불복·환급

이의신청 때 취소해 준 양도세를 세무서가 몇 년 뒤 다시 부과해도 되나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.09.30 갱신

아니요, 과세관청이 이의신청 절차에서 불복 사유가 옳다고 인정해 과세처분을 직권취소했다면 특별한 사유 없이 이를 번복해 같은 내용의 처분을 되풀이할 수 없습니다. 대법원은 직권취소 당시 판단 대상이었던 사유를 들어 다시 부과한 처분을 위법하다고 보았습니다. 지금은 직권취소 결정서와 새 처분서의 부과 사유를 나란히 비교하십시오.

이의신청을 취하한 것 때문에 이제 다툴 방법이 없다고 걱정할 필요는 없습니다. 새로 나온 처분은 새로 다툴 수 있고, 재처분 자체가 위법한지가 쟁점입니다.

이런 상담이 많습니다

O씨는 2021년 남편이 세상을 떠나며 남긴 논을 상속받았고, 이 논은 도시개발사업으로 환지되었습니다. O씨는 2023년 이 땅을 팔고 8년 자경농지 감면을 신청했지만, 세무서는 남편의 자경 증빙이 부족하다며 양도소득세 9천만원을 부과했습니다. O씨가 이의신청을 하자 세무서는 자경 사실을 인정해 부과처분을 직권으로 취소했고 O씨는 이의신청을 취하했습니다. 그런데 2026년 세무서는 이 땅이 감면 대상 토지가 아니라며 같은 금액을 다시 부과했습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

이의신청에서 직권취소한 세금을 다시 부과할 수 있나요?

특별한 사유가 없으면 다시 부과할 수 없습니다. 과세관청이 이의신청 절차에서 불복 사유가 옳다고 인정해 과세처분을 직권으로 취소했다면, 같은 사항에 관해 특별한 사유 없이 이를 번복하고 종전 처분을 되풀이하는 것은 허용되지 않습니다.

판결은 불복 제도와 그에 따른 시정 방법을 인정하는 국세기본법 불복 규정의 취지를 근거로 들었습니다. 2026. 9. 29. 기준 현행 「국세기본법」도 위법 또는 부당한 처분을 받은 사람이 그 처분의 취소나 변경을 청구할 수 있다고 정하고, 심사청구나 심판청구에 앞서 이의신청을 할 수 있게 합니다.

다른 이유를 대면 새 처분이 되지 않나요?

재처분 사유가 직권취소 당시 이미 판단 대상이었던 사항이라면 이유를 바꿔도 같은 사항을 번복한 것입니다. 대법원은 토지가 대규모 개발사업지역에 속하는지는 종전 처분을 직권취소할 당시 판단 대상이 되었던 사유라고 보고, 이를 이유로 한 재처분을 위법하다고 판단했습니다.

반대로 직권취소 뒤에 새로운 증거가 발견되었거나 당시 알 수 없었던 사실이 드러난 경우처럼 특별한 사유가 있다면 재처분이 허용될 여지가 있습니다. 그래서 직권취소 당시 세무서가 어떤 자료를 검토했는지를 확인해야 합니다. 과세관청도 직무를 수행할 때 신의에 따라 성실하게 해야 한다는 원칙이 함께 적용됩니다.

8년 자경농지 감면은 어떤 경우에 받나요?

농지 소재지에 거주하는 거주자가 8년 이상 직접 경작한 토지를 양도하면 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면합니다. 다만 토지가 주거지역 등에 편입되거나 환지처분 전에 농지 외의 토지로 환지예정지 지정을 받은 경우에는 그날까지 발생한 소득에 대해서만 감면합니다.

감면을 받으려면 대통령령으로 정하는 바에 따라 감면신청을 해야 합니다. 상속받은 농지는 피상속인의 경작 기간을 통산하는 규정이 있어, 피상속인의 자경 증빙이 감면 여부를 가르는 경우가 많습니다.

