세금

다른 거래처에 받은 단가를 특수관계 회사 거래의 시가로 볼 수 있나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.20 갱신

유사한 상황에서 특수관계 없는 거래처와 계속 거래한 단가라면 시가로 봅니다. 그러나 거래 조건, 물량, 용역 내용이 다르면 그 단가를 그대로 시가로 쓸 수 없습니다. 시가라는 점은 원칙적으로 과세관청이 증명해야 합니다. 단가가 서로 다르다는 사실만으로 부당행위가 되는 것은 아닙니다.

유사한 상황에서 특수관계 없는 거래처와 계속 거래한 단가라면 시가로 봅니다. 그러나 거래 조건, 물량, 용역 내용이 다르면 그 단가를 그대로 시가로 쓸 수 없습니다. 시가라는 점은 원칙적으로 과세관청이 증명해야 합니다. 단가가 서로 다르다는 사실만으로 부당행위가 되는 것은 아닙니다.

다른 거래처 단가가 시가가 되는 조건은 무엇인가요?

법인세법 시행령 제89조 제1항이 정한 조건을 갖춰야 합니다. 해당 거래와 유사한 상황에서 그 법인이 특수관계인 외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격이어야 합니다. 또는 특수관계인이 아닌 제3자 사이에 일반적으로 거래된 가격이어야 합니다.

핵심은 「유사한 상황」과 「계속적」이라는 두 요건입니다. 같은 제품이라도 납품 수량, 결제 조건, 운송 책임, 하자 보증 범위가 다르면 상황이 같지 않습니다. 한두 번의 특가 판매나 재고 처분 가격은 계속적 거래로 보기 어렵습니다. 거래 시기도 중요해서, 원자재 가격이 크게 바뀐 뒤의 단가는 그 전 거래와 같은 상황이라고 하기 어렵습니다. 반대로 같은 조건으로 여러 거래처와 반복해 쓴 단가라면 시가로 인정될 가능성이 높습니다.

한 번뿐인 거래는 낮은 가격이어도 기준이 되지 못합니다. 공장 일부를 특수관계 회사에 싸게 빌려준 회사가 외부 임차인 한 곳의 가장 낮은 단가를 시가로 주장한 사건이 있었습니다. 법원은 다른 외부 임차인 여러 곳이 모두 같은 평당 단가를 냈으므로 그 단가가 일반적 거래가격이라고 보았습니다. 가장 낮은 단가는 일회적인 경우여서 시가로 보기 어렵다고 했습니다.

특수관계 거래처끼리의 단가는 비교 대상에서 빠집니다. 시가는 특수관계 없는 사람 사이의 정상 거래가격이기 때문입니다. 과세관청이 다른 계열사와의 단가를 비교 대상으로 삼았다면 그 자체로 다툴 수 있습니다.

과세관청이 다른 거래 단가로 계산했다면 무엇을 다투나요?

비교 거래가 정말 「유사한 상황」인지를 다툽니다. 대법원은 시가에 대한 주장·증명책임이 과세관청에 있다고 거듭 밝혔습니다. 과세관청이 내놓은 비교 거래의 조건이 다르면 시가 증명이 부족하다는 결론이 나올 수 있습니다.

대법원 2018. 7. 26. 선고 2016두40375 판결은 차입 이자율의 시가가 문제 된 사건입니다. 과세관청은 회사의 다른 차입 이율을 기준으로 시가를 계산했습니다. 대법원은 어느 차입을 기준으로 하느냐에 따라 결과가 크게 달라진다며 시가 증명이 없다고 보았습니다. 단가 비교에서도 기준 거래를 어떻게 골랐는지가 같은 방식으로 다퉈집니다.

