양도소득세

일반주택을 비과세로 팔고 2013년 감면주택만 남으면 보유기간은 언제부터인가요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.11 갱신

남은 2013년 감면주택의 비과세 보유기간은 그 집을 취득한 날부터 세고, 일반주택을 판 날부터 2년을 다시 채울 필요는 없습니다. 조세특례제한법 제99조의2 감면주택은 비과세 판단 때 소유주택으로 보지 않아 일반주택을 비과세로 팔 수 있고, 남은 감면주택도 일반 요건을 갖추면 비과세됩니다. 지금은 매매계약서의 감면 확인 날인과 양도가액 12억원 초과 여부부터 확인하십시오.

일반주택을 판 날부터 2년을 다시 채울 필요는 없습니다. 남은 감면주택의 보유기간은 그 집을 취득한 날부터 셉니다.

이런 상담이 많습니다

F씨 세대는 2010년에 산 아파트에 살면서, 2013년 9월 미분양 아파트 한 채를 분양받아 시청 확인 날인을 받아 두었습니다. 2025년 봄 살던 아파트를 1세대1주택 비과세로 팔고 2013년에 산 아파트로 이사했습니다. 2026년 가을 그 아파트도 팔려고 하자, 일반주택을 판 날부터 2년이 지나야 한다는 말을 들었다며 상담을 요청했습니다. 2013년 아파트의 예상 양도가액은 9억원입니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

일반주택을 판 뒤 남은 감면주택 보유기간은 언제부터인가요?

일반주택을 비과세로 판 뒤 남은 감면주택의 1세대1주택 비과세 보유기간은 감면주택을 취득한 날부터 양도일까지입니다. 2026. 10. 11. 기준 현행 「소득세법 시행령」은 1세대1주택 보유기간을 「소득세법」 제95조 제4항에 따르도록 정하고, 이 조항은 취득일부터 양도일까지를 보유기간으로 봅니다.

F씨의 감면주택은 2013년에 취득했으므로 보유기간이 2년을 훨씬 넘습니다. 거주요건은 취득 당시 조정대상지역이었던 주택에만 붙으므로, 2013년 취득 당시 그 지역이 조정대상지역이 아니었다면 거주기간은 따지지 않습니다. 양도일 현재 그 집 한 채만 있다면 다른 요건을 갖춘 경우 1세대1주택 비과세를 받을 수 있습니다.

감면주택이 있어도 일반주택은 왜 비과세되나요?

2013. 4. 1.부터 2013. 12. 31.까지 최초로 매매계약을 맺어 취득한 신축주택·미분양주택 등 감면주택은 1세대1주택 비과세를 판단할 때 그 거주자의 소유주택으로 보지 않습니다. 그래서 감면주택과 일반주택을 함께 가진 세대도 일반주택을 팔 때 1주택으로 판단받습니다.

감면주택 자체는 취득가액 6억원 이하이거나 연면적(공동주택은 전용면적) 85제곱미터 이하여야 합니다. 이 요건과 날인 매매계약서가 갖춰지지 않았다면 그 집은 일반 주택으로 주택 수에 들어갑니다.

감면주택을 팔면 감면과 비과세 중 무엇을 받나요?

남은 감면주택이 양도일 현재 1세대1주택 요건을 갖추면 비과세를 먼저 적용합니다. F씨처럼 양도가액이 12억원 이하이고 다른 요건을 갖췄다면 비과세 대상이 됩니다.

양도가액이 12억원을 넘으면 넘는 부분의 양도차익은 과세됩니다. 감면주택은 취득일부터 5년이 지난 뒤 팔면 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 과세대상에서 빼 주므로, 과세분에 이 공제를 어떻게 적용할지 따로 계산해야 합니다.

2021년부터 2022년 5월 사이에 판 경우는 달랐나요?

2021. 1. 1.부터 2022. 5. 9. 사이에는 2주택 이상을 가진 세대가 다른 주택을 모두 처분하면 처분 후 1주택이 된 날부터 보유기간을 세는 단서가 있었습니다. 감면주택은 비과세 판단에서 소유주택으로 보지 않으므로, 일반주택과 감면주택만 가진 세대를 이 단서의 2주택 이상 보유 세대로 보기는 어렵습니다.

