불복·환급

후발적 경정청구, 대법원은 어떤 사유를 인정하고 어떤 사유는 배척했나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.13 갱신

후발적 경정청구는 과세 근거가 된 거래의 존부나 법률효과가 판결·해제 등으로 달라졌을 때 그 사실을 안 날부터 3개월 안에 할 수 있고, 5년이나 부과제척기간이 지나도 됩니다. 법령 해석 변경, 사해행위취소, 횡령금 반환은 대법원이 사유로 보지 않았습니다. 국세기본법 제45조의2와 시행령 제25조의2의 연혁, 대법원 판례 15건을 사안별로 정리했습니다.

세금을 낸 뒤 사정이 바뀌었다고 모두 돌려받지는 못합니다. 대법원은 과세 근거가 된 거래의 존부나 법률효과가 나중에 달라져 최초 신고가 유지될 수 없게 된 경우만 인정하고, 해석 변경이나 소급효 없는 원상회복은 배척해 왔습니다.

이런 상담이 많습니다

A씨는 2019. 5. 직접 개발한 업무용 프로그램의 권리를 B회사에 넘기고 받은 3억원을 소득으로 신고해 2020. 5. 종합소득세를 냈습니다. 그 뒤 B회사가 계약의 효력을 다투며 소송을 냈고, 2026. 8. 양도계약이 무효라는 판결이 확정되었습니다. 신고한 지 5년이 넘은 A씨는 지금도 세금을 돌려받을 수 있는지, 언제까지 무엇을 해야 하는지 물으셨습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

후발적 경정청구는 통상 경정청구와 무엇이 다른가요?

통상 경정청구는 처음부터 신고가 과다했다는 주장이고, 후발적 경정청구는 신고 당시에는 맞았지만 그 뒤 생긴 사유로 더는 유지될 수 없다는 주장입니다. 대법원은 소득이 생길 권리가 확정된 때 미리 과세했더라도 나중에 그 소득이 실현되지 않는 것으로 확정되면 납세의무가 전제를 잃는다고 보고, 후발적 경정청구를 그 구제 수단으로 설명합니다(대법원 2014. 1. 29. 선고 2013두18810 판결).

대법원 2006. 1. 26. 선고 2005두7006 판결이 위 사례와 같은 구조입니다. 컴퓨터프로그램 저작권 양도로 종합소득세를 부과받은 원고가 양수 회사와 다투는 사이 부과제척기간이 지났지만, 대법원은 판결로 양도계약이 무효로 확정된 뒤의 경정청구를 적법하다고 보았습니다. 대법원 2017. 9. 7. 선고 2017두41740 판결은 판결로 확정된 내용을 통상 경정청구로 다툴 수 있었다는 사정만으로 후발적 경정청구가 막히지 않는다고 했습니다.

법은 어떤 사유를 열거하고, 언제 바뀌었나요?

현행 제45조의2 제2항은 다섯 가지를 듭니다. 심사청구·심판청구·감사원 심사청구 결정이나 판결(판결과 같은 효력을 가지는 화해 등 포함)로 계산 근거가 된 거래가 다른 것으로 확정된 때, 소득 귀속을 제3자로 바꾸는 결정·경정, 조세조약 상호합의, 결정·경정으로 연동된 다른 세목이나 다른 과세기간의 세액이 과다해진 때, 대통령령 사유입니다. 시행령 제25조의2는 거래의 효력과 관계된 관청 허가 등의 취소, 해제권 행사나 계약 성립 후 부득이한 사유로 인한 해제·취소, 장부 압수 등으로 계산할 수 없던 사유의 소멸과 이와 유사한 사유를 정하며, 이 사유는 법정신고기한이 지난 뒤 생겨야 합니다. 청구인은 기한 안에 신고한 자와 결정을 받은 자입니다. 상속세는 상속회복청구소송 등으로 상속인 간 상속재산가액이 바뀌면 그 사유가 발생한 날부터 6개월 안에 청구하는 특례가 있습니다.

기간은 1994. 12. 22. 신설 때 사유가 발생한 날부터 2개월이었다가 2000. 12. 29. 안 날부터로 바뀌었고, 2015. 12. 15. 개정(2016. 1. 1. 시행)으로 3개월이 되었습니다. 2022. 12. 31. 개정(2023. 1. 1. 시행)은 제1호에 심사·심판 결정을 더하고 제4호를 다른 세목까지 넓혔는데, 시행 뒤 확정되는 결정과 시행 뒤 이루어지는 결정·경정부터 적용합니다.

판결이 있으면 모두 후발적 사유가 되나요?

아닙니다. 대법원은 거래나 행위에 관한 분쟁이 생겨 그 소송의 판결로 존부나 법률효과가 다른 내용으로 확정되어 최초 신고가 정당하게 유지될 수 없게 된 경우만 제1호에 해당한다고 봅니다(대법원 2011. 7. 28. 선고 2009두22379 판결). 대법원 2008. 7. 24. 선고 2006두10023 판결은 손금 귀속시기만 한 달씩 늦춘 1992~1995 사업연도 법인세 처분을 취소한 판결이 1996 사업연도 법인세의 후발적 사유는 아니라며 원심을 파기했습니다.

