세금

상장회사가 임직원 스톡옵션 행사로 싸게 준 신주도 손금이 되나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.20 갱신

네, 2025. 2. 28. 이후 행사분부터는 상법 제542조의3에 따라 자기 임직원에게 준 스톡옵션도 손금 대상입니다. 신주를 시가보다 낮게 발행했다면 매수가액과 시가의 차액이 손금입니다. 발행주식총수의 10% 범위여야 하고, 다른 회사 임직원 부여분은 제외됩니다.

네, 2025. 2. 28. 이후 행사분부터는 상법 제542조의3에 따라 자기 임직원에게 준 스톡옵션도 손금 대상입니다. 신주를 시가보다 낮게 발행했다면 매수가액과 시가의 차액이 손금입니다. 발행주식총수의 10% 범위여야 하고, 다른 회사 임직원 부여분은 제외됩니다.

스톡옵션 행사차액은 왜 손금이 되나요?

임직원에게 시가보다 싸게 주식을 주는 것은 근로의 대가를 주식으로 주는 셈입니다. 그래서 법인세법 시행령은 일정한 스톡옵션의 행사차액을 손비로 봅니다. 현금 상여를 준 것과 비슷하게 취급하는 구조입니다. 다만 모든 스톡옵션이 아니라 시행령이 열거한 근거 법률에 따라 부여한 것만 대상이어서 부여 근거를 먼저 확인해야 합니다.

손금이 되는 금액은 지급 방식에 따라 다릅니다. 약정된 매수시기에 매수가액과 시가의 차액을 현금이나 회사 주식으로 지급하면 그 금액이 손금입니다. 행사에 따라 신주를 시가보다 낮게 발행하면 실제 매수가액과 시가의 차액이 손금입니다.

주식기준보상으로 금전을 지급하는 경우도 그 금액이 손금입니다. 종전부터 상법 제340조의2와 벤처기업육성에 관한 특별법에 따른 주식매수선택권이 대상이었습니다. 소재·부품·장비 특별조치법상 주식매수선택권과 우리사주매수선택권도 마찬가지입니다.

2025년 개정으로 무엇이 추가됐나요?

2025. 2. 28. 개정으로 상법 제542조의3에 따른 주식매수선택권이 손금 대상에 추가됐습니다. 상법 제542조의3은 상장회사의 주식매수선택권 특례 규정입니다. 상장회사는 이 규정에 따라 스톡옵션을 부여하는 경우가 많은데, 그동안 손금 대상 열거에서 빠져 있었습니다.

다만 해당 법인의 임직원에게 부여하는 것으로 한정됩니다. 상장 모회사가 자회사 임직원에게 부여한 스톡옵션은 모회사의 손금 대상이 아닙니다. 그 비용을 누가 어떻게 부담하는지는 별도 규정의 문제가 됩니다.

부칙은 이 개정규정을 시행일인 2025. 2. 28. 이후 주식매수선택권을 행사하는 경우부터 적용하도록 했습니다. 부여일이 그 전이라도 행사가 이후라면 대상입니다. 2025. 2. 27. 이전 행사분에 대해 경정청구로 손금을 주장하기는 어렵습니다. 같은 부여 건이라도 행사일이 경계 전후로 나뉘면 사업연도별 처리도 달라집니다.

손금으로 인정받으려면 어떤 요건을 갖춰야 하나요?

가장 중요한 요건은 발행주식총수의 10% 범위에서 부여했어야 한다는 점입니다. 10%를 넘겨 부여한 분은 손금 대상에서 빠집니다. 여러 차례 부여했다면 누적 비율을 따져 봐야 합니다.

상법상 한도와 세법상 손금 한도가 다르다는 점도 주의해야 합니다. 상법 제542조의3은 상장회사가 발행주식총수의 20% 범위에서 대통령령 한도까지 부여할 수 있게 합니다. 그러나 손금 요건은 10% 범위이므로 상법상 적법한 부여도 일부는 손금에서 빠질 수 있습니다.

부여 절차가 상법 요건을 갖췄는지도 중요합니다. 상장회사는 정관에 근거가 있으면 이사회 결의로 부여할 수 있지만, 그 뒤 처음 소집되는 주주총회의 승인을 받아야 합니다. 원칙적으로 부여 결의일부터 2년 이상 재직해야 행사할 수 있습니다. 이런 절차에 흠이 있으면 손금 대상 주식매수선택권인지 자체가 다툼이 될 수 있습니다. 정관 근거와 결의 의사록을 함께 보관해야 합니다. 상장 이후 정관을 바꾸면서 부여 근거 조문이 달라졌다면 부여 시점별로 어느 조문에 따른 것인지 정리해 두는 편이 안전합니다.

