불복·환급

빠뜨린 비용을 경정청구했는데 증빙이 부족하면 소송에서 인정받을 수 있나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.13 갱신

거부처분의 적법성 증명책임은 원칙적으로 세무서에 있지만(2022두34425), 비용을 신고에서 따로 빠뜨렸다는 사실은 그 비용을 주장하는 납세자가 증명한다는 부과처분 판례(91누10695)에 비추어 경정청구 소송에서도 납세자가 보여야 한다고 볼 수 있습니다. 추계나 「업종상 당연한 비용」이라는 주장은 받아들여지지 않았습니다(2001두4399, 2010두28076).

증빙이 모자란다고 곧 지는 것은 아니지만, 「업종상 당연히 들었을 비용」이라는 설명만으로 이긴 대법원 사례도 찾기 어렵습니다. 대법원은 부과처분 사건에서 신고 때 빠뜨린 비용이 따로 있었다는 사실을 그 비용을 주장하는 쪽이 보여야 한다고 보아 왔고, 결론은 세금계산서가 없는 자리를 무엇으로 채웠는지에서 갈렸습니다.

이런 상담이 많습니다

F씨는 실내건축업을 하며 2021년 귀속 종합소득세를 2022. 5. 신고했습니다. 일용직 기술자에게 현금으로 준 인건비 7,000만원과 거래명세서만 받은 자재대 3,000만원을 필요경비에서 빠뜨린 것을 뒤늦게 알고 2026. 4. 경정청구를 했지만, 세무서는 2026. 6. 증빙이 없다며 거부했습니다. F씨는 2026. 8. 심판청구를 했고 결과에 따라 소송도 생각하고 있습니다. 남은 자료는 현장별 작업일지, 현금 인출 내역, 기술자들의 연락처 정도입니다. F씨는 이 자료로 소송에서 비용을 인정받을 수 있는지 물으셨습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

경정청구 거부 소송에서 누락 비용은 누가 증명하나요?

출발점은 세무서입니다. 대법원 2026. 5. 29. 선고 2022두34425 판결은 감액경정청구 거부처분의 적법성 증명책임이 원칙적으로 과세관청에 있되, 세무서가 일응의 증명을 하면 반대 사정은 자료를 내기 쉬운 납세자가 증명해야 한다고 했습니다. 누락 비용에 대해서는 부과처분 사건에서 굳어진 기준이 있습니다. 대법원 1992. 7. 28. 선고 91누10695 판결은 수입 일부를 빠뜨려도 비용은 전부 신고하는 것이 통상이라는 경험칙을 들어, 비용까지 신고에서 누락했다는 이례적 사정은 그 손금산입을 주장하는 납세자가 증명해야 한다고 했습니다.

경정청구로 누락 비용을 주장하는 사건에 이 기준이 그대로 적용된다고 직접 판단한 대법원 판결은 아직 없습니다. 다만 신고서에 비용이 모두 들어 있다는 경험칙이 일응의 증명 역할을 한다고 보면, 누락 비용의 존재와 금액은 납세자가 보여야 한다고 볼 수 있습니다. 세무서가 이미 신고한 비용을 부인할 때 허위를 먼저 상당한 정도로 증명해야 하는 것(대법원 2015. 6. 23. 선고 2012두7776 판결)과는 방향이 반대입니다. 기본 구조는 「조세소송에서 과세요건과 필요경비는 누가 증명하나요? 대법원 판례로 본 기준」, 경정청구 소송의 증명책임은 「경정청구가 거부돼 소송하면 누가 증명하나요? 대법원 2022두34425 판결로 본 기준」에서 다룹니다.

장부가 부실하면 추계로라도 비용을 인정받을 수 있나요?

