법인세·소득세

치과가 개인 치과기공소에 기공료를 줄 때 3.3% 원천징수해야 하나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.12 갱신

네, 사업자인 치과가 개인사업자인 치과기공소에서 기공 용역을 받고 기공료를 지급하면 원천징수대상 사업소득으로 보아 소득세 3%와 지방소득세를 떼어 내야 합니다. 치과기공사가 제공하는 용역은 부가가치세가 면제되는 의료보건 용역이고, 이 용역에서 생긴 소득은 원천징수대상 사업소득으로 정해져 있기 때문입니다. 지금은 기공소가 개인사업자인지 법인인지와 그동안 계산서만 받고 원천징수 없이 지급했는지부터 확인해 보시기 바랍니다.

기공소가 계산서를 발급했다고 해서 원천징수 의무가 사라지지는 않습니다. 반대로 기공소가 법인이라면 치과가 소득세를 원천징수할 필요가 없습니다.

이런 상담이 많습니다

개인 치과의원을 운영하는 D원장은 2023년부터 개인사업자인 치과기공소에 보철물 제작을 맡기고 매달 기공료를 지급해 왔습니다. 기공소는 거래할 때마다 계산서만 발급했고, 치과는 계산서 금액 전액을 그대로 송금했습니다. 2025년 한 해 기공료는 약 1억 2천만원이었습니다. 2026년 초 세무 점검을 앞두고 D원장은 그동안 원천징수를 하지 않은 것이 문제가 되는지 물었습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

치과기공료는 왜 원천징수 대상인가요?

치과기공사가 제공하는 용역은 부가가치세가 면제되는 의료보건 용역이고, 「소득세법 시행령」은 이 의료보건 용역에서 생긴 소득을 원천징수대상 사업소득으로 정하고 있습니다. 2026. 10. 11. 기준 현행 「부가가치세법 시행령」은 「의료기사 등에 관한 법률」에 따른 치과기공사의 용역을 의료보건 용역으로 열거합니다.

의료보건 용역은 부가가치세법상 면세 대상이므로 기공소는 세금계산서가 아니라 계산서를 발급합니다. 면세 용역이라는 점이 오히려 원천징수 대상이 되는 근거입니다.

원천징수대상 사업소득의 세율은 3%이고, 여기에 지방소득세 0.3%가 더해져 흔히 3.3%라고 부릅니다.

누가 원천징수해야 하나요?

기공료를 지급하는 치과가 사업자이거나 법인이면 원천징수의무자가 됩니다. 개인 치과의원 원장도 사업자이므로 원천징수의무를 집니다.

다만 원천징수 대상은 소득세 납세의무가 있는 개인의 소득입니다. 기공소가 법인으로 운영된다면 그 기공료는 법인의 수입이므로 치과가 소득세를 원천징수하지 않습니다. 거래하는 기공소의 사업자등록증으로 개인인지 법인인지 먼저 확인해야 합니다.

국세청은 이 경우를 어떻게 해석했나요?

국세청은 사업자인 치과가 「부가가치세법」 제26조 제1항 제5호에 따른 용역을 제공받고 대가를 지급하면 「소득세법」 제127조 제1항에 따라 소득세를 원천징수해야 한다고 회신했습니다(사전-2018-법령해석소득-0194, 2018. 4. 20.).

질의 사안의 기공소는 인적·물적 시설을 갖춘 개인사업자였고 그동안 계산서만 발급해 왔습니다. 국세청은 치과기공사의 용역이 면세 의료보건 용역에 해당하고, 같은 취지의 종전 해석(원천세과-280, 2009. 4. 2.)도 있다는 점을 근거로 들었습니다. 이 회신은 기공소가 개인사업자인 사실관계를 전제로 한 것이므로, 법인 기공소와 거래한다면 결론이 달라집니다.

원천징수를 안 했다면 얼마가 문제 되나요?

D원장 사례에서 2025년 기공료 1억 2천만원에 3%를 곱하면 원천징수했어야 할 소득세는 360만원입니다. 납부하지 않은 기간에 따라 원천징수 납부지연가산세가 붙습니다. 3%와 납부고지일까지의 이자 상당액을 합한 부분은 360만원의 10%인 36만원이 한도이고, 고지 뒤 가산세까지 더한 전체 한도는 50%인 180만원입니다.