반대로 2017두41740 판결은 과세관청이 임대차보증금을 더해 38억 3,000만 원으로 증액경정한 양도가액이 매수회사의 채무부존재확인소송에서 35억 원으로 확정되자, 이를 후발적 사유로 보고 원심을 파기했습니다. 판결 이유에 무엇이 적혀야 하는지는 「민사판결·화해·조정으로 거래가 바뀌면 후발적 경정청구가 되나요? 통정·형식적 판결 판례」에서 정리했습니다.

계약 해제나 회수불능은 어디까지 인정되나요?

해제권 행사로 인한 해제는 법인세에서도 원칙적으로 후발적 사유이고, 법령이 해제일이 속한 사업연도에 반영하도록 따로 정했거나, 반복되는 상품판매계약 해제를 기업회계 관행에 따라 해제 연도에 반영해 왔다면 예외입니다(대법원 2014. 3. 13. 선고 2012두10611 판결, 대법원 2017. 9. 21. 선고 2016두60201 판결). 해제와 대금 감액 판례는 「계약 해제나 대금 감액 뒤 후발적 경정청구, 대법원은 어떤 경우에 인정했나요?」에서 자세히 다룹니다.

받지 못한 소득도 같습니다. 2013두18810 판결은 배당 결의 뒤 두 회사가 부도나 한 곳은 회생계획으로 배당금채권이 면제되고 다른 곳은 파산하자, 미수령 배당금의 회수불능을 시행령 제25조의2 제2호에 준하는 사유로 보았습니다. 대법원 2018. 5. 15. 선고 2018두30471 판결은 회생계획 인가로 임원 급여와 퇴직금이 면제되자 원천징수의무자인 회사의 후발적 경정청구도 허용하며 원심을 파기했습니다.

대법원이 후발적 사유로 보지 않은 것은 무엇인가요?

첫째, 법령 해석의 변경입니다(대법원 2014. 11. 27. 선고 2012두28254 판결). 대법원 2017. 8. 23. 선고 2017두38812 판결은 배임수재 추징금을 낸 사람이 몰수·추징을 사유로 인정한 전원합의체 판결 뒤 청구한 사안에서, 기간은 판례 변경을 안 날이 아니라 추징금 납부 사실을 안 날부터 세고, 기간이 지난 청구를 거절한 회신은 거부처분이 아니어서 소 자체가 부적법하다고 했습니다.

둘째, 소급효 없는 사해행위취소입니다. 주식 명의신탁 증여세 부과 뒤 사해행위취소 판결로 명의가 회복된 경우(대법원 2012. 8. 23. 선고 2012두8151 판결), 수증자 사망 뒤 증여가 취소된 경우의 상속세(대법원 2020. 11. 26. 선고 2014두46485 판결) 모두 인정되지 않았습니다. 셋째, 실질적 경영자와 공모해 빼낸 회사 돈을 형사재판 중 돌려준 경우입니다(대법원 2024. 6. 17. 선고 2021두35346 판결). 그 돈이 부패재산의 몰수 및 회복에 관한 특례법에 따라 몰수·추징되어 피해법인에 환부된 경우도 같습니다(대법원 2025. 11. 13. 선고 2025두34152 판결). 뇌물 몰수·추징과의 차이는 「위법소득이 몰수·추징되거나 반환됐다면, 대법원은 언제 소득세를 취소하나요?」에서 다룹니다. 넷째, 분식결산으로 과다신고한 뒤 다음 연도 역분식으로 상쇄하려다 증액경정을 받은 경우로, 제4호 사유가 아니어서 통상 경정청구만 가능합니다(대법원 2013. 7. 11. 선고 2011두16971 판결).

후발적 경정청구 대응 순서

• 안 날 특정 - 판결 확정, 해제 통지 도달, 회생계획 인가처럼 사유를 안 날을 서류로 정하고 3개월이 끝나는 날을 계산합니다.
• 확정된 내용 대조 - 판결 주문과 이유에 과세 근거가 된 거래의 존부와 금액이 적혀 있는지 신고서와 맞춰 봅니다.
• 청구 경로 선택 - 5년 안이면 통상 경정청구 사유도 함께 적고, 부과처분의 불복기간이 남았다면 처분 자체도 다툽니다.
• 통지 확인과 불복 - 거부 통지를 받으면 90일 기한을, 2개월 안에 통지가 없으면 그다음 날부터 불복할 수 있음을 기억합니다.
• 소송 제기 - 결정 통지를 받은 날부터 90일 안에 경정청구 거부처분 취소소송을 냅니다.

