과징금·보조금

정부 연구개발 협약금 분쟁, 민사소송으로 내면 어떻게 되나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.14 갱신

정부 연구개발 협약에 관한 정산금 분쟁은 공법관계로 행정소송 대상이고, 고의나 중대한 과실 없이 민사소송으로 냈다면 각하가 아니라 행정법원으로 이송됩니다. 대법원 2015다215526 판결과 2021다250025 판결, 처분 통지의 90일 기한을 정리했습니다.

정부 연구개발 협약에 관한 분쟁을 민사소송으로 내면, 원고에게 고의나 중대한 과실이 없는 한 각하되지 않고 행정법원으로 이송됩니다. 대법원은 이런 협약을 공법관계로 보아 행정소송으로 다투어야 한다고 판단했습니다. 소송을 처음부터 다시 낼 필요는 없지만, 그만큼 시간이 늘어나니 처음부터 소송 형식을 맞추는 편이 낫습니다.

이런 상담이 많습니다

A사는 정부 부처의 연구개발 과제에 참여기관으로 선정되어 전담기관과 협약을 맺고 정부 연구개발비를 받았습니다. 2026. 3. 전담기관은 정산 결과 외부 전문가 인건비 1억 2천만원이 협약 기준에 맞지 않는다며 회수 금액 납부를 통보했습니다. A사는 협약서에 분쟁 관할을 서울중앙지방법원으로 정해 두었으니 민사소송으로 채무가 없다는 확인을 구하려 합니다. 동시에 납부하지 않으면 참여제한이나 제재부가금을 받을 수 있다는 안내도 받았습니다. A사는 어느 법원에 어떤 소송을 내야 하는지 물으셨습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

대법원은 어떻게 판단했나요?

대법원은 한국형 헬기 개발 협약에 관한 정산금 청구를 행정소송 사건으로 보고, 1심판결을 취소한 뒤 서울행정법원으로 이송했습니다. 한국항공우주산업은 방위사업청과 민군겸용 핵심구성품 개발협약을 맺었고, 환율변동과 물가상승으로 협약금액을 넘는 비용이 생겼다며 국가에 민사소송으로 그 지급을 구했습니다. 1심과 원심은 협약이 사법상 계약이고 관할법원을 서울중앙지방법원으로 정했다는 이유로 민사사건으로 보았습니다.

대법원은 협약이 국가연구개발사업 규정에 근거하고, 협약에서 말하는 대가는 정부 출연금이며, 협약금액 증액은 실질적으로 출연금 증액 요구라는 점 등을 들어 공법관계로 보았습니다. 그리고 행정소송으로 낼 사건을 고의나 중대한 과실 없이 민사소송으로 낸 경우 “이를 부적법한 소라고 하여 각하할 것이 아니라 관할법원에 이송하여야 한다.”라고 밝혔습니다. 다만 행정소송으로서 제소기간을 넘겼거나 다툴 처분이 없는 등 어차피 부적법한 경우는 예외로 했습니다.

지금 협약에도 같은 기준이 적용되나요?

같은 기준이 적용될 가능성이 높습니다. 대법원은 2023년에도 산업기술혁신 촉진법에 따른 기술개발 협약을 공법상 계약으로 보았습니다. 정산금 반환채무가 없다는 확인을 구한 민사소송을 공법상 당사자소송 대상으로 보고 행정법원으로 이송했습니다. 공적 목적, 법령상 전담기관의 권한, 일방적인 협약 변경·해약 가능성이 근거였습니다.

현재 정부 연구개발 과제 협약은 국가연구개발혁신법이 규율합니다. 이 법은 협약에 담을 사항과 변경·해약 절차를 정하고, 단계 종료 뒤 3개월 안에 정산을 실시해 결과에 따라 연구개발비를 회수할 수 있게 합니다. 협약 체결부터 정산까지 법률이 정하고 있어 앞선 판결들의 기준이 그대로 쓰일 수 있다고 볼 수 있습니다. 다른 공법상 계약을 다투는 방식은 「산업단지관리공단의 입주 변경계약 취소를 행정소송으로 다툴 수 있나요?」에서 자세히 설명했습니다.

처분으로 온 통지는 어떻게 다투나요?

통지가 처분이면 취소소송으로, 협약상 의사표시이면 당사자소송으로 다투는 것이 원칙입니다. 국가연구개발혁신법은 회수 금액을 정당한 사유 없이 내지 않으면 참여제한이나 정부 연구개발비 5배 범위의 제재부가금을 부과할 수 있게 하고, 제재와 별도로 관련 연구개발비 환수도 정합니다. 이런 처분은 처분이 있음을 안 날부터 90일 안에 취소소송을 내야 합니다.

