감면·공제

감면대상이라는 사전확인을 받았는데 추가투자 감면이 거부되면 신뢰보호를 주장할 수 있나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.09.30 갱신

어렵습니다, 과세관청의 사전확인은 확인 당시의 사정을 전제로 한 것이어서 그 뒤 관련 기술이 감면 대상에서 빠지는 사정변경이 생겼다면 그 이후 추가투자에 대한 감면 거부는 신의성실 원칙 위반이 아닙니다. 국세기본법 제15조는 세무공무원에게도 신의성실 의무를 지우지만, 대법원 2008두19659 판결은 견해표명 후 사정이 바뀌면 그 견해는 더 이상 신뢰의 대상이 아니라고 보았습니다. 지금은 사전확인서의 확인 기준일과 이후 시행령·고시 개정일을 비교해 보십시오.

사전확인을 받았다는 이유만으로 앞으로의 모든 투자가 감면된다고 보고 투자 계획을 세울 필요는 없습니다. 투자할 때마다 그 시점의 감면 요건을 다시 확인하는 편이 안전합니다.

이런 상담이 많습니다

외국 모회사 V사는 2018년 국내 자회사를 세우기 전 특수 수처리 기술을 수반하는 사업이 조세감면 대상인지 사전확인을 받았고, 기한 안에 감면신청을 해 첫 투자분에 대한 감면결정을 받았습니다. 그 뒤 관련 시행령이 개정돼 그 기술이 감면 대상 기술 목록에서 빠졌습니다. 2024년 V사가 추가투자분에 대해 감면을 신청하자 재정경제부장관은 더 이상 감면 대상 기술이 아니라며 거부했고, V사는 사전확인을 믿고 투자했으니 신뢰보호를 받아야 한다고 주장했습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

과세관청의 견해표명을 믿었으면 보호받나요?

일정한 요건을 갖추면 보호받습니다. 납세자와 세무공무원은 모두 신의에 따라 성실하게 의무를 이행해야 하므로, 과세관청이 납세자에게 신뢰의 대상이 되는 공적 견해를 표명하고 납세자가 이를 믿고 행동했다면 그에 반하는 처분은 신의성실 원칙에 어긋날 수 있습니다. 2026. 9. 29. 기준 현행 「국세기본법」 제15조가 이 원칙을 둡니다.

사정이 바뀌면 왜 보호받지 못하나요?

견해표명은 표명 당시의 사정이 그대로 유지되는 것을 전제로 하기 때문입니다. 대법원 2011. 5. 13. 선고 2008두19659 판결은 기술 감면 사전확인을 받은 외국법인이 추가투자 감면을 거부당한 사안에서, 사전확인은 통보 당시의 사정을 기준으로 한 것이고 그 뒤 사정변경으로 감면 대상 기술이 아니게 된 이후의 투자까지 감면 대상이라고 견해를 표명한 것은 아니라고 보았습니다. 거부처분이 신의성실 원칙 위반이라고 본 원심은 파기됐습니다.

비과세 관행으로 주장할 수는 없나요?

어렵습니다. 세법 해석이나 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 뒤에는 새로운 해석으로 소급 과세할 수 없지만, 이는 불특정 다수에게 받아들여진 해석이나 관행을 말합니다. 특정 납세자에게 준 사전확인은 여기에 해당하기 어렵고, 법령이 개정된 경우는 해석이 바뀐 것이 아니라 법이 바뀐 것입니다.

현행 외국인투자 감면 제도는 어떻게 바뀌었나요?

외국인투자에 대한 법인세·소득세 감면은 2018년 12월 31일까지 감면신청을 한 외국인투자기업에만 적용되고, 취득세·재산세 감면은 2019년 12월 31일까지 신청한 기업에 적용됩니다. 사전확인 신청과 감면 결정의 권한자도 현행 조문상 재정경제부장관입니다. 이미 감면결정을 받은 기업이 사업내용을 바꾼 경우에는 변경사유가 생긴 날부터 2년 안에 변경신청을 해야 합니다.

