원산지·FTA

일본 세관이 요구한 비특혜 원산지증명서, 세관에서 발급받을 수 있나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.08 갱신

아니요, FTA와 관계없는 비특혜 원산지증명서는 대외무역법에 따라 대한상공회의소 등 위탁기관에서 수수료를 내고 발급받습니다. 대외무역법 시행령은 원산지증명서 발급 업무를 대한상공회의소 등에 위탁하고, 세관장에게는 관세양허를 받기 위한 원산지증명서 발급만 위탁합니다. 지금은 일본 거래처가 원하는 서류가 단순 원산지 확인용인지, RCEP 특혜세율용인지부터 확인해야 합니다.

일본 세관이 원산지 서류를 요구한다고 해서 꼭 세관을 찾아갈 필요는 없습니다. 특혜관세와 무관한 일반 원산지증명서는 대한상공회의소 등 위탁기관에서 발급받는 구조입니다.

이런 상담이 많습니다

E사는 2026년 5월 일본 거래처에 국내에서 만든 주방용품을 처음 수출하면서, 일본 세관이 country of origin 서류를 요구한다는 연락을 받았습니다. 거래처는 관세 감면이 아니라 통관 확인용 서류라고 했습니다. E사는 상공회의소가 아니라 세관에서 발급받을 수 있는지, 어떤 서류를 준비해야 하는지 물어 왔습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

관세청은 비특혜 원산지증명서 발급을 어떻게 안내하나요?

관세청은 FTA와 관계없는 비특혜 원산지증명서는 「대외무역법」 제37조에 따라 상공회의소에서 수수료를 내고 발급받는다고 안내합니다. 관세청 「2026 관세행정 민원상담 사례집」(2026. 6.)은 수출물품의 원산지증명서를 받으려는 사람은 산업통상부장관에게 신청하고 수수료를 내야 하며, 구체적인 수수료는 산업통상부장관 고시로 정한다고 설명합니다.

2026. 10. 7. 기준 현행 「대외무역법 시행령」은 이 발급 업무를 대한상공회의소나 산업통상부장관이 지정·고시한 법인에 위탁합니다. 세관장에게 위탁된 것은 관세양허를 받기 위한 원산지증명서 발급 업무에 한정됩니다.

세관에서 원산지증명서를 발급받는 경우는 언제인가요?

세관장이 발급하는 것은 상대국에서 관세양허를 받기 위한 원산지증명서입니다. 대외무역법 시행령은 원산지증명서 발급 업무 가운데 관세양허를 받기 위한 발급 업무를 세관장에게 위탁하고, 같은 업무를 대한상공회의소 등에도 위탁합니다.

FTA 협정관세를 받기 위한 원산지증명서는 별도 법률을 따릅니다. 「자유무역협정의 이행을 위한 관세법의 특례에 관한 법률」은 협정에서 정한 방법에 따라 재정경제부령이 정하는 기관이 발급하거나, 수출자·생산자 등이 스스로 작성·서명하는 두 방식을 둡니다. 따라서 일본 거래처가 관세 감면 없이 원산지 확인만 원한다면 상공회의소 발급 대상입니다.

원산지증명서 발급 기준과 제출 서류는 무엇인가요?

발급 기준은 세 가지 가운데 하나입니다. 헌법에 따라 체결·공포된 조약이나 협정의 기준, 상대 수입국이 정한 기준, 산업통상부장관이 정해 공고한 기준입니다. 일본이 요구하는 원산지 판단 방식이 있으면 그 기준에 맞춰 신청해야 합니다.

신청할 때는 원산지증명서발급신청서에 구매자·공급자에 관한 서류, 가격·수량 등에 관한 서류, 산업통상부장관이 공고한 원산지 증명 서류를 붙입니다. 발급기관은 기준에 맞는지 조사·확인한 뒤 발급 여부를 정합니다. 수수료는 산업통상부장관이 고시한 금액을 냅니다.

일본 수입자가 관세 감면을 원하면 어떻게 하나요?

일본은 우리나라와 함께 역내포괄적경제동반자협정(RCEP) 당사국이므로, 수입자가 특혜세율을 원하면 비특혜 원산지증명서가 아니라 RCEP 원산지증명서가 필요합니다. 일본으로 수출하는 물품은 발급기관이 발급한 RCEP 원산지증명서 외에, 수출자나 생산자가 협정에 따라 스스로 작성·서명한 원산지증명서도 쓸 수 있습니다.

