법인세·소득세

퇴사한 직원 퇴직금을 해를 넘겨 주면 원천징수와 지급명세서는 언제 해야 하나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.12 갱신

퇴직금을 늦게 줘도 원천징수 시기는 미뤄지지 않습니다. 1~11월 퇴직자는 그해 12월 31일, 12월 퇴직자는 다음 해 2월 말일에 준 것으로 보아 다음 달 10일까지 원천세를 내야 하고, 지급명세서는 퇴직한 해 귀속으로 다음 연도 3월 10일까지 냅니다. 놓치면 납부지연가산세와 지급명세서 가산세 1%가 붙습니다.

자금 사정으로 퇴직금을 늦게 주는 회사는 원천징수도 실제로 돈을 줄 때 하면 된다고 생각하기 쉽습니다. 퇴직소득은 이 생각이 맞지 않습니다. 실제 지급일과 상관없이 법이 정한 날에 지급한 것으로 보기 때문에, 그날을 기준으로 원천세 납부기한과 지급명세서 제출기한이 정해집니다.

이런 상담이 많습니다

B씨가 대표인 회사의 직원 C씨가 2025. 12. 15. 퇴사했습니다. 회사는 자금 사정으로 퇴직금 4,000만원을 2026. 4. 20.에야 지급하면서 퇴직소득세 120만원을 떼었고, 4월 지급분으로 보아 2026. 5. 11. 원천세를 신고·납부했습니다. 퇴직소득 지급명세서는 실제로 돈을 준 해의 다음 해 3월에 내면 된다고 생각했습니다. 2026. 9. 세무대리인을 바꾸면서 원천징수 시기가 이미 지났다는 말을 들은 B씨는, 가산세가 얼마나 되는지와 지급명세서를 지금이라도 어떻게 내야 하는지 물으셨습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

퇴직금을 아직 안 줬는데도 원천징수를 해야 하나요?

그렇습니다. 1월부터 11월 사이에 퇴직한 사람의 퇴직금을 그해 12월 31일까지 주지 않으면 12월 31일에 지급한 것으로 보고 원천징수합니다. 12월에 퇴직한 사람은 다음 해 2월 말일까지 주지 않으면 2월 말일에 지급한 것으로 봅니다.

원천징수한 세금은 지급한 것으로 보는 날이 속하는 달의 다음 달 10일까지 내야 합니다. 8월에 퇴직한 직원의 퇴직금을 해를 넘겨 주면 12월 31일 지급으로 보아 다음 해 1월 10일까지 냅니다. 2027. 1. 10.처럼 그날이 일요일이면 다음 날인 1. 11.이 기한입니다.

결국 회사는 퇴직금을 주기 전에 퇴직소득세를 먼저 내게 됩니다. 이렇게 먼저 낸 세금은 나중에 퇴직금을 실제로 줄 때 그만큼 떼고 지급하는 방식으로 정리합니다. 반기별 납부를 승인받은 회사라면 납부기한은 그 반기의 마지막 달의 다음 달 10일입니다. 국민연금 같은 공적연금에서 받는 일시금은 이 특례가 적용되지 않습니다.

원천세 납부를 놓쳤다면 가산세는 어떻게 계산하나요?

원천세를 기한까지 내지 않으면 원천징수 등 납부지연가산세가 붙습니다. 내지 않은 세액의 3%에, 법정납부기한의 다음 날부터 실제 납부일의 전날까지 하루 0.022%를 곱한 금액을 더합니다. 이 두 금액을 합친 가산세는 내지 않은 세액의 10%를 넘지 않습니다.

B씨 회사의 법정납부기한은 2026. 3. 10.입니다. 2026. 5. 11.에 냈으므로 하루 단위 가산세는 3. 11.부터 5. 10.까지 61일입니다. 120만원의 3%인 3만 6천원에 1만 6,104원을 더한 5만 2,104원이 가산세입니다.

세무서가 납부고지를 한 뒤에도 고지서의 납부기한까지 내지 않으면 2026. 7. 1.부터는 한 달마다 0.67%가 더 붙습니다. 다만 고지서별·세목별 세액이 150만원 미만이면 이 부분은 붙지 않습니다. 한 번 놓친 원천세는 고지를 기다리지 말고 먼저 내는 편이 낫습니다.

퇴직소득 지급명세서는 어느 해 분으로 언제까지 내나요?

지급한 것으로 보는 퇴직소득의 지급명세서는 실제 지급일이 아니라 퇴직한 과세기간을 기준으로 냅니다. 2025. 12.에 퇴직했다면 퇴직금을 2026년에 주었더라도 2025년 귀속 지급명세서를 2026. 3. 10.까지 내야 했습니다.

