원산지·FTA

수출 농산물 원산지 증빙, GAP 인증서로 대신할 수 있나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.08 갱신

네, 수출 농산물이 관세청 고시에 올라 있다면 GAP 인증서·친환경 인증서·이력추적관리 등록증 같은 서류를 FTA 원산지확인서로 쓸 수 있습니다. FTA 특례법 시행규칙은 관세청장이 이런 서류를 원산지확인서로 인정해 고시할 수 있다고 정합니다. 지금은 수출 품목이 현행 고시 별표에 있는지부터 확인하십시오.

농산물을 수출할 때마다 원가계산서나 재배 내역을 모아 원산지소명서를 따로 만들 필요는 없습니다. 이미 받아 둔 친환경 인증서나 GAP 인증서가 관세청 고시에 올라 있으면 그 서류를 원산지확인서로 쓸 수 있습니다.

이런 상담이 많습니다

농업회사법인 E사는 2026년 하반기 베트남으로 신선 단감 2억원어치를 수출하기로 했습니다. 수입자는 한-베트남 FTA 원산지증명서를 요구했는데, E사는 계약 농가 40여 곳에서 단감을 사들이는 구조라 농가별 재배 사실을 원산지 서류로 정리하기 어려웠습니다. E사는 농가들이 가진 GAP 인증서와 이력추적관리 등록증으로 원산지 증빙을 대신할 수 있는지 물어 왔습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

관세청은 농산물 원산지 증빙을 어떻게 안내하나요?

국내에서 생산되어 원산지기준을 충족하는 농산물이라면 「관세청장이 인정하는 원산지(포괄)확인서 고시」가 정한 인증서·등록증을 원산지확인서로 쓰는 간편인정 제도를 이용할 수 있다는 것이 관세청 안내입니다. 관세청 「2026 관세행정 민원상담 사례집」(2026. 6.)은 증빙이 까다로워 FTA 활용이 어려운 농·축·수산물 생산자와 수출자를 돕기 위해 이 제도를 운영한다고 설명합니다. 농산물에 대해서는 친환경농산물인증서, 농산물우수관리인증서(GAP), 농산물 이력추적관리 등록증, 지리적표시 등록증, 정부양곡 국내산 가공용 쌀 공급확인서를 인정서류로 들고 있습니다.

2026. 10. 7. 기준 현행 「자유무역협정의 이행을 위한 관세법의 특례에 관한 법률」 시행규칙은 관세청장이 농산물이력추적관리등록증 등 이와 유사한 서류를 원산지확인서로 인정해 고시할 수 있다고 정합니다. 현행 고시(2025. 11. 27. 시행)는 농산물, 수산물, 축산물, 식품류, 지역특산품, 우수재활용제품의 6개 별표로 인정 품목을 나누고, 인증서 서식마다 관세청장이 인정한 원산지증빙서류라는 문구를 넣도록 하고 있습니다.

인정서류를 받으면 원산지증명서는 어떻게 만드나요?

생산자에게서 고시상 인정서류를 받은 수출자는 이를 기초로 원산지증명서 발급을 신청하거나 직접 원산지증명서를 작성할 수 있습니다. 인정서류는 원산지확인서와 같은 효력을 가지므로 원산지소명서와 원가 자료를 새로 꾸릴 부담이 줄어듭니다.

• 기관발급 협정 - 인정서류를 첨부해 증명서발급기관에 원산지증명서 발급을 신청합니다.
• 자율발급 협정 - 인정서류를 근거로 수출자가 원산지증명서를 작성합니다.
• 원산지인증수출자 인증 - 생산자와 수출자가 같거나, 생산자에게서 공급받아 추가 가공 없이 수출하는 물품이면 고시상 인정서류로 원산지소명서를 대신할 수 있습니다.

간편인정을 받지 못하는 경우도 있나요?

있습니다. 품목이 고시 별표에 없거나 인증서가 해당 품목을 대상으로 하지 않으면 간편인정이 되지 않습니다. 고시는 일부 인정서류에 대해 대상 협정이 한-EFTA FTA나 한-인도 CEPA인 경우에는 적용하지 않는다는 단서를 두고 있고, 축산물은 국내에서 완전생산되어 도축과 등급판정을 거친 것으로 한정합니다. 인증서의 유효기간과 품목명이 수출 물품과 맞는지도 함께 봐야 합니다. 품목 수와 서류 목록은 고시가 개정되면 바뀌므로 수출 직전 현행 고시 별표를 확인해야 합니다.

원산지 증빙이 틀리면 어떤 책임을 지나요?

속임수나 부정한 방법으로 원산지증빙서류를 작성·발급하면 2천만원 이하의 벌금 대상이 됩니다. 과실로 사실과 다르게 작성한 경우에도 300만원 이하의 벌금 대상이지만, 오류를 알고 정해진 기간 안에 세관장과 상대국 수입자에게 수정 통보를 했다면 처벌하지 않습니다. 간편인정 서류를 쓰더라도 실제 수출 물품이 인증 농가의 생산물인지 연결하는 기록은 수출자가 갖추어야 합니다.

