세금

세무서가 오랫동안 과세하지 않던 거래를 과세하면 비과세관행 위반인가요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.20 갱신

과세관청이 과세할 수 있음을 알면서도 오랫동안 일부러 과세하지 않았다면 비과세관행 위반으로 다툴 수 있습니다. 단순히 과세를 놓친 것이라면 관행이 아닙니다. 관행이 인정되어도 막을 수 있는 것은 과거분 소급과세이고, 장래분 과세는 막지 못합니다.

과세관청이 과세할 수 있음을 알면서도 오랫동안 일부러 과세하지 않았다면 비과세관행 위반으로 다툴 수 있습니다. 단순히 과세를 놓친 것이라면 관행이 아닙니다. 관행이 인정되어도 막을 수 있는 것은 과거분 소급과세이고, 장래분 과세는 막지 못합니다.

비과세관행은 어떤 경우에 성립하나요?

대법원은 두 가지를 요구합니다. 하나는 상당한 기간에 걸쳐 과세하지 않은 객관적 사실입니다. 다른 하나는 과세관청이 과세할 수 있음을 알면서도 특별한 사정 때문에 과세하지 않는다는 의사입니다. 이 의사는 문서로 밝히지 않아도 됩니다. 비과세 상태가 오래 계속되어 묵시적으로 과세하지 않겠다는 뜻을 표시한 것으로 볼 수 있으면 충분합니다.

또 하나의 조건은 그 해석이나 관행이 특정 납세자가 아닌 불특정한 일반 납세자에게 받아들여졌어야 한다는 점입니다. 비록 잘못된 해석이라도 일반 납세자가 정당하다고 이의 없이 받아들여, 이를 믿는 것이 무리가 아닐 정도에 이르러야 합니다.

그래서 세무서가 내 사업장만 몇 년간 조사하지 않았다는 사정은 관행이 되기 어렵습니다. 과세관청이 그 쟁점을 알았는지, 같은 업종 전체를 어떻게 처리했는지가 핵심입니다.

실제로 비과세관행이 인정된 사례가 있나요?

있습니다. 간호전문대학 운영자가 경영하는 병원에 사업소세가 도입 뒤 20년 넘게 부과되지 않은 사안이 있었습니다. 과세관청은 인근 다른 관청이 유사 사례에 과세하는 것을 보면서도 비과세를 유지했습니다. 다른 관청의 처분이 이의신청과 심사청구에서 취소된 취지도 따랐습니다. 대법원은 이를 묵시적인 비과세 의사로 볼 수 있다며 원심을 파기했습니다.

지방세 감면에서도 인정 사례가 있습니다. 관광호텔의 재산세 감면을 두고 서울고등법원은 공적인 견해표명과 상당 기간의 비과세관행이 있었다고 보았습니다. 호텔들이 감면을 기대하고 객실요금을 일정 수준으로 유지해 온 점도 근거였습니다. 이 판결은 대법원의 심리불속행 기각으로 확정되었습니다.

두 사례 모두 과세관청이 쟁점을 알면서 비과세를 유지한 정황이 자료로 드러났습니다. 그 정황이 없으면 기간이 길다는 사정만으로는 인정되기 어렵습니다.

관행이 인정되면 앞으로도 세금을 내지 않아도 되나요?

아니요, 과세관청은 과거의 언동을 바로잡아 장래를 향해 과세할 수 있습니다. 대법원은 이렇게 장래에 과세하는 것은 신의성실의 원칙이나 소급과세금지 원칙에 어긋나지 않는다고 보았습니다. 비과세관행이 보호하는 것은 관행을 믿고 이미 한 행위나 계산입니다.

그래서 실익은 과세 시점을 어디로 잡느냐에서 갈립니다. 과세관청이 새 해석을 밝히기 전의 연도분을 한꺼번에 과세했다면 그 부분이 다툼의 대상입니다. 새 해석이 공표된 뒤의 거래는 그 해석에 따라 신고해야 합니다.

같은 원리는 법령 해석이 바뀐 경우에도 적용됩니다. 일반적으로 받아들여진 해석이 있었다면 새 해석으로 이전 거래를 소급해 과세할 수 없습니다. 감면 사안의 사례는 「자경농지로 양도세를 면제받았는데 조사 후 다시 과세하면 비과세관행 위반인가요?」에서 다루었습니다.

