이익이 생기기 시작해 사실상 농지가 아닌 땅처럼 거래되기 때문입니다. 조문은 주거지역등 편입과 환지예정지 지정 중 어느 하나만 있어도 감면 범위를 줄이도록 되어 있습니다. 대법원은 주거지역 등에 먼저 편입되면 그때부터 이미 농지 외의 토지로 취급되므로, 뒤에 환지예정지 지정이 있어도 앞선 편입일이 기준이라고 했습니다. 녹지지역에 있다가 바로 환지예정지 지정을 받는 경우가 있으므로 지정일 기준도 의미가 있다고 덧붙였습니다. 현행 조세특례제한법 제69조 제1항 단서도 같은 문언이어서 현행 법령에서도 같은 결론이라고 볼 수 있습니다. 편입 감면을 직접 다룬 글로 「주거지역에 편입된 농지를 팔면 자경 감면은 편입 전에 오른 값까지만 되나요?」에서 자세히 설명했습니다.

감면되는 소득은 어떻게 계산하나요?

양도소득금액에 기준시가 상승분 비율을 곱해 계산합니다. 분자는 편입일이나 지정일의 기준시가에서 취득 당시 기준시가를 뺀 금액이고, 분모는 양도 당시 기준시가에서 취득 당시 기준시가를 뺀 금액입니다. 그 날에 새 기준시가가 고시되기 전이라면 직전 기준시가를 씁니다. 수용되는 경우에는 보상가액 산정의 기초가 된 기준시가를 양도 당시 기준시가로 봅니다. 그래서 기준일이 앞당겨질수록 분자가 작아지고 감면 소득도 줄어듭니다. 판결 사안에서도 편입일 기준 감면세액은 약 2,986만 원, 지정일 기준으로 주장한 감면세액은 약 4,396만 원이었습니다.

편입이나 지정 뒤 3년이 지나면 어떻게 되나요?

감면 대상 농지에서 아예 빠질 수 있습니다. 양도일 현재 특별시·광역시(군 제외)나 시 지역의 주거·상업·공업지역 안 농지로서 편입된 날부터 3년이 지난 농지는 감면 대상이 아닙니다. 대규모 개발사업의 단계적 시행이나 보상 지연처럼 정해진 예외가 있으면 달리 봅니다. 환지예정지 지정일부터 3년이 지난 농지도 같고, 환지처분으로 받는 환지청산금 부분은 이 제외에서 빠집니다. 판결 사안은 편입 뒤 약 2년 9개월 만에 팔아 이 제외 규정에는 걸리지 않았습니다. 따라서 기준일을 정한 다음에는 반드시 양도일까지의 기간을 함께 세어 보아야 합니다. 편입 뒤 3년이 다가온다면 기준일 소득만이라도 감면받을 수 있도록 매매 시기를 앞당기는 것이 나을 수 있습니다.

자경농지 감면 기준일 대응 순서

• 날짜 확인 - 용도지역 편입 고시일과 환지예정지 지정 공고일을 문서로 확인합니다.
• 기준일 결정 - 두 날짜 중 빠른 날을 기준일로 정합니다.
• 3년 경과 점검 - 기준일부터 양도일까지 3년이 지났는지, 예외 사유가 있는지 봅니다.
• 감면 소득 계산 - 기준일·취득·양도 당시 기준시가로 감면 대상 소득을 계산합니다.
• 신고와 경정 - 신고 때 감면신청서를 내고, 잘못 계산했으면 5년 안에 경정청구를 합니다.

여기까지는 일반 기준이고, 용도지역 편입일과 환지예정지 지정일의 선후, 양도일까지 3년이 지났는지에 따라 감면 범위와 세액이 달라집니다. 법무법인 윤성은 자경농지 감면 신고 검토와 경정청구, 양도소득세 불복을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 녹지지역 농지가 바로 환지예정지로 지정되면 기준일은요?
  주거·상업·공업지역 편입 없이 곧바로 환지예정지 지정을 받았다면 환지예정지 지정일까지 발생한 소득이 감면 대상입니다. 녹지지역은 감면을 제한하는 주거지역등에 들어가지 않습니다.
• 환지청산금으로 받은 돈도 자경 감면이 되나요?
  환지예정지 지정일부터 3년이 지난 농지는 감면 대상에서 빠지는데, 이때 환지처분에 따라 받는 환지청산금 부분은 그 제외 대상에서 다시 제외됩니다.
• 환지예정지 지정 뒤 공사로 농사를 못 지었다면 농지 여부는 언제로 보나요?
  환지예정지 지정일부터 3년이 지나기 전 토지조성공사로 경작하지 못하게 된 경우에는 토지조성공사 착수일 현재의 농지를 기준으로 판단합니다.
• 매수인이 잔금 전에 형질변경을 했다면 농지 판단은요?
  양도일 이전에 매매계약 조건에 따라 매수자가 형질변경이나 건축착공을 한 경우에는 매매계약일 현재의 농지를 기준으로 판단합니다.
• 감면신청서를 내지 않으면 감면을 못 받나요?
  감면을 받으려면 양도한 날이 속하는 과세연도의 과세표준신고(예정신고 포함)와 함께 세액감면신청서를 내도록 정하고 있습니다. 놓쳤다면 경정청구로 바로잡을 수 있는지 따로 검토해야 합니다.

법무법인 윤성 × Lexle

허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

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