주식·명의신탁

직원·지인에게 액면가로 넘긴 비상장주식, 몇 년 뒤 세무조사에서 문제가 되나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.12 갱신

네, 액면가 거래는 회사가 낸 주식등변동상황명세서에 그대로 남기 때문에 몇 년 뒤 해명자료 제출 안내나 주식변동조사로 이어질 수 있습니다. 직원은 세법상 특수관계인이어서 시가와 거래가의 차이가 시가의 30%와 3억원 중 적은 금액 이상이면 산 사람에게 증여세가, 판 사람에게 양도소득세 부당행위계산이 문제 되고, 대가를 실제로 주고받지 않았다면 명의신탁으로 의심받습니다. 지금은 거래 당시 상속세 및 증여세법상 주식 평가액과 대금이 실제로 오간 기록부터 확인하십시오.

액면가 거래가 모두 문제 되는 것은 아닙니다. 거래 당시 회사의 상속세 및 증여세법상 평가액이 액면가와 크게 다르지 않았다면 과세 문제가 생기지 않습니다. 반대로 평가액이 액면가의 몇 배였다면, 거래 이후 몇 년이 지났더라도 부과제척기간 안에서는 다시 검토될 수 있습니다.

이런 상담이 많습니다

식품 포장재를 만드는 비상장회사 B사의 대주주 A씨는 형님 내외가 경영에서 물러나면서 형수 명의 주식을 동생에게, 자기 주식 일부를 오래 함께 일한 임원에게 각각 1주당 액면가로 넘기게 했습니다. 회사 사정이 어려울 때라 누구도 주식 가치를 따져 보지 않았고, 계약서는 직원이 양식에 맞춰 만든 것이 전부였습니다. 3년 뒤 관할 세무서에서 특수관계인 간 저가양도가 의심된다는 해명자료 제출 안내를 받아 다시 평가해 보니 1주당 가치가 액면가의 몇 배였습니다. 동생 몫은 수정신고로 정리했지만 임원 몫은 그대로 두었고, 그 임원이 퇴직 후 주식을 여러 사람에게 나누어 팔자 이번에는 지방국세청의 증여세 세무조사 사전통지가 왔습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

액면가 거래는 국세청에 어떻게 남나요?

비상장회사는 사업연도 중 주식 변동이 있으면 법인세 신고 때 주식등변동상황명세서를 냅니다. 양도인과 양수인, 주식 수, 양도가액이 여기에 그대로 적힙니다. 국세청은 이 명세서를 거래유형별로 출력해 지방국세청 분석팀이 서면검토하고, 결과를 조사 선정, 누적관리, 선정 제외로 나누도록 정합니다. 이 분류 기준은 추후 변동될 수 있습니다.

누적관리가 중요합니다. 혐의 금액이 작거나 지금 조사할 실익이 적은 자료는 누적관리 대상이 되는데, 국세청은 주식발행법인에 새 주식 변동이 생기거나, 회사가 법인세 조사를 받거나, 다른 주주가 주식변동조사 대상이 되면 누적자료를 다시 검토해 분류를 바꾸도록 합니다. 국세청의 관리대장 예시에는 「명의신탁 의심 주식의 변동 여부」를 중점관리 사항으로 적은 사례가 있습니다. 그래서 첫 거래 때 아무 연락이 없다가 몇 년 뒤 그 주식이 다시 거래될 때 함께 검토되는 경우가 생깁니다. 이 운영 방식은 추후 변동될 수 있습니다.

명세서에 적힌 양도가액이 실제 거래대금과 다르다면 그 차이도 따로 설명해야 합니다. 계약서와 명세서, 대금 송금 기록이 서로 다른 금액을 가리키면 어느 쪽이 사실인지부터 다시 묻게 되므로, 해명 전에 세 자료를 먼저 맞춰 보십시오.

직원에게 싸게 넘기면 어떤 세금이 문제 되나요?

산 사람 쪽에서는 저가양수에 따른 이익의 증여가 문제 됩니다. 특수관계인 사이에 시가보다 낮게 샀고 시가와 대가의 차액이 시가의 30%와 3억원 중 적은 금액 이상이면, 그 차액에서 기준금액을 뺀 금액이 산 사람의 증여재산가액이 됩니다. 시가는 상속세 및 증여세법의 평가 규정에 따른 가액이고, 비상장주식은 거래 사례가 없으면 보충적 평가방법으로 계산합니다.

