주식·명의신탁

회사가 가진 비상장주식을 대표 아들에게 싸게 팔면 법인세 부분조사를 받나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.12 갱신

받을 수 있습니다. 법인이 주식을 시가보다 낮게 팔아 특수관계인에게 이익을 나눠 준 구체적 혐의가 있으면 그 거래만 확인하는 법인세 부분조사 사유가 됩니다. 차액이 3억원 이상이거나 시가의 5% 이상이면 차액이 법인 익금에 더해지고, 산 사람에게는 배당·상여·기타소득으로 처분되어 소득세가 나옵니다.

회사가 가진 다른 회사 주식을 대표 가족에게 넘겼다고 해서 곧바로 회사 전체가 세무조사를 받는 것은 아닙니다. 국세기본법은 법인이 주식을 시가보다 높거나 낮게 거래해 특수관계인에게 이익을 나눠 준 구체적 혐의가 있으면, 그 거래만 확인하는 부분조사를 할 수 있게 정합니다. 문제는 그 거래가 부당행위계산으로 확인될 때 법인세와 함께 주식을 산 사람의 소득세까지 이어진다는 점입니다. 통지서를 받은 단계에서 시가 근거와 조사 범위를 함께 정리해 두면 대응 폭을 좁힐 수 있습니다.

이런 상담이 많습니다

C사 대표 D씨는 회사가 오래 보유하던 관계사 비상장주식 2만주를 2025. 11. 아들 E씨에게 액면가인 1주당 5,000원, 모두 1억원에 넘기게 했습니다. E씨는 C사의 주주도 직원도 아니었습니다. 2026. 9. C사는 세무조사 사전통지서를 받았는데, 조사대상 세목은 법인세, 조사 사유란에는 「2025년 관계사 주식 양도 시 특수관계인에게 이익을 분여한 혐의」라고 적혀 있었습니다. 회사 세무사가 다시 평가해 보니 그 주식의 1주당 평가액은 2만 5천원이었습니다. D씨는 이 조사가 다른 연도까지 넓어지는지, 아들은 어떤 세금을 내게 되는지 물으셨습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

주식 거래 하나로 부분조사를 받을 수 있나요?

받을 수 있습니다. 세무조사는 원칙적으로 세목을 통합해 하지만, 법인이 주식을 시가보다 높거나 낮게 거래하거나 증자·감자·합병 같은 자본거래로 특수관계인인 다른 주주에게 이익을 나눠 준 구체적 혐의가 있으면 그 부분에 한정한 조사가 허용됩니다.

국세청 기준으로는 주식변동 분석 과정에서 법인주주의 고가·저가 거래나 이익 분여 혐의가 드러나면 그 법인을 법인세 부분조사 대상으로 선정할 수 있습니다. 선정 전에 같은 세목·같은 과세기간에 부분조사가 이미 두 번 있었는지, 이미 통합조사가 선정되었거나 진행 중인지를 확인하고, 통합조사가 진행 중이면 자료를 그 조사팀으로 넘깁니다. 사전통지서에는 어떤 거래를 확인하는지 부분조사 범위를 구체적으로 적도록 하고 있습니다. 이 운영 기준은 바뀔 수 있습니다.

법인에는 어떤 세금이 생기나요?

법인이 특수관계인에게 자산을 시가보다 낮게 넘기면 부당행위계산 부인 대상이 됩니다. 다만 시가와 거래가액의 차액이 3억원 이상이거나 시가의 5% 이상일 때만 적용되고, 상장주식 거래에는 이 금액 기준이 적용되지 않습니다. 비상장주식의 시가는 다른 정상 거래 가격이 없으면 상속세 및 증여세법 평가 규정을 준용해 계산하며, 주식은 감정가액을 시가로 쓰지 않습니다.

사례라면 시가 5억원과 거래가액 1억원의 차액 4억원이 C사의 익금에 더해집니다. 2026. 10. 11. 기준 현행 「법인세법」에 따른 계산입니다. 거래한 주식이 상장주식이고 장외에서 넘겼다면 그날 거래소 종가가 시가이고, 사실상 경영권이 함께 넘어가면 20%를 더합니다. 국세청은 이와 함께 대표나 관계사 주주가 자본거래로 이익을 받은 것은 없는지, 소득처분이 맞게 되었는지도 확인합니다. 주식을 시가보다 비싸게 사들인 경우도 같은 구조로 따집니다.

주식을 산 가족에게는 어떤 세금이 생기나요?

익금에 더한 금액은 이익이 누구에게 갔는지에 따라 처분됩니다. 산 사람이 주주이면 배당, 임원이나 직원이면 상여, 그 밖의 개인이면 기타소득으로 처분되어 그 사람에게 소득세가 나옵니다. 사례의 E씨는 주주도 직원도 아니므로 4억원이 기타소득으로 처분될 수 있습니다.

같은 이익에 소득세가 부과되면 증여세는 부과하지 않습니다. 개인끼리 거래였다면 저가 양수 증여세를 따졌겠지만, 법인과의 거래가 법인세법상 시가로 이루어졌다면 증여세 규정도 적용하지 않습니다. 결국 법인과 개인 사이 거래는 법인세법상 시가가 출발점입니다.

