특례적용신청서는 원래 언제까지 내야 하나요?

원칙은 주식매수선택권을 행사한 날이 속하는 달의 다음 달 5일까지 원천징수의무자인 회사에 내는 것입니다. 이 기한을 놓친 사람은 행사일이 속한 과세기간의 종합소득세 확정신고를 할 때 관할 세무서장에게 신청서를 내면 됩니다. 두 기한을 모두 넘겼더라도 기한 후 신고 등으로 적용받을 수 있다는 것이 기획재정부 회신입니다.

세무서가 이미 고지했으면 어떻게 하나요?

세무서가 소득세를 결정해 통지한 뒤에는 기한 후 신고를 할 수 없습니다. 이때는 고지서를 받은 날부터 90일 안에 심판청구 등으로 다퉈야 합니다. 절차 요건은 협력의무에 불과하다는 기획재정부 회신과 대법원 판례를 들어 납부특례 적용을 주장할 수 있는지 검토합니다.

분할납부세액은 어떻게 계산하나요?

행사이익을 포함해 계산한 그 과세기간의 결정세액에서 행사이익을 뺀 결정세액을 차감한 금액이 행사이익 관련 소득세액입니다. 그 금액의 5분의 4가 분할납부세액이고, 확정신고 때 이 금액을 빼고 납부한 뒤 다음 4개 연도에 4분의 1씩 냅니다.

현금으로 차액을 받았어도 특례가 되나요?

아니요. 주식매수선택권의 행사가격과 시가의 차액을 현금으로 교부받는 경우에는 납부특례가 적용되지 않습니다. 특례는 선택권을 행사해 주식을 실제로 취득한 경우에 한합니다. 회사가 현금정산 방식으로 처리했다면 행사이익은 일반 근로소득 등으로 그 해에 과세됩니다.

부여받은 시점에도 제한이 있나요?

네. 2026. 10. 7. 기준 현행 조문은 2027년 12월 31일 이전에 벤처기업육성에 관한 특별법 제16조의3 또는 상법 제340조의2·제542조의3에 따라 부여받은 주식매수선택권을 대상으로 합니다. 비과세 특례가 적용되는 금액은 납부특례 대상 행사이익에서 제외됩니다.

특례 적용이 거부되면 언제까지 다퉈야 하나요?

확정신고나 기한 후 신고를 해 둔 상태라면 법정신고기한이 지난 뒤 5년 안에 경정청구를 할 수 있습니다. 세무서가 결정이나 경정으로 세금을 고지했다면 처분이 있음을 안 날부터 90일 안에 심판청구를 해야 합니다. 두 기한을 모두 넘기면 다툴 길이 좁아지므로 고지서 수령일을 기록해 두어야 합니다.

두 해에 걸쳐 행사했으면 신고를 어떻게 하나요?

과세기간마다 따로 봅니다. 행사일이 속하는 과세기간별로 행사이익을 그 해 종합소득에 넣어 확정신고하고, 각 과세기간의 분할납부세액을 따로 계산합니다. 두 해 모두 신고가 빠졌다면 각각 기한 후 신고를 하면서 특례적용신청서를 함께 냅니다.

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스톡옵션 분할납부 신청서를 기한 안에 못 냈는데 납부특례를 받을 수 있나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.07 갱신

네, 벤처기업 주식매수선택권 행사이익의 납부특례는 특례적용신청서를 기한 안에 내지 못했더라도 기한 후 신고 등으로 적용받을 수 있습니다. 기획재정부는 납부특례의 절차 요건을 납세자의 협력의무로 보아, 다른 법정 요건을 갖추고 적용 의사를 밝히면 특례를 인정한다고 회신했습니다. 지금은 행사일이 속한 과세기간의 확정신고를 했는지, 세무서가 결정·고지를 했는지부터 확인해야 합니다.

기한

기한 후 신고는 관할 세무서장이 소득세를 결정해 통지하기 전까지만 할 수 있습니다. 세무서가 먼저 행사이익을 근로소득으로 결정해 고지하면 기한 후 신고의 길은 닫히고, 고지일부터 90일 안에 심판청구 등으로 다퉈야 합니다.

행사한 달의 다음 달 5일을 넘겼다고 해서 특례를 포기하고 세액을 한꺼번에 낼 필요는 없습니다. 특례적용신청서는 확정신고 때, 그마저 지났으면 기한 후 신고 때 함께 내면 됩니다.