직원이 특수관계인인지가 출발점입니다. 국세기본법 시행령은 임원과 그 밖의 사용인을 경제적 연관관계에 있는 특수관계인으로 정하고, 상속세 및 증여세법 시행령도 임원, 상업사용인, 그 밖에 고용계약관계에 있는 사람을 사용인으로 보아 특수관계인에 넣습니다. 대주주가 자기 회사 직원에게 판 거래는 특수관계인 사이 거래로 검토된다는 뜻입니다.

판 사람 쪽에서는 양도소득세 부당행위계산이 문제 됩니다. 특수관계인에게 시가보다 낮게 양도해 조세 부담을 부당하게 줄인 것으로 인정되면 양도가액을 시가로 다시 계산하는데, 시가와 거래가액의 차액이 3억원 이상이거나 시가의 5% 이상인 경우에 적용됩니다. 증여세 기준보다 문턱이 낮아 양도인 쪽이 먼저 걸리는 경우가 많습니다.

시가를 언제 기준으로 보는지도 확인해야 합니다. 저가양수 증여세는 원칙적으로 대금을 청산한 날을 양수일로 보아 그날의 시가와 비교합니다. 양도소득세 부당행위계산의 시가는 상속세 및 증여세법 평가 규정을 준용하되 양도일 또는 취득일 전후 각 3개월 안의 매매사례 등을 기준으로 합니다. 같은 거래라도 세목에 따라 비교하는 시가의 기간이 조금씩 다를 수 있다는 뜻입니다. 계약일과 대금 지급일이 떨어져 있었다면 두 날짜를 모두 표시해 두십시오.

가산세도 함께 계산해야 합니다. 저가양수 증여세를 법정신고기한까지 신고하지 않았다면 무신고 가산세가 일반적으로 무신고 납부세액의 20%이고, 부정행위가 있었다면 40%입니다. 여기에 납부지연 가산세가 기간에 따라 더해집니다. 사례처럼 몇 년 뒤 해명 안내를 받고 수정신고를 하면 본세보다 가산세 부담이 더 크게 느껴지는 경우가 많습니다.

지인처럼 특수관계가 없는 사람에게 판 경우는 다른가요?

특수관계가 없는 사람 사이 거래는 기준이 다릅니다. 거래 관행상 정당한 사유 없이 시가보다 현저히 낮게 샀고 차액이 시가의 30% 이상이면, 차액에서 3억원을 뺀 금액이 증여재산가액이 됩니다. 정당한 사유가 없다는 점은 과세관청이 입증해야 한다는 것이 국세청의 정리입니다. 회사가 어려워 누구도 사려 하지 않던 시기의 거래라면 그 사정이 정당한 사유를 뒷받침하는 자료가 됩니다.

다만 지인이 실제로는 대주주의 지인일 뿐 대금을 내지 않았다면 이야기가 달라집니다. 대가를 주고받지 않은 거래는 명의만 옮긴 거래로 보일 수 있고, 이때는 명의신탁 증여의제가 검토됩니다.

대금을 받지 않았다면 왜 명의신탁이 의심되나요?

매매계약서가 있어도 대금이 실제로 오가지 않았다면, 국세청은 실제로는 이름만 빌린 것은 아닌지 봅니다. 국세청은 저가양수·고가양도 검토 항목에 「정상 거래인가, 명의신탁 혐의는 없는가」를 두고, 주식 취득에 따른 자금출처와 양도대금 사용처를 함께 검토하라고 정합니다. 명의신탁 착안 사항으로는 친인척과 임직원의 주식 변동, 소득·연령에 비춘 자력 취득 여부를 듭니다. 이 검토 항목은 추후 변동될 수 있습니다.

명의신탁으로 보면 과세 구조가 바뀝니다. 실제 소유자가 명의자에게 주식 전체 가액을 증여한 것으로 보고, 2019년 이후 증여의제분은 실제 소유자가 증여세를 냅니다. 저가양수 증여세를 이미 냈다가 나중에 명의신탁으로 다시 과세되면 앞서 낸 세금은 경정청구로 바로잡아야 하는 일이 생깁니다. 주식이 여러 번 명의만 바뀌었다면 거래마다 세금이 겹겹이 생길 수 있다는 점도 기억해야 합니다.

대금을 실제로 받았는지는 계좌로 확인됩니다. 매수인 계좌에서 매도인 계좌로 간 이체 기록, 그 돈의 출처가 된 매수인의 급여나 예금 기록이 있으면 매매의 실질을 설명하기 쉽습니다. 현금으로 주고받았다면 인출과 입금 기록을 날짜로 맞춰 보아야 하고, 대금을 받지 않았다면 그 사실을 감추기보다 왜 받지 않았는지를 정리하는 편이 이후 판단에 도움이 됩니다.