부분조사가 다른 연도나 세목으로 넓어질 수 있나요?

부분조사는 통지된 거래의 확인에 필요한 범위로 한정됩니다. 같은 세목·같은 과세기간에 대한 이런 부분조사는 두 번을 넘겨 할 수 없습니다. 국세청은 부분조사 뒤 같은 과세기간의 나머지를 다시 조사할 때 이미 조사한 세목·기간·범위를 조사 제외 대상으로 분명히 적도록 하고 있습니다.

조사 중 다른 사업연도나 다른 거래에 구체적 혐의가 확인되면 범위 확대 절차를 밟아 넓어질 수 있습니다. 그래서 사전통지서의 조사 사유와 범위를 처음부터 확인하고, 요구받은 자료가 그 범위와 관련 있는지 물어보는 것이 필요합니다.

이전에 서면확인이나 현장확인을 받은 적이 있다면 그것이 실질적인 세무조사였는지도 따져 봅니다. 대법원은 현지확인이라는 이름으로 진행했더라도 사업장에서 납세자를 직접 접촉해 상당한 기간 질문하고 장부를 검사했다면 재조사가 금지되는 세무조사로 보았습니다. 국세청도 주식변동 관련 서면확인 때 직접 접촉, 자료 제출, 질문 여부를 보아 중복조사인지 검토하고, 납세자가 종전 통지서를 제시하며 중복조사를 주장하면 확인될 때까지 조사를 일시 중지하도록 하고 있습니다.

법인 부분조사 대응 순서

• 통지서 범위 확인 - 사전통지서의 세목, 과세기간, 부분조사 범위를 표시해 두고, 이전 조사 이력과 겹치는지 확인합니다.
• 시가 근거 준비 - 거래 당시 정상 거래 가격이 있었는지, 상속세 및 증여세법 준용 평가액은 얼마인지 계산해 둡니다.
• 기준 대조 - 차액이 3억원 또는 시가의 5% 기준을 넘는지 보고, 넘지 않으면 그 계산을 소명 자료로 냅니다.
• 귀속자 정리 - 주식을 산 사람이 주주·임원·그 밖의 사람 중 누구인지에 따라 소득처분과 원천징수 문제를 함께 봅니다.
• 과세전적부심사 - 결과통지를 받으면 30일 안에 시가 산정과 소득처분의 잘못을 다툽니다.
• 심판청구 - 고지서나 소득금액변동통지서를 받은 뒤 90일 안에 조세심판원에 다툽니다.

여기까지는 일반 기준이고, 거래 당시 다른 정상 거래 가격이 있었는지, 산 사람이 회사와 어떤 관계인지, 이전 조사 이력이 있는지에 따라 과세 범위와 대응이 달라집니다. 법무법인 윤성은 법인 부분조사와 주식변동조사 대응, 부당행위계산 관련 조세불복을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 부분조사 통지를 받으면 회사 장부 전체를 봐도 되나요?
  부분조사는 통지된 거래의 확인에 필요한 부분으로 한정된 조사입니다. 다른 연도나 거래로 넓히려면 구체적 혐의를 이유로 범위 확대 절차를 밟아야 하므로, 요구 자료가 통지된 범위와 관련 있는지 확인할 수 있습니다.
• 같은 해에 부분조사를 몇 번까지 받을 수 있나요?
  탈세 제보, 명의위장, 주식 거래 등 사유로 하는 부분조사는 같은 세목·같은 과세기간에 대해 두 번을 넘겨 할 수 없습니다. 이전 조사 이력을 정리해 두면 이 제한에 걸리는지 판단할 수 있습니다.
• 차액이 얼마부터 부당행위계산이 적용되나요?
  시가와 거래가액의 차액이 3억원 이상이거나 시가의 5% 이상이면 적용됩니다. 상장주식을 거래한 경우에는 이 금액 기준 없이 판단하고, 장외 거래라면 그날 거래소 종가를 시가로 보며 경영권 이전이 함께 있으면 20%를 더합니다.
• 비상장주식 감정평가를 받아 두면 시가로 인정되나요?
  법인세법은 시가가 불분명할 때 감정가액을 먼저 쓰지만 주식은 그 대상에서 제외합니다. 비상장주식은 제3자 사이의 정상 거래 가격이 없으면 상속세 및 증여세법 평가 규정을 준용해 계산하므로, 그 평가액을 미리 계산해 두는 편이 좋습니다.
• 주식을 산 아들에게 증여세도 나오나요?
  부당행위계산으로 아들에게 기타소득 등 소득세가 부과되면 같은 이익에 증여세는 부과하지 않습니다. 법인세법상 시가로 거래한 경우에는 증여세 저가 양수 규정도 적용하지 않습니다. 다만 거짓이나 부정한 방법으로 증여세를 줄인 경우는 예외입니다.
• 산 사람이 직원이면 처분이 달라지나요?
  달라집니다. 이익을 받은 사람이 주주이면 배당, 임원이나 직원이면 상여, 그 밖의 개인이면 기타소득으로 처분됩니다. 주주이면서 임원이면 상여입니다. 처분 유형에 따라 원천징수와 신고 방법, 세율이 달라집니다.

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