무역·관세

이전가격 조정으로 수입가격을 사후에 바꾸면 관세는 어떻게 되나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.20 갱신

이전가격 조정으로 수입가격이 내려가면 경정청구로, 올라가면 수정신고로 관세를 다시 맞춥니다. 국세청이 거래가격을 조정했거나 소급 사전승인을 했다면 관세법 제38조의4의 특례 경정청구를 쓸 수 있습니다. 다만 세관장이 관세 평가 기준에 맞는다고 인정해야 세액이 바뀝니다.

이전가격 조정으로 수입가격이 내려가면 경정청구로, 올라가면 수정신고로 관세를 다시 맞춥니다. 국세청이 거래가격을 조정했거나 소급 사전승인을 했다면 관세법 제38조의4의 특례 경정청구를 쓸 수 있습니다. 다만 세관장이 관세 평가 기준에 맞는다고 인정해야 세액이 바뀝니다.

국세청이 이전가격을 낮추면 관세도 돌려받을 수 있나요?

네, 관세법 제38조의4의 경정청구로 관세를 돌려받을 길이 있습니다. 대상은 두 경우입니다. 첫째는 지방국세청장이나 세무서장이 수입물품 거래가격을 조정해 결정·경정한 경우입니다. 국제조세조정에 관한 법률 제7조 제1항에 따른 처분입니다. 둘째는 국세청장이 일방적 사전승인으로 거래가격을 소급 적용하게 한 경우입니다.

청구 기한은 조문상 결정·경정 처분이나 사전승인이 있음을 안 날부터 3개월 또는 최초로 납세신고를 한 날부터 5년 내입니다. 처분이나 사전승인의 통지를 받은 경우에는 그 받은 날이 기준입니다. 세관장은 청구를 받은 날부터 2개월 안에 경정하거나 경정할 이유가 없다고 알려야 합니다.

국세 조정이 곧바로 관세 감액으로 이어지지는 않습니다. 세관장은 조정방법과 계산근거가 관세법 제30조부터 제35조까지에 맞는다고 인정할 때 경정할 수 있습니다. 법인세의 정상가격과 관세의 과세가격은 판단 기준이 다르기 때문입니다. 세관장은 필요하면 관할 지방국세청장이나 세무서장과 협의합니다.

회사가 연말에 스스로 가격을 정산했다면 어떻게 하나요?

회사 자체 정산은 제38조의4의 대상이 아니라고 보는 것이 조문에 맞습니다. 이 조항은 국세청의 결정·경정이나 소급 사전승인이 있는 경우로 대상을 한정했습니다. 자체 정산으로 수입가격이 내려갔다면 일반 경정청구를 검토해야 합니다. 최초 납세신고일부터 5년 안에 할 수 있습니다.

일반 경정청구에서는 정산 금액을 과세가격에서 뺄 수 있는지가 다퉈질 수 있습니다. 관세법은 특수관계가 가격에 영향을 미쳤다면 거래가격을 과세가격으로 쓰지 않게 합니다. 이때는 제31조부터 제35조까지의 다른 방법으로 과세가격을 정합니다. 다만 해당 산업의 정상적인 가격결정 관행에 맞게 정한 경우 등은 예외입니다. 세관장은 그 판단 근거를 미리 서면으로 알리고 의견을 낼 기회를 주어야 합니다. 회사 자체 정산을 과세가격에 반영할 수 있는지 직접 판단한 대법원 판결은 아직 없습니다. 정산 산식이 수입 전에 확정되어 실제로 지급하는 가격의 일부가 된다면 반영할 수 있다고 볼 수 있습니다. 반대로 세관은 수입 뒤 사정으로 바뀐 금액은 신고 당시 거래가격이 아니라고 볼 여지가 있습니다.

정산이 반복되는 구조라면 과세가격 결정방법 사전심사를 받아 두는 방법이 있습니다. 특수관계자 간 거래물품의 결정방법도 가격신고 전에 심사받을 수 있습니다. 통보받은 방법대로 신고하고 요건을 갖추면 세관장은 그 방법으로 과세가격을 정해야 합니다. 「해외 본사와 거래하는 수입법인, ACVA를 받으면 무엇이 달라지나요?」에서 사전심사 효과를 함께 볼 수 있습니다.

이전가격이 올라가면 관세를 더 내고 가산세도 붙나요?

네, 수입가격이 올라가는 조정이면 부족한 관세를 수정신고로 내야 하고 가산세가 붙을 수 있습니다. 수정신고는 보정기간이 지난 날부터 관세 부과 제척기간이 끝나기 전까지 할 수 있습니다. 수정신고한 날의 다음 날까지 관세를 내야 합니다.

부족세액을 징수할 때 가산세는 부족세액의 10%에 납부지연 가산세를 더한 금액입니다. 납부지연 가산세는 법정납부기한 다음 날부터 납부일까지의 기간에 비례합니다. 사실을 은폐하거나 가장한 부정한 행위로 과소신고했다면 10% 대신 60%가 적용됩니다.