해명자료 제출 안내를 받으면 어떻게 답해야 하나요?

세무서가 주식 거래에 관한 해명자료 제출 안내를 보내면, 안내문에 적힌 근거 법령, 대상 세목과 과세기간, 요구 자료, 제출 기한을 먼저 확인합니다. 현행 상속세 및 증여세 사무처리규정은 해명자료를 낸 날부터 30일 안에 검토 결과를 안내하고, 기한을 늘려야 하면 30일 안에 연장 사실을 알리도록 2026년 8월에 정했습니다. 해명을 낸 뒤 결과 안내를 받지 못했다면 처리 상황을 문의할 근거가 생긴 셈입니다.

답변 범위를 정하는 것이 가장 중요합니다. 안내문에 적힌 거래만 해명하고 같은 시기 비슷한 거래를 그대로 두면, 남은 거래가 다음 검토의 출발점이 됩니다. 사례에서 동생 몫만 정리하고 임원 몫을 남긴 것이 바로 이런 경우입니다. 반대로 문제없는 거래까지 스스로 수정신고할 필요는 없으므로, 거래별로 당시 평가액을 계산해 과세 요건에 해당하는 거래와 해당하지 않는 거래를 나눈 뒤 답변해야 합니다.

해명 단계의 기록은 반드시 남겨 두십시오. 세무서를 언제 몇 번 방문했는지, 누구와 면담했는지, 무엇을 제출했는지를 적어 두고 제출 자료 사본을 보관합니다. 해명 요구가 실질적으로 세무조사에 해당했는지는 안내문 문구, 출석 횟수, 요구 자료의 범위, 결과 처리 방식에 따라 사안마다 달리 판단됩니다. 국세청 자료에는 회사 법인세 조사 때 주주들이 명의신탁 소명 요청에 응했는데 나중에 다시 주식변동조사를 하자 중복조사로 인정된 권리보호요청 사례가 실려 있습니다. 같은 거래로 다시 조사를 받게 되면 이 기록이 중복조사를 주장하는 근거가 됩니다.

해명 단계에서 무엇을 요구받는지 보면 국세청이 무엇을 의심하는지 알 수 있습니다. 실제 상담에서 본 해명 안내 가운데에는 특수관계인 간 주식 저가양도에 따른 부당행위계산을 사유로 적고, 비상장주식 평가 내역과 매매대금 금융증빙을 함께 요구한 경우가 있었습니다. 평가 내역은 저가양수 여부를, 금융증빙은 실제 대금이 오갔는지를 확인하려는 것입니다. 금융증빙을 내지 못하면 다음 단계에서는 저가양수보다 명의신탁 쪽으로 질문의 방향이 바뀔 수 있다는 점을 염두에 두고 답변을 준비해야 합니다.

해명 단계의 대응 방식은 나중에 같은 주식 거래를 다시 조사할 수 있는지와도 이어집니다. 공문 한 번에 회사가 보관하던 서류를 낸 정도라면 세무조사로 보지 않은 판결이 있고, 질문조사권을 근거로 한 안내에 대리인이 여러 차례 출석해 설명하고 자료를 낸 경우는 세무조사로 보아 같은 과세기간의 재조사를 위법하다고 한 확정 판결이 있습니다. 해명 당시의 안내문 원본, 출석 일시와 면담 내용, 제출 목록을 보관해 두십시오.

몇 년 지난 거래도 과세될 수 있나요?

증여세 부과제척기간은 원칙 10년이고, 신고하지 않았거나 부정행위가 있으면 15년입니다. 저가양수 증여세는 산 사람이 신고해야 하는데 액면가 거래 당시 신고하지 않았다면 무신고에 해당해 15년이 적용될 수 있습니다. 양도소득세는 일반 5년, 무신고 7년, 부정행위 10년입니다. 해명자료 제출 안내나 조사 사전통지를 받았다면 각 세목의 기간이 언제 끝나는지 먼저 계산해 보십시오.

해명 단계에서 일부만 정리하고 나머지를 미뤄 두면, 남은 거래가 다음 조사의 출발점이 됩니다. 사례처럼 동생 몫은 수정신고하고 임원 몫을 미해결로 남기면, 그 임원의 주식 처분이 명세서에 나타나는 순간 다시 검토 대상이 됩니다.

