세금

시가와 차이가 3억원에 못 미치면 부당행위계산 부인을 피할 수 있나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.20 갱신

3억원 기준만으로는 피할 수 없습니다. 차이가 3억원 미만이어도 시가의 5% 이상이면 부당행위계산 부인 대상입니다. 두 기준을 모두 밑돌 때만 고가매입, 저가양도, 저리 대여 같은 유형에서 빠집니다. 다만 상장주식 거래와 무수익자산 매입, 자본거래 같은 유형에는 이 기준이 아예 없습니다.

3억원 기준만으로는 피할 수 없습니다. 차이가 3억원 미만이어도 시가의 5% 이상이면 부당행위계산 부인 대상입니다. 두 기준을 모두 밑돌 때만 고가매입, 저가양도, 저리 대여 같은 유형에서 빠집니다. 다만 상장주식 거래와 무수익자산 매입, 자본거래 같은 유형에는 이 기준이 아예 없습니다.

3억원과 5%는 둘 다 넘어야 적용되나요?

아니요, 하나만 넘어도 적용됩니다. 법인세법 시행령 제88조 제3항은 차액이 3억원 이상이거나 시가의 5% 이상인 경우에 적용한다고 규정합니다. 「이거나」라는 표현이므로 둘 중 하나만 충족하면 됩니다.

그래서 거래 규모에 따라 실제로 작동하는 기준이 달라집니다. 시가 60억원 이하 거래에서는 5% 기준이 먼저 걸립니다. 시가 2억원짜리 장비를 1억8천만원에 넘기면 차이는 2천만원이지만 10%여서 적용됩니다. 시가 60억원을 넘는 거래에서는 3억원 기준이 먼저 걸립니다. 시가 100억원 부동산을 97억원에 팔면 3%에 불과해도 차이가 3억원이어서 적용됩니다.

이 기준은 적용 여부를 가르는 문턱입니다. 문턱을 넘으면 3억원이나 5%를 넘는 부분만이 아니라 시가와의 차액 전부를 익금에 산입합니다. 증여세처럼 기준금액을 빼 주는 구조가 아닙니다.

예컨대 시가 10억원 토지를 대표에게 9억원에 팔면 차이 1억원이 10%여서 기준을 넘습니다. 이때 익금산입액은 5%를 넘는 5천만원이 아니라 1억원 전부입니다. 이 1억원은 대표에게 상여로 처분되어 대표의 근로소득이 됩니다. 법인세와 소득세가 한꺼번에 생기므로 기준선 근처의 가격은 처음부터 피하는 것이 안전합니다.

어떤 거래에 이 기준이 적용되나요?

시행령 제88조 제1항 가운데 제1호, 제3호, 제6호, 제7호와 이에 준하는 제9호 거래에만 적용됩니다. 제1호는 자산을 시가보다 비싸게 사거나 현물출자받은 경우입니다. 제3호는 자산을 공짜나 시가보다 싸게 넘긴 경우입니다. 제6호는 돈이나 자산, 용역을 무상 또는 낮은 대가로 빌려주거나 제공한 경우입니다. 제7호는 반대로 높은 대가로 빌리거나 제공받은 경우입니다. 제9호는 이 네 유형에 준하는 행위나 계산으로, 거래 형식을 바꾼 경우를 함께 잡기 위한 규정입니다.

나머지 유형에는 기준금액이 없습니다. 무수익자산 매입, 불량채권 양수, 출연금 대납, 파생상품 권리 포기가 여기에 해당합니다. 불공정 합병, 불균등 증자·감자 같은 자본거래도 같습니다. 이런 거래는 금액이 작아도 경제적 합리성이 없으면 부인될 수 있습니다.

유형을 잘못 분류하면 기준금액 판단도 틀어집니다. 특수관계 회사의 부실채권을 장부가로 사들인 거래는 고가매입처럼 보이지만 불량채권 양수로 분류될 수 있습니다. 그러면 차이가 5% 미만이어도 기준금액으로 빠져나갈 수 없습니다. 거래가 어느 호에 해당하는지부터 정리해야 하는 이유입니다.

상장주식은 왜 따로 보나요?

주권상장법인이 발행한 주식을 거래하면 3억원·5% 기준이 적용되지 않습니다. 상장주식은 거래소 시세라는 분명한 시가가 있어서 작은 차이도 의도된 이익 분여로 볼 수 있기 때문입니다.

장외에서 상장주식을 사고팔면 그 거래일의 거래소 최종시세가액이 시가입니다. 경영권 이전이 따르면 원칙적으로 그 가액에 20%를 더합니다. 예컨대 최종시세가 1만원인 주식을 경영권과 함께 특수관계 법인에 1만1천원에 넘기면 저가 양도가 됩니다. 시가는 1만2천원으로 보기 때문입니다. 차이 1천원이 작아 보여도 기준금액이 없으니 그대로 부인 대상입니다.