여기까지는 일반 기준이고, 판결이나 해제가 과세 근거가 된 거래 자체를 바꿨는지와 사유를 안 날이 언제인지에 따라 결론이 달라집니다. 법무법인 윤성은 후발적 경정청구와 경정청구 거부처분 취소소송을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 법정신고기한부터 5년이 지났는데 후발적 경정청구가 되나요?
  됩니다. 후발적 경정청구는 5년 기간과 관계없이 사유가 발생한 것을 안 날부터 3개월 안에 할 수 있습니다. 대법원 2005두7006 판결은 부과제척기간이 지난 뒤 판결로 양도계약이 무효로 확정된 경우에도 경정청구가 적법하다고 보았습니다.
• 3개월은 언제부터 세나요?
  사유가 발생한 것을 안 날부터 셉니다. 대법원 2017두38812 판결은 몰수·추징을 사유로 인정한 판례 변경을 안 날이 아니라 추징금을 낸 사실을 안 날이 기준이라고 했고, 이 기간이 지난 청구를 거절한 회신은 소송으로 다툴 수 있는 거부처분이 아니라고 보았습니다.
• 통상 경정청구로 다툴 수 있었는데 안 했다면 후발적 경정청구도 못 하나요?
  그렇지 않습니다. 대법원 2017두41740 판결은 판결로 확정된 내용을 통상 경정청구 사유로 다툴 수 있었다는 사정만으로 정당한 후발적 경정청구가 배제되지 않는다고 했습니다. 5년 안이라면 두 사유를 함께 적는 것도 방법입니다.
• 어떤 판결이든 받으면 후발적 경정청구 사유가 되나요?
  아닙니다. 과세 근거가 된 거래에 관한 분쟁에서 그 존부나 법률효과를 다르게 확정한 판결이어야 합니다. 대법원 2006두10023 판결은 손금 귀속시기만 문제 삼은 다른 연도 과세처분 취소판결을 사유로 보지 않았습니다.
• 거래처가 망해서 받지 못한 돈에 낸 세금도 돌려받을 수 있나요?
  회수불능이 객관적으로 명백해졌다면 가능할 수 있습니다. 대법원 2013두18810 판결은 회생계획 면제와 파산으로 받지 못한 배당금을 후발적 사유로 보았습니다. 다만 사업소득 대손금처럼 법령이 해당 연도 차감을 따로 정한 경우는 그 규정에 따릅니다.
• 대법원 판례가 바뀌면 후발적 경정청구를 할 수 있나요?
  법령 해석이 신고나 처분 당시와 달라졌다는 사유는 후발적 사유에 포함되지 않습니다. 대법원 2012두28254 판결과 2017두38812 판결이 이를 분명히 했습니다. 판례 변경과 형사 무죄의 관계는 별도 글에서 정리했습니다.
• 경정청구가 거부되면 언제까지 다퉈야 하나요?
  거부 통지를 받은 날부터 90일 안에 심사청구나 심판청구를 하고, 그 결정 통지를 받은 날부터 90일 안에 행정소송을 내야 합니다. 청구 후 2개월 안에 아무 통지가 없으면 그다음 날부터 이의신청·심사청구·심판청구를 할 수 있습니다. 소송 제기 기간은 불변기간입니다.

법무법인 윤성 × Lexle

허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

이 글과 관련해 지금 상황을 남겨 주세요. 다른 상황이어도 괜찮아요. 남겨 주시면 제가 먼저 읽어 볼게요!

• 채팅으로 끝까지전화 안 하셔도 돼요
• 사진 한 장이면 시작모르는 건 비워 두셔도 돼요
• 금액부터 알려 드려요보시고 맡길지 정하시면 돼요
• 10분 안에 답업무시간 기준 · 알림톡으로 알려요
• 변호사가 직접 읽어요맡을 수 있는 일인지 알려 드려요
• 결과는 문서로같은 채팅방에 문서로 와요

지금 상황을 적어 주세요

변호사에게 보내기

휴대폰 문자로 한 번만 확인할게요 · 금액은 먼저 알려 드려요

법무법인 윤성이 직접 운영해요 · 법률사무는 전부 소속 변호사가 해요

비슷한 상황

• 통상 경정청구를 안 했는데 나중에 후발적 경정청구를 할 수 있나요?
• 민사판결·화해·조정으로 거래가 바뀌면 후발적 경정청구가 되나요? 통정·형식적 판결 판례
• 계약 해제나 대금 감액 뒤 후발적 경정청구, 대법원은 어떤 경우에 인정했나요?
• 경정청구가 거부돼 소송하면 누가 증명하나요? 대법원 2022두34425 판결로 본 기준

이 글은 일반적인 법률 안내입니다. 개별 사안은 사실관계와 자료에 따라 판단이 달라질 수 있습니다.허진영 대표변호사 · 대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록광고책임변호사 허진영 · 법무법인 윤성© 법무법인 윤성 · 무단 복제·자동 수집 금지이 글에 의견 보내기