양도소득세

집 한 채가 1+1 입주권 두 개로 바뀌었는데 같은 날 둘 다 팔면 모두 비과세인가요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.07 갱신

아니요, 1주택이 재개발로 조합원입주권 두 개로 바뀐 뒤 같은 날 둘 다 팔면 납세자가 먼저 양도하는 것으로 고른 입주권 하나는 과세되고 나중에 양도하는 입주권 하나만 1세대 1주택 비과세를 받습니다. 국세청은 같은 날 한 사람에게 모두 양도해도 선택에 따라 순서를 나누어 하나만 비과세한다고 해석했습니다. 지금은 두 입주권의 양도가액이 계약서에 구분돼 있는지부터 확인해야 합니다.

두 입주권을 날짜를 달리해 따로 팔아야만 비과세가 되는 것은 아닙니다. 같은 날 한 사람에게 함께 팔아도 어느 쪽을 먼저 양도한 것으로 볼지 납세자가 선택할 수 있습니다.

이런 상담이 많습니다

A씨는 2019년 1월 산 아파트에서 4년 넘게 살았습니다. 그 아파트가 2023년 재개발 조합설립을 거쳐 2025년 5월 관리처분계획인가를 받으면서 전용 84제곱미터와 59제곱미터의 1+1 조합원입주권 두 개로 바뀌었습니다. A씨는 2025년 6월 두 입주권을 한 매수인에게 합계 18억원에 함께 팔았고, 계약서에는 두 입주권의 가액을 나누지 않았습니다. A씨는 원래 집이 한 채였으니 두 입주권 모두 비과세가 되는지, 아니면 어느 하나만 되는지, 가액을 어떻게 나누어 신고해야 하는지 물어 왔습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

국세청은 이 경우를 어떻게 해석했나요?

국세청은 1세대가 보유한 비과세 요건을 갖춘 1주택이 재개발로 조합원입주권 두 개로 바뀌어 같은 날 한 사람에게 모두 양도하는 경우, 납세자가 선택해 먼저 양도하는 입주권 하나는 과세되고 나중에 양도하는 입주권 하나는 1세대 1주택 비과세 특례가 적용된다고 회신했습니다(서면-2016-법령해석재산-2865, 2016. 2. 23.). 회신은 이유를 따로 적지 않았지만, 입주권 비과세는 조합원입주권 1개를 보유한 1세대가 양도일 현재 다른 주택이나 분양권 없이 양도하는 경우에 적용되므로 두 개를 함께 팔면 나중에 양도하는 하나만 이 요건에 맞게 됩니다. 이어서 다른 주택을 취득해 세대 전원이 이사한 뒤 3년 안에 입주권 두 개와 청산금 권리를 함께 양도한 사안에서도 같은 결론을 내렸고, 함께 양도한 두 입주권의 양도가액 구분이 불분명하면 안분계산한다고 덧붙였습니다(사전-2017-법령해석재산-0528, 2017. 10. 20.).

이 회신은 종전주택이 보유·거주 요건을 갖춘 비과세 대상 1주택이었다는 사실관계를 전제로 합니다. 관리처분계획인가일 현재 종전주택이 2년 보유나 조정대상지역 2년 거주 요건을 채우지 못했다면 나중에 파는 입주권도 비과세가 되지 않습니다.

입주권 비과세 요건은 지금 어떻게 되나요?

2026. 10. 7. 기준 현행 「소득세법」은 관리처분계획인가일 현재 비과세 요건을 갖춘 기존주택을 가진 세대가 조합원입주권 1개를 보유하다가 양도일 현재 다른 주택이나 분양권을 보유하지 않은 상태에서 양도하면 그 양도소득을 비과세하되, 양도 당시 실지거래가액이 12억원을 넘으면 넘는 부분에 과세합니다. 1+1 입주권은 관리처분계획인가로 두 개의 입주자 지위를 받은 것이어서, 두 개를 모두 가진 상태에서는 어느 것도 1개 보유 요건을 채우지 못하고, 하나를 먼저 넘긴 뒤 남은 하나만 요건을 채우게 됩니다.

• 기존주택 요건 - 관리처분계획인가일 현재 보유기간 2년 이상이고, 취득 당시 조정대상지역이면 거주기간 2년 이상이어야 합니다.
• 1개 보유 - 양도일 현재 다른 주택이나 분양권이 없어야 합니다. 1주택을 함께 가졌다면 그 주택 취득일부터 3년 안에 양도해야 합니다.
• 고가 기준 - 입주권 양도가액이 12억원을 넘으면 넘는 부분은 과세됩니다.

두 입주권 가액을 나누지 않았으면 어떻게 계산하나요?

계약서에 두 입주권의 양도가액이 구분돼 있지 않으면 기준시가 등을 고려한 안분계산으로 각 입주권의 양도가액을 정합니다. 소득세법은 실지거래가액으로 양도차익을 계산할 때 여러 자산을 함께 양도하면 구분해 적되 구분이 불분명하면 안분계산하도록 정하고, 시행령은 그 방법을 부가가치세법 시행령의 안분 기준에 따르도록 합니다. 각 입주권의 양도차익은 관리처분계획인가 전 양도차익과 인가 후 양도차익을 합쳐 계산하고, 장기보유특별공제는 기존 건물과 부수토지의 취득일부터 관리처분계획인가일까지 기간에 대해서만 적용됩니다. 예를 들어 합계 18억원에 팔면서 가액을 나누지 않았다면, 두 입주권의 권리가액 비율로 18억원을 나눈 뒤 과세로 선택한 입주권의 양도차익에 세율을 적용합니다.