기한까지 내지 않으면 지급금액의 1%가 가산세입니다. 기한이 지난 뒤 3개월 안에 내면 0.5%로 줄어듭니다. B씨 회사는 이미 3개월이 지나 퇴직금 4,000만원의 1%인 40만원이 가산세입니다. 법인은 법인세에, 개인사업자는 종합소득세에 더해 내며, 낼 세금이 없는 해에도 부과됩니다.

이 가산세는 같은 종류의 의무 위반별로 중소기업은 5천만원, 그 밖의 기업은 1억원을 넘지 않습니다. 다만 고의로 내지 않은 경우에는 한도가 적용되지 않습니다. 내기는 했는데 소득자 인적사항이나 지급액을 잘못 적어 지급 사실을 확인할 수 없으면 그 금액의 1%가 불분명 가산세로 붙습니다.

국세청은 제출기한 안에 지급명세서를 여러 번 냈다면 마지막에 낸 자료를 유효한 자료로 봅니다. 기한 안에 잘못을 발견했다면 전체를 다시 내는 것으로 정리됩니다. 기한이 지난 뒤에 지급액 오류를 발견했다면 바로 고쳐 내되, 이미 사실과 다른 분에 대한 가산세 문제가 남는지 따로 검토해야 합니다.

퇴직금 원천징수 대응 순서

• 퇴직일과 지급일 정리 - 퇴직자별로 퇴직일, 실제 지급일, 지급한 것으로 보는 날을 표로 정리합니다.
• 원천세 귀속 바로잡기 - 지급한 것으로 보는 날이 속하는 달 귀속으로 원천징수이행상황신고를 고치고 남은 세액을 바로 냅니다.
• 지급명세서 제출 - 퇴직한 해의 귀속으로 퇴직소득 지급명세서를 내고, 이미 낸 것은 내용을 대조합니다.
• 정당한 사유 검토 - 기한을 넘긴 데 회사가 책임질 수 없는 사정이 있었다면 가산세감면등신청서를 준비합니다.
• 고지 후 90일 - 가산세 납부고지가 부당하다고 보면 고지를 받은 날부터 90일 안에 이의신청이나 심판청구를 변호사와 검토합니다.

여기까지는 일반 기준이고, 퇴직일과 실제 지급일, 임원 퇴직금 한도 초과 여부, 중간정산 이력에 따라 원천징수 시기와 가산세가 달라집니다. 법무법인 윤성은 원천세·지급명세서 가산세 검토, 가산세 감면 신청, 납부고지에 대한 조세불복을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 퇴직금을 아직 못 줬는데 원천세부터 내야 하나요?
  1~11월 퇴직자는 그해 12월 31일까지, 12월 퇴직자는 다음 해 2월 말일까지 주지 않으면 그날 준 것으로 봅니다. 그날이 속하는 달의 다음 달 10일까지 원천세를 먼저 내야 합니다.
• 퇴직소득 지급명세서는 언제까지 내나요?
  지급한 것으로 보는 퇴직소득은 퇴직한 과세기간을 기준으로 다음 연도 3월 10일까지 냅니다. 실제로 다음 해에 돈을 주었더라도 퇴직한 해의 귀속으로 냅니다.
• 원천세를 두 달 늦게 내면 가산세는 얼마인가요?
  내지 않은 세액의 3%에 하루 0.022%를 기간만큼 더합니다. 120만원을 61일 늦게 냈다면 3만 6천원과 1만 6,104원을 합친 5만 2,104원입니다. 이 두 금액의 합계는 세액의 10%가 한도입니다.
• 지급명세서를 늦게 내면 가산세는 얼마인가요?
  지급금액의 1%이고, 기한이 지난 뒤 3개월 안에 내면 0.5%입니다. 퇴직소득세가 아니라 퇴직금 전체에 비율을 곱하므로, 낼 세금이 없는 해에도 부과됩니다.
• 지급명세서 가산세에도 한도가 있나요?
  같은 종류의 의무 위반별로 중소기업은 5천만원, 그 밖의 기업은 1억원이 한도입니다. 다만 고의로 의무를 위반한 경우에는 한도가 적용되지 않습니다.
• 가산세 고지가 부당하면 어떻게 다투나요?
  기한을 지키지 못한 데 정당한 사유가 있으면 가산세를 부과하지 않습니다. 고지를 받은 날부터 90일 안에 이의신청이나 심사청구·심판청구로 다툴 수 있습니다.

법무법인 윤성 × Lexle

허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

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