지급명세서를 내지 않았다면 지급금액의 1%인 120만원이 지급명세서 가산세로 따로 계산될 수 있습니다. 제출기한이 지난 뒤 3개월 안에 내면 0.5%로 줄어듭니다.

기공소 쪽에서는 원천징수된 세액을 종합소득세 신고 때 기납부세액으로 빼므로 전체 세금이 늘지는 않습니다. 결국 원천징수 누락의 부담은 대부분 치과의 가산세로 돌아옵니다.

치과기공료 원천징수 대응 순서

• 거래처 확인 - 기공소 사업자등록증으로 개인사업자인지 법인인지 확인합니다. 개인이면 원천징수 대상입니다.
• 지급 내역 정리 - 연도별·월별 기공료 지급액을 계산서와 맞춰 표로 만듭니다.
• 누락분 정리 - 원천징수하지 않은 기간의 세액을 계산해 원천징수이행상황신고서로 신고·납부하고, 기공소와 정산 방법을 정합니다.
• 지급명세서 제출 - 사업소득 간이지급명세서와 지급명세서를 늦게라도 내 가산세를 줄입니다.
• 불복 절차 검토 - 세무조사 결과통지를 받았으면 30일 안에 과세전적부심사를, 납부고지서를 받았으면 90일 안에 심판청구를 검토합니다. 이의신청은 선택 절차입니다.

여기까지는 일반 기준이고, 기공소가 개인과 법인을 함께 운영하거나 기공료에 재료비가 따로 청구되는 경우는 계약서와 계산서를 보고 따로 따져야 합니다. 법무법인 윤성은 원천징수 처분을 둘러싼 경정청구와 조세불복을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 기공소가 법인이면 원천징수하지 않나요?
  하지 않습니다. 원천징수대상 사업소득은 소득세 납세의무가 있는 개인의 소득이므로, 법인 기공소에 지급하는 기공료는 치과가 소득세를 원천징수할 대상이 아닙니다. 법인 기공소는 그 수입을 자기 법인세로 신고합니다.
• 기공소가 계산서를 발급하면 원천징수가 면제되나요?
  면제되지 않습니다. 계산서는 부가가치세가 면제되는 용역이라는 표시일 뿐이고, 치과기공 용역은 면세 의료보건 용역이라서 오히려 원천징수대상 사업소득에 들어갑니다. 계산서를 받으면서 동시에 3%를 원천징수해야 합니다.
• 원천징수세율 3.3%는 어떻게 나뉘나요?
  소득세 3%와 그 10%인 지방소득세 0.3%를 합한 것입니다. 소득세는 세무서에, 지방소득세는 지방자치단체에 각각 납부합니다. 지급액이 100만원이면 소득세 3만원과 지방소득세 3천원을 떼고 96만 7천원을 지급합니다.
• 몇 년 동안 원천징수를 안 했다면요?
  누락된 기간의 세액을 계산해 원천징수이행상황신고서로 신고·납부하는 방법을 검토합니다. 원천징수 납부지연가산세는 고지 전까지는 미납세액의 10%가 한도이지만 고지 뒤에는 50%까지 늘 수 있으므로, 고지 전에 내면 가산세가 늘어나는 것을 막을 수 있습니다.
• 지급명세서를 안 냈으면 가산세가 얼마인가요?
  제출하지 않은 지급금액의 1%가 가산세입니다. 제출기한이 지난 뒤 3개월 안에 내면 0.5%로 줄어듭니다. 간이지급명세서 미제출 가산세(지급금액의 0.25%)는 지급명세서 가산세 1%가 부과되는 부분에는 겹쳐 붙지 않습니다.
• 치과위생사나 방사선사 용역도 같은가요?
  네, 「의료기사 등에 관한 법률」에 따른 임상병리사·방사선사·물리치료사·작업치료사·치과위생사의 용역도 면세 의료보건 용역입니다. 고용된 직원이 아니라 개인사업자로서 용역을 제공하고 대가를 받는다면 같은 기준으로 원천징수 대상이 됩니다.
• 세무조사 결과통지를 받았다면 어떻게 하나요?
  결과통지를 받은 날부터 30일 안에 과세전적부심사를 청구할 수 있습니다. 기공소가 법인이었던 기간, 이미 원천징수한 금액, 가산세 계산 기간이 맞는지 지급 내역으로 대조해 다툴 부분을 찾습니다.

법무법인 윤성 × Lexle

허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

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