이전가격 조정은 사업연도가 끝난 뒤 한꺼번에 이루어지는 경우가 많습니다. 그만큼 법정납부기한부터 기간이 길어져 납부지연 가산세가 커집니다. 상향 조정이 확정되면 바로 수정신고 범위를 정하는 것이 부담을 줄이는 길입니다. 「관세를 덜 낸 것을 6개월 지나 알았다면 수정신고하면 되나요?」에서 수정신고 절차를 함께 볼 수 있습니다.

세관이 경정을 거부하면 어떻게 다투나요?

세관장의 통지에 이의가 있으면 통지를 받은 날부터 30일 안에 재정경제부장관에게 조정을 신청할 수 있습니다. 국세의 정상가격과 관세의 과세가격을 맞춰 달라는 신청입니다. 2개월 안에 통지를 받지 못했다면 2개월이 지난 날부터 30일을 셉니다. 이 신청에는 국제조세조정에 관한 법률 제20조가 준용됩니다. 재정경제부장관은 세관장 등에 조정을 권고하고, 신청일부터 90일 안에 이행계획을 통지해야 합니다.

통지가 2개월 안에 오지 않으면 그다음 날부터 심판청구 같은 불복도 할 수 있습니다. 조정 신청과 불복 가운데 무엇을 먼저 할지는 국세 쪽 절차 진행 상황을 보고 정해야 합니다. 조정을 신청한 날부터 통지를 받은 날까지는 관세 불복 청구기간에 산입되지 않습니다. 조정 신청 때문에 심판청구 기한을 놓칠 걱정은 덜 수 있다는 뜻입니다.

국세 조정 자체를 다투는 중이라도 관세 경정청구 기한은 따로 흐릅니다. 국세 불복 결과를 기다리지 말고 통지받은 날부터 3개월 안에 관세 경정청구를 해 두는 것이 원칙입니다. 국세 쪽 경정청구는 국세기본법이 따로 정합니다. 법정신고기한이 지난 후 5년 이내가 원칙이고, 결정·경정으로 증가된 세액은 그 처분을 안 날부터 3개월 이내입니다. 이때도 법정신고기한이 지난 후 5년 이내로 한정됩니다.

이전가격 조정 관세 대응 순서

• 조정 내용 확인 - 국세 조정이나 사전승인 통지서의 대상 물품, 기간, 조정 금액을 정리합니다.
• 기한 계산 - 통지받은 날부터 3개월과 최초 납세신고일부터 5년을 신고 건별로 계산합니다.
• 관세 평가 자료 - 조정방법이 관세법 제30조부터 제35조까지에 맞는다는 계산근거를 준비합니다.
• 청구 또는 수정신고 - 감액이면 경정청구를, 증액이면 수정신고를 합니다.
• 사후 절차 - 거부 통지를 받으면 30일 안에 재정경제부장관 조정 신청 여부를 정합니다.

여기까지는 일반 기준이고, 국세 조정 근거와 관세 평가방법, 정산 약정에 따라 관세 환급과 추징 범위가 달라집니다. 법무법인 윤성은 특수관계 수입거래의 과세가격 검토와 관세 경정청구·불복을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 법인세만 경정받고 관세 경정청구를 하지 않으면 어떻게 되나요?
  관세는 처음 낸 대로 남습니다. 관세 감액은 세관장에게 따로 경정청구를 해야 검토됩니다. 기한을 넘기면 국세 조정 효과를 관세에서 누리기 어렵습니다.
• 모든 사전승인이 특례 경정청구 대상인가요?
  아니요, 조문은 소급 적용 사전승인 가운데 일방적 사전승인의 대상인 경우로 한정합니다. 그 밖의 사전승인은 일반 경정청구 기한을 함께 관리하는 편이 안전합니다.
• 세관장이 2개월 안에 답하지 않으면 감액된 것으로 보나요?
  아니요, 감액으로 간주되지는 않습니다. 2개월이 지난 다음 날부터 심판청구 등 불복을 할 수 있고, 재정경제부장관에게 조정을 신청할 수도 있습니다.
• 상향 조정분 관세를 내지 않고 두면 어떻게 되나요?
  세관장이 부족세액을 경정해 징수하면서 부족세액의 10%와 납부지연 가산세를 함께 부과합니다. 납부지연 가산세는 기간에 비례하므로 늦을수록 커집니다.
• 사전심사 결과에 동의하지 않으면 다시 다툴 수 있나요?
  네, 결과를 통보받은 날부터 30일 안에 관세청장에게 재심사를 신청할 수 있습니다. 재심사 결과 통보 기간은 처음 심사와 같은 규정을 따릅니다.
• 사전심사를 받은 뒤에도 따로 낼 서류가 있나요?
  네, 특수관계자 거래의 결정방법을 사전심사받았다면 그 방법으로 산출한 과세가격과 산출과정 보고서를 관세청장에게 내야 합니다. 내지 않으면 결과가 변경되거나 취소될 수 있습니다.

법무법인 윤성 × Lexle

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