세금

부동산이 많은 한국 법인 주식을 일본 거주자가 팔면 한국 세금이 나오나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.20 갱신

나옵니다. 법인 자산총액의 50% 이상이 한국 부동산이면 그 비상장주식 양도는 부동산 양도처럼 한국에서 과세됩니다. 한·일 조세조약도 법인 재산이 주로 한국 부동산이면 한국 과세를 허용합니다. 지분이 25%에 못 미쳐도 이 요건에 해당하면 한국 과세를 피할 수 없습니다.

나옵니다. 법인 자산총액의 50% 이상이 한국 부동산이면 그 비상장주식 양도는 부동산 양도처럼 한국에서 과세됩니다. 한·일 조세조약도 법인 재산이 주로 한국 부동산이면 한국 과세를 허용합니다. 지분이 25%에 못 미쳐도 이 요건에 해당하면 한국 과세를 피할 수 없습니다.

어떤 법인 주식이 부동산주식에 해당하나요?

양도일이 속하는 사업연도 개시일 현재 자산총액 중 부동산 가액이 50% 이상인 법인의 주식입니다. 토지와 건물, 부동산에 관한 권리의 가액을 합해 비율을 계산합니다. 그 법인이 가진 다른 부동산 과다 법인 주식도 그 법인의 부동산 비율만큼 더합니다.

판정 시점은 양도일이 아니라 그 사업연도의 개시일입니다. 예를 들어 2026. 9.에 주식을 판다면 2026. 1. 1. 현재 재무상태를 봅니다. 사업연도 중간에 부동산을 팔아 비율이 낮아져도 결론은 바뀌지 않습니다.

재일교포 가족이 한국에 빌딩 관리 법인을 세워 둔 경우가 대표적입니다. 임대용 건물이 자산 대부분이면 이 법인 주식은 부동산주식이 됩니다. 영업 법인이라도 사옥과 공장 토지 비중이 크면 해당할 수 있습니다.

비상장 부동산주식은 어떻게 과세되나요?

국내원천 부동산등양도소득으로 보아 거주자와 같은 방법으로 분류과세합니다. 일반 주식처럼 원천징수로 끝나는 것이 아니라 양도소득세를 신고·납부해야 합니다. 세율과 공제도 양도소득세 체계를 따릅니다.

일반 주식은 비거주자가 팔 때 매수인이 원천징수하는 구조입니다. 그러나 국내원천 부동산등양도소득은 개인 매수인에게 원천징수 의무가 없습니다. 매수인이 법인이면 지급금액의 10%를 원천징수합니다. 취득가액이 확인되면 양도차익의 20%와 비교해 적은 금액으로 합니다.

그래서 양도인이 직접 신고하는 것이 원칙입니다. 예정신고 기한은 아래 자산 분류에 따라 달라지고, 다음 해 5월에 확정신고합니다. 신고를 하지 않으면 무신고가산세와 납부지연가산세가 붙습니다.

세율은 국내 세법상 자산 분류에 따라 갈린다고 볼 수 있습니다. 부동산 비율 50% 이상 법인의 과점주주가 그 법인 주식의 50% 이상을 넘기면 기타자산이 됩니다. 이때는 6%에서 45%까지의 기본세율을 적용하고, 예정신고는 양도일이 속하는 달의 말일부터 2개월 안에 합니다.

그 밖의 경우는 비상장주식으로 봅니다. 대주주는 20%이고 과세표준 3억원 초과분은 25%이며, 중소기업 외 법인 주식을 1년 안에 팔면 30%입니다. 대주주가 아니면 중소기업 주식은 10%, 그 밖의 주식은 20%입니다. 이 경우 예정신고는 양도일이 속하는 반기의 말일부터 2개월 안입니다. 비거주자라는 이유로 세율이 따로 높아지지는 않습니다.

이 분류는 비거주자 양도를 거주자와 같은 방법으로 과세한다는 규정에 따른 해석입니다. 이 쟁점을 직접 판단한 대법원 판결은 아직 없습니다. 비상장 부동산주식을 부동산등양도소득으로 따로 정한 이상 부동산과 같은 기본세율을 써야 한다는 반대 논거도 있습니다. 상속받은 주식이면 상속 당시 평가액이 취득가액이 됩니다.

상장된 부동산 법인 주식이나 조약은 어떻게 다른가요?

