법인세·소득세

2년 안에 비자발적으로 퇴직한 직원의 스톡옵션 행사차액도 손금이 되나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.07 갱신

행사 시점에 따라 다릅니다. 2025년 2월 27일까지 행사한 분은 국세청이 2023년 9월 14일 회신(기준-2022-법무법인-0172)에서 상장회사 특례로 행사한 차액은 손금산입 대상이 아니라고 보았지만, 2025년 2월 28일 개정 법인세법 시행령이 상법 제542조의3에 따른 주식매수선택권을 손금 범위에 넣어 그 이후 행사분은 요건을 갖추면 손금산입이 가능해졌습니다. 지금은 퇴직자별 행사일이 2025년 2월 28일 전인지 후인지부터 확인해야 합니다.

2025. 2. 28. 이후 행사분까지 회신 결론대로 손금 불산입으로 처리할 필요는 없습니다. 개정 시행령이 적용되는 행사분은 요건을 따져 손금에 넣을 수 있습니다.

이런 상담이 많습니다

코스닥 상장 바이오기업 A사는 2022년 3월 주주총회에서 임직원 40명에게 주식매수선택권을 부여했습니다. 부여계약에는 결의일부터 3년이 지난 뒤부터 행사할 수 있다고 적혀 있었지만, 2023년 10월 사업 부문 축소로 권고사직한 직원 6명은 상장회사 특례에 따라 2024년 1월에, 같은 사유로 2024년 12월 퇴직한 직원 4명은 2025년 4월에 각각 선택권을 행사했습니다. 2026년 3월 법인세 신고를 준비하던 A사 재무팀은 두 무리의 행사차액 합계 9억원을 손금에 넣을 수 있는지, 2024년 행사분과 2025년 행사분을 다르게 봐야 하는지 물어 왔습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

국세청은 2년 내 비자발적 퇴직자의 행사차액을 어떻게 해석했나요?

국세청은 상장내국법인으로부터 주식매수선택권을 부여받은 임직원이 부여일부터 2년 안에 비자발적 사유로 퇴직하고 선택권을 행사한 경우, 그 행사차액은 법인세법 시행령 제19조 제19호의2에 따라 손금산입할 수 없다고 회신했습니다. 기준-2022-법무법인-0172(2023. 9. 14.) 회신이며, 기획재정부 법인세제과-484(2023. 9. 12.) 해석을 그대로 따랐습니다. 당시 시행령은 손금으로 인정하는 주식매수선택권을 상법 제340조의2 등에 따른 것으로 열거하고 있었는데, 제340조의2는 결의일부터 2년 이상 재직해야 행사할 수 있는 구조여서 2년 안에 퇴직한 사람이 상장회사 특례인 상법 제542조의3에 따라 행사한 차액은 열거된 범위 밖이라는 것이 이유였습니다. 조세법규는 문언대로 해석해야 하고, 상법이 상장 여부에 따라 행사 요건을 달리 둔다고 해서 손금 범위까지 달라진다고 볼 수 없다고 설명했습니다.

이 회신은 2016년부터 2021년까지 행사분에 대한 경정청구 사안을 전제로 한 것이고, 그 뒤 시행령이 바뀌었으므로 2025. 2. 28. 이후 행사분에는 그대로 적용되지 않습니다.

2025. 2. 28.부터 무엇이 바뀌었나요?

2025. 2. 28. 개정된 법인세법 시행령은 손금으로 인정하는 주식매수선택권에 상법 제542조의3에 따른 것을 추가하면서, 그 선택권은 해당 법인의 임직원에게 부여한 것으로 한정했습니다. 개정 규정은 2025. 2. 28. 이후 주식매수선택권을 행사하는 경우부터 적용됩니다. 2026. 10. 7. 기준 현행 「법인세법 시행령」도 같은 내용입니다. 따라서 상장회사가 자기 임직원에게 상법 제542조의3에 따라 부여한 선택권을 임직원이 2년 안에 본인 책임이 아닌 사유로 퇴직한 뒤 행사했더라도, 행사일이 2025. 2. 28. 이후이고 발행주식총수의 100분의 10 범위에서 부여한 것이면 행사차액은 손금 범위에 들어갑니다.

• 2025. 2. 27.까지 행사분 - 개정 전 시행령이 적용되어 회신 결론대로 손금산입이 되지 않습니다.
• 2025. 2. 28. 이후 행사분 - 해당 법인 임직원에게 부여한 상법 제542조의3 선택권이면 손금산입 대상입니다. 관계회사 임직원에게 부여한 것은 제외됩니다.
• 공통 한도 - 발행주식총수의 100분의 10 범위에서 부여한 경우로 한정됩니다.

위 예시에서 2024년 1월 행사분은 손금에 넣기 어렵고, 2025년 4월 행사분은 요건을 갖추면 손금에 넣을 수 있습니다.

상장회사 특례로 2년 전에 행사할 수 있는 경우는 언제인가요?

상장회사의 주식매수선택권은 원칙적으로 결의일부터 2년 이상 재임·재직해야 행사할 수 있지만, 부여받은 사람이 사망하거나 본인의 책임이 아닌 사유로 퇴임·퇴직한 경우에는 2년이 되기 전에도 행사할 수 있습니다. 정년에 따른 퇴직은 본인 책임이 아닌 사유에 들어가지 않습니다. 권고사직이나 사업 부문 폐지에 따른 퇴직이 여기에 해당하는지는 퇴직 경위를 적은 서류로 판단하므로, 사직서에 적힌 사유와 회사의 통지 문서를 맞춰 두어야 합니다.