계열사 전산용역 단가가 문제 된 사건도 있습니다. 과세관청은 같은 용역업체가 다른 회사들에 정부 고시단가보다 할인해 준 단가를 시가로 보았습니다. 법원은 「유사한 상황」이 계약 문구가 비슷하다는 뜻만은 아니라고 했습니다. 당사자의 사업 종류, 지배구조와 재무상태, 거래 목적과 경위까지 비슷해야 한다는 것입니다. 비교 회사 하나는 자체 전산시스템을 구축해 단가를 낮출 사정이 있었다며 과세를 취소했습니다.

비교 단위도 따져야 합니다. 대법원 2013. 9. 27. 선고 2013두10335 판결은 사업부문을 포괄적으로 넘겨받은 사건입니다. 대법원은 개별 자산을 떼어 보지 말고 전체 거래가격과 전체 시가를 비교해야 한다고 했습니다. 묶음 계약 가운데 한 품목 단가만 골라 비교했다면 같은 논리로 다툴 수 있습니다.

비교할 거래가 없으면 시가는 어떻게 정하나요?

자산 거래라면 감정가액, 그다음 상속세 및 증여세법 평가액 순으로 정합니다. 용역 거래라면 원가에 정상 수익률을 더한 금액을 시가로 봅니다. 원가는 직접비와 간접비를 모두 포함합니다.

이때 수익률은 그 사업연도에 특수관계인 외의 자에게 제공한 유사한 용역거래의 수익률입니다. 그런 거래가 없으면 특수관계 없는 제3자 사이의 일반적인 용역거래 수익률을 씁니다. 결국 비교 거래가 전혀 필요 없는 것은 아니고, 단가 대신 이익률을 비교하는 셈입니다.

자산을 빌려주는 거래는 따로 산식이 있습니다. 자산 시가의 50%에서 보증금을 뺀 금액에 정기예금이자율을 곱합니다. 이 산식은 비교할 임대 사례가 없을 때만 씁니다. 비교 사례가 있는데도 산식으로 계산했다면 산정 순서를 어긴 것이어서 다툴 수 있습니다. 시가 산정은 법령이 정한 순서를 따라야 하기 때문입니다.

특수관계 회사 단가가 달라도 괜찮은 경우는 언제인가요?

거래 조건의 차이가 단가 차이를 설명할 수 있으면 됩니다. 대량 장기 계약이어서 할인했다면 같은 조건의 외부 거래처에도 할인했는지가 기준이 됩니다. 특수관계 회사가 물류, 재고, 하자 부담을 더 졌다면 그 비용을 숫자로 보여 주어야 합니다.

시가와 다르더라도 차이가 3억원 미만이고 시가의 5% 미만이면 부당행위계산 부인이 적용되지 않습니다. 다만 단가 차이는 거래 건수가 쌓이면서 연간 금액이 커지는 경우가 많습니다. 연 단위 차액이 기준을 넘는지 함께 계산해 두는 것이 안전합니다.

예를 들어 외부 거래처에 개당 1만원에 파는 부품을 계열사에는 9천5백원에 판다고 보겠습니다. 할인율은 5%여서 그 자체로 5% 기준에 걸립니다. 계열사가 운송비를 부담하고 대금을 선지급한다면 그 비용과 금융 이익을 계산해 할인 폭을 설명해야 합니다. 설명되는 만큼은 시가와의 차이가 아니라 조건 차이로 볼 수 있습니다.

단가 시가 대응 순서

• 비교 거래 목록화 - 같은 기간 특수관계 없는 거래처와의 계약을 품목·물량·조건별로 정리합니다.
• 조건 차이 계량 - 물량, 결제 기간, 운송·보증 책임의 차이를 금액으로 환산합니다.
• 단가 근거 문서화 - 특수관계 회사 단가를 정한 내부 결재와 산출 근거를 계약서와 함께 보관합니다.
• 연간 차액 점검 - 시가와의 차이가 사업연도 기준으로 3억원 또는 5%를 넘는지 계산합니다.
• 조사 대응 - 과세관청의 비교 거래가 유사한 상황인지 반박 자료를 준비합니다.