이 단서는 2022. 5. 31. 개정으로 삭제됐고 2022. 5. 10. 이후 양도분부터 적용됩니다. 그 전에 감면주택을 팔면서 일반주택 양도일부터 보유기간을 세어 과세됐다면 법정신고기한이 지난 후 5년 안에 경정청구를 검토할 수 있습니다.

감면주택 양도 대응 순서

• 날인 확인 - 매매계약서에 신축주택등 또는 감면대상기존주택임을 확인하는 날인이 있는지 봅니다. 없으면 감면과 주택 수 제외가 모두 흔들립니다.
• 요건 확인 - 2013년 매매계약 시기, 취득가액 6억원 또는 85제곱미터 요건을 확인합니다.
• 보유기간 계산 - 감면주택 취득일부터 양도일까지 계산합니다. 일반주택 양도일은 기산일이 아닙니다.
• 예정신고 - 양도소득과세표준 신고 및 납부계산서로 2개월 안에 신고하고 날인 매매계약서 사본을 함께 냅니다. 12억원을 넘으면 감면 계산을 나눕니다.
• 과거 과세분 점검 - 2021. 1. 1.부터 2022. 5. 9. 사이 재기산으로 과세됐다면 경정청구서를 내고, 거부되면 90일 안에 심판청구를 검토합니다. 이의신청은 선택 절차입니다.

여기까지는 일반 기준이고, 날인이 없거나 감면주택 요건이 불분명하면 분양계약서와 시청 확인 대장 등 자료를 보고 따로 따져야 합니다. 법무법인 윤성은 조세특례제한법상 주택 감면과 1세대1주택 비과세를 둘러싼 경정청구와 조세불복을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 감면주택 날인이 없으면 일반주택 비과세도 안 되나요?
  감면주택을 주택 수에서 빼려면 조세특례제한법상 감면주택에 해당해야 하고, 감면 신청 때 확인 날인을 받은 매매계약서 사본을 내도록 정하고 있습니다. 날인이 없으면 감면주택 해당 여부가 다퉈질 수 있어 일반주택 비과세까지 흔들릴 수 있습니다.
• 감면주택을 먼저 팔면 일반주택 보유기간은요?
  현행 규정에서는 어느 집을 먼저 팔든 남은 집의 보유기간은 그 집의 취득일부터 셉니다. 2022. 5. 10. 이후 양도분부터 최종 1주택 재기산 단서가 삭제됐기 때문이며, 그 전 양도분은 종전 규정을 따릅니다.
• 감면주택만 남았는데 거주요건이 있나요?
  거주요건은 취득 당시 조정대상지역에 있는 주택에 붙습니다. 2013년 취득 당시 그 지역이 조정대상지역이 아니었다면 보유기간 2년만 갖추면 되므로, 취득일의 지정 여부만 확인하면 됩니다.
• 감면주택을 5년 안에 팔았다면 어떻게 되나요?
  감면주택을 취득일부터 5년 안에 팔았다면 양도소득세의 100분의 100을 감면받는 구조였습니다. 2013년 취득분은 이미 5년이 지났으므로 지금 팔면 5년간 발생한 양도소득금액을 과세대상에서 빼는 방식이 적용됩니다.
• 감면주택이 12억원을 넘으면 어떻게 계산하나요?
  1세대1주택 요건을 갖추더라도 12억원을 넘는 부분의 양도차익은 과세됩니다. 그 과세분에서 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 어떻게 빼는지는 기준시가 비율로 따로 계산해야 하므로 신고 전에 계산을 나눠 보아야 합니다.
• 2021년에 감면주택을 팔며 재기산됐다면요?
  감면주택은 비과세 판단에서 소유주택으로 보지 않으므로 일반주택과 감면주택만 가진 세대를 재기산 단서의 2주택 이상 보유 세대로 보기 어렵습니다. 그 때문에 세금을 더 냈다면 법정신고기한이 지난 후 5년 안에 경정청구를 검토할 수 있습니다.

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허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

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