행정처분 대응

서류를 이미 폐기했어도 서류제출명령 위반으로 업무정지되나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.14 갱신

이미 폐기해 없는 서류를 내지 못한 것만으로는 원칙적으로 업무정지를 할 수 없지만, 제출명령을 피하려고 폐기했다면 제재할 수 있습니다. 대법원 2023두42904 판결로 폐기 경위의 증명책임과 현지조사 대응 순서를 정리했습니다.

원칙적으로는 이미 폐기해 갖고 있지 않은 서류를 내지 못했다는 이유로 업무정지를 할 수 없습니다. 다만 제출명령을 예상했거나 명령을 피하려고 폐기했다면 제재할 수 있고, 서류를 만든 사실이 증명되면 명령과 무관하게 없어졌다는 점은 요양기관이 증명해야 합니다. 서류가 없다는 사실만으로 처분이 끝난 것은 아니니 경위 자료부터 갖추면 됩니다.

이런 상담이 많습니다

A원장은 의원을 운영하며 하루 진료비 수납을 정리한 일일마감표를 써 왔습니다. 2026. 4. 현지조사팀이 2년치 일일마감표를 요구하자 직원은 모두 버렸다고 답했다가, 거듭된 요구에 일부 달만 찾아 냈습니다. 조사팀은 전산 수납내역과 카드전표가 맞지 않는 부분을 지적했고, 2026. 8. 서류제출명령 위반을 이유로 한 업무정지 사전통지가 왔습니다. 의견제출 기한은 2주였습니다. A원장은 이미 버린 서류인데 제출명령 위반이 되는지, 무엇을 증명해야 하는지 물으셨습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

대법원은 일일마감표 미제출 사건을 어떻게 판단했나요?

처분이 위법하다고 본 원심을 깨고 사건을 돌려보냈습니다. 원고의 일일마감표에는 전산 수납내역에 없는 비급여 진료비가 일부 들어 있었습니다. 원고는 현지조사에서 처음에는 조사대상기간(2017. 7.~2018. 8.)분을 모두 폐기했다고 했다가, 거듭된 요구에 몇 달분을 차례로 냈습니다. 내지 않은 부분은 조사기간 중간에 만들어진 것이었고, 전산 수납내역과 카드전표가 맞지 않는 부분도 있었습니다.

원심은 제출명령 당시 서류를 갖고 있었다거나 명령을 예상해 폐기했다는 증거가 없다고 보았습니다. 대법원은 일일마감표를 만들었다는 점은 충분히 증명되었다고 볼 여지가 많다고 했습니다. 그렇다면 “처분청의 서류제출명령과 무관하게 급여 관계 서류가 폐기되었다는 사정은 이를 주장하는 측인 요양기관 등이 증명하여야 한다”고 보았습니다. 폐기 경위로 보아 단순한 착오나 부주의라고 보기 어렵다며 재량권 일탈·남용이라는 원심 판단도 받아들이지 않았습니다.

서류보존의무 위반과 서류제출명령 위반은 무엇이 다른가요?

제재의 무게가 다릅니다. 요양기관은 요양급여가 끝난 날부터 5년간 비용 청구에 관한 서류를 보존해야 하고, 이를 어기면 100만원 이하의 과태료 대상입니다. 반면 보건복지부장관의 서류제출명령을 위반하면 1년 범위의 업무정지와 1천만원 이하의 벌금 대상이 됩니다.

대법원은 법이 두 의무를 따로 두고 제재를 달리 정한 이상, 이미 보존의무를 어겨 서류가 없는 경우까지 제출명령 위반으로 무겁게 제재할 수는 없다는 것을 원칙으로 삼았습니다. 판결은 구법과 의료급여법을 적용했지만, 현행 국민건강보험법도 보존의무와 제출명령, 업무정지와 벌칙을 같은 구조로 두고 있습니다. 현행법은 속임수 청구 등에만 업무정지를 과징금으로 갈음할 수 있게 하고, 제출명령 위반은 그 대상으로 정하지 않았습니다.

서류가 없어진 경위는 누가 증명하나요?

