양도소득세

자경농지로 양도세를 면제받았는데 조사 후 다시 과세하면 비과세관행 위반인가요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.09.30 갱신

아니요, 허위 자경확인서 등으로 세무서가 잘못 알고 감면을 해 줬다가 실지조사로 자경하지 않은 사실을 밝혀 다시 과세하는 것은 비과세관행 위반이나 신의칙 위반이 아닙니다. 비과세관행이 성립하려면 과세관청이 과세할 수 있음을 알면서도 과세하지 않겠다는 의사를 표시한 사정이 있어야 한다는 것이 대법원 전원합의체 판결입니다. 지금은 실제로 농사를 지은 기간을 보여 줄 자료가 있는지부터 확인해 두십시오.

한 번 감면 결정을 받았다고 해서 그 결정이 영구히 확정되는 것은 아닙니다.

이런 상담이 많습니다

A씨는 2023년 도시 근교 농지 5필지를 팔면서 읍사무소에서 발급받은 서류와 이웃이 써 준 자경확인서를 내고 8년 자경농지 감면을 받았습니다. 2025년 나머지 농지를 팔 때 세무서가 실지조사를 했고, A씨가 그동안 도시에서 회사를 다니며 농사는 다른 사람에게 맡긴 사실이 드러났습니다. 2026년 세무서는 2023년 감면을 취소하고 양도소득세와 가산세를 고지했습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

감면 결정을 뒤집고 다시 과세하는 것은 비과세관행 위반인가요?

위반이 아닙니다. 2026. 9. 29. 기준 현행 「국세기본법」은 세법 해석이나 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 뒤에는 그 해석이나 관행에 따른 행위를 정당한 것으로 보고 새로운 해석이나 관행으로 소급과세하지 못하게 합니다.

대법원 1991. 10. 22. 선고 90누9360 전원합의체 판결은 비과세관행이 성립하려면 상당한 기간 과세하지 않은 객관적 사실에 더해, 과세관청이 과세할 수 있음을 알면서도 특별한 사정으로 과세하지 않겠다는 의사를 명시적 또는 묵시적으로 표시해야 한다고 했습니다. 과세관청이 비과세 대상으로 잘못 알고 결정했다가 탈루나 오류를 발견했다면 다시 조사해 결정할 수 있다고도 했습니다.

같은 판결은 농지세 과세·미과세 증명만으로 자경농지로 보아 비과세하는 것이 확립된 국세행정 관행이라 할 수 없고, 실지조사 후 비과세 결정을 번복한 사실만으로 신의성실의 원칙에 반하지 않는다고 보았습니다.

지금 자경농지 감면은 어떤 요건인가요?

현행법에서는 비과세가 아니라 감면입니다. 농지 소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자가 8년 이상 대통령령으로 정하는 방법으로 직접 경작한 토지를 양도하면 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면합니다.

직접 경작은 서류가 아니라 실제로 농작업에 종사했는지로 판단합니다. 도시에서 상시 근무하면서 농사를 남에게 맡겼다면 자경으로 인정받기 어렵습니다. 농자재 구입 영수증, 농산물 판매 기록, 농지 소재지 거주 기록처럼 실제 경작을 보여 주는 자료가 필요합니다.

허위 확인서를 냈다면 불이익이 더 있나요?

있습니다. 허위 자경확인서를 내 감면을 받은 것은 부정행위로 평가될 수 있고, 그러면 과소신고가산세가 부정행위로 인한 과소신고납부세액등의 100분의 40으로 무거워집니다.

부과제척기간도 길어집니다. 부정행위로 국세를 포탈하거나 감면을 받은 경우에는 부과할 수 있는 날부터 10년입니다. 세무서가 몇 년 뒤에 감면을 뒤집는 일이 가능한 이유입니다.

