사단·재단법인 같은 비영리법인은 원천징수된 이자소득을 신고하지 않아도 되지만, 신고기한까지 신고하지 않으면 원천징수로 과세가 끝나 기한후신고나 경정청구로 환급받을 수 없습니다. 기한 안에 신고하고 고유목적사업준비금을 잡으면 이자 전액을 손금으로 넣어 원천징수세액을 돌려받을 수 있습니다.
기한
원천징수된 이자소득을 법인세 과세표준에 넣으려면 법인세 신고기한(사업연도 종료일이 속하는 달의 말일부터 3개월)까지 신고해야 합니다. 12월 결산 비영리법인의 2026 사업연도분은 2027. 3. 31.까지입니다.
예금 이자만 있는 비영리법인은 법인세 신고를 하지 않아도 가산세가 붙지 않습니다. 사단법인, 재단법인, 학교법인뿐 아니라 법인으로 보는 단체로 인정된 종중이나 아파트 입주자대표회의도 같은 구조입니다. 은행이 이자를 줄 때 떼어 간 원천징수로 세금이 끝나기 때문입니다. 다만 신고했더라면 돌려받을 수 있었던 세금을 기한이 지난 뒤에는 찾을 길이 없다는 점은 알고 계셔야 합니다.
이런 상담이 많습니다
주무관청 허가를 받은 사단법인 G(12월 결산)는 수익사업 없이 회비로 고유목적사업을 하면서 남는 돈을 정기예금에 넣어 두었습니다. 2025년 한 해 이자 5,000만원을 받으면서 14%인 700만원이 원천징수되었고, 법인세 신고는 하지 않았습니다. 2026. 9. 새로 온 회계 담당자가 다른 법인은 신고해서 원천징수세액을 돌려받는다는 말을 듣고, 지금이라도 기한후신고나 경정청구로 2025년분을 돌려받을 수 있는지 물으셨습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)
비영리법인은 이자소득을 꼭 신고해야 하나요?
비영리법인은 원천징수된 이자소득을 과세표준에 넣지 않고 신고하지 않을 수 있습니다. 신고하지 않은 이자소득은 소득금액 계산에서 빠지고, 원천징수로 납세의무가 끝납니다. 비영업대금 이익, 즉 개인이나 회사에 빌려주고 받은 이자는 이 특례에서 빠지고, 투자신탁의 이익은 포함됩니다.
스스로 점검해 보기
해당하는 문항이 있으면 그 할 일부터 챙겨 두세요. 혼자 하기 어려우면 변호사에게 맡기세요.
원천징수된 이자소득 가운데 일부만 신고에서 빼는 것도 가능하고, 신고 여부는 사업연도마다 따로 정할 수 있습니다. 금융기관 이자의 원천징수세율은 14%, 비영업대금 이익은 25%입니다.
신고기한을 놓치면 기한후신고나 경정청구로 돌려받을 수 없나요?
돌려받을 수 없습니다. 신고하지 않은 이자소득은 수정신고, 기한후신고, 경정 등으로 과세표준에 다시 넣을 수 없다고 시행령이 정하고 있습니다. 기한까지 신고하지 않은 순간 원천징수로 과세가 끝난 것으로 보기 때문입니다.
이자소득을 기한 안에 신고했을 때와 하지 않았을 때
신고기한까지 신고
(유리)준비금으로 원천징수세액 환급 가능
이자 전액을 준비금으로 손금산입
준비금조정명세서 함께 제출
5년 안에 고유목적사업에 사용
신고하지 않음
(불리)원천징수로 과세 종결
가산세는 없음
기한후신고·경정청구로 환급 불가
준비금 설정 불가
출처 - 법인세법 제62조 제1항, 같은 법 시행령 제99조
조세심판원도 학교법인이 신고기한이 지난 뒤 기한후신고서로 이자 원천징수세액 환급을 구한 사건에서, 원천징수에 의한 분리과세로 종결됐다고 보아 청구를 기각했습니다. 이 사건에서는 세무서가 고충민원을 받아들여 한 번 환급해 주었다가, 감사 지적 뒤 같은 세액을 다시 고지했습니다. 세무서가 환급해 주었다는 사실만으로 안심할 수 없다는 뜻입니다.
법인세 신고는 기한 안에 했지만 이자소득을 과세표준에서 빼고 신고한 경우도 같습니다. 신고에서 뺀 이자소득은 뒤늦게 경정청구로 넣을 수 없으므로, 신고서를 내기 전에 원천징수영수증 금액이 모두 들어갔는지 대조해야 합니다.
신고하면 왜 원천징수세액을 돌려받을 수 있나요?
비영리법인은 고유목적사업에 쓰기 위한 고유목적사업준비금을 손금에 넣을 수 있는데, 이자소득은 그 금액 전부를 준비금으로 잡을 수 있습니다. 이자 5,000만원 전액을 준비금으로 손금에 넣으면 과세표준이 0원이 되어, 이미 원천징수된 700만원을 환급받습니다. 수익사업이 따로 있는데 그 사업에서 결손이 났다면, 이자소득 금액에서 결손금을 뺀 범위에서만 준비금을 잡을 수 있어 환급액이 줄어듭니다.