이런 상담이 많습니다

A씨는 2023년 벤처기업에 입사해 주식매수선택권을 받았고, 2024년 11월과 2025년 3월 두 차례에 걸쳐 선택권을 행사해 회사 신주를 받았습니다. 행사이익은 합쳐서 1억 2,000만원이었지만 A씨는 회사에 납부특례 신청서를 내지 않았고, 2025년 5월 종합소득세 확정신고 때도 행사이익을 합산하지 않았습니다. 2026년 들어 세무서의 소득 자료 안내를 받고서야 문제를 알게 된 A씨는, 지금이라도 5년 분할납부 특례를 받을 수 있는지 물어 왔습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

신청서를 기한 안에 안 냈어도 납부특례가 되나요?

네, 됩니다. 2026. 10. 7. 기준 현행 「조세특례제한법 시행령」은 특례적용신청서를 행사일이 속하는 달의 다음 달 5일까지 원천징수의무자에게 내고, 그 기한을 놓친 사람은 확정신고 때 관할 세무서장에게 내도록 정하고 있습니다. 이 두 기한을 모두 넘긴 경우에도 기획재정부는 기한 후 신고 등으로 납부특례를 적용받을 수 있다고 보았습니다. 납부특례는 세금을 언제 내느냐를 나누는 제도일 뿐 납세의무 자체를 바꾸지 않으므로, 신청서 제출은 필수 요건이 아니라 협력의무라는 판단입니다.

특례적용신청서 제출 시점 3단계

1
행사 다음 달 5일
원천징수의무자(회사)에 특례적용신청서 제출, 원천징수 생략
2
확정신고 때
앞 기한을 놓친 경우 관할 세무서장에게 신청서 제출
3
기한 후 신고 때
두 기한을 모두 넘긴 경우에도 세무서 결정 전까지 신고와 함께 적용 가능

출처 - 조세특례제한법 시행령 제14조의3 제2항·제5항, 기획재정부 소득세제과-754(2024. 7. 17.)

국세청은 이 경우를 어떻게 해석했나요?

기획재정부 소득세제과-754(2024. 7. 17.) 회신은 특례적용신청서를 시행령이 정한 기한 안에 내지 않았더라도 기한 후 신고 등을 거쳐 벤처기업 주식매수선택권 행사이익 납부특례를 적용받을 수 있다고 답했습니다. 질의자는 두 과세기간에 걸쳐 선택권을 행사해 신주를 받고도 행사이익을 합산 신고하지 않았고 납부특례 신청도 하지 않은 상태였습니다. 기획재정부는 행사이익을 양도 시점에 양도소득으로 과세하는 과세이연 특례와 달리, 납부특례는 행사한 과세기간의 소득세를 여러 해에 나눠 내게 하는 것에 지나지 않는다고 보았습니다. 그래서 절차 요건은 협력의무에 그치고, 납세자가 뒤늦게라도 다른 법정 요건을 갖춰 적용 의사를 밝히면 특례를 인정하는 것이 맞다고 정리했습니다. 국세청도 이 회신에 따라 서면-2023-법규소득-0008(2024. 7. 25.)에서 같은 결론을 냈습니다. 이 회신은 질의한 사실관계를 전제로 한 것이므로, 행사가격과 시가의 차액을 현금으로 받은 경우처럼 사실관계가 다르면 결론이 달라질 수 있습니다.

감면신청이 협력의무에 그친다는 판단은 대법원이 중소기업 특별세액감면 사건에서 세운 법리와 같은 방향입니다. 감면 요건을 갖추면 신청서가 없어도 감면해야 한다는 판단입니다.

납부특례를 받으면 세금을 어떻게 나눠 내나요?

행사일이 속한 과세기간의 확정신고 때 행사이익을 종합소득에 넣어 신고하되, 행사이익과 관련한 소득세액의 5분의 4는 빼고 납부할 수 있습니다. 뺀 금액은 다음 4개 연도의 확정신고 때 4분의 1씩 나눠 냅니다. 결국 5년에 걸쳐 내는 구조입니다.