자경농지 감면 취소 대응 순서

• 실제 경작 자료 수집 - 농자재 영수증, 농산물 판매 기록, 농지원부, 이웃 진술을 모읍니다. 감면 요건은 실제 직접 경작으로 판단합니다.
• 거주·근무 기록 정리 - 농지 소재지 거주 기간과 다른 직장 근무 기간을 정리합니다. 겹치는 기간이 쟁점이 됩니다.
• 감면 결정 경위 확인 - 당초 감면 때 세무서가 무엇을 확인했는지 결정 자료를 봅니다. 공적 견해 표명이 있었는지 검토합니다.
• 가산세 구분 - 부정행위 가산세가 적용됐는지 확인하고 확인서 작성 경위를 정리합니다. 부정행위가 아니면 일반 가산세로 줄어듭니다.
• 불복 제기 - 고지서를 받은 날부터 90일 안에 심판청구를 냅니다. 자경 사실과 가산세를 함께 다툽니다.

여기까지는 일반 기준이고, 세무서가 과거 같은 농지에 대해 자경을 인정하는 서면 회신을 했거나 조사 후 감면을 확정한 사정이 있으면 그 문서를 보고 따로 따져야 합니다. 법무법인 윤성은 양도소득세 감면 취소와 가산세 처분에 대한 불복을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 비과세관행은 어떤 경우에 성립하나요?
  상당한 기간 과세하지 않은 객관적 사실과, 과세관청이 과세할 수 있음을 알면서도 과세하지 않겠다는 의사를 명시적·묵시적으로 표시한 사정이 모두 있어야 합니다. 대법원 1991. 10. 22. 선고 90누9360 전원합의체 판결의 기준입니다. 세무서가 사실을 잘못 알고 비과세한 경우는 여기에 해당하지 않습니다.
• 세무서가 스스로 감면해 줬는데 신의칙 위반 아닌가요?
  허위 서류로 세무서가 오인한 경우라면 신의칙 위반이 아닙니다. 국세기본법 제15조는 세무공무원에게도 신의성실 의무를 지우지만, 대법원 1991. 10. 22. 선고 90누9360 전원합의체 판결은 실지조사 후 비과세 결정을 번복한 사실만으로는 신의칙에 반하지 않는다고 했습니다.
• 자경농지 감면은 몇 년을 경작해야 하나요?
  원칙적으로 8년 이상입니다. 조세특례제한법 제69조 제1항은 농지 소재지에 거주하는 거주자가 8년 이상 직접 경작한 토지의 양도소득세를 100분의 100 감면합니다. 한국농어촌공사나 농업법인에 2026년 12월 31일까지 양도하는 경우처럼 기간이 3년으로 줄어드는 특례도 있습니다.
• 직장을 다니면서 농사지으면 자경인가요?
  인정받기 어려운 경우가 많습니다. 조세특례제한법 제69조 제1항의 직접 경작은 대통령령으로 정하는 방법으로 실제 농작업에 종사하는 것을 말하므로, 상시 근무하면서 농사를 남에게 맡겼다면 자경이 부정됩니다. 주말 경작을 주장하려면 농작업 일지와 영수증 등 구체적 자료가 필요합니다.
• 허위 확인서를 내면 가산세가 얼마인가요?
  부정행위로 평가되면 과소신고납부세액등의 100분의 40입니다. 국세기본법 제47조의3 제1항 제1호가 정한 비율로, 일반 과소신고의 100분의 10보다 무겁습니다. 확인서 내용이 사실과 다르다는 것을 알고 냈는지가 부정행위 판단의 중심입니다.
• 몇 년 전 감면도 다시 과세할 수 있나요?
  부정행위가 있으면 10년까지 가능합니다. 국세기본법 제26조의2 제2항 제2호는 부정행위로 국세를 포탈하거나 공제·감면을 받은 경우 부과제척기간을 부과할 수 있는 날부터 10년으로 정합니다. 부정행위가 아니라면 원칙적인 5년이 적용됩니다.

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