원산지·FTA

APTA 세율로 수입할 때도 협정관세 적용신청서를 내야 하나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.08 갱신

아니요, 협정관세 적용신청서는 FTA 특례법에 따른 FTA에만 쓰는 서류여서 APTA 세율을 받을 때는 내지 않습니다. APTA는 관세법상 국제협력관세로, 수입신고 때 APTA 서식의 원산지증명서를 세관장에게 내야 합니다. 지금은 원산지증명서의 서식과 발행일부터 확인하십시오.

APTA 세율을 받을 때는 FTA용 협정관세 적용신청서를 따로 작성하지 않아도 됩니다. 대신 APTA 서식의 원산지증명서를 수입신고 때 함께 내는 것이 핵심 절차입니다.

이런 상담이 많습니다

D사는 2026년 9월 인도 공급업체에서 화학 원료를 처음 들여오면서 아시아·태평양 무역협정(APTA) 양허세율을 적용받으려 했습니다. 예전에 FTA 물품을 수입할 때처럼 협정관세 적용신청서를 작성해야 하는지, 원산지증명서는 언제 내야 하는지 관세사와 의견이 엇갈렸습니다. D사는 APTA 세율을 받기 위한 서류와 제출 시점을 정확히 알고 싶다며 물어 왔습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

관세청은 APTA 신청 서류를 어떻게 안내하나요?

관세청은 협정관세 적용신청서는 FTA 특례법에 규정된 서류이므로 그 법을 따르는 FTA에만 제출하고, APTA 같은 FTA 외 특혜관세에는 제출하지 않는다고 안내합니다. 관세청 「2026 관세행정 민원상담 사례집」(2026. 6.)은 이 점을 APTA 적용 질의에 대한 답으로 설명합니다.

2026. 10. 7. 기준 현행 「자유무역협정의 이행을 위한 관세법의 특례에 관한 법률」은 협정관세를 받으려는 수입자가 수입신고 수리 전까지 대통령령에 따라 적용을 신청하도록 정하고, 시행령은 그 신청을 재정경제부령의 협정관세 적용신청서로 하게 합니다. 이 법의 「협정」은 우리나라가 체약상대국과 관세 철폐·인하를 내용으로 맺은 자유무역협정을 말하므로, APTA 세율 신청에는 이 서식이 쓰이지 않습니다.

APTA 세율은 어떤 법에 근거하나요?

APTA 세율은 관세법상 국제협력관세입니다. 정부는 대외무역 증진을 위해 특정 국가나 국제기구와 관세 협상을 하고 관세를 양허할 수 있습니다. 「세계무역기구협정 등에 의한 양허관세 규정」은 APTA에 서명·가입한 국가에 적용할 양허관세를 별표 3으로 정하고, 방글라데시와 라오스에는 따로 별표를 둡니다.

APTA 원산지 기준은 「아시아ㆍ태평양 무역협정 원산지 확인 기준 등에 관한 규칙」이 정합니다. 이 규칙은 관세법 제229조에 근거한 재정경제부령이고, 협정과 규칙이 충돌하면 협정을 우선합니다.

APTA 세율을 받으려면 무엇을 언제 내야 하나요?

원산지 확인이 필요한 물품에 법·조약·협정에 따른 낮은 세율을 받으려는 사람은 수입신고 때 원산지증명서를 세관장에게 내야 합니다. APTA 물품은 「특혜관세 적용 및 원산지증명 제도 운영에 관한 고시」 별지 제6호서식의 원산지증명서를 냅니다. 원산지증명서는 세관장이 특별히 원본을 요구하지 않으면 전자이미지나 사본으로 낼 수 있습니다.