비자발적 퇴직 스톡옵션 손금 대응 순서

• 행사일 분류 - 퇴직자별 선택권 행사일을 2025. 2. 27. 이전과 2025. 2. 28. 이후로 나눕니다. 적용되는 시행령이 달라집니다.
• 퇴직 사유 확인 - 사직서, 권고사직 통지서, 이사회 의사록으로 본인 책임이 아닌 사유인지 확인합니다. 정년퇴직은 제외됩니다.
• 부여 요건 점검 - 부여 당시 주주총회·이사회 결의, 발행주식총수의 100분의 10 이내 부여, 해당 법인 임직원에게 부여한 것인지 확인합니다.
• 손금 계산·신고 - 2025. 2. 28. 이후 행사분의 행사가액과 시가 차액을 손금에 넣어 신고하고, 이미 신고한 사업연도는 5년 안에 경정청구합니다.
• 거부 시 불복 - 경정청구가 거부되면 통지를 받은 날부터 90일 안에 심판청구를 검토합니다.

여기까지는 일반 기준이고, 선택권을 관계회사 임직원에게 부여했거나 행사가액 대신 차액을 현금으로 정산한 경우에는 부여계약서와 결의서, 행사 내역을 보고 따로 따져야 합니다. 법무법인 윤성은 법인세 경정거부처분 취소소송과 조세불복을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 2025년 2월 전에 행사한 분은 손금이 전혀 안 되나요?
  2025. 2. 27.까지 행사한 분에는 개정 전 시행령이 적용되므로 국세청 회신대로 손금산입이 되지 않습니다. 당시 시행령은 손금 대상 선택권을 상법 제340조의2 등에 따른 것으로 열거했고, 2년 안에 퇴직해 상장회사 특례로 행사한 차액은 그 범위 밖이라고 보았습니다. 이 기간 행사분을 경정청구해도 받아들여지기 어렵습니다.
• 개정 시행령은 언제 행사분부터 적용되나요?
  2025. 2. 28. 개정 법인세법 시행령의 제19조 제19호의2는 그 시행일인 2025. 2. 28. 이후 주식매수선택권을 행사하는 경우부터 적용됩니다. 부여일이나 퇴직일이 아니라 행사일이 기준이므로, 2024년에 퇴직했더라도 2025. 2. 28. 이후에 행사했다면 개정 규정에 따라 손금산입 여부를 판단합니다.
• 관계회사 직원에게 준 선택권도 손금이 되나요?
  아니요, 개정 시행령은 상법 제542조의3에 따른 주식매수선택권 가운데 해당 법인의 임직원에게 부여한 것만 손금 대상으로 한정했습니다. 상장회사가 관계회사 임직원에게 부여한 선택권의 행사차액은 여전히 손금 범위에 들어가지 않습니다. 부여 대상이 자기 회사 임직원인지부터 확인해야 합니다.
• 발행주식의 10%를 넘겨 부여했으면 어떻게 되나요?
  손금으로 인정하는 주식매수선택권은 해당 법인의 발행주식총수의 100분의 10 범위에서 부여한 경우로 한정됩니다. 상법상 상장회사는 더 넓은 범위에서 부여할 수 있지만, 세법상 손금 한도는 별도이므로 부여 당시 발행주식총수 대비 비율을 계산해 두어야 합니다. 한도를 넘는 부분의 행사차액은 손금에 넣기 어렵습니다.
• 권고사직이 본인 책임이 아닌 사유에 해당하나요?
  상장회사 특례는 부여받은 사람이 사망하거나 본인의 책임이 아닌 사유로 퇴임·퇴직한 경우 2년 전에도 행사할 수 있게 하고, 정년퇴직은 제외합니다. 회사 사정에 따른 권고사직이나 부문 폐지에 따른 퇴직은 보통 본인 책임이 아닌 사유로 보지만, 사직서 사유와 회사 통지 문서가 어긋나면 다툼이 생기므로 서류를 맞춰 두어야 합니다.
• 손금에 안 넣고 신고했다면 언제까지 바로잡나요?
  법인세 과세표준신고서를 법정신고기한까지 낸 법인은 그 기한이 지난 뒤 5년 안에 경정청구를 할 수 있습니다. 신고기한은 사업연도 종료일이 속하는 달의 말일부터 3개월이므로, 12월 결산법인의 2025 사업연도 신고기한은 2026년 3월 31일이고 경정청구는 그로부터 5년 안입니다. 세무서는 청구를 받은 날부터 2개월 안에 결과를 통지해야 합니다.
• 경정청구가 거부되면 어떻게 다투나요?
  경정청구 거부 통지를 받은 날부터 90일 안에 조세심판원에 심판청구를 제기할 수 있고, 심판 결정에도 불복하면 행정소송으로 이어집니다. 2년 내 퇴직자의 행사차액은 행사일과 부여 요건 자료가 결론을 정하므로, 거부 통지서 수령일을 기록하고 부여계약서·의사록·행사 내역을 묶어 준비해야 합니다.

법무법인 윤성 × Lexle

허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

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