비과세관행을 주장하려면 무엇을 증명해야 하나요?

관행이 있었다는 사실은 그 관행을 주장하는 납세자가 증명해야 합니다. 대법원은 세법 해석 기준에 관한 공적인 견해표명이 있었다는 사실만으로 관행이 있다고 볼 수 없다고 했습니다. 따라서 과세관청의 실제 처리 기록을 모으는 것이 출발점입니다.

쓸 수 있는 자료는 과세관청이 같은 사항을 과세하지 않은 기간을 보여 주는 신고서와 결정 기록입니다. 세무조사를 받고도 그 쟁점을 지적받지 않은 기록, 같은 업종의 다른 납세자에 대한 처리 사례도 도움이 됩니다. 과세관청이 쟁점을 알고 있었다는 사정을 보여 주는 회신, 내부 지침의 공개본도 중요한 자료입니다.

반대로 과세관청이 쟁점 자체를 몰랐다면 관행으로 보기 어렵습니다. 단순한 과세 누락은 언제든 부과제척기간 안에서 과세할 수 있습니다. 그래서 관행 주장과 함께 부과제척기간이 지났는지도 연도별로 따져 보아야 합니다.

비과세관행 주장 대응 순서

• 과세 이력 정리 - 같은 사항이 과세되지 않은 연도와 그 기간의 신고·조사 기록을 시간 순서로 모읍니다.
• 과세관청 인식 확인 - 회신, 조사 기록, 다른 관청의 처리 사례로 과세관청이 쟁점을 알고 있었는지 확인합니다.
• 일반 납세자 범위 확인 - 같은 업종이나 같은 거래 유형 전체가 같은 처리를 받았는지 자료를 찾습니다.
• 과거분과 장래분 구분 - 새 해석 공표 전후로 처분 대상 연도를 나누어 다툴 범위를 정합니다.
• 불복 제기 - 처분 통지를 받은 날부터 90일 안에 심판청구를 하고 과세요건 주장도 함께 냅니다.

여기까지는 일반 기준이고, 과세관청이 쟁점을 알면서 비과세를 유지했다는 자료가 있는지에 따라 관행 인정 여부가 달라집니다. 법무법인 윤성은 비과세관행과 소급과세금지 쟁점이 있는 과세처분 불복과 행정소송을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 몇 년 동안 과세하지 않아야 상당한 기간으로 보나요?
  법에 정해진 기간은 없습니다. 대법원이 인정한 사안은 20년 넘게 비과세가 유지된 경우였습니다. 기간보다 과세관청이 쟁점을 알면서 과세하지 않았는지가 더 중요하게 판단됩니다.
• 세무조사를 받았는데 그때 지적하지 않은 항목을 나중에 과세할 수 있나요?
  부과제척기간 안이면 원칙적으로 과세할 수 있습니다. 조사 때 지적하지 않았다는 사정만으로는 비과세 의사로 보기 어렵습니다. 다만 같은 연도 재조사는 중복조사 제한을 따로 검토해야 합니다.
• 비과세관행과 신의성실 원칙은 무엇이 다른가요?
  신의성실 원칙은 특정 납세자에 대한 과세관청의 견해표명을 믿은 경우에 적용됩니다. 비과세관행은 불특정 일반 납세자에게 받아들여진 해석이나 관행이 있을 때 적용되고, 그 존재는 납세자가 증명합니다.
• 지방세에도 비과세관행 주장이 가능한가요?
  네, 가능합니다. 대법원과 하급심은 사업소세와 재산세 감면 사안에서 비과세관행 성립을 인정한 적이 있습니다. 지방세 관계 법령에도 같은 취지의 규정이 있습니다.
• 관행이 인정되면 가산세도 함께 취소되나요?
  관행을 믿은 행위에 대한 과세가 위법하면 그에 딸린 가산세도 함께 취소됩니다. 관행이 인정되지 않더라도 정당한 사유를 들어 가산세만 따로 다툴 수 있습니다.
• 과세관청이 새 해석을 밝힌 뒤 한 거래도 보호받나요?
  보호받기 어렵습니다. 대법원은 과세관청이 과거 언동을 시정해 장래를 향해 과세하는 것은 허용된다고 보았습니다. 새 해석이 나온 시점 이후 거래는 그 해석에 맞춰 신고해야 합니다.

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