세금

세무서가 소송 중에 과세 근거를 바꾸면 제척기간은 언제 기준으로 보나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.20 갱신

당초 처분을 한 때가 기준입니다. 처분의 동일성이 유지되는 범위에서 처분사유만 바꾸는 것은 새로운 처분이 아니기 때문입니다. 그래서 소송 도중 제척기간이 지난 뒤에 근거를 바꾸었더라도 제척기간이 지났다는 이유로 처분이 위법해지지는 않습니다. 다만 동일성을 벗어난 변경이라면 애초에 허용되지 않습니다.

당초 처분을 한 때가 기준입니다. 처분의 동일성이 유지되는 범위에서 처분사유만 바꾸는 것은 새로운 처분이 아니기 때문입니다. 그래서 소송 도중 제척기간이 지난 뒤에 근거를 바꾸었더라도 제척기간이 지났다는 이유로 처분이 위법해지지는 않습니다. 다만 동일성을 벗어난 변경이라면 애초에 허용되지 않습니다.

처분사유를 바꾸는 것이 왜 새 처분이 아닌가요?

과세처분 취소소송의 심판 대상은 그 처분으로 정한 과세표준과 세액이 객관적으로 맞는지입니다. 세무서가 처분 당시에 든 이유 하나하나가 심판 대상인 것은 아닙니다. 그래서 세무서는 사실심 변론종결 때까지 같은 세액을 뒷받침할 다른 이유를 낼 수 있습니다.

대법원은 이것을 처분사유의 교환·변경이라고 부릅니다. 변경된 이유는 이미 있는 처분을 정당화하는 공격방어방법일 뿐입니다. 새 고지서가 나가는 것도 아니고 세액이 새로 확정되는 것도 아닙니다. 이 구조 때문에 제척기간 판단 시점도 당초 처분을 한 때로 고정됩니다.

소송 도중 제척기간이 지나면 세무서는 이유를 못 바꾸나요?

바꿀 수 있습니다. 대법원은 이자소득으로 매긴 종합소득세를 소송 중 대금업 사업소득으로 바꾼 사안을 다루었습니다. 그 변경이 제척기간이 지난 뒤였는지와 관계없이 당초 처분 때를 기준으로 판단해야 한다고 했습니다.

법인 익금이 사외로 나간 사안도 같았습니다. 세무서는 처음에 상여로 소득처분했다가 소송에서 대표이사나 출자자에게 현실적으로 귀속됐다고 주장했습니다. 대법원은 종합소득 안에서 소득의 원천만 달리 주장한 것이어서 허용된다고 보았습니다. 국세징수권 소멸시효도 당초 처분 때를 기준으로 판단했습니다.

그러므로 납세자가 소송을 오래 끌어 제척기간이 지나기를 기다리는 전략은 통하지 않습니다. 오히려 동일성 범위인지를 다투는 데 힘을 모아야 합니다.

부과제척기간은 원칙적으로 국세를 부과할 수 있는 날부터 5년입니다. 신고하지 않았으면 7년, 부정행위가 있으면 10년입니다. 이 기간 계산은 당초 처분이 그 안에 이루어졌는지만 보면 됩니다. 처분이 기간 안에 있었다면 소송이 몇 년 걸려도 사유 변경 자체는 제척기간 문제를 낳지 않습니다.

어떤 변경이 동일성을 벗어나 허용되지 않나요?

과세의 기초가 되는 사실관계가 달라지거나 세목·과세기간이 바뀌면 동일성을 벗어난 것으로 볼 수 있습니다. 같은 사실관계에 대해 법적 평가만 바꾸는 것은 허용됩니다. 반대로 다른 사실을 들어 같은 세액을 유지하려는 것은 사실상 새 처분입니다.

판례가 동일성 범위로 본 예는 다음과 같습니다. 주식 취득자금 증여를 명의신탁 증여의제로 바꾼 경우, 이자소득을 사업소득으로 바꾼 경우가 있습니다. 반면 증여자를 1인으로 보고 과세했는데 실제 증여자가 2인 이상으로 밝혀진 경우에는 동일성을 부정했습니다. 증여자별로 과세단위가 따로 성립해 과세의 기초사실이 달라진다는 이유였습니다.

동일성을 벗어난 사유로 과세하려면 세무서는 새 처분을 해야 합니다. 그 새 처분은 그 처분을 하는 때를 기준으로 제척기간을 따지게 됩니다. 이미 제척기간이 지났다면 새 처분은 할 수 없게 됩니다.

