세금

의료법인이 직원 기숙사를 사는 데 고유목적사업준비금을 쓸 수 있나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.19 갱신

아니요, 직원 기숙사나 연수원 취득비는 의료법인의 고유목적사업준비금 사용액으로 인정받기 어렵습니다. 준비금을 쓸 수 있는 자산이 병원 건물과 부속토지, 의료기기, 정보시스템 설비 등으로 정해져 있기 때문입니다. 목록 밖 용도에 쓰면 그 금액을 익금에 넣고 이자상당액을 더 내야 할 수 있습니다.

아니요, 직원 기숙사나 연수원 취득비는 의료법인의 고유목적사업준비금 사용액으로 인정받기 어렵습니다. 준비금을 쓸 수 있는 자산이 병원 건물과 부속토지, 의료기기, 정보시스템 설비 등으로 정해져 있기 때문입니다. 목록 밖 용도에 쓰면 그 금액을 익금에 넣고 이자상당액을 더 내야 할 수 있습니다.

의료법인 준비금은 어디에 써야 사용액으로 인정되나요?

의료법인은 법령이 정한 자산과 용도에 지출해야 준비금 사용액으로 인정됩니다. 병원 건물과 부속토지, 의료기기법에 따른 의료기기, 보건의료정보 관리를 위한 정보시스템 설비가 대표적입니다. 산부인과 병원·의원을 운영하는 의료법인은 산후조리원 건물과 부속토지도 포함됩니다.

이 밖에 해외 의료진출을 위해 병원 건물을 임차하거나 인테리어하는 비용도 정해진 용도입니다. 자체 연구개발과 위탁·공동 연구개발에 쓰는 금액도 인정됩니다. 의료업 자체가 수익사업이어서 일반 비영리법인처럼 고유목적사업 경비로 넓게 보지 않고 목록을 따로 둔 것입니다.

이 특례를 쓰려면 손비로 계상한 준비금 상당액을 의료발전회계로 구분해 경리해야 합니다. 의료발전회계는 준비금의 적립과 지출을 다른 회계와 나누어 독립적으로 기록하는 회계입니다. 구분경리를 하지 않으면 실제 의료기기를 샀더라도 사용액으로 인정받기 어렵습니다.

직원 기숙사나 연수원은 왜 빠지나요?

직원 기숙사와 연수원은 병원 건물이 아니고 목록에 따로 정해져 있지도 않기 때문입니다. 의료법인 준비금 사용 범위는 시행규칙에 열거된 자산으로 정해집니다. 직원 복지에 필요하다는 사정만으로 범위를 넓혀 인정받기는 어렵습니다.

다만 같은 건물이라도 쓰임새에 따라 판단이 달라질 수 있습니다. 병원 건물 안에 있는 당직실처럼 병원 운영에 직접 쓰는 공간은 병원 건물의 일부로 볼 여지가 있습니다. 반대로 병원과 떨어진 아파트나 별도 건물을 기숙사로 산 경우는 병원 건물로 보기 어렵습니다. 병원 부지 안에 지었더라도 독립된 기숙사동이면 같은 문제가 생깁니다. 건물의 위치, 등기상 용도, 실제 사용 방식이 판단 자료입니다.

정해진 용도가 아닌 곳에 준비금을 쓰면 그 금액을 사용한 사업연도의 익금에 넣습니다. 이때 그동안 줄어든 법인세에 하루 10만분의 22를 곱한 이자상당액을 더 냅니다. 기숙사가 필요하다면 준비금이 아닌 일반 자금으로 취득해 감가상각으로 처리하는 방안을 함께 보아야 합니다.

사용 내역을 잘못 잡았다면 나중에 바로잡을 수 있나요?

구분경리 없이 신고했다면 사용 실적을 바꾸는 경정청구는 받아들여지기 어렵습니다. 의료발전회계로 구분경리하지 않고 신고한 의료법인이 나중에 사용 실적을 바꾸려 한 사건이 있었습니다. 법원은 이 경정청구를 받아들이지 않았습니다. 이 판결은 대법원의 심리불속행 기각으로 확정되었습니다.

준비금으로 산 병원 건물이나 의료기기를 3년 안에 처분해도 문제가 됩니다. 의료업에 3년 이상 직접 쓰지 않고 처분하면 그 취득비를 사용액으로 보지 않습니다. 병원 이전이나 장비 교체 계획이 있다면 처분 시점을 미리 맞춰야 합니다. 단서는 사용액에서 빼는 시기를 따로 정하지 않으므로 처분 연도의 처리를 미리 확인해야 합니다.