어느 입주권을 과세로 고르는 것이 유리한가요?

양도차익이 작은 입주권을 먼저 양도하는 것으로 선택하면 과세되는 세액이 줄어들고, 양도차익이 큰 입주권을 나중에 양도하는 것으로 선택하면 그 입주권에 비과세가 적용됩니다. 다만 나중에 양도하는 입주권의 양도가액이 12억원을 넘으면 넘는 부분은 과세되므로, 고가 기준 초과분과 다른 입주권의 전체 양도차익을 비교해 선택해야 합니다. 관리처분계획인가일부터 양도일까지 기간이 1년 미만이면 입주권 양도에 70퍼센트, 1년 이상 2년 미만이면 60퍼센트 세율이 적용되는 점도 함께 계산합니다.

1+1 입주권 동시 양도 비과세 대응 순서

• 기존주택 요건 확인 - 관리처분계획인가일 현재 종전주택의 보유기간과 거주기간, 취득 당시 조정대상지역 여부를 등기부와 주민등록 기록으로 확인합니다.
• 가액 구분 - 매매계약서에 두 입주권의 양도가액을 나누어 적습니다. 이미 합계액으로만 계약했다면 안분계산 자료를 준비합니다.
• 과세 입주권 선택 - 각 입주권의 양도차익과 12억원 초과분, 보유기간별 세율을 비교해 먼저 양도한 것으로 볼 입주권을 정하고 신고서에 그 선택을 반영합니다.
• 예정신고 - 양도일이 속하는 달의 말일부터 2개월 안에 과세 입주권의 양도소득세를 신고하고, 비과세 입주권은 비과세 사유를 밝혀 둡니다.
• 불복 준비 - 세무서가 두 입주권 모두 과세하거나 선택을 인정하지 않으면 고지를 받은 날부터 90일 안에 심판청구를, 신고분은 5년 안에 경정청구를 검토합니다. 이의신청은 선택 절차입니다.

여기까지는 일반 기준이고, 두 입주권을 날짜를 달리해 따로 팔았거나 입주권 외에 다른 주택이나 분양권을 함께 가진 경우에는 관리처분계획인가서와 매매계약서, 등기부를 보고 따로 따져야 합니다. 법무법인 윤성은 조합원입주권 양도소득세 비과세 부인에 대한 경정청구와 조세불복을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 두 입주권을 날짜를 달리해 팔면 결과가 달라지나요?
  원칙은 같습니다. 먼저 판 입주권은 양도일 현재 입주권이 두 개인 상태여서 과세되고, 나중에 판 입주권은 1개 보유 상태에서 양도한 것이 되어 비과세 요건을 검토합니다. 같은 날 함께 팔면 납세자가 순서를 선택할 수 있지만, 날짜를 달리하면 실제 양도일 순서대로 판단합니다.
• 입주권 양도가액이 12억원을 넘으면 어떻게 되나요?
  비과세가 적용되는 입주권이라도 양도 당시 실지거래가액이 12억원을 넘으면 넘는 부분에 양도소득세가 과세됩니다. 1+1 입주권은 보통 큰 평형의 가액이 높으므로, 큰 입주권을 비과세로 선택하면 12억원 초과분 과세와 작은 입주권 전체 과세를 비교해 유리한 쪽을 골라야 합니다.
• 관리처분인가 전에 살지 않았어도 입주권이 비과세되나요?
  관리처분계획인가일 현재 기존주택이 비과세 요건을 갖추어야 합니다. 보유기간 2년 이상이어야 하고, 취득 당시 조정대상지역에 있던 주택이면 보유기간 중 거주기간도 2년 이상이어야 합니다. 조정대상지역이 아닐 때 취득한 주택은 거주 요건 없이 보유 2년만 갖추면 됩니다.
• 입주권 양도차익은 어떻게 계산하나요?
  조합원이 기존 건물과 부수토지를 조합에 제공하고 받은 입주권을 양도하면 관리처분계획인가 전 양도차익과 인가 후 양도차익을 합쳐 계산합니다. 청산금을 냈거나 받았으면 그 금액을 반영한 산식에 따릅니다. 장기보유특별공제는 기존 건물과 부수토지 취득일부터 관리처분계획인가일까지 기간에 대해서만 적용됩니다.
• 과세되는 입주권의 세율은 얼마인가요?
  보유기간에 따라 다릅니다. 조합원입주권은 보유기간 1년 미만이면 70퍼센트, 1년 이상 2년 미만이면 60퍼센트, 2년 이상이면 기본세율이 적용됩니다. 기존주택에서 바뀐 입주권의 보유기간은 기존주택 취득일부터 세므로, 오래 보유한 집에서 나온 입주권은 보통 기본세율 구간입니다.
• 세무서가 두 입주권 모두 과세하면 어떻게 하나요?
  고지서를 받았다면 처분이 있음을 안 날부터 90일 안에 심판청구를 제기할 수 있습니다. 신고 때 선택을 잘못해 세금을 더 냈다면 법정신고기한이 지난 뒤 5년 안에 경정청구가 가능합니다. 관리처분계획인가서와 계약서로 기존주택 요건과 동시 양도 사실을 보여 주어야 합니다.

법무법인 윤성 × Lexle

허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

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