손금이 되는 차액은 약정된 주식매수시기 기준으로 계산합니다. 행사일 시가 산정에 다툼이 생기지 않도록 상장주식이라면 행사일 종가 등 근거를 남겨 두는 것이 좋습니다. 비자발적 퇴직자의 행사분 쟁점은 「2년 안에 비자발적으로 퇴직한 직원의 스톡옵션 행사차액도 손금이 되나요?」에서 다뤘습니다.

모회사가 부여한 스톡옵션 비용을 자회사가 보전하면 어떻게 되나요?

자회사 임직원이 금융지주회사나 해외 모법인이 부여한 주식매수선택권 등을 행사하는 경우가 있습니다. 이때 자회사가 부여 법인에 행사 비용을 보전하는 금액은 일정 요건 아래 자회사의 손비가 됩니다. 금융지주회사 부여분은 상법 제542조의3에 따른 주식매수선택권이어야 합니다.

해외 모법인 부여분은 재정경제부령이 정한 해외모법인과 주식매수선택권 등이어야 합니다. 보전 계약과 실제 지급 내역이 갖춰져야 손비로 인정받기 쉽습니다. 보전 근거가 없는 지급은 기부금이나 부당행위 문제로 번질 수 있습니다.

국내 상장 모회사가 자회사 임직원에게 직접 부여한 경우에는 이 보전 규정이 바로 적용되지 않습니다. 그룹 차원의 보상 설계를 할 때는 부여 주체와 비용 부담 주체를 먼저 정해야 합니다. 자회사 임직원에게 보상이 필요하다면 자회사가 직접 부여하는 방식이 손금 측면에서는 단순합니다.

스톡옵션 손금 대응 순서

• 부여 근거 확인 - 상법 제340조의2와 제542조의3 중 어느 규정으로 부여했는지 확인합니다.
• 대상자 확인 - 부여 대상이 자기 회사 임직원인지, 계열사 임직원인지 나눕니다.
• 10% 한도 점검 - 발행주식총수 대비 누적 부여 비율이 10% 이내인지 계산합니다.
• 행사일 확인 - 2025. 2. 28. 이후 행사분인지 보고 행사일 시가 근거를 남깁니다.
• 신고 반영 - 행사차액을 해당 사업연도 손금에 반영하고 부여·행사 서류를 보관합니다.

여기까지는 일반 기준이고, 부여 근거 조문과 대상자, 부여 비율, 행사 시점에 따라 손금 인정 여부가 달라집니다. 법무법인 윤성은 임직원 주식보상의 법인세 손금 검토와 세무조사 대응을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 2024년에 부여하고 2025년 3월에 행사했다면 손금이 되나요?
  네, 부칙은 2025. 2. 28. 이후 행사하는 경우부터 적용하도록 했으므로 부여일과 관계없이 행사일이 기준입니다. 다른 요건을 갖췄다면 그 사업연도 손금 대상입니다.
• 자기주식을 지급하는 방식이면 손금 금액은 어떻게 되나요?
  약정된 매수시기에 매수가액과 시가의 차액을 회사 주식으로 지급하는 경우 그 차액이 손금입니다. 자기주식 장부가액과 시가 차이는 별도의 처분손익 문제로 봅니다.
• 10%를 넘게 부여했으면 전부 손금이 안 되나요?
  시행령은 발행주식총수의 10% 범위에서 부여하거나 지급한 경우로 한정했습니다. 초과 부여분이 어디까지인지 계산해 범위 안의 부분만 손금 대상으로 보는 것이 일반적입니다.
• 임원이 받은 스톡옵션도 같은가요?
  네, 손금 대상은 해당 법인의 임직원에게 부여한 주식매수선택권이므로 임원 부여분도 포함됩니다. 다만 임원 보수 전체가 과다하다고 볼 사정이 있으면 별도로 검토될 수 있습니다.
• 스톡옵션 행사차액은 임직원에게 어떤 소득이 되나요?
  재직 중 행사하면 근로소득, 퇴직 후 행사하면 기타소득으로 과세되는 것이 일반적입니다. 회사는 손금 처리와 별도로 원천징수 의무를 확인해야 합니다.
• 주식기준보상을 현금으로 주면 손금이 되나요?
  네, 주식이나 주식가치에 상당하는 금전으로 지급하는 주식기준보상도 금전 지급액이 손금입니다. 이 역시 발행주식총수 10% 범위 요건을 함께 따집니다.

법무법인 윤성 × Lexle

허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

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