농산물 FTA 원산지 간편인정 대응 순서

• 품목 확인 - 수출 품목이 현행 고시 별표 1의 농산물 목록에 있는지 확인합니다. 가공품이면 식품류 별표도 함께 봅니다.
• 인증서 수집 - 계약 농가에서 GAP·친환경·이력추적관리 등 인정서류 사본을 받고 유효기간을 확인합니다.
• 물량 연결 - 농가별 매입 수량과 수출 물량을 매입 장부로 연결합니다. 검증 때 인증 농가 생산물임을 보여 주는 자료가 됩니다.
• 증명서 작성·발급 - 협정 방식에 맞춰 인정서류를 첨부해 발급을 신청하거나 직접 작성합니다.
• 서류 보관 - 원산지증명서 사본, 수출신고필증, 매입 증빙, 농가 인증서를 5년간 보관합니다. 중국 수출분은 3년입니다.

여기까지는 일반 기준이고, 인증 농가와 비인증 농가의 물량이 섞이거나 가공을 거쳐 수출하는 경우에는 품목별 원산지결정기준을 보고 따로 따져야 합니다. 법무법인 윤성은 FTA 원산지 검증 대응과 원산지증명 관련 형사 사건 방어를 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 원산지포괄확인서는 얼마 동안 쓸 수 있나요?
  같은 생산자나 수출자에게 장기간 계속·반복해서 공급하는 경우 물품공급일부터 12개월을 넘지 않는 범위에서 최초의 원산지확인서를 반복해 쓸 수 있는 원산지포괄확인서를 작성할 수 있습니다. 계약 농가와 매년 거래한다면 포괄확인서로 서류 부담을 줄일 수 있습니다.
• GAP 인증서만 있으면 모든 협정에 쓸 수 있나요?
  고시는 일부 인정서류에 대해 대상 협정이 한-EFTA FTA나 한-인도 CEPA인 경우 적용하지 않는다는 단서를 두고 있습니다. 수출 대상국 협정이 이에 해당하는지, 해당 인증서가 단서 대상인지 현행 고시에서 확인한 뒤 써야 합니다.
• 수산물이나 축산물도 간편인정이 되나요?
  현행 고시는 농산물 외에 수산물, 축산물, 식품류, 지역특산품, 우수재활용제품도 별표로 정해 두고 있습니다. 수산물은 수산물 이력추적관리 등록증·품질인증서 등이, 축산물은 등급판정확인서 등이 서식으로 들어 있고, 축산물은 국내에서 완전생산되어 도축·등급판정된 것으로 한정합니다.
• 간편인정 서류로 인증수출자 인증도 받을 수 있나요?
  생산자와 수출자가 같은 물품이거나 생산자에게서 공급받아 추가 가공 없이 수출하는 물품이면, 인증 신청 때 원산지소명서 대신 고시상 인정서류를 낼 수 있습니다. 원산지관리전담자 지정과 원산지증명서 작성대장 등 다른 요건은 따로 갖춰야 합니다.
• 수출자는 어떤 서류를 보관해야 하나요?
  상대국 수입자에게 준 원산지증명서 사본, 수출신고필증, 수출 계약서, 물품 구입 증빙과 재고관리대장, 생산자가 원산지증명을 위해 작성해 준 서류를 보관해야 합니다. 보관기간은 원산지증명서 작성일이나 발급일부터 5년이고, 중국과의 협정은 3년입니다.
• 원산지증명서를 잘못 쓴 걸 나중에 알았다면요?
  수출자나 생산자가 원산지에 관한 오류를 알게 되면 협정에서 정하는 바에 따라 정해진 기간 안에 세관장과 상대국 수입자에게 각각 통보해야 합니다. 과실로 잘못 작성했더라도 이 수정 통보를 하면 300만원 이하 벌금 규정을 적용받지 않습니다.
• 인정서류는 누구와 협의해서 정하나요?
  관세청장은 이력추적관리등록증 같은 서류를 원산지확인서로 인정하려면 관련 기관의 장과 사전에 협의해야 합니다. 그래서 인정 품목과 서류는 고시 개정으로 바뀔 수 있고, 수출 전 현행 고시 별표를 다시 확인하는 것이 안전합니다.

법무법인 윤성 × Lexle

허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

이 글과 관련해 지금 상황을 남겨 주세요. 다른 상황이어도 괜찮아요. 남겨 주시면 제가 먼저 읽어 볼게요!

• 채팅으로 끝까지전화 안 하셔도 돼요
• 사진 한 장이면 시작모르는 건 비워 두셔도 돼요
• 금액부터 알려 드려요보시고 맡길지 정하시면 돼요
• 10분 안에 답업무시간 기준 · 알림톡으로 알려요
• 변호사가 직접 읽어요맡을 수 있는 일인지 알려 드려요
• 결과는 문서로같은 채팅방에 문서로 와요

지금 상황을 적어 주세요

변호사에게 보내기

휴대폰 문자로 한 번만 확인할게요 · 금액은 먼저 알려 드려요

법무법인 윤성이 직접 운영해요 · 법률사무는 전부 소속 변호사가 해요

비슷한 상황

• 국내 업체에서 산 원재료, FTA 수출 때 역내산으로 인정되나요?
• FTA 원산지증빙서류, 수출입 후 몇 년 동안 보관해야 하나요?
• EU에 6천유로 넘게 수출하면 원산지인증수출자 인증이 꼭 필요한가요?

이 글은 일반적인 법률 안내입니다. 개별 사안은 사실관계와 자료에 따라 판단이 달라질 수 있습니다.허진영 대표변호사 · 대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록광고책임변호사 허진영 · 법무법인 윤성© 법무법인 윤성 · 무단 복제·자동 수집 금지이 글에 의견 보내기