액면가 주식 거래 대응 순서

• 거래 목록 작성 - 주식등변동상황명세서로 연도별 양도인, 양수인, 주식 수, 거래가액을 정리하고 특수관계 여부를 표시합니다.
• 당시 평가액 계산 - 거래 시점의 상속세 및 증여세법상 1주당 평가액을 다시 계산해 차액과 기준금액을 비교합니다.
• 대금 흐름 확인 - 매매대금이 실제로 양수인 계좌에서 양도인 계좌로 갔는지 확인하고, 없다면 그 이유를 정리합니다.
• 세목별 기간 계산 - 증여세, 양도소득세, 명의신탁 증여의제별로 부과제척기간 만료일을 계산합니다.
• 정리 범위 결정 - 해명 안내를 받았다면 문제 된 거래 전체를 한 번에 점검해 수정신고, 기한 후 신고, 소명 중 무엇을 할지 정합니다.
• 해명 기록 보관 - 세무서 방문 일시, 면담자, 제출 자료 사본을 보관해 두고, 같은 거래로 다시 조사받을 때 중복조사 여부를 따지는 자료로 씁니다.

여기까지는 일반 기준이고, 직원과의 관계, 거래 당시 회사 가치, 대금 지급 여부, 이후 주식 이동에 따라 과세 근거가 저가양수와 명의신탁 사이에서 달라지므로 연도별 자료를 보고 따로 따져야 합니다. 법무법인 윤성은 비상장주식 거래에 관한 해명 대응과 주식변동조사, 조세불복을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 직원도 세법상 특수관계인인가요?
  그렇습니다. 국세기본법 시행령은 임원과 그 밖의 사용인을 경제적 연관관계에 있는 특수관계인으로 정하고, 상속세 및 증여세법 시행령도 고용계약관계에 있는 사람을 사용인으로 보아 특수관계인에 포함합니다. 대주주가 자기 회사 직원과 주식을 거래하면 특수관계인 사이 거래 기준이 적용됩니다.
• 증여세가 나오는 기준금액은 얼마인가요?
  특수관계인 사이 거래는 시가와 대가의 차액이 시가의 30%와 3억원 중 적은 금액 이상이면 과세되고, 차액에서 그 기준금액을 뺀 금액이 증여재산가액입니다. 특수관계가 없으면 정당한 사유 없이 차액이 시가의 30% 이상일 때 차액에서 3억원을 뺀 금액이 과세됩니다.
• 판 사람도 세금이 나오나요?
  특수관계인에게 시가보다 낮게 양도해 조세 부담을 부당하게 줄였다면 양도가액을 시가로 다시 계산해 양도소득세가 추가될 수 있습니다. 시가와 거래가액의 차액이 3억원 이상이거나 시가의 5% 이상일 때 적용됩니다.
• 퇴직한 임원에게 판 경우도 특수관계인가요?
  상속세 및 증여세법 시행령은 기업집단 소속 기업의 퇴직임원을 퇴직 후 3년(공시대상기업집단은 5년)까지 특수관계인에 포함합니다. 그 밖의 회사에서는 퇴직 뒤 고용관계가 끝났다면 사용인으로 보기 어려울 수 있어, 거래 시점의 관계를 따로 확인해야 합니다.
• 액면가 거래를 지금 바로잡을 수 있나요?
  부과제척기간이 남아 있다면 산 사람이 기한 후 신고나 수정신고로 증여세를 정리할 수 있습니다. 해명 통지를 받고 낸 수정신고나 조사 착수를 알고 낸 신고는 가산세 감면을 받지 못하고, 몇 년 지난 거래라면 감면 기간(수정신고 2년, 기한 후 신고 6개월)도 이미 지났을 수 있으므로, 먼저 거래 당시 평가액으로 세액을 계산해 보고 결정하십시오.
• 저가양수 증여세를 냈는데 명의신탁으로 또 과세되나요?
  같은 주식이 실제로는 명의만 옮겨진 것으로 밝혀지면 명의신탁 증여의제로 다시 과세될 수 있습니다. 이 경우 앞서 낸 저가양수 증여세나 양도소득세는 경정청구로 돌려받는 문제가 생기므로 기한을 함께 관리해야 합니다.
• 오래전 거래라 이미 기간이 지났을까요?
  증여세는 원칙 10년, 신고하지 않았으면 15년입니다. 액면가로 사면서 저가양수 증여세를 신고하지 않았다면 15년이 적용될 수 있습니다. 양도소득세는 일반 5년, 무신고 7년입니다.

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