판결 확정 뒤 1년 특례로 다시 과세할 수 있는지도 따져야 합니다. 구법 사안에서 대법원은 이 특례를 해당 판결에 따른 처분에만 쓸 수 있다고 보았습니다. 변호사 착수금을 2000년 소득으로 과세했다가 패소한 뒤 2002년 소득으로 다시 과세한 사안이었습니다. 법원은 과세기간이 다른 새 처분에 특례를 적용하지 않았습니다. 2022. 1. 1. 이후 확정된 결정·판결부터는 사정이 다릅니다. 국세기본법이 연동된 다른 과세기간(같은 세목)이나 다른 세목(같은 과세기간)의 조정에도 1년 특례를 두었기 때문입니다. 같은 소득의 귀속연도만 바뀌는 경우라면 이 특례로 새 연도 과세가 가능하다고 볼 수 있습니다. 직접 판단한 대법원 판결은 아직 없고, 「조정」은 이미 과세된 세액을 고치는 것일 뿐 새 부과가 아니라는 반대 논거도 있습니다. 세목과 과세기간이 함께 바뀌거나 납세의무자가 바뀌는 경우는 이 조항의 문언 밖입니다.

납세자는 처분사유 변경에 어떻게 대응해야 하나요?

변경된 사유가 처음 처분과 같은 사실관계에 기초하는지부터 따져야 합니다. 세목, 과세기간, 납세의무자, 과세 대상 재산이 같은지 확인합니다. 그중 하나라도 달라졌다면 동일성을 벗어났다고 주장할 수 있습니다.

동일성 범위 안의 변경이라면 새 사유 자체의 과세요건을 다툽니다. 세무서가 변경된 사유에 맞춰 정당한 세액을 주장·증명하지 못하면 법원은 처분 전부를 취소하기도 합니다. 변경된 사유로 계산한 세액이 고지세액보다 적으면 그 차액만큼은 취소됩니다.

변경된 사유가 처음 사유보다 납세자에게 불리한 사실을 끌어들이는 경우도 있습니다. 이때 새 사유를 뒷받침하는 증거가 조사 단계에서 충분히 확보되지 않았다면 그 점을 지적해야 합니다. 과세요건 사실의 증명은 원칙적으로 세무서 몫이기 때문입니다.

처분사유 변경 대응 순서

• 변경 내용 특정 - 세무서 준비서면에서 바뀐 법적 근거와 사실관계를 처음 처분과 나란히 정리합니다.
• 동일성 검토 - 세목, 과세기간, 납세의무자, 과세 대상이 같은지 하나씩 대조합니다.
• 제척기간 계산 - 당초 처분일 기준 제척기간과 새 처분이 필요할 때의 제척기간을 각각 계산합니다.
• 반박 준비 - 동일성 범위 밖이면 변경 불허를, 범위 안이면 새 사유의 과세요건 흠결을 주장합니다.
• 세액 대조 - 변경 사유로 계산한 정당 세액이 고지세액보다 적은지 계산해 제출합니다.

여기까지는 일반 기준이고, 바뀐 사유가 같은 사실관계에 기초하는지에 따라 결과가 달라집니다. 법무법인 윤성은 처분사유 변경이 쟁점인 조세 행정소송을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 처분사유 변경은 언제까지 할 수 있나요?
  사실심 변론종결 때까지입니다. 대법원 상고심에서는 새로운 처분사유를 낼 수 없습니다. 항소심에서 처음 나온 변경도 동일성 범위 안이면 허용됩니다.
• 세무서가 원래 사유를 유지하면서 예비적으로 다른 사유를 덧붙여도 되나요?
  네, 동일성 범위 안이면 예비적 추가도 허용됩니다. 대법원은 취득자금 증여추정 처분에 명의신탁 증여의제를 예비적 사유로 더한 것을 허용했습니다. 법원은 예비적 사유까지 심리해야 합니다.
• 제척기간이 지난 뒤 세무서가 처분을 취소하고 다시 고지하면 어떻게 되나요?
  새 고지는 새 처분이므로 그 시점에 제척기간이 남아 있어야 합니다. 판결 확정 뒤 1년 안에 하는 경정 같은 특례가 적용되는지는 사안별로 따로 확인해야 합니다.
• 세목이 바뀌는 변경도 허용되나요?
  세목이 다르면 과세표준과 세액 계산 체계가 달라 동일성을 인정받기 어렵다고 볼 수 있습니다. 판례가 허용한 소득 원천 변경은 합산과세되는 종합소득 범위 안의 변경이었습니다.
• 처분사유가 바뀌면 다시 심판청구를 해야 하나요?
  아니요, 같은 처분에 대한 소송이 계속되므로 다시 심판청구를 할 필요는 없습니다. 새 처분이 아니어서 불복기간도 새로 진행하지 않습니다. 바뀐 사유에 대한 반박은 진행 중인 소송에서 하면 됩니다.
• 바뀐 사유로 계산한 세액이 더 크면 세액이 늘어나나요?
  아니요, 소송에서 처분 세액을 늘릴 수는 없습니다. 법원은 고지된 세액이 정당한 세액을 넘는지만 판단합니다. 더 큰 세액은 별도 처분이 필요하고 제척기간 제한을 받습니다.
• 부정행위 10년 제척기간도 당초 처분 때 기준인가요?
  네, 판단 시점은 같습니다. 다만 10년 기간의 적용 여부는 어느 사유에 근거하는지에 따라 다툼이 생길 수 있습니다. 부정행위 요건은 세무서가 증명해야 합니다.

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