여기까지는 일반 기준이고, 비교 거래의 조건과 단가를 정한 경위에 따라 시가 인정 여부가 달라집니다. 법무법인 윤성은 계열회사 거래 단가의 시가 다툼과 법인세 세무조사 대응을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 외부 거래처 한 곳에만 준 단가도 시가가 되나요?
  한 곳과 반복해 거래한 단가라면 제3자 사이의 일반적 거래가격으로 볼 여지가 있습니다. 다만 일회성 거래나 특수한 사정이 있는 거래는 계속적 거래로 보기 어렵습니다.
• 시장에 공표된 단가 기준을 썼다면 시가로 인정되나요?
  공표 단가가 그 업종에서 일반적으로 쓰이는 기준이라면 시가 판단의 유력한 자료가 됩니다. 다만 외부 거래처에는 그보다 할인했다면 그 할인 사유가 함께 검토됩니다.
• 계열사에 판 단가가 원가보다 높으면 문제가 없나요?
  원가보다 높다는 것만으로는 충분하지 않습니다. 외부 거래처와의 정상 단가가 있으면 그 단가가 기준이 됩니다. 비교 거래가 없을 때 원가에 정상 수익률을 더한 금액이 기준입니다.
• 시가보다 비싸게 산 경우와 싸게 판 경우 모두 해당하나요?
  네, 둘 다 해당합니다. 특수관계인에게 싸게 팔거나 용역을 싸게 제공하면 제3호·제6호, 비싸게 사거나 제공받으면 제1호·제7호 유형입니다. 기준금액 요건도 똑같이 적용됩니다.
• 해외 계열사와의 단가도 같은 기준인가요?
  아니요, 국제거래에는 원칙적으로 법인세법 제52조가 적용되지 않습니다. 국제조세조정에 관한 법률의 정상가격 규정으로 따로 판단합니다. 다만 자산 증여 등 대통령령으로 정한 거래는 예외입니다.
• 부인되면 상대 계열사 쪽 세금은 줄어드나요?
  원칙적으로 상대 법인의 세금을 자동으로 고쳐 주지는 않습니다. 우리 회사의 익금산입은 기타 사외유출로 처분되고, 상대 법인의 장부상 금액은 그대로 남습니다.

법무법인 윤성 × Lexle

허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

이 글과 관련해 지금 상황을 남겨 주세요. 다른 상황이어도 괜찮아요. 남겨 주시면 제가 먼저 읽어 볼게요!

• 채팅으로 끝까지전화 안 하셔도 돼요
• 사진 한 장이면 시작모르는 건 비워 두셔도 돼요
• 금액부터 알려 드려요보시고 맡길지 정하시면 돼요
• 10분 안에 답업무시간 기준 · 알림톡으로 알려요
• 변호사가 직접 읽어요맡을 수 있는 일인지 알려 드려요
• 결과는 문서로같은 채팅방에 문서로 와요

지금 상황을 적어 주세요

변호사에게 보내기

휴대폰 문자로 한 번만 확인할게요 · 금액은 먼저 알려 드려요

법무법인 윤성이 직접 운영해요 · 법률사무는 전부 소속 변호사가 해요

비슷한 상황

• 주주에게 빌린 후순위 차입금 이자율이 높으면 부당행위계산 부인되나요?
• 회사에 주식을 계약일 시가로 팔았는데 잔금 때 값이 오르면 부당행위인가요?
• 회사가 대표 대신 풋옵션 주식을 비싸게 사면 부당행위계산 부인 대상인가요?
• 자회사 프로구단 적자를 모회사가 메워 준 지원금, 계열사와 나눠 손금 처리하나요?
• 완전자회사의 자산 매각손실을 모회사가 보전해 주면 손금이 되나요?

이 글은 일반적인 법률 안내입니다. 개별 사안은 사실관계와 자료에 따라 판단이 달라질 수 있습니다.허진영 대표변호사 · 대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록광고책임변호사 허진영 · 법무법인 윤성© 법무법인 윤성 · 무단 복제·자동 수집 금지이 글에 의견 보내기