거래소에서 정상적으로 사고판 경우는 체결가격이 곧 시가여서 이 문제가 생기지 않습니다. 문제는 장외 거래나 대량매매처럼 거래소 시세와 별도로 가격을 정하는 거래입니다. 블록딜 할인율을 적용했다면 그 할인이 특수관계 없는 상대방에게도 똑같이 적용됐을지 설명할 수 있어야 합니다.

시가가 애매하면 기준금액 계산도 달라지나요?

네, 어떤 가액을 시가로 보느냐에 따라 차액과 비율이 함께 바뀝니다. 시가는 제3자 사이의 정상 거래가격이 먼저입니다. 그런 가격이 없으면 감정가액, 그다음 상속세 및 증여세법상 평가액 순으로 정합니다. 주식과 가상자산은 감정가액을 쓸 수 없습니다.

기준선 바로 아래에서 가격을 정했다면 시가 근거가 특히 중요합니다. 감정가액 하나만 받아 두었는데 과세관청이 다른 매매사례를 찾으면 차이가 5%를 넘을 수 있습니다. 감정을 두 곳에서 받으면 평균액이 시가가 되므로 한 곳의 이례적 가액에 기대지 않게 됩니다.

시가를 판단하는 시점은 거래 당시입니다. 계약일과 잔금일 사이에 값이 크게 움직였다면 어느 날을 기준으로 했는지와 그 이유를 남겨 두어야 합니다.

기준금액 점검 대응 순서

• 유형 분류 - 거래가 제88조 제1항의 어느 호인지 정하고, 기준금액이 적용되는 유형인지 확인합니다.
• 시가 확정 - 제3자 거래가격, 감정가액, 상속세 및 증여세법 평가액 순서대로 근거를 갖춥니다.
• 두 기준 계산 - 차액이 3억원 이상인지, 시가의 5% 이상인지 각각 계산해 기록합니다.
• 조건 조정 - 기준을 넘으면 가격을 시가에 맞추거나 그 가격의 사업상 이유를 문서로 남깁니다.
• 명세서 제출 - 사업연도 신고 때 특수관계인 거래 명세서에 거래 내용을 정확히 적습니다.

여기까지는 일반 기준이고, 어떤 가액을 시가로 보는지와 거래 유형에 따라 적용 여부가 달라집니다. 법무법인 윤성은 특수관계인 거래의 시가 산정 검토와 법인세 세무조사 대응을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 기준을 넘으면 넘은 부분만 익금에 넣나요?
  아니요, 시가와 거래가액의 차액 전부를 익금에 넣습니다. 3억원이나 5%는 적용 여부를 가르는 기준일 뿐 공제해 주는 금액이 아닙니다. 차액은 이익을 받은 사람에 따라 소득처분됩니다.
• 특수관계인에게 돈을 빌려줄 때도 3억원·5% 기준을 보나요?
  네, 금전 대여는 제6호 유형이어서 기준이 적용됩니다. 다만 시가가 가중평균차입이자율이나 당좌대출이자율로 정해지므로 이자 차이를 그 이율 기준으로 계산합니다.
• 특수관계 법인 사이 불균등 증자에도 5% 기준이 있나요?
  법인세법 시행령 제88조 제3항의 기준은 적용되지 않습니다. 다만 이익 분여액 계산은 상속세 및 증여세법 규정을 준용하므로 그 법의 요건을 따로 확인해야 합니다.
• 코넥스나 비상장 주식에도 5% 기준이 적용되나요?
  주권상장법인이 발행한 주식이 아니면 3억원·5% 기준이 적용됩니다. 상장 여부는 거래 당시를 기준으로 확인해야 하고, 비상장주식 시가는 평가방법에 따라 정합니다.
• 세무서가 기준금액 계산에 쓴 시가를 다툴 수 있나요?
  네, 다툴 수 있습니다. 시가의 증명책임은 원칙적으로 과세관청에 있습니다. 비교한 거래의 조건이 다르면 그 가격을 시가로 볼 수 없다는 판례가 여럿 있습니다.
• 개인 주주에게 싸게 판 경우 개인에게도 세금이 생기나요?
  법인 쪽에서 부인된 금액이 주주에게 배당으로 처분되면 주주에게 배당소득세가 생깁니다. 임원인 주주라면 상여로 처분되어 근로소득으로 과세됩니다. 두 경우 모두 회사가 원천징수 의무를 집니다.

법무법인 윤성 × Lexle

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