직권취소 후 재처분 대응 순서

• 직권취소 경위 확보 - 직권취소 결정서, 이의신청서, 세무서의 검토 의견을 확보합니다. 당시 판단 대상이 무엇이었는지 보여 주는 자료입니다.
• 재처분 사유 비교 - 새 처분서의 부과 사유를 종전 처분·직권취소 사유와 나란히 비교합니다. 같은 사항이면 재처분 제한 법리를 주장합니다.
• 특별한 사유 여부 확인 - 세무서가 새로 발견한 증거나 사실이 있는지 확인합니다. 정보공개 청구로 재처분 결재 문서를 받는 방법도 있습니다.
• 심판청구 제기 - 고지서를 받은 날부터 90일 안에 조세심판원에 청구합니다. 재처분 제한과 감면 요건 충족을 함께 주장합니다.
• 행정소송 - 심판 결정 통지를 받은 날부터 90일 안에 소송을 냅니다. 사실관계가 판례와 같을 때 실익이 큽니다.

여기까지는 일반 기준이고, 직권취소가 아니라 이의신청 결정으로 취소되었거나 재조사 결정이 있었던 경우에는 적용 규정이 달라지므로 결정서와 처분서를 보고 따로 따져야 합니다. 법무법인 윤성은 양도소득세 부과처분 취소 심판과 소송을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 직권취소 뒤 재부과는 모두 위법인가요?
  특별한 사유가 없으면 위법입니다. 대법원 2010. 9. 30. 선고 2009두1020 판결은 과세관청이 이의신청 사유가 옳다고 인정해 과세처분을 직권취소한 이상 특별한 사유 없이 이를 번복하고 종전 처분을 되풀이하는 것은 허용되지 않는다고 보았습니다. 새 증거 발견 같은 사정이 있으면 달라질 수 있습니다.
• 부과 이유를 바꾸면 괜찮은가요?
  이미 판단 대상이던 사유라면 안 됩니다. 같은 판결은 토지가 대규모 개발사업지역에 속하는지는 직권취소 당시 판단 대상이었던 사유이므로, 그 이유로 종전과 같은 내용의 처분을 한 것은 위법하다고 보았습니다. 결정서와 이의신청서로 당시 판단 범위를 확인해야 합니다.
• 이의신청을 취하했는데도 다툴 수 있나요?
  새 처분은 새로 다툴 수 있습니다. 재처분은 별개의 처분이므로 고지서를 받은 날부터 국세기본법 제68조 제1항의 90일 안에 심판청구를 할 수 있습니다. 이전 이의신청 취하는 직권취소로 목적을 이룬 데 따른 것이어서 새 처분에 대한 불복을 막지 않습니다.
• 이의신청은 어디에 하나요?
  처분한 세무서장이나 관할 지방국세청장에게 합니다. 국세기본법 제66조 제1항은 이의신청을 해당 처분을 하였거나 하였어야 할 세무서장에게 하거나 세무서장을 거쳐 관할 지방국세청장에게 하도록 정합니다. 이의신청은 선택 절차여서 바로 심판청구를 해도 됩니다.
• 8년 자경농지 감면 요건은 무엇인가요?
  농지 소재지에 거주하며 8년 이상 직접 경작해야 합니다. 조세특례제한법 제69조 제1항은 이 요건을 갖춘 토지의 양도소득세 100분의 100에 상당하는 세액을 감면합니다. 주거지역 편입이나 환지예정지 지정이 있으면 그날까지 발생한 소득만 감면되고, 제3항에 따라 감면신청을 해야 합니다.
• 세무서의 번복에 신의칙도 주장할 수 있나요?
  함께 주장할 수 있습니다. 국세기본법 제15조는 세무공무원이 직무를 수행할 때에도 신의에 따라 성실하게 해야 한다고 정합니다. 다만 대법원 2009두1020 판결은 신의칙이 아니라 국세기본법이 불복 제도와 시정 방법을 둔 취지를 근거로 재처분을 제한했으므로, 재처분 제한 법리를 중심에 두고 신의칙은 보충적으로 주장합니다.

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