• 한 건 한 장 - 원산지증명서는 선하증권이나 항공화물운송장이 같은 건에만 씁니다. 선복 부족 등으로 분할 선적한 경우는 나눠 쓸 수 있습니다.
• 유효기간 - 제출일부터 거슬러 1년 이내에 발행된 것이어야 합니다. 1년 안에 수입항에 도착했는데 신고가 늦어진 기간 등은 빼고 계산합니다.
• 신고 때 못 낼 때 - 수입신고 수리 전 반출 승인을 받아 물건을 먼저 반출하고, 반출 후 15일 안에 정정신고와 함께 원산지증명서를 내는 방법이 있습니다.

원산지증명서를 내지 않으면 세관장은 국제협력관세 등 관세의 편익을 적용하지 않을 수 있습니다.

FTA 세율도 있는 물품이면 어느 쪽을 신청하나요?

같은 물품에 FTA 협정세율과 APTA 양허세율이 모두 있으면 수입자에게 유리한 세율을 확인해 그 제도의 절차를 밟으면 됩니다. FTA 협정관세의 세율이 관세법 제50조에 따른 적용세율과 같거나 높으면 관세법 제50조의 세율을 우선 적용하고, 국제협력관세는 기본세율 등보다 낮을 때 우선 적용합니다.

절차는 서로 다릅니다. FTA 세율로 가려면 협정관세 적용신청서를 내고 그 협정 서식의 원산지증명서를 갖춥니다. APTA 세율로 가려면 APTA 서식 원산지증명서를 수입신고 때 냅니다. FTA는 수리 전까지 신청하지 못해도 수리일부터 1년 안에 사후적용을 신청할 수 있지만, APTA에는 이런 사후적용 조문이 없습니다. 신고 전에 발급받은 원산지증명서를 분실 등으로 못 낸 경우에만 유효기간 안에 경정청구서와 함께 낼 수 있으므로, 신고 전에 어느 쪽으로 갈지 정해 두는 편이 안전합니다.

APTA 원산지 요건을 못 갖추면 어떻게 되나요?

APTA 원산지물품으로 인정받으려면 수출참가국에서 완전 생산되었거나, 비참가국산·원산지 불명 재료 가격이 본선인도가격의 100분의 55 이하이고 수출참가국에서 최종 공정을 거쳐야 합니다. 비참가국을 거쳐 운송되었다면 수출참가국에서 발행한 통과 선하증권 등으로 직접운송을 입증해야 합니다. 이 요건이 확인되지 않아 APTA 세율이 배제되고 관세가 추징되면, 처분을 안 날부터 90일 안에 심사청구나 심판청구를 할 수 있습니다.

APTA 세율 신청 대응 순서

• 세율 비교 - 같은 물품의 APTA 양허세율, FTA 협정세율, 기본세율을 비교해 어느 제도로 신청할지 정합니다.
• 서식 확인 - APTA로 가면 별지 제6호서식 원산지증명서를, FTA로 가면 협정 서식과 협정관세 적용신청서를 준비합니다.
• 원산지 요건 점검 - 수출자에게 완전생산 여부나 비참가국 재료 비율 55% 이하 충족 근거를 확인합니다.
• 운송경로 확인 - 제3국을 거치면 수출참가국 발행 통과 선하증권을 받아 둡니다.
• 신고 시 제출 - 수입신고 때 원산지증명서를 내고, 늦어지면 수리 전 반출과 15일 기한을 활용합니다.

