원산지·FTA

업체별 원산지인증수출자, 원산지관리 전산시스템이 꼭 있어야 하나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.08 갱신

아니요, 업체별 원산지인증수출자 인증에 원산지관리 전산시스템이 반드시 있어야 하는 것은 아니고, 업무매뉴얼 등 다른 방법으로 원산지 증명능력을 보여 주면 됩니다. 현행 FTA 관세특례법 시행령은 전산처리시스템을 보유하거나 그 밖의 방법으로 증명할 능력이 있으면 요건을 갖춘 것으로 정합니다. 지금은 주요 수출품의 원산지 판정 자료와 원산지관리전담자 요건부터 확인해야 합니다.

원산지관리 전산시스템을 새로 개발해야만 업체별 인증을 받을 수 있는 것은 아닙니다. 현행 시행령은 전산처리시스템이 없어도 그 밖의 방법으로 원산지 증명능력을 보여 주면 된다고 정합니다.

이런 상담이 많습니다

D사는 자동차 시트 부품을 만들어 EU·미국·베트남으로 수출하는 중견 제조사로, 2026년 하반기에 업체별 원산지인증수출자 인증을 신청하려고 합니다. 사내에는 회계·자재관리용 ERP만 있고 원산지 판정 기능은 없어서, 담당자는 수천만원을 들여 원산지관리 모듈을 새로 붙여야 하는지 고민하고 있습니다. D사는 인증 요건의 전산처리시스템이 정확히 무엇을 말하는지, 시스템 없이는 인증이 불가능한지 물어 왔습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

관세청은 인증 요건의 전산처리시스템을 어떻게 안내하나요?

인증 요건의 전산처리시스템은 회계·자재관리용 ERP가 아니라 원산지결정기준 충족 여부를 판정하고 증빙을 관리하는 원산지관리시스템을 말합니다. 관세청 「2026 관세행정 민원상담 사례집」(2026. 6.)은 일반 ERP에는 원산지관리 기능이 없어 업체들이 별도 시스템을 개발하거나 모듈을 추가해 쓴다고 설명합니다. 시스템 구축이 어려운 중소기업에는 관세청이 보급하는 원산지관리 프로그램을 쓸 수 있다고 안내합니다.

다만 2026. 10. 7. 기준 현행 「자유무역협정의 이행을 위한 관세법의 특례에 관한 법률 시행령」은 전산처리시스템 보유만을 요건으로 두지 않았습니다. 수출하거나 새로 수출하려는 물품이 품목번호 6단위 기준으로 원산지결정기준을 충족함을 증명할 수 있는 전산처리시스템을 보유하고 있거나, 그 밖의 방법으로 증명할 능력이 있으면 요건을 갖춘 것입니다.

시스템이 없으면 무엇으로 원산지 증명능력을 보여 주나요?

전산처리시스템이 없으면 원산지관리 업무매뉴얼로 증명능력을 보여 줄 수 있습니다. 현행 「자유무역협정 원산지인증수출자 운영에 관한 고시」는 업체별 인증 신청 때 전산처리시스템 현황자료 또는 원산지관리 업무매뉴얼을 내도록 정합니다. 세관은 어느 쪽이든 같은 기준으로 원산지 관리 능력을 심사합니다.

심사 기준은 프로그램 이름이 아니라 기능입니다. 원재료의 품목번호와 원산지를 관리하는지, 원재료 공급업체에서 원산지확인서를 받는지, 수출품의 협정별 원산지기준을 관리하고 기준이 바뀌면 반영하는지, 주요 수출품의 원산지 판정이 정확한지, 수출자 보관서류를 전자서류나 스캔본으로라도 보관하는지를 봅니다. 주요 품목은 최근 3년 이내 수출품 중 3개 이상 5개 이내로 고르고, 부가가치기준 품목을 1개 이상 넣어야 합니다.

업체별 인증의 나머지 요건은 무엇인가요?

업체별 인증은 원산지 증명능력 말고도 네 가지 요건을 모두 갖춰야 합니다. 신청일 이전 최근 2년 동안 원산지 서면조사나 현지조사를 거부한 사실, 수출자·생산자 보관서류 보관의무를 위반한 사실, 속임수나 부정한 방법으로 원산지증명서를 신청하거나 작성·발급한 사실이 없어야 합니다. 원산지증명서 작성대장을 비치하고 원산지관리전담자도 지정해야 합니다.

원산지관리전담자는 변호사·관세사·공인회계사이거나, 원산지 관리 자격이 있거나 관세청장이 정한 교육을 이수한 소속 직원이어야 합니다. 업체별 인증 전담자는 교육 이수 점수가 총합 20점 이상이어야 하고, 원산지관리사 자격증이 있으면 교육 없이 지정할 수 있습니다.

인증 뒤 요건을 갖추지 못하면 어떻게 되나요?

인증 뒤 원산지 증명능력이나 전담자 요건을 갖추지 못한 것이 확인되면 세관은 30일 이상의 기간을 주어 시정하게 할 수 있습니다. 정당한 사유 없이 기간 안에 시정하지 않으면 인증이 취소되고, 취소 전에는 청문을 거칩니다. 원산지조사를 거부하거나 서류 보관의무를 어기거나 부정 발급한 경우에는 시정 기회 없이 취소 사유가 됩니다.