같은 사안에서 정산 통보와 제재처분이 함께 오는 경우가 많습니다. 정산금 다툼만 당사자소송으로 내고 제재처분의 기한을 놓치면 제재는 그대로 남습니다. 통지서마다 근거 조문과 불복 안내를 확인해 소송 형식을 나누어야 합니다.

행정법원으로 이송되면 무엇이 달라지나요?

이송결정이 확정되면 소송은 처음부터 행정법원에 계속된 것으로 보므로, 민사법원에 낸 날짜가 그대로 유지됩니다. 그 대신 청구취지와 당사자를 행정소송에 맞게 다시 정리해야 합니다. 당사자소송은 국가나 공공단체 등 법률관계의 한쪽 당사자를 피고로 하므로 전담기관과 국가 중 누구를 피고로 할지 다시 보아야 합니다.

심리 방식도 달라집니다. 행정소송에서는 법원이 필요하면 직권으로 증거를 조사할 수 있고, 협약의 공익적 목적과 관계 법령이 해석의 기준이 됩니다. 민사소송에서 계약 해석만으로 주장을 짰다면 법령상 정산 기준과 사용 기준 고시에 맞추어 주장을 보강해야 합니다.

정부 연구개발 협약 분쟁 대응 순서

• 통지 성격 구분 - 정산 결과 통보인지, 환수·제재부가금·참여제한 처분인지 근거 조문을 봅니다.
• 기한 계산 - 처분이면 안 날부터 90일, 이의신청 절차가 있으면 그 기한도 함께 적어 둡니다.
• 소송 형식 결정 - 처분은 취소소송, 협약상 정산 다툼은 공법상 당사자소송으로 정합니다.
• 관할과 피고 확인 - 협약서 관할 조항과 관계없이 행정법원 관할과 피고를 확인합니다.
• 증빙 정리 - 협약서, 사용 기준, 집행 증빙, 전담기관 회신을 항목별로 정리합니다.

여기까지는 일반 기준이고, 받은 통지가 처분인지 협약상 정산인지와 제소기간이 남아 있는지에 따라 소송의 형식과 결과가 달라집니다. 법무법인 윤성은 국가연구개발사업 정산·환수 분쟁과 제재처분 취소소송을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 협약서에 민사법원을 관할로 정했으면 민사소송으로 내도 되나요?
  협약이 공법상 계약이면 관할 합의가 있어도 행정소송 사건입니다. 대법원은 서울중앙지방법원을 관할로 정한 협약에 관한 분쟁도 행정소송으로 보아 서울행정법원으로 이송했습니다.
• 민사소송으로 잘못 냈다가 이송되면 소 제기일은 언제로 보나요?
  이송결정이 확정되면 소송은 처음부터 이송받은 법원에 계속된 것으로 봅니다. 다만 행정소송으로서 제소기간을 이미 넘긴 경우라면 이송되어도 부적법할 수 있습니다.
• 정산금 반환을 요구받았는데 채무부존재확인은 누구를 상대로 하나요?
  공법상 당사자소송은 국가나 공공단체 등 법률관계의 한쪽 당사자를 피고로 합니다. 협약 상대방이 전담기관인지 국가인지 협약서로 확인해야 하며, 판례 사안에서는 전담기관이 주위적 피고였습니다.
• 회수 금액을 안 내면 어떤 불이익이 있나요?
  정당한 사유 없이 회수 금액을 내지 않으면 10년 이내 참여제한이나 이미 지급한 정부 연구개발비의 5배 범위의 제재부가금 대상이 될 수 있습니다. 다툴 생각이라도 기한과 제재 위험을 함께 따져야 합니다.
• 제재부가금 처분은 언제까지 다투어야 하나요?
  처분이 있음을 안 날부터 90일, 처분이 있은 날부터 1년 안에 취소소송을 내야 합니다. 행정심판을 거친 경우에는 재결서 정본을 받은 날부터 계산합니다.
• 물가가 올라 협약금액이 모자라면 증액을 요구할 수 있나요?
  협약 당사자는 연구개발비 등 중요한 사항을 법령이 정한 절차에 따라 협의해 변경할 수 있습니다. 증액은 사실상 정부 출연금 증액이어서 승인 절차를 거쳐야 하고, 거부되면 행정소송으로 다툴 문제가 됩니다.

법무법인 윤성 × Lexle

허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

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