어렵습니다. 대법원 2003. 3. 11. 선고 2001두4399 판결의 원고는 1995년 수임 보수를 신고에서 빠뜨려 과세되자, 그해 필요경비가 신고한 111,223,712원이 아니라 227,964,619원이라고 주장했습니다. 원심은 원고가 낸 장부를 믿기 어렵다며 배척했고 필요경비를 추계로 공제해 달라는 주장도 받아들이지 않았습니다. 대법원은 실지조사로 소득을 정할 수 있으면 필요경비를 공제하려고 추계할 수는 없다며 상고를 기각했습니다. 인지대와 감정료는 이미 인정된 경비와 별개라는 자료가 없어서, 변호사 보수는 실제 지출 증거가 없어서 공제되지 않았습니다. 대법원 2003. 11. 27. 선고 2002두2673 판결도 누락 수입에 대응하는 손금만 따로 추계로 산출할 수는 없다고 했습니다.

「업종상 당연히 들었을 비용」이라는 주장은 통하나요?

그것만으로는 부족합니다. 대법원 2011. 4. 28. 선고 2010두28076 판결의 원고는 선박에 유류를 공급하는 회사로, 허위세금계산서로 신고한 매입액 중 실지 매입이 확인되지 않은 부분을 손금에서 부인당했습니다. 원심은 조사기간 매출유량 56,158㎘와 확인된 매입유량 36,961㎘의 차이 19,197㎘를 무자료 매입으로 보고 그 비용은 경험칙상 명백하다고 했습니다. 대법원은 그 수치가 해당 사업연도 전체나 유류 종류별로 특정되지 않아 무자료 매입을 단정할 수 없고, 원고가 다른 공급자에게서 유류를 사서 대금을 지급했음을 증명해야 한다며 파기했습니다.

대법원 2009. 5. 14. 선고 2008두17134 판결에서는 자재구입비 300,178,000원의 세금계산서가 허위로 밝혀진 뒤 원고가 현금 지급, 어음 지급, 성명불상 업자에게서의 현금 구입으로 설명을 바꿨고, 법원은 실제 구입을 인정하지 않았습니다.

세금계산서가 없을 때 무엇으로 증명하나요?

누락 비용이 소송에서 인정된 사례는 있습니다. 대법원 2009. 5. 14. 선고 2006두17390 판결은 증액경정 취소소송에서 당초 신고 때 빠뜨린 인건비 202,474,813원을 추가로 공제해야 한다는 원고 주장을 받아들인 원심을 유지했습니다. 당사자는 사실심 변론종결 때까지 정당한 세액에 관한 주장과 자료를 낼 수 있으므로(대법원 2008. 12. 24. 선고 2006두13497 판결), 지급일·상대방·금액을 이체 내역, 작업일지, 받은 사람의 확인서와 신고 내역으로 맞춰 내는 것이 기본입니다. 대법원 2026. 8. 12. 선고 2025두32147 판결의 원고는 상속받은 토지를 판 뒤 취득가액을 감정가액 평균 169,176,000원으로 올려 달라고 경정청구를 했고, 소송에서는 비교 대상 토지의 2015. 1. 거래가액을 내세웠습니다. 법원은 그 거래가액으로 산정한 가액을 취득가액으로 보아 거부처분 전부를 취소했고 대법원도 이를 수긍했습니다. 경정청구 때와 다른 자료로도 소송에서 증명할 수 있다는 예로 볼 수 있습니다.

반대로 대법원 2026. 8. 12. 선고 2022두42020 판결은 법인세 경정거부 사건에서, 세무조사 뒤 손금에서 빠진 고문료 가운데 위촉 근거 규정과 보수기준 없이 지급되고 고문들의 업무 내용도 확인되지 않는 고문료는 손금 요건을 갖추었다고 볼 근거가 없다는 원심을 수긍했습니다. 같은 판결에서 부당행위계산 부인은 과세관청이 증명할 몫이어서 세무서가 졌습니다.