상장된 부동산주식은 국내 세법상 유가증권양도소득으로 구분합니다. 이 경우 장내 소액 양도 예외가 적용될 수 있습니다. 비상장 부동산주식만 부동산등양도소득으로 따로 분류합니다.

한·일 조세조약은 상장 여부를 묻지 않습니다. 법인 재산이 주로 한국 부동산으로 이뤄졌으면 한국이 과세할 수 있다고 정합니다. 대주주 요건인 25% 보유와 5% 양도는 이 경우 따로 필요하지 않습니다.

「주로」의 기준은 조약에 숫자로 정해져 있지 않습니다. 국내 세법의 50% 기준과 조약상 판단이 어긋날 여지가 있습니다. 비율이 50% 언저리라면 자산 평가 방법부터 점검해야 합니다.

일본에서도 같은 이익에 세금이 나오면 어떻게 하나요?

일본 거주자라면 일본도 거주지국으로서 과세할 수 있습니다. 조약은 한국에서 낸 세금을 일본 세금에서 공제하도록 정합니다. 공제액은 그 소득에 대한 일본 세액을 넘지 못합니다.

그래서 한국 양도소득세 신고서와 납부 영수증을 보관해야 합니다. 한국 세액이 확정되지 않으면 일본에서 공제 금액도 정해지지 않습니다. 한국 세무조사로 세액이 늘면 일본 쪽 공제 금액도 다시 맞춰야 합니다.

양국 과세가 조약과 다르게 이뤄졌다고 보면 상호합의를 신청할 수 있습니다. 한국 국내법은 과세 사실을 안 날부터 3년 안에 신청하도록 정합니다.

부동산 과다 법인 주식 양도 대응 순서

• 비율 계산 - 양도한 사업연도 개시일 현재 부동산 가액 비율을 계산합니다.
• 상장 여부 확인 - 비상장이면 부동산등양도소득, 상장이면 유가증권양도소득으로 구분합니다.
• 조약 요건 점검 - 재산이 주로 한국 부동산인지 따져 한국 과세 여부를 판단합니다.
• 신고 준비 - 과점주주 양도인지에 따라 달 말일 또는 반기 말일부터 2개월 안에 예정신고합니다.
• 일본 공제 연결 - 한국 신고서와 영수증으로 일본에서 외국세액공제를 받습니다.

여기까지는 일반 기준이고, 사업연도 개시일의 자산 구성과 상장 여부에 따라 과세 방식이 달라집니다. 법무법인 윤성은 부동산 과다 법인 주식 양도의 과세 검토와 세무조사 대응을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 부동산 비율은 장부가액으로 계산하나요?
  시행령은 자산총액과 자산가액 계산에 별도 규정을 준용하도록 정하고, 기준일을 사업연도 개시일로 봅니다. 계산 방식에 따라 비율이 달라질 수 있어 근거를 남겨야 합니다.
• 법인이 매수인이면 원천징수를 하나요?
  개인 매수인은 원천징수 의무가 없습니다. 법인 매수인은 지급금액의 10%를 원천징수하고, 취득가액이 확인되면 양도차익의 20%와 비교해 적은 금액으로 합니다.
• 양도인이 미리 세금을 내면 원천징수를 안 하나요?
  네, 비거주자가 그 소득에 대한 세금을 미리 납부했거나 비과세·과세미달임을 증명하면 원천징수하지 않습니다. 증명 서류를 매수 법인에 주어야 합니다.
• 일본 법인이 이 주식을 팔면 어떻게 되나요?
  일본 법인은 법인세법의 외국법인 과세 규정을 따르므로 이 글의 개인 기준과 다릅니다. 조약상 부동산 과다 법인 규정은 법인에도 같이 적용됩니다.
• 상속받은 부동산 법인 주식을 팔 때도 같나요?
  네, 취득 원인과 관계없이 양도 시점의 법인 자산 구성으로 판단합니다. 상속 주식이면 상속 당시 평가액이 취득가액이 되는 점을 함께 확인해야 합니다.
• 신고를 늦게 하면 얼마까지 추징될 수 있나요?
  무신고가산세와 납부지연가산세가 붙습니다. 부과제척기간도 무신고면 원칙적으로 7년으로 길어지므로 늦더라도 기한 후 신고를 검토해야 합니다. 기한 후 신고가 빠를수록 가산세 감면 폭이 큽니다.

법무법인 윤성 × Lexle

허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

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