인증유효기간은 인증일부터 5년이고, 연장하려면 만료 1년 전부터 만료 30일 전까지 신청해야 합니다. 인증 취소는 행정처분이므로 다툴 실익이 있으면 처분이 있음을 안 날부터 90일 안에 취소소송 등 불복을 검토합니다.

업체별 원산지인증수출자 인증 대응 순서

• 현행 관리 방식 점검 - 지금 원산지 판정을 엑셀·ERP·수작업 중 어떻게 하는지 정리합니다. 시스템이 없어도 업무 절차가 있으면 출발점이 됩니다.
• 매뉴얼 작성 - 원재료 품목번호·원산지 관리, 협정별 기준 관리, 판정 절차, 서류 보관 방법을 업무매뉴얼로 씁니다. 심사 항목에 맞춰 장을 나눕니다.
• 주요 품목 판정 - 최근 3년 수출품 중 3개 이상 5개 이내를 골라 원산지소명서와 입증자료를 준비합니다. 부가가치기준 품목을 1개 넣습니다.
• 전담자 지정 - 소속 직원의 교육 이수 점수가 20점 이상인지 확인하거나 원산지관리사 자격자를 지정합니다. 외부 관세사를 지정할 수도 있습니다.
• 신청과 보정 대응 - 관할세관에 신청하고 보정요구가 오면 기간 안에 답합니다. 시스템 도입은 인증 이후 업무량을 보고 정해도 됩니다.

여기까지는 일반 기준이고, 과거 원산지조사 이력이나 서류 보관 문제로 요건 충족이 불분명하거나 인증 취소 예고를 받았다면 자료를 보고 따로 따져야 합니다. 법무법인 윤성은 원산지인증수출자 인증 취소 등 행정처분 대응과 FTA 원산지 검증 대응을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• ERP가 있으면 전산처리시스템 요건을 갖춘 건가요?
  ERP가 있다는 것만으로는 부족합니다. 요건의 전산처리시스템은 수출물품이 원산지결정기준을 충족함을 증명할 수 있는 시스템이므로 원재료 원산지 관리와 협정별 판정 기능이 있어야 합니다. 그런 기능이 없다면 업무매뉴얼 등 그 밖의 방법으로 증명능력을 보여 주면 됩니다.
• 업무매뉴얼에는 무엇을 담아야 하나요?
  세관 심사 기준에 맞춰 원재료 품목번호와 원산지 관리, 원재료 공급업체 관리, 수출품의 협정별 원산지기준 관리와 변경 반영, 원산지 판정 절차, 수출자 보관서류 관리 방법을 담습니다. 매뉴얼대로 실제 판정 기록이 있는지도 함께 확인받습니다.
• 주요 품목은 몇 개를 골라 심사받나요?
  세관 심사 기준은 최근 3년 이내 주요 수출 또는 생산 품목 중 품목번호 6단위별로 상위 3개 이상 5개 이내를 고르도록 합니다. 실제 수출국과 맺은 협정 위주로 고르고, 원산지기준이 부가가치기준인 품목을 1개 이상 포함해야 합니다. 수출 품목이 3개 미만이면 그 범위에서 고릅니다.
• 원산지관리전담자는 외부 관세사도 되나요?
  네, 변호사·관세사·공인회계사는 원산지관리전담자가 될 수 있습니다. 원산지 관리 자격이나 교육 이수로 요건을 갖추는 사람은 그 업체 소속 직원이어야 합니다. 업체별 인증 전담자의 교육 이수 점수는 총합 20점 이상이어야 합니다.
• 과거 원산지조사를 거부한 적이 있으면요?
  인증신청일 이전 최근 2년 동안 원산지 서면조사나 현지조사를 거부한 사실이 있으면 업체별 인증 요건을 갖추지 못합니다. 서류 보관의무 위반이나 부정한 원산지증명서 발급 사실도 같은 기간을 봅니다. 해당 사실이 있으면 2년이 지난 뒤 신청하거나 품목별 인증을 검토합니다.
• 인증 뒤 매뉴얼대로 관리하지 못하면 어떻게 되나요?
  원산지 증명능력이나 전담자 요건을 갖추지 못한 것이 확인되면 세관은 30일 이상의 기간을 주고 시정하게 할 수 있습니다. 정당한 사유 없이 시정하지 않으면 인증이 취소되고, 취소 전에는 청문을 거칩니다. 시정요구서를 받으면 기간 안에 보완 자료를 내는 것이 우선입니다.
• 인증은 몇 년 유지되고 언제 연장하나요?
  업체별 원산지인증수출자의 인증유효기간은 인증을 받은 날부터 5년입니다. 연장하려면 만료 1년 전이 되는 날부터 만료 30일 전까지 연장 신청서를 내야 하고, 요건을 유지하고 있으면 5년 연장됩니다. 기한까지 신청하지 않으면 만료와 함께 인증 효력이 사라집니다.

법무법인 윤성 × Lexle

허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

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