누락 비용 경정청구 대응 순서

• 항목별 정리 - 빠뜨린 비용을 지급일, 상대방, 금액, 지급 수단으로 한 줄씩 정리합니다.
• 지출 흔적 확보 - 이체·인출 내역, 거래명세서, 작업일지처럼 지출과 연결되는 자료를 모읍니다.
• 상대방 자료 대조 - 받은 사람의 확인서와 그쪽 신고 내역을 맞춰 봅니다.
• 설명 일관성 유지 - 경정청구서, 심판청구서, 소장에 같은 경위를 적어 설명이 바뀌지 않게 합니다.
• 정당세액 계산 - 증명이 탄탄한 항목부터 금액을 나눠 일부 취소가 가능하게 계산합니다.

여기까지는 일반 기준이고, 빠뜨린 비용이 실제로 지출되었다는 사실을 계좌와 상대방 자료로 얼마나 맞춰 보일 수 있는지에 따라 결론이 달라집니다. 법무법인 윤성은 누락 비용 경정청구와 경정청구 거부처분 취소소송에서 증거 구성과 정당세액 산정을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 경정청구 거부 소송에서는 세무서가 증명책임을 진다는데, 누락 비용도 세무서가 증명하나요?
  원칙은 세무서이지만 누락 비용은 사정이 다릅니다. 대법원 91누10695 판결은 비용까지 신고에서 빠뜨렸다는 이례적 사정은 그 비용을 주장하는 납세자가 증명해야 한다고 했고, 경정청구 사건에서도 같은 방향으로 볼 수 있습니다.
• 장부가 부실하면 업종 평균 경비율로 비용을 인정받을 수 있나요?
  어렵습니다. 대법원 2001두4399 판결은 실지조사로 소득을 정할 수 있으면 필요경비를 공제하려고 추계할 수 없다고 했고, 2002두2673 판결도 누락분 손금만 따로 추계할 수 없다고 했습니다.
• 매출이 있었으니 매입도 당연히 있었다는 주장은 안 되나요?
  그것만으로는 부족합니다. 대법원 2010두28076 판결은 매출유량과 매입유량의 차이만으로 무자료 매입 비용이 경험칙상 명백하다고 본 원심을 파기하고, 다른 공급자에게서 사서 대금을 지급했음을 납세자가 증명해야 한다고 했습니다.
• 세금계산서 없이 현금으로 준 인건비도 인정받을 수 있나요?
  인정된 사례가 있습니다. 대법원 2006두17390 판결은 당초 신고 때 빠뜨린 인건비 2억 247만여원을 추가 공제한 원심을 유지했습니다. 소송에서는 사실심 변론종결 때까지 자료를 낼 수 있으니 인출 내역, 작업일지, 받은 사람의 확인서와 신고 내역으로 지급 사실과 금액을 맞춰 냅니다.
• 경정청구 때 낸 근거와 다른 자료로 소송에서 증명해도 되나요?
  됩니다. 대법원 2006두13497 판결은 당사자가 사실심 변론종결 때까지 정당한 세액에 관한 주장과 자료를 낼 수 있다고 했습니다. 2025두32147 판결 사건에서도 원고는 경정청구 때 감정가액을 근거로 했지만, 소송에서 비교 대상 토지의 거래가액을 내세워 거부처분 전부 취소를 받았습니다.
• 세무서에 소명하면서 설명이 한 번 바뀌었는데 문제가 되나요?
  불리한 정황이 될 수 있습니다. 대법원 2008두17134 판결 사건에서 원고는 현금 지급, 어음 지급, 성명불상 업자에게서 구입으로 설명을 바꿨고 법원은 실제 구입을 인정하지 않았습니다. 이후에는 자료로 확인한 경위만 일관되게 적습니다.
• 법인의 고문료나 자문료도 같은 기준인가요?
  손금 요건은 법인이 보여야 할 부분이 큽니다. 대법원 2022두42020 판결은 위촉 근거와 보수기준이 없고 업무 내용도 확인되지 않는 고문료의 손금 제외를 적법하다고 본 원심을 수긍했습니다. 계약서와 업무 결과물을 남겨 둡니다.

법무법인 윤성 × Lexle

허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

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