결국 결산 전에 사용 계획을 확정하고 회계 처리를 맞추어 두어야 합니다. 의료법인 해산 때의 준비금 처리는 「의료재단이 해산하며 병원을 다른 재단에 넘기면 법인세가 나오나요?」에서 설명했습니다.

의료법인은 고유목적사업준비금을 한 해에 얼마까지 손금에 넣나요?

의료업 등 수익사업에서 생긴 소득의 50%까지가 기본 한도입니다. 이자소득과 배당소득은 그 금액 전부를 준비금으로 쌓을 수 있습니다. 수익사업에서 결손이 났다면 이자·배당 한도에서 그 결손금을 뺍니다.

준비금은 결산을 확정할 때 장부에 손비로 계상해야 손금이 됩니다. 외부감사를 받는 비영리법인은 세무조정계산서에 계상하고 같은 금액을 잉여금 처분으로 적립하는 방법도 쓸 수 있습니다. 신고서에서만 반영하는 방식으로는 인정받기 어렵습니다.

준비금을 쓸 때는 먼저 쌓은 사업연도의 준비금부터 차례로 상계합니다. 그래서 오래된 준비금이 먼저 줄고, 남은 준비금의 5년 기한도 쌓은 연도별로 따로 계산됩니다. 사용 순서와 기한을 표로 관리하지 않으면 이자상당액을 놓치기 쉽습니다.

의료법인 준비금 사용 대응 순서

• 사용 계획 수립 - 결산 전에 준비금으로 살 자산이 병원 건물, 의료기기, 정보시스템 설비 등 목록에 드는지 확인합니다.
• 구분경리 - 준비금 상당액을 의료발전회계로 따로 관리하고 지출 증빙을 그 회계에 묶습니다.
• 목록 밖 지출 분리 - 기숙사·연수원처럼 목록에 없는 자산은 준비금이 아닌 일반 자금으로 집행합니다.
• 3년 보유 관리 - 준비금으로 산 자산은 3년 이상 의료업에 직접 쓰고 처분 시점을 관리합니다.
• 5년 잔액 점검 - 준비금을 쌓은 사업연도별로 5년 기한과 남은 잔액을 표로 관리합니다.

여기까지는 일반 기준입니다. 건물이 병원 건물의 일부인지, 의료발전회계를 구분했는지, 자산을 언제 처분했는지에 따라 준비금 인정 여부가 달라집니다. 법무법인 윤성은 의료법인과 공익법인의 법인세 세무조사 대응과 불복 업무를 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 의료기기를 리스로 쓰는 비용도 사용액인가요?
  국내 병원의 의료기기 임차료는 목록에 없습니다. 해외 의료진출을 위해 의료기기나 정보시스템 설비를 임차하는 경우만 정해진 용도로 인정됩니다. 국내 리스료는 일반 비용으로 처리됩니다.
• 병원 건물 리모델링 공사비도 사용액이 되나요?
  병원 건물에 대한 자본적 지출이면 병원 건물 취득비의 일부로 볼 수 있습니다. 내용연수를 늘리거나 가치를 높이는 공사인지, 단순 수선인지에 따라 회계 처리와 인정 여부가 갈립니다.
• 직원 인건비에 준비금을 쓸 수 있나요?
  의료법인의 의료업 인건비는 정해진 사용 용도에 들어 있지 않습니다. 인건비는 수익사업인 의료업의 일반 비용으로 처리됩니다. 의료법인 특례는 자산 취득과 연구개발 등에 한정되어 있습니다.
• 준비금 사용 명세를 따로 내야 하나요?
  네, 고유목적사업준비금조정명세서를 법인세 신고와 함께 제출해야 합니다. 의료법인은 의료발전회계로 구분경리한 내역과 맞아야 하므로 신고 전에 대조해 두어야 합니다.
• 준비금을 일부만 미리 익금에 넣을 수 있나요?
  네, 손금에 넣은 사업연도 종료일 이후 5년 안에 잔액 일부를 줄여 익금에 넣을 수 있습니다. 이때도 이자상당액을 더 내야 하지만 기한 만료 때 한꺼번에 들어가는 부담은 줄일 수 있습니다.
• 의료법인이 병원을 넘기고 해산하면 준비금 잔액은 승계되나요?
  원칙적으로 해산한 사업연도의 익금에 들어갑니다. 다만 사업에 관한 모든 권리와 의무를 다른 비영리법인에 포괄적으로 넘기고 해산하면 그 법인이 잔액을 승계할 수 있습니다.

법무법인 윤성 × Lexle

허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

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