양도소득세

집이 두 채인데 조정대상지역 집을 팔면 양도세가 중과되나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.12 갱신

조정대상지역 집을 파는 2주택 세대는 원칙적으로 기본세율에 20%포인트가 더해지고 장기보유특별공제를 받지 못하지만, 중과배제 주택에 해당하면 기본세율로 계산합니다. 2주택에는 근무·취학 등 부득이한 사유로 취득한 주택, 기준시가 1억원 이하 주택, 소송 중인 주택처럼 3주택 이상보다 넓은 배제 사유가 있고, 다른 한 채가 기준시가 1억원 이하 주택이 아닌 배제 주택이면 파는 집은 일반주택이 됩니다. 일시적 2주택 같은 비과세 특례 주택도 중과에서 빠지니 함께 확인하십시오.

두 채를 가졌다고 해서 조정대상지역 집을 팔 때 언제나 20%포인트가 더 붙는 것은 아닙니다. 두 채 중 하나가 법이 정한 주택에 해당하면 다른 한 채는 일반주택으로 보아 기본세율이나 비과세를 받을 수 있습니다.

이런 상담이 많습니다

J씨는 조정대상지역 아파트에 살다가 2024년 지방 근무 발령으로 수도권 밖 도시에 기준시가 2억 8천만원짜리 아파트를 사서 가족과 1년 6개월 살았습니다. 2026년 초 원래 직장으로 복귀했고, 2026년 가을 조정대상지역 아파트를 팔려고 하자 두 채라서 20%포인트 중과와 장기보유특별공제 배제가 된다는 말을 들었습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

2주택자가 조정대상지역 집을 팔면 얼마나 중과되나요?

조정대상지역에 있는 집을 팔 때 1세대가 2주택이면 기본세율에 20%포인트를 더한 세율이 적용되고 장기보유특별공제를 받지 못합니다. 다만 아래 중과배제 주택에 해당하거나, 다른 한 채가 중과배제 주택이라 파는 집이 일반주택 1개로 남으면 기본세율로 계산합니다.

중과 판단은 먼저 파는 집이 양도일 현재 조정대상지역에 있는지에서 출발합니다. 조정대상지역 밖 주택을 팔면 주택 수와 관계없이 중과되지 않습니다. 두 채 중 지방 기준시가 3억원 이하 주택이나 소형 신축·준공 후 미분양·인구감소지역 주택은 주택 수에서부터 빠져 1주택으로 계산합니다.

2주택에서만 인정되는 중과배제 주택은 무엇인가요?

2주택 세대에는 3주택 이상 세대보다 넓은 중과배제 사유가 있습니다. 대표적인 것은 다음과 같습니다.

• 부득이한 사유로 취득한 주택 - 취학, 근무상 형편, 질병 요양 등으로 다른 시·군으로 옮기며 취득한 기준시가 3억원 이하 주택(1년 이상 거주, 사유 해소 후 3년 이내)
• 수도권 밖 주택 특례 - 부득이한 사유로 취득한 수도권 밖 주택과 일반주택을 1개씩 가진 경우 그 수도권 밖 주택
• 소송 중인 주택 - 소유권 소송이 진행 중이거나 판결로 취득한 주택(확정판결일부터 3년 이내)
• 기준시가 1억원 이하 주택 - 양도 당시 기준시가 1억원 이하(정비구역·소규모주택정비 사업시행구역 주택 제외)
• 장기임대·상속·감면주택 등 - 3주택 이상 세대와 같은 장기임대주택, 상속 5년 내 주택, 저당 취득 3년 내 주택 등

다른 한 채가 배제 주택이면 파는 집은 어떻게 되나요?

두 채 중 하나가 위 배제 주택(기준시가 1억원 이하 주택은 제외)에 해당하고 나머지 1개만 남으면, 그 남은 1개는 일반주택으로 보아 중과되지 않습니다. 또 파는 집이 일시적 2주택, 상속주택 특례, 혼인·동거봉양 합가처럼 1세대1주택 비과세 특례를 받는 주택이면 역시 중과배제입니다.

J씨처럼 근무상 형편으로 수도권 밖 주택을 취득했고 사유가 해소된 날부터 3년 안에 일반주택을 판다면, 국내에 1주택만 있는 것으로 보아 1세대1주택 비과세 요건을 따집니다. 양도가액이 12억원을 넘더라도 넘는 부분은 기본세율과 장기보유특별공제가 적용되는 일반 과세입니다.

한시 배제나 공고 전 계약은 어떻게 되나요?

보유 2년 이상 주택의 중과 한시 배제는 2026. 5. 9. 양도분까지였고, 그 전에 계약하고 계약금을 받은 경우 계약일부터 4개월(시행령 표 지역 6개월) 안에 판 것만 인정됩니다. 별도로 조정대상지역 공고가 있기 전에 팔기로 계약하고 계약금을 받은 주택은 공고 뒤에 잔금을 받아도 중과되지 않습니다.