이자 5,000만원을 신고하고 준비금을 잡은 경우
단위 원
이자 5,000만원을 신고하고 준비금을 잡은 경우 (단위 원)
정기예금 이자
50,000,000
-빼기
고유목적사업준비금 손금산입
50,000,000
=합계
과세표준
0
+더하기
이자 지급 때 원천징수된 법인세(14%)
7,000,000
=합계
산출세액 0원이므로 환급받을 세액
7,000,000
수익사업이 없는 법인을 전제로 하며 지방소득세는 따로 따집니다.
단순 예시 계산
준비금은 결산 때 비용으로 잡아야 하고, 신고 때 고유목적사업준비금조정명세서를 함께 내야 합니다. 외부 회계감사를 받는 법인은 세무조정계산서에 계상하고 이익처분 때 적립하는 방식도 쓸 수 있습니다. 신고하지 않은 이자소득에는 준비금을 설정할 수 없습니다.
법인으로 보는 단체는 모두 준비금을 쓸 수 있는 것이 아니라, 공익법인 등 일정한 단체, 법령에 따라 설치된 기금, 공동주택 입주자대표회의 같은 관리기구만 쓸 수 있습니다. 종중처럼 여기에 들지 않는 단체는 신고해도 준비금으로 세금을 줄일 수 없습니다.
준비금을 쌓은 뒤에는 무엇을 지켜야 하나요?
준비금은 손금에 넣은 사업연도 종료일 이후 5년이 되는 날까지 고유목적사업이나 일반기부금에 써야 합니다. 고유목적사업에 쓴 돈은 먼저 잡은 사업연도의 준비금부터 차례로 쓴 것으로 봅니다. 다 쓰지 못한 잔액이나 다른 용도로 쓴 금액은 그 해 익금에 다시 더하고, 줄었던 법인세에 1일 10만분의 22로 계산한 이자상당액을 더해 냅니다.
고유목적사업준비금 사후관리
상황
세무 처리
5년 안에 고유목적사업 등에 사용
준비금과 상계, 추가 세금 없음
5년이 지나도록 쓰지 않은 잔액 (핵심 행)
익금산입과 이자상당액
고유목적사업 외 용도로 사용
사용액 익금산입과 이자상당액
해산하거나 고유목적사업 전부 폐지
잔액 익금산입
이자상당액은 줄었던 법인세에 1일 10만분의 22를 곱해 계산합니다.
출처 - 법인세법 제29조 제5항·제7항, 같은 법 시행령 제56조 제7항
이자를 쌓아 두기만 하고 고유목적사업에 쓰지 않을 계획이라면 준비금 설정의 이익이 줄어듭니다. 「고유목적사업준비금을 5년 안에 다 쓰지 못하면 법인세와 이자상당액을 내나요?」에서 사후관리를 자세히 설명했습니다.
비영리법인 이자소득 신고 대응 순서
이자소득 내역 확인 - 은행별 이자소득 원천징수영수증으로 금액과 원천징수세액, 비영업대금 이익이 섞였는지 확인합니다.
준비금 적용 단체인지 확인 - 법인인지, 법인으로 보는 단체라면 준비금을 쓸 수 있는 단체인지 따집니다.
결산 반영 - 결산 때 고유목적사업준비금을 비용으로 잡고 사용 계획을 정합니다.
기한 안 신고 - 법인세 신고기한까지 이자소득을 넣어 신고하고 준비금조정명세서를 함께 냅니다.
사용 내역 관리 - 준비금을 고유목적사업에 쓸 때마다 먼저 잡은 사업연도 준비금부터 차례로 상계하고, 명세서를 보관해 5년 기한을 관리합니다.
환급 거부 대응 - 기한 안에 신고했는데 환급이 거부되거나 줄면, 거부 통지를 받은 날부터 90일 안에 이의신청이나 심판청구를 검토합니다.
여기까지는 일반 기준이고, 법인인지 법인으로 보는 단체인지, 수익사업이 함께 있는지, 준비금을 실제로 어디에 쓸지에 따라 환급과 사후관리 결과가 달라집니다. 법무법인 윤성은 비영리법인과 공익법인의 법인세 신고 검토, 준비금 사후관리 점검, 환급 거부에 대한 불복을 수행합니다.
실무상 착안점
이자만 있는 비영리법인은 신고 의무가 없다는 말만 듣고 몇 해째 신고하지 않는 경우가 많습니다. 정기예금 규모가 크다면 해마다 신고기한 전에 환급 가능액부터 계산해 보십시오.
신고하지 않은 해의 원천징수세액은 나중에 어떤 절차로도 되살리기 어렵습니다. 세무서가 착오로 환급해 주었더라도 제척기간 안에는 다시 고지될 수 있습니다.
준비금은 환급을 위한 장부상 숫자로 끝나지 않습니다. 5년 안에 실제 고유목적사업에 쓰지 않으면 이자상당액까지 붙여 다시 내야 하므로, 사용 계획을 이사회 의결로 남겨 두고, 해마다 사용 내역을 준비금 명세와 맞춰 두는 편이 안전합니다.