처분의 적법성은 원칙적으로 행정청이 증명하지만, 서류를 만들었다는 점이 합리적으로 증명되면 그 뒤의 폐기 경위는 요양기관이 증명해야 합니다. 서류 보존은 요양기관의 지배영역 안에 있고, 보존기간 안에 임의로 버리는 것 자체가 이례적이라는 이유입니다. 재량권 일탈·남용처럼 처분을 위법하게 만드는 특별한 사정도 이를 주장하는 원고가 증명해야 한다고 했습니다.

그래서 현지조사 단계의 답변이 중요합니다. 처음에 전부 없다고 했다가 일부를 내놓으면 폐기 주장의 신빙성이 떨어집니다. 이사·전산 교체·침수처럼 명령과 무관한 사정이 있었다면 그 시점을 보여 줄 객관적 자료가 있어야 합니다. 처분 뒤 다투는 절차는 「업무정지나 자격정지 처분을 받았는데 우선 무엇을 해야 하나요? 사전통지와 10일 이상의 의견제출, 자격 박탈·인허가 취소에서의 청문, 처분을 안 날부터 90일과 있은 날부터 1년인 제소기간, 집행정지의 요건과 즉시항고, 비례원칙과 재량 일탈·남용, 제재처분 5년 제척기간까지」에서 자세히 설명했습니다.

현지조사 서류 미제출 대응 순서

• 보존 서류 목록 확인 - 조사대상기간에 만든 서류의 종류와 보관 위치를 먼저 정리합니다.
• 경위 기록 - 없는 서류는 없어진 시점과 이유를 확인서에 정확히 적습니다.
• 객관 자료 확보 - 이사, 전산 교체, 문서 파기 대장 등 명령과 무관함을 보일 자료를 모읍니다.
• 사전통지 의견 제출 - 처분 전 의견제출 기회에 폐기 경위와 비례 사정을 냅니다.
• 불복과 집행정지 - 처분을 안 날부터 90일 안에 다투고 영업 손실이 크면 집행정지를 신청합니다.

여기까지는 일반 기준이고, 서류를 만든 사실이 드러났는지와 제출명령과 무관하게 없어졌다는 자료가 있는지에 따라 업무정지의 적법성이 달라집니다. 법무법인 윤성은 요양기관 현지조사 대응과 업무정지 처분 취소소송, 집행정지 신청을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 요양급여 관련 서류는 몇 년 보관해야 하나요?
  요양기관은 요양급여가 끝난 날부터 5년간 요양급여비용 청구에 관한 서류를 보존해야 합니다. 약국 등은 처방전을 청구한 날부터 3년간 보존합니다. 어기면 100만원 이하의 과태료 대상입니다.
• 서류제출명령을 어기면 형사처벌도 받나요?
  받을 수 있습니다. 보고나 서류 제출을 하지 않거나 거짓 서류를 내거나 검사를 거부한 자는 1천만원 이하의 벌금에 처해질 수 있습니다. 업무정지와는 별개입니다.
• 서류제출명령 위반 업무정지를 과징금으로 바꿀 수 있나요?
  현행법은 속임수 등 부당청구(제98조 제1항 제1호·제3호)에만 업무정지를 과징금으로 갈음할 수 있게 정합니다. 서류제출명령 위반(제2호)은 그 대상에 들어 있지 않습니다.
• 의료급여 환자 서류도 같은 기준인가요?
  같은 구조입니다. 의료급여법도 의료급여에 관한 서류제출명령 위반을 1년 범위 업무정지 사유로 정하고 있고, 이 판결은 두 법을 함께 적용했습니다.
• 업무정지 처분을 받은 뒤 의원을 넘기면 어떻게 되나요?
  확정된 업무정지의 효과는 양수인에게 승계되고, 절차가 진행 중이면 양수인에게 계속할 수 있습니다. 양수인이 처분이나 위반 사실을 몰랐음을 증명하면 예외입니다.
• 업무정지 취소소송 중에도 진료를 계속할 수 있나요?
  소송을 내는 것만으로 처분 효력이 멈추지 않습니다. 회복하기 어려운 손해를 막을 긴급한 필요가 있으면 법원에 집행정지를 신청해 결정을 받아야 진료를 이어갈 수 있습니다.

법무법인 윤성 × Lexle

허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

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