감면 거부 대응 순서

• 기준일 대조 - 사전확인 통보일, 관련 법령 개정 시행일, 추가투자 신고일을 순서대로 적습니다. 투자가 개정 전이면 다툴 여지가 커집니다.
• 감면 요건 재확인 - 추가투자 당시의 법령으로 감면 대상 기술·신청기한 요건을 봅니다. 사정변경 여부를 판단합니다.
• 개정 경과규정 확인 - 개정 법령 부칙에 종전 사업에 대한 경과조치가 있는지 찾습니다. 있으면 종전 기준을 주장할 수 있습니다.
• 의견 제출 - 거부 전 단계라면 개정 전 투자 계획의 진행 경과를 서면으로 냅니다. 소송 자료가 됩니다.
• 불복 제기 - 거부처분을 안 날부터 90일 안에 행정심판이나 취소소송을 냅니다.

여기까지는 일반 기준이고, 추가투자가 법령 개정 전에 이미 신고·집행됐는지, 개정 법령에 경과규정이 있는지에 따라 결론이 달라지므로 사전확인서와 투자 신고 자료, 개정 부칙을 보고 따로 따져야 합니다. 법무법인 윤성은 조세감면 거부처분 취소소송과 외국인투자 관련 조세 자문을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 과세관청의 말을 믿으면 언제 보호받나요?
  과세관청이 납세자에게 신뢰의 대상이 되는 공적 견해를 표명했고, 납세자가 귀책사유 없이 이를 믿고 행동했으며, 그에 반하는 처분으로 이익이 침해되는 경우에 신의성실 원칙이 적용될 수 있습니다. 국세기본법 제15조가 세무공무원에게도 신의성실 의무를 지우는 근거입니다. 담당 공무원의 구두 안내는 공적 견해로 인정되기 어렵습니다.
• 사전확인서는 언제까지 효력이 있나요?
  확인 당시의 사정이 유지되는 동안입니다. 대법원 2011. 5. 13. 선고 2008두19659 판결은 사전확인이 통보 당시의 사정을 기준으로 한 것이어서, 사정변경으로 감면 대상이 아니게 된 이후의 투자까지 감면한다는 견해로 볼 수 없다고 했습니다. 법령 개정 뒤의 투자는 개정 법령으로 판단합니다.
• 법령이 바뀌기 전 투자는 어떻게 되나요?
  개정 전에 이미 이뤄진 투자라면 당초 확인과 감면결정의 범위 안에서 보호받을 여지가 큽니다. 또 개정 법령의 부칙에 종전 사업에 대한 경과조치가 있으면 그에 따릅니다. 국세기본법 제18조 제3항의 소급과세 금지 원칙도 함께 검토할 수 있으므로 투자 신고일과 개정 시행일을 비교해야 합니다.
• 지금도 외국인투자 법인세 감면을 받을 수 있나요?
  새로 받기는 어렵습니다. 조세특례제한법 제121조의2 제2항은 법인세·소득세 감면을 2018년 12월 31일까지 감면신청을 한 외국인투자기업에 적용하도록 정합니다. 그 전에 감면결정을 받은 기업은 남은 감면기간 동안 적용받고, 사업내용을 바꿨다면 2년 안에 변경신청을 해야 합니다.
• 사전확인은 누구에게 신청하나요?
  외국인투자 신고 전에 하려는 사업이 감면 대상인지 확인해 달라고 재정경제부장관에게 신청합니다. 조세특례제한법 제121조의2 제7항의 절차이고, 재정경제부장관은 관계 중앙관서의 장과 협의해 결과를 알려야 합니다. 원안 당시의 기획재정부장관이 현행 조문에서는 재정경제부장관으로 바뀌었습니다.
• 감면 거부에 불복하는 기한은 언제인가요?
  감면신청 거부는 처분이므로 처분이 있음을 안 날부터 90일 안에 행정심판이나 취소소송을 제기해야 합니다. 대법원 2011. 5. 13. 선고 2008두19659 판결도 조세감면 거부처분 취소소송이었습니다. 거부 통지서를 받은 날짜를 기록해 두고, 사정변경 전 투자라는 자료를 함께 준비합니다.

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