비특혜 원산지증명서는 원산지를 확인하는 서류일 뿐 협정관세 적용 근거가 되지 않습니다. 거래처에 어떤 목적의 서류인지 먼저 확인해야 이중으로 발급받는 일을 막을 수 있습니다. 반대로 RCEP 증명서를 쓰려면 수출물품이 협정의 원산지결정기준을 충족해야 하고, 그 근거 자료를 원산지증명서 작성일이나 발급일부터 5년 동안 보관해야 한다는 부담이 따릅니다.

비특혜 원산지증명서 발급 순서

• 용도 확인 - 일본 거래처에 통관 확인용인지, RCEP 특혜세율용인지 묻습니다. 목적에 따라 발급 근거 법률이 달라집니다.
• 발급 기준 확인 - 일본이 정한 원산지 기준이 있는지, 국내 공고 기준을 쓸지 정합니다. 기준에 따라 준비할 자료가 달라집니다.
• 서류 준비 - 구매자·공급자 서류, 송품장 등 가격·수량 서류, 원재료와 제조공정 자료를 모읍니다.
• 위탁기관 신청 - 대한상공회의소 등 위탁기관에 신청서를 내고 고시된 수수료를 냅니다.
• 유효기간 관리 - 발급받은 증명서는 원칙적으로 1년 동안 유효합니다. 같은 물품을 반복 수출하면 유효기간과 기재 내용을 함께 관리합니다.

여기까지는 일반 기준이고, 수입원료를 많이 쓴 제품이라 원산지가 한국으로 인정되는지 자체가 문제 되면 원재료와 공정 자료를 보고 따로 따져야 합니다. 법무법인 윤성은 원산지 판정·검증과 관련한 관세 행정 대응과 불복 사건을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 비특혜 원산지증명서는 누구에게 신청하나요?
  법률상 신청 상대방은 산업통상부장관이지만, 시행령이 발급 업무를 대한상공회의소나 산업통상부장관이 지정·고시한 법인에 위탁합니다. 그래서 실제 신청은 대한상공회의소 등 위탁기관에 합니다. 신청할 때 산업통상부장관이 고시한 수수료를 냅니다.
• 세관도 원산지증명서를 발급하나요?
  세관장에게 위탁된 것은 원산지증명서 발급 업무 가운데 관세양허를 받기 위한 원산지증명서 발급 업무입니다. 관세 감면과 무관한 일반 원산지 확인용 증명서는 대한상공회의소 등 위탁기관이 발급합니다. FTA 원산지증명서는 FTA 특례법에 따른 별도 절차입니다.
• 어떤 기준으로 원산지를 판단하나요?
  조약이나 협정에서 정한 기준, 상대 수입국이 정한 기준, 산업통상부장관이 정해 공고한 기준 가운데 하나에 따라 판단합니다. 일본이 요구하는 원산지 기준이 따로 있다면 그 기준에 맞는 자료를 준비해야 합니다. 발급기관은 기준 충족 여부를 조사·확인한 뒤 발급합니다.
• 신청할 때 어떤 서류를 붙이나요?
  원산지증명서발급신청서에 구매자·공급자에 관한 서류, 가격·수량 등에 관한 서류, 원산지 증명에 필요한 서류로서 산업통상부장관이 공고한 서류를 붙입니다. 송품장과 거래계약서, 원재료 명세와 제조공정 자료를 미리 정리해 두면 확인이 빨라집니다.
• 발급받은 증명서는 얼마 동안 쓰나요?
  대외무역법에 따른 원산지증명서의 유효기간은 1년입니다. 다만 헌법에 따라 체결·공포된 조약이나 협정에서 유효기간을 달리 정하면 그 기간을 따릅니다. 반복 수출이라도 유효기간이 지나면 새로 발급받아야 합니다.
• 일본에 수출하면 RCEP 증명서를 쓸 수 있나요?
  네, 일본은 RCEP 당사국이므로 일본 수입자가 특혜세율을 원하면 RCEP 원산지증명서를 준비합니다. 일본으로 수출하는 물품은 수출자나 생산자가 협정에 따라 스스로 작성·서명한 원산지증명서도 인정됩니다. 원산지결정기준을 충족하는지는 먼저 확인해야 합니다.

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허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

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