2026. 10. 1.부터 무엇이 바뀌었나요?

2026. 10. 1. 시행 개정으로 종전 장기일반·단기민간임대로 등록한 아파트 매입임대주택은 원칙적으로 2027. 12. 31.까지 팔아야 중과배제 장기임대주택으로 인정됩니다. 이 기한이 지나면 그 임대주택은 배제 주택이 아니게 되어, 같이 가진 다른 집의 중과 판단도 달라질 수 있습니다.

같은 개정으로 조정대상지역에 종전주택을 둔 채 조정대상지역 신규주택을 취득한 일시적 2주택은 처분기한이 2년으로 짧아졌습니다. 2026. 8. 4. 이후 신규주택을 취득하고 2026. 10. 1. 이후 종전주택을 파는 경우부터 적용되고 부칙이 정한 예외는 종전대로 3년이므로, 비과세 특례로 중과를 피하려면 처분기한부터 다시 확인해야 합니다.

2주택 중과배제 확인 대응 순서

• 조정대상지역 확인 - 파는 집이 양도일 현재 조정대상지역인지 공고로 확인합니다.
• 주택 수 계산 - 지방 3억원 이하·소형 신축·인구감소지역 주택을 빼고 다시 셉니다.
• 배제 사유 대조 - 부득이한 사유 취득 주택, 1억원 이하, 소송 주택, 장기임대·상속주택에 해당하는지 재직증명서·등기·등록증으로 확인합니다.
• 비과세 특례 검토 - 일시적 2주택, 수도권 밖 주택 특례, 합가 특례에 해당하면 양도소득과세표준 신고 및 납부계산서에 반영해 2개월 안에 예정신고합니다.
• 중과 고지 대응 - 중과로 과세예고통지를 받으면 30일 안에 과세전적부심사를, 고지 뒤에는 90일 안에 심판청구를 검토합니다. 이의신청은 선택 절차입니다.

2026. 10. 11. 기준 현행 「소득세법 시행령」에 따른 일반 기준이고, 부득이한 사유의 해소일이나 임대등록 유형에 따라 결론이 달라지므로 재직증명서와 등록증을 보고 따로 따져야 합니다. 법무법인 윤성은 다주택자 양도소득세 중과 다툼과 경정청구를 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 기준시가 1억원 이하 집은 언제 기준인가요?
  기준시가 1억원 이하 주택은 그 집을 양도하는 당시의 기준시가로 판단합니다. 1억원 이하 주택이라도 정비구역이나 소규모주택정비 사업시행구역에 있으면 배제되지 않으므로, 재개발·재건축 예정지인지 함께 확인해야 합니다.
• 1억원 이하 집이 아니라 다른 집을 팔아도 중과가 빠지나요?
  1억원 이하 주택 자체를 팔 때 중과에서 빠지는 규정입니다. 다른 집을 팔 때는 1억원 이하 주택이 주택 수에 그대로 들어가므로 일반주택 1개 요건이 적용되지 않고, 따로 배제 사유가 있어야 합니다.
• 근무 때문에 산 집은 얼마짜리까지 배제되나요?
  취학, 근무상 형편, 질병 요양 등으로 다른 시·군으로 옮기며 취득한 주택은 취득 당시 기준시가 3억원 이하여야 하고, 취득 후 1년 이상 살았으며 사유가 해소된 날부터 3년이 지나지 않아야 중과에서 빠집니다.
• 소송으로 받은 집은 언제까지 배제되나요?
  주택 소유권 소송이 진행 중이거나 그 소송 결과로 취득한 주택은 확정판결일부터 3년이 지나지 않은 동안 팔면 중과되지 않습니다. 판결 확정일을 판결 확정증명원으로 확인해 기한을 계산하십시오.
• 일시적 2주택이면 중과도 안 되나요?
  네. 일시적 2주택 비과세 특례 요건을 모두 갖춘 종전주택은 1세대1주택으로 보아 비과세되고, 양도가액이 12억원을 넘는 부분도 중과 없이 기본세율로 과세됩니다. 처분기한을 넘기면 특례가 사라져 중과 대상이 될 수 있습니다.
• 조정대상지역 지정 전에 계약했는데 잔금이 지정 뒤면요?
  조정대상지역 공고가 있기 전에 그 집을 팔기로 매매계약을 하고 계약금을 받은 사실이 증빙서류로 확인되면 잔금이 공고 뒤여도 중과되지 않습니다. 계약서와 계약금 이체 내역이 증빙입니다.
• 중과로 냈는데 배제 대상이었다면 돌려받나요?
  법정신고기한이 지난 날부터 5년 안에 경정청구하면 기본세율과 장기보유특별공제를 적용한 세액과의 차액을 환급해 달라고 청구할 수 있습니다. 배제 사유를 보여 주는 재직증명서, 판결문, 기준시가 자료 등을 함께 냅니다.

법무법인 윤성 × Lexle

허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

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