행사이익 관련 소득세 5년 분할납부 구조

시점	납부 비율
행사 연도 확정신고	행사이익 관련 세액의 5분의 1
다음 연도 확정신고	분할납부세액의 4분의 1
2년 후 확정신고	분할납부세액의 4분의 1
3년 후 확정신고	분할납부세액의 4분의 1
4년 후 확정신고	분할납부세액의 4분의 1

출처 - 조세특례제한법 제16조의3 제1항 제2호·제3호

대상 - 2027년 12월 31일 이전에 벤처기업육성에 관한 특별법 또는 상법에 따라 부여받은 주식매수선택권의 행사이익
제외 - 행사가격과 시가의 차액을 현금으로 받는 경우, 비과세 특례가 적용되는 금액
분할납부세액 - 행사이익을 넣어 계산한 결정세액에서 행사이익을 뺀 결정세액을 차감한 금액의 5분의 4
원천징수 - 원천징수의무자에게 신청하면 행사 시 원천징수를 하지 않음

스톡옵션 납부특례 신청서 누락 대응 순서

행사 내역 정리 - 행사일, 행사가격, 행사 당시 시가, 취득 주식 수를 과세기간별로 적습니다. 행사이익 계산의 출발점입니다.
신고 상태 확인 - 행사일이 속한 과세기간의 확정신고를 했는지, 행사이익이 빠졌는지 확인합니다. 신고를 안 했으면 기한 후 신고, 했으면 수정신고 대상입니다.
세무서 결정 여부 확인 - 세무서가 아직 결정·고지하지 않았다면 기한 후 신고와 함께 특례적용신청서를 냅니다. 이미 고지됐다면 90일 안에 불복을 검토합니다.
분할납부세액 계산 - 행사이익을 넣고 뺀 두 결정세액의 차액을 구해 5분의 4를 분할납부세액으로 산정합니다.
거부 시 다툼 - 세무서가 절차 요건 미비를 이유로 특례를 거부하면 기획재정부 회신과 대법원 판례를 들어 심판청구나 경정청구로 다툴 수 있습니다.

여기까지는 일반 기준이고, 선택권을 받은 회사가 벤처기업 확인을 유지하고 있었는지, 행사 방식이 현금정산이었는지에 따라 결론이 달라지므로 부여계약서와 행사 서류를 보고 따로 따져야 합니다. 법무법인 윤성은 종합소득세 경정거부처분 취소소송과 과세처분에 대한 조세불복을 수행합니다.

실무상 착안점

스톡옵션을 행사한 뒤 신청서 기한을 놓치면 특례는 끝났다고 생각하는 분이 많습니다. 그런데 기획재정부는 납부특례의 신청 절차를 협력의무로 봅니다. 기한을 놓쳤다는 사실만으로 5년 분할납부가 사라지지는 않습니다.

갈림길은 세무서의 결정 통지가 먼저인지, 내 기한 후 신고가 먼저인지입니다. 소득 자료 안내문을 받은 날, 신고서를 접수한 날, 고지서를 받은 날을 모두 기록해 두어야 합니다. 행사일별 시가 자료와 회사의 벤처기업 확인서도 함께 모아 두면 좋습니다.

이 기록은 세무서가 절차 미비를 이유로 특례를 거부했을 때 경정청구와 심판청구의 핵심 증거가 됩니다. 회신은 질의한 사실관계에만 미치므로, 내 사안이 회신 사안과 같은 구조라는 점을 날짜와 서류로 보여 줄 수 있어야 합니다.

— 허진영 변호사 · 세금

이 상황에서 자주 묻는 것

원칙은 주식매수선택권을 행사한 날이 속하는 달의 다음 달 5일까지 원천징수의무자인 회사에 내는 것입니다. 이 기한을 놓친 사람은 행사일이 속한 과세기간의 종합소득세 확정신고를 할 때 관할 세무서장에게 신청서를 내면 됩니다. 두 기한을 모두 넘겼더라도 기한 후 신고 등으로 적용받을 수 있다는 것이 기획재정부 회신입니다.
확정신고나 기한 후 신고를 해 둔 상태라면 법정신고기한이 지난 뒤 5년 안에 경정청구를 할 수 있습니다. 세무서가 결정이나 경정으로 세금을 고지했다면 처분이 있음을 안 날부터 90일 안에 심판청구를 해야 합니다. 두 기한을 모두 넘기면 다툴 길이 좁아지므로 고지서 수령일을 기록해 두어야 합니다.

법무법인 윤성 × Lexle

허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

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