여기까지는 일반 기준이고, FTA와 APTA 세율이 함께 걸리거나 원산지증명서가 신고 뒤에 발급되는 경우는 서류와 일정을 보고 따로 따져야 합니다. 법무법인 윤성은 특혜세율 배제에 따른 관세 추징 처분의 심사청구·심판청구와 행정소송을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• APTA는 FTA 특례법이 적용되지 않나요?
  FTA 특례법의 협정은 우리나라가 체약상대국과 관세 철폐·인하를 내용으로 맺은 자유무역협정을 말합니다. APTA 세율은 관세법 제73조와 「세계무역기구협정 등에 의한 양허관세 규정」에 따른 국제협력관세로 운영되므로, 협정관세 적용신청서 같은 FTA 특례법 절차를 쓰지 않습니다.
• APTA 원산지증명서는 원본으로 내야 하나요?
  세관장이 특별한 사유로 원본을 요구하지 않으면 원본을 스캔한 전자이미지나 사본으로 낼 수 있습니다. 다만 세관에서 원본을 요구하면 원본을 제출해야 하므로 원본은 보관해 두어야 합니다.
• 원산지증명서 한 장으로 여러 건을 신고할 수 있나요?
  원산지증명서는 선하증권이나 항공화물운송장이 같은 건에만 쓸 수 있습니다. 선복 부족 같은 부득이한 사유로 분할 선적된 경우에만 나눠 쓸 수 있으므로, 여러 번 나눠 들여오는 물품은 선적마다 원산지증명서를 받는 것이 원칙입니다.
• APTA 원산지물품의 기준은 무엇인가요?
  수출참가국에서 직접 운송된 물품으로서 그 나라에서 완전히 생산되었거나, 비참가국산·원산지 불명 재료 가격의 합계가 본선인도가격의 100분의 55 이하이고 그 나라에서 최종 제조공정을 거친 물품 등입니다. 단순 포장·라벨 부착 같은 작업만으로는 인정되지 않습니다.
• 최빈개발도상국 물품은 기준이 다른가요?
  네. 참가국 중 국제연합총회 결의에 따른 최빈개발도상국에서 생산된 물품은 비참가국 재료 비율 기준이 100분의 65로, 참가국 누적 부가가치 기준이 100분의 50으로 완화됩니다. 수출국이 이에 해당하는지 먼저 확인해야 합니다.
• 신고 때 원산지증명서가 없으면 일반세율인가요?
  수입신고 때 낼 수 없으면 세관장의 수리 전 반출 승인을 받아 먼저 반출하고, 반출 후 15일 안에 원산지증명서 내역을 정정신고하며 원산지증명서를 내면 특혜관세로 수리됩니다. 기한을 넘기면 특혜관세를 적용하지 않고 수리될 수 있습니다.
• 원산지증명서를 내지 않으면 어떻게 되나요?
  원산지 확인이 필요한 물품을 수입하면서 원산지증명서를 내지 않으면, 세관장은 일반특혜관세·국제협력관세·편익관세를 배제하는 등 관세의 편익을 적용하지 않을 수 있습니다. 이 경우 기본세율 등 일반 세율로 관세를 내게 됩니다.

법무법인 윤성 × Lexle

허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

이 글과 관련해 지금 상황을 남겨 주세요. 다른 상황이어도 괜찮아요. 남겨 주시면 제가 먼저 읽어 볼게요!

• 채팅으로 끝까지전화 안 하셔도 돼요
• 사진 한 장이면 시작모르는 건 비워 두셔도 돼요
• 금액부터 알려 드려요보시고 맡길지 정하시면 돼요
• 10분 안에 답업무시간 기준 · 알림톡으로 알려요
• 변호사가 직접 읽어요맡을 수 있는 일인지 알려 드려요
• 결과는 문서로같은 채팅방에 문서로 와요

지금 상황을 적어 주세요

변호사에게 보내기

휴대폰 문자로 한 번만 확인할게요 · 금액은 먼저 알려 드려요

법무법인 윤성이 직접 운영해요 · 법률사무는 전부 소속 변호사가 해요

비슷한 상황

• 중국 APTA 원산지증명서가 늦게 오면 수리 후에도 특혜세율을 받나요?
• FTA 체결국에서 사 온 물건이면 무조건 협정세율을 받나요?
• 아세안 원산지 물품인데 한-아세안 FTA 세율을 못 받는 이유는 뭔가요?

이 글은 일반적인 법률 안내입니다. 개별 사안은 사실관계와 자료에 따라 판단이 달라질 수 있습니다.허진영 대표변호사 · 대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록광고책임변호사 허진영 · 법무법인 윤성© 법무법인 윤성 · 무단 복제